第一条 社会保険診療報酬支払基金（以下「支払基金」という。）は、地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律（平成元年法律第六十四号。以下「法」という。）第二十五条第一項に規定する支払基金電子処方箋管理業務（以下「支払基金電子処方箋管理業務」という。）に係る財政状態及び経営成績を明らかにするため、財産の増減及び異動並びに収益及び費用をその発生の事実に基づいて処理しなければならない。
（勘定区分）第二条 地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律施行規則（平成元年厚生省令第三十四号）第二十五条に規定する医療介護情報化等特別会計のうち、法第二十六条に規定する支払基金電子処方箋管理業務に係る経理においては、貸借対照表勘定及び損益勘定を設け、貸借対照表勘定においては資産、負債及び資本を計算し、損益勘定においては収益及び費用を計算する。
（予算の内容）第三条 前条の経理の予算は、予算総則及び収入支出予算とする。
（予算総則）第四条 予算総則には、収入支出予算に関する総括的規定を設けるほか、次に掲げる事項に関する規定を設けるものとする。
一 第七条第二項の規定による経費の指定
二 第八条第一項ただし書の規定による経費の指定
三 その他予算の実施に関し必要な事項
（予算の添付書類）第五条 支払基金は、法第二十七条前段の規定により、支払基金電子処方箋管理業務に関し、予算について認可を受けようとするときは、申請書に次に掲げる書類を添付して厚生労働大臣に提出しなければならない。
一 前事業年度の予定貸借対照表及び予定損益計算書
二 当該事業年度の予定貸借対照表及び予定損益計算書
三 その他当該予算の参考となる書類
２ 支払基金は、法第二十七条後段の規定により、支払基金電子処方箋管理業務に関し、予算の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。 （予備費）第六条 支払基金は、予見することができない理由による支出予算の不足を補うため、収入支出予算に予備費を設けることができる。
２ 支払基金は、厚生労働大臣の承認を受けなければ予備費を使用することができない。 ３ 支払基金は、前項の規定による承認を受けようとするときは、使用の理由、金額及び積算の基礎を明らかにした書類を厚生労働大臣に提出しなければならない。 （予算の流用）第七条 支払基金は、支出予算については、当該予算に定める目的のほかに使用してはならない。
２ 支払基金は、予算総則で指定する経費の金額については、厚生労働大臣の承認を受けなければ、それらの経費の間又は他の経費との間に相互流用することができない。 ３ 支払基金は、前項の規定による承認を受けようとするときは、流用の理由、金額及び積算の基礎を明らかにした書類を厚生労働大臣に提出しなければならない。 （予算の繰越し）第八条 支払基金は、予算の実施上必要があるときは、支出予算の経費の金額のうち当該事業年度内に支出決定を終わらなかったものを翌事業年度に繰り越して使用することができる。
２ 支払基金は、前項ただし書の規定による承認を受けようとするときは、当該事業年度末までに、事項ごとに繰越しを必要とする理由及び金額を明らかにした書類を厚生労働大臣に提出しなければならない。 ３ 支払基金は、第一項の規定による繰越しをしたときは、翌事業年度の五月三十一日までに、繰越計算書を厚生労働大臣に提出しなければならない。 ４ 前項の繰越計算書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 繰越しに係る経費の支出予算現額
二 前号の経費の支出予算現額のうち支出決定済額
三 第一号の経費の支出予算現額のうち翌事業年度への繰越額
四 第一号の経費の支出予算現額のうち不用額
（事業計画及び資金計画）第九条 法第二十七条に規定する支払基金電子処方箋管理業務に関する事業計画には、次に掲げる事項についての計画を記載しなければならない。
一 法第二十四条第二項各号の規定により行う支払基金電子処方箋管理業務に関する事項
二 その他必要な事項
２ 法第二十七条に規定する支払基金電子処方箋管理業務に関する資金計画には、次に掲げる事項についての計画を記載しなければならない。一 資金の調達方法
二 資金の使途
三 その他必要な事項
３ 支払基金は、法第二十七条後段の規定により、支払基金電子処方箋管理業務に関する事業計画又は資金計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。 （収入支出等の報告）第十条 支払基金は、毎月、収入及び支出についてはその金額を明らかにした報告書により、翌月末日までに、厚生労働大臣に報告しなければならない。
（事業報告書）第十一条 法第二十八条第二項の支払基金電子処方箋管理業務に関する事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 事業内容、職員の定数及びその前事業年度末との比較、沿革、支払基金の設立の根拠となる法律が社会保険診療報酬支払基金法（昭和二十三年法律第百二十九号）である旨及び支払基金電子処方箋管理業務を行う根拠となる法律が法である旨並びに主管省庁が厚生労働省である旨
二 役員の定数並びに各役員の氏名、役職、任期及び経歴
三 その事業年度及び過去三事業年度以上の事業の実施状況（第九条第一項の事業計画及び同条第二項の資金計画の実施の結果を含み、国から補助金等の交付を受けているときはその名称、受入れに係る目的及び金額を含む。）
四 支払基金が対処すべき課題（支払基金電子処方箋管理業務に係るものに限る。）
（決算報告書）第十二条 法第二十八条第二項の支払基金電子処方箋管理業務に関する決算報告書は、収入支出決算書とする。
２ 前項の決算報告書には、第四条の規定により予算総則に規定した事項に係る予算の実施の結果を記載しなければならない。 （収入支出決算書）第十三条 前条第一項の収入支出決算書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 次に掲げる収入に関する事項 イ 収入予算額
ロ 収入決定済額
ハ 収入予算額と収入決定済額との差額
二 次に掲げる支出に関する事項 イ 支出予算額
ロ 前事業年度からの繰越額
ハ 予備費の使用の金額及びその理由
ニ 流用の金額及びその理由
ホ 支出予算現額
ヘ 支出決定済額
ト 翌事業年度への繰越額
チ 不用額
第十四条 法第二十八条第三項の支払基金電子処方箋管理業務に関する附属明細書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 次に掲げる主な資産及び負債の明細 イ 引当金及び準備金の明細（引当金及び準備金の種類ごとの事業年度当初及び事業年度末における状況を含む。）
ロ 固定資産の取得及び処分並びに減価償却費の明細
ハ イ及びロに掲げるもののほか、現金及び預金、受取手形、売掛金、支払手形、買掛金、未決算勘定その他の主な資産及び負債の明細
二 次に掲げる主な費用及び収益の明細 イ 国からの補助金等の明細（当該事業年度に国から交付を受けた補助金等の名称、当該補助金等に係る国の会計区分並びに当該補助金等と貸借対照表及び損益計算書に掲記されている関連科目との関係を含む。）
ロ 役員及び職員の給与費の明細
ハ イ及びロに掲げるもののほか、支払基金電子処方箋管理業務の特性を踏まえ重要と認められる費用及び収益の明細
第十五条 法第二十八条第三項の厚生労働省令で定める期間（支払基金電子処方箋管理業務に関する財務諸表及び附属明細書並びに事業報告書、決算報告書及び監事の意見書に係るものに限る。）は、五年間とする。
（会計規程）第十六条 支払基金は、支払基金電子処方箋管理業務の財務及び会計に関し、法及びこの省令に定めるもののほか、会計規程を定めなければならない。
２ 支払基金は、前項の会計規程を定めようとするときは、その基本的事項について厚生労働大臣の承認を受けなければならない。 ３ 支払基金は、第一項の会計規程を制定し、又は変更したときは、その理由及び内容を明らかにして、遅滞なく厚生労働大臣に届け出なければならない。