商業捕鯨の実施等のための鯨類科学調査の実施に関する法律（平成二十九年法律第七十六号）第六条第一項、第七条第三項及び第六項並びに第八条の規定に基づき、並びに同法を実施するため、商業捕鯨の実施等のための鯨類科学調査の実施に関する法律施行規則を次のように定める。
（鯨類科学調査計画の策定）第一条 農林水産大臣は、鯨類の持続的な利用の確保に関する法律（以下「法」という。）第六条第一項の規定により鯨類科学調査計画を策定しようとするときは、あらかじめ、鯨類に関する専門的な知識を有する者その他の学識経験者の意見を聴かなければならない。
（指定鯨類科学調査法人の指定の申請）第二条 法第七条第一項の規定により指定を受けようとする法人は、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 名称及び住所並びに代表者の氏名
二 事務所の所在地
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 定款
二 登記事項証明書
三 役員の氏名、住所及び略歴を記載した書面
四 指定の申請に関する意思の決定を証する書面
五 その他法第七条第二項に規定する業務を適正かつ確実に行うことができることを証する書面
（指定鯨類科学調査法人による報告）第三条 法第七条第三項の規定による実施の状況の報告は、毎年度、次に掲げる事項について行うものとする。
一 当該年度に実施された鯨類科学調査の実施海域
二 当該年度に実施された鯨類科学調査の実施年月日
三 当該年度に実施された鯨類科学調査の方法
四 当該年度に実施された鯨類科学調査により収集された科学的情報
五 当該年度に実施された鯨類科学調査により得られた科学的知見
六 その他参考となるべき事項
（指定鯨類科学調査法人の指定の取消しに係る通知）第四条 農林水産大臣は、法第七条第五項の規定によりその指定を取り消した場合にあっては、遅滞なく、当該指定を取り消された一般社団法人又は一般財団法人に対し、その旨を通知するものとする。