第一章 総則
（行政機関から除かれる機関）第一条 特定秘密の保護に関する法律（以下「法」という。）附則第三条の規定により読み替えて適用する法第二条の行政機関から除かれる機関は、都市再生本部、構造改革特別区域推進本部、知的財産戦略本部、地球温暖化対策推進本部、地域再生本部、郵政民営化推進本部、中心市街地活性化本部、道州制特別区域推進本部、総合海洋政策本部、宇宙開発戦略本部、総合特別区域推進本部、原子力防災会議、国土強化推進本部、健康・医療戦略推進本部、水循環政策本部、まち・ひと・しごと創生本部、サイバーセキュリティ戦略本部、特定複合観光施設区域整備推進本部、ギャンブル等依存症対策推進本部、アイヌ政策推進本部、国際博覧会推進本部、新型インフルエンザ等対策推進会議、認知症施策推進本部、船舶活用医療推進本部、人事院、宮内庁、公正取引委員会、個人情報保護委員会、カジノ管理委員会、こども家庭庁、デジタル庁、公害等調整委員会、検察庁、公安審査委員会、国税庁、スポーツ庁、文化庁、中央労働委員会、林野庁、特許庁、中小企業庁、観光庁、運輸安全委員会及び会計検査院とする。
第二章 特定秘密の指定等
第一節 特定秘密の指定
（法第三条第一項ただし書の政令で定める行政機関の長）第二条 法第三条第一項ただし書の政令で定める行政機関の長は、内閣法制局、消費者庁、文部科学省、農林水産省、水産庁、国土交通省、気象庁及び環境省の長とする。
（指定に関する記録の作成）第三条 法第三条第二項の規定による同項の指定に関する記録の作成は、法第十八条第一項の基準（以下「運用基準」という。）で定めるところにより、法第三条第一項の規定による指定（以下単に「指定」という。）及びその解除を適切に管理するための帳簿（磁気ディスク（これに準ずる方法により一定の事項を確実に記録しておくことができる物を含む。）をもって調製するものを含む。以下「特定秘密指定管理簿」という。）に次に掲げる事項を記載し、又は記録することにより行うものとする。
一 指定をした年月日
二 指定の有効期間及びその満了する年月日
三 指定に係る特定秘密の概要
四 指定に係る特定秘密である情報が法別表第一号イからヌまで、第二号イからホまで、第三号イからニまで又は第四号イからニまでのいずれの事項に関するものであるかの別
五 法第三条第二項の規定により講ずる措置が同項各号のいずれの措置であるかの別
六 前各号に掲げるもののほか、指定を適切に管理するために必要なものとして運用基準で定める事項
（特定秘密の表示の方法）第四条 法第三条第二項第一号の規定による特定秘密の表示（電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録をいう。以下同じ。）にあっては、当該表示の記録を含む。以下「特定秘密表示」という。）は、次の各号に掲げる特定秘密文書等（特定秘密である情報を記録する文書、図画、電磁的記録若しくは物件又は当該情報を化体する物件をいう。以下同じ。）の区分に応じ、当該各号に定めるところによりするものとする。
一 特定秘密である情報を記録する文書又は図画 別記第一様式に従い、その見やすい箇所に、印刷、押印その他これらに準ずる確実な方法によりすること。
二 特定秘密である情報を記録する電磁的記録 当該電磁的記録のうち当該情報を記録する部分を電子計算機の映像面上において視覚により認識することができる状態にしたときに、別記第一様式の「特定秘密」の文字及び枠を共に認識することができるようにすること。
三 特定秘密である情報を記録し、又は化体する物件 別記第一様式に従い、その見やすい箇所（見やすい箇所がないときは、その保管に用いる容器又は包装の外部）に、刻印、ラベルの貼付けその他これらに準ずる確実な方法によりすること。
（通知の方法）第五条 法第三条第二項第二号の規定による通知は、特定秘密である情報について第三条第二号及び第三号に掲げる事項（同条第二号に掲げる事項にあっては、指定の有効期間が満了する年月日に限る。第十一条第三項において同じ。）を記載した書面の交付（当該書面の作成に代えて電磁的記録の作成がされている場合にあっては、当該電磁的記録の電子情報処理組織（当該交付をすべき者の使用に係る電子計算機（入出力装置を含む。以下この条において同じ。）と当該交付を受けるべき者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織をいう。第十九条において同じ。）を使用する方法による提供。以下同じ。）により行うものとする。
（法第三条第三項の規定により講じた措置の記録）第六条 行政機関の長（法第三条第一項本文に規定する行政機関の長をいう。以下同じ。）は、同条第三項の規定により同条第二項第一号に掲げる措置を講じたときは、特定秘密指定管理簿にその旨を記載し、又は記録するものとする。
第二節 指定の有効期間及び解除
（指定の有効期間の満了に伴う措置）第七条 行政機関の長は、指定をした場合において、その有効期間（延長された場合にあっては、延長後の有効期間。以下同じ。）が満了したときは、次に掲げる措置を講ずるものとする。
一 当該指定に係る旧特定秘密文書等（特定秘密であった情報を記録する文書、図画、電磁的記録若しくは物件又は当該情報を化体する物件をいう。以下同じ。）について、特定秘密表示の抹消（電磁的記録にあっては、当該電磁的記録のうち当該情報を記録する部分を電子計算機の映像面上において視覚により認識することができる状態にしたときに、別記第一様式の「特定秘密」の文字及び枠を認識することができないようにすることを含む。以下同じ。）をした上で、指定有効期間満了表示をすること。
二 次に掲げる者に対し、当該指定の有効期間が満了した旨を記載した書面の交付により当該事項を通知すること。
イ 当該指定について法第三条第二項第二号又は第五条第二項若しくは第四項の規定による通知を受けた者
ロ 法第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項、第九条、第十条第一項又は第十八条第四項後段の規定により当該行政機関の長から当該指定に係る特定秘密の提供を受けた者
三 特定秘密指定管理簿に当該指定の有効期間が満了した旨を記載し、又は記録すること。
２ 前項第一号に規定する「指定有効期間満了表示」とは、次の各号に掲げる旧特定秘密文書等の区分に応じ、当該各号に定めるところによりする指定の有効期間が満了した旨の表示（電磁的記録にあっては、当該表示の記録を含む。）をいう。一 特定秘密であった情報を記録する文書又は図画 別記第二様式に従い、その見やすい箇所に、印刷、押印その他これらに準ずる確実な方法によりすること。
二 特定秘密であった情報を記録する電磁的記録 当該電磁的記録のうち当該情報を記録する部分を電子計算機の映像面上において視覚により認識することができる状態にしたときに、別記第二様式の「特定秘密指定有効期間満了」の文字及び枠を共に認識することができるようにすること。
三 特定秘密であった情報を記録し、又は化体する物件 別記第二様式に従い、その見やすい箇所（見やすい箇所がないときは、その保管に用いる容器又は包装の外部）に、刻印、ラベルの貼付けその他これらに準ずる確実な方法によりすること。
（指定の有効期間の延長に伴う措置）第八条 行政機関の長は、法第四条第二項の規定により指定の有効期間を延長したときは、次に掲げる措置を講ずるものとする。
一 次に掲げる者に対し、当該指定の有効期間を延長した旨及び延長後の当該指定の有効期間が満了する年月日を記載した書面の交付によりこれらの事項を通知すること。
イ 当該指定について法第三条第二項第二号又は第五条第二項若しくは第四項の規定による通知を受けた者
ロ 法第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項、第九条、第十条第一項又は第十八条第四項後段の規定により当該行政機関の長から当該指定に係る特定秘密の提供を受けた者
二 特定秘密指定管理簿に当該指定の有効期間を延長した旨、延長後の当該指定の有効期間及びその満了する年月日並びに法第四条第四項の内閣の承認を得たときはその旨及び当該承認の年月日を記載し、又は記録すること。
（内閣に特定秘密を提示する場合の措置）第九条 法第四条第五項の政令で定める措置は、収納物を外部から見ることができないような運搬容器に特定秘密文書等を収納し、施錠した上で、行政機関の長が当該行政機関において当該特定秘密の取扱いの業務を行わせる職員のうちから指名するものに当該運搬容器を携行させることとする。
（指定の解除に伴う措置）第十条 行政機関の長は、法第四条第七項の規定により指定を解除したときは、次に掲げる措置を講ずるものとする。
一 当該指定に係る旧特定秘密文書等について、特定秘密表示の抹消をした上で、指定解除表示をすること。
二 次に掲げる者に対し、当該指定を解除した旨及びその年月日を記載した書面の交付によりこれらの事項を通知すること。
イ 当該指定について法第三条第二項第二号又は第五条第二項若しくは第四項の規定による通知を受けた者
ロ 法第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項、第九条、第十条第一項又は第十八条第四項後段の規定により当該行政機関の長から当該指定に係る特定秘密の提供を受けた者
三 特定秘密指定管理簿に当該指定を解除した旨及びその年月日を記載し、又は記録すること。
２ 前項第一号に規定する「指定解除表示」とは、次の各号に掲げる旧特定秘密文書等の区分に応じ、当該各号に定めるところによりする指定を解除した旨の表示（電磁的記録にあっては、当該表示の記録を含む。）をいう。一 特定秘密であった情報を記録する文書又は図画 別記第三様式に従い、その見やすい箇所に、印刷、押印その他これらに準ずる確実な方法によりすること。
二 特定秘密であった情報を記録する電磁的記録 当該電磁的記録のうち当該情報を記録する部分を電子計算機の映像面上において視覚により認識することができる状態にしたときに、別記第三様式の「特定秘密指定解除」の文字及び枠を共に認識することができるようにすること。
三 特定秘密であった情報を記録し、又は化体する物件 別記第三様式に従い、その見やすい箇所（見やすい箇所がないときは、その保管に用いる容器又は包装の外部）に、刻印、ラベルの貼付けその他これらに準ずる確実な方法によりすること。
第三節 特定秘密の保護措置
（行政機関の長による特定秘密の保護措置）第十一条 行政機関の長は、特定秘密を適切に保護するために、運用基準で定めるところにより、次に掲げる措置の実施に関する規程を定めるものとする。
一 特定秘密の保護に関する業務を管理する者の指名
二 職員に対する特定秘密の保護に関する教育
三 特定秘密の保護のために必要な施設設備の設置
四 法第十一条の規定により特定秘密の取扱いの業務を行うことができることとされる者のうちからの特定秘密の取扱いの業務を行わせる職員の範囲の決定
五 特定秘密を取り扱う場所への立入り及び機器の持込みの制限
六 特定秘密を取り扱うために使用する電子計算機の使用の制限
七 前二号に掲げるもののほか、特定秘密文書等の作成、運搬、交付、保管、廃棄その他の取扱いの方法の制限
八 特定秘密の伝達（特定秘密文書等の交付以外の方法によるものに限る。第十七条第八号において同じ。）の方法の制限
九 特定秘密の取扱いの業務の状況の検査
十 特定秘密文書等の奪取その他特定秘密の漏えいのおそれがある緊急の事態に際し、その漏えいを防止するため他に適当な手段がないと認められる場合における焼却、破砕その他の方法による特定秘密文書等の廃棄
十一 特定秘密文書等の紛失その他の事故が生じた場合における被害の発生の防止その他の措置
十二 前各号に掲げるもののほか、特定秘密の保護に関し必要なものとして運用基準で定める措置
２ 法第五条第一項の政令で定める措置は、前項の規程に従い、当該特定秘密に関し同項各号に掲げる措置を講ずることとする。 ３ 法第五条第二項又は第四項の規定による通知は、当該通知に係る特定秘密である情報について第三条第二号及び第三号に掲げる事項を記載した書面の交付により行うものとする。 （都道府県警察による特定秘密の保護措置）第十二条 法第五条第三項の政令で定める事項は、当該都道府県警察の警視総監又は道府県警察本部長（以下この項及び第十九条において「警察本部長」という。）による次に掲げる措置及び当該特定秘密に関する前条第一項各号に掲げる措置の実施に関する事項とする。
一 当該特定秘密である情報について講ずる法第三条第二項各号のいずれかに掲げる措置
二 当該特定秘密の指定の有効期間が満了した場合に講ずる次に掲げる措置
イ 当該指定に係る旧特定秘密文書等について、特定秘密表示の抹消をした上で、第七条第二項に規定する指定有効期間満了表示（第十四条第一項第二号イ及び第十六条第二号イにおいて単に「指定有効期間満了表示」という。）をすること。
ロ 次に掲げる者に対し、当該指定の有効期間が満了した旨を記載した書面の交付により当該事項を通知すること。
三 当該特定秘密の指定の有効期間が延長された場合において、前号ロ（１）及び（２）に掲げる者に対し、当該指定の有効期間が延長された旨及び延長後の当該指定の有効期間が満了する年月日を記載した書面の交付によりこれらの事項を通知すること。
四 当該特定秘密の指定が解除された場合に講ずる次に掲げる措置
イ 当該指定に係る旧特定秘密文書等について、特定秘密表示の抹消をした上で、第十条第二項に規定する指定解除表示（第十四条第一項第四号イ及び第十六条第四号イにおいて単に「指定解除表示」という。）をすること。
ロ 第二号ロ（１）及び（２）に掲げる者に対し、当該指定が解除された旨及びその年月日を記載した書面の交付によりこれらの事項を通知すること。
第十三条 法第五条第四項の政令で定める基準は、第十一条第一項第一号、第三号及び第五号から第十二号までに掲げる措置並びに次に掲げる措置の実施に関する規程を定めており、かつ、当該規程に従ってこれらの措置を講ずることにより、特定秘密を適切に保護することができると認められることとする。
一 代表者、代理人、使用人その他の従業者（次号及び次条第一項第五号において単に「従業者」という。）に対する特定秘密の保護に関する教育
二 法第十一条の規定により特定秘密の取扱いの業務を行うことができることとされる者のうちからの特定秘密の取扱いの業務を行わせる従業者の範囲の決定
（適合事業者による特定秘密の保護措置）第十四条 法第五条第五項の政令で定める事項は、当該適合事業者による次に掲げる措置並びに当該特定秘密に関する第十一条第一項第一号、第三号及び第五号から第十二号まで並びに前条各号に掲げる措置の実施に関する事項とする。
一 当該特定秘密である情報について講ずる法第三条第二項各号のいずれかに掲げる措置
二 当該特定秘密の指定の有効期間が満了した場合に講ずる次に掲げる措置
イ 当該指定に係る旧特定秘密文書等について、特定秘密表示の抹消をした上で、指定有効期間満了表示をすること。
ロ 次に掲げる者に対し、当該指定の有効期間が満了した旨を記載した書面の交付により当該事項を通知すること。
三 当該特定秘密の指定の有効期間が延長された場合において、前号ロ（１）及び（２）に掲げる者に対し、当該指定の有効期間が延長された旨及び延長後の当該指定の有効期間が満了する年月日を記載した書面の交付によりこれらの事項を通知すること。
四 当該特定秘密の指定が解除された場合に講ずる次に掲げる措置
イ 当該指定に係る旧特定秘密文書等について、特定秘密表示の抹消をした上で、指定解除表示をすること。
ロ 第二号ロ（１）及び（２）に掲げる者に対し、当該指定が解除された旨及びその年月日を記載した書面の交付によりこれらの事項を通知すること。
五 当該特定秘密の取扱いの業務を行う従業者について、法第十二条第一項第三号に規定する事情があると認められた場合における当該特定秘密の指定をした行政機関の長に対する報告その他の措置
２ 前項の規定は、法第八条第二項において準用する法第五条第五項の政令で定める事項について準用する。 この場合において、前項第一号中「について講ずる法第三条第二項各号のいずれか」とあるのは「に係る特定秘密文書等であって当該適合事業者において作成したものについて講ずる法第三条第二項第一号に掲げる措置又は当該情報について講ずる同項第二号」と、同項第二号ロ（１）中「第五条第六項」とあるのは「第八条第二項において準用する法第五条第六項」と、同項第五号中「指定」とあるのは「提供」と読み替えるものとする。第三章 特定秘密の提供
（提供の際の通知）第十五条 法第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項、第九条、第十条又は第十八条第四項後段の規定により特定秘密の提供をする者は、当該提供を受ける者に対し、当該特定秘密の指定の有効期間が満了する年月日を記載した書面の交付により当該事項を通知するものとする。
（他の行政機関による特定秘密の保護措置）第十六条 法第六条第二項の政令で定める事項は、当該他の行政機関の長による次に掲げる措置及び当該特定秘密に関する第十一条第一項各号に掲げる措置の実施に関する事項とする。
一 当該特定秘密である情報に係る特定秘密文書等であって当該他の行政機関において作成したものについて講ずる法第三条第二項第一号に掲げる措置又は当該情報について講ずる同項第二号に掲げる措置
二 当該特定秘密の指定の有効期間が満了した場合に講ずる次に掲げる措置
イ 当該指定に係る旧特定秘密文書等について、特定秘密表示の抹消をした上で、指定有効期間満了表示をすること。
ロ 次に掲げる者に対し、当該指定の有効期間が満了した旨を記載した書面の交付により当該事項を通知すること。
三 当該特定秘密の指定の有効期間が延長された場合において、前号ロ（１）及び（２）に掲げる者に対し、当該指定の有効期間が延長された旨及び延長後の当該指定の有効期間が満了する年月日を記載した書面の交付によりこれらの事項を通知すること。
四 当該特定秘密の指定が解除された場合に講ずる次に掲げる措置
イ 当該指定に係る旧特定秘密文書等について、特定秘密表示の抹消をした上で、指定解除表示をすること。
ロ 第二号ロ（１）及び（２）に掲げる者に対し、当該指定が解除された旨及びその年月日を記載した書面の交付によりこれらの事項を通知すること。
（その他公益上の必要による特定秘密の提供を受けた者による特定秘密の保護措置）第十七条 法第十条第一項第一号の政令で定める措置は、同条（同号（イに係る部分を除く。）に係る部分に限る。）の規定により特定秘密の提供を受ける者による次に掲げる措置とする。
一 当該特定秘密を利用し、又は知る者に、その利用し、又は知る情報が特定秘密であることを認識させるために必要な表示（電磁的記録にあっては、当該表示の記録を含む。）又は通知であって、当該提供の目的である業務の遂行に支障のない範囲内でするものの方法を定めること。
二 当該特定秘密の保護に関する業務を管理する者を指名すること。
三 当該特定秘密を利用し、又は知る者に対し、特定秘密の保護の重要性を理解させること。
四 当該特定秘密を利用し、又は知る者の範囲を制限すること。
五 当該提供の目的である業務以外に当該特定秘密が利用されないようにすること。
六 当該特定秘密を取り扱うために使用する電子計算機の使用を制限すること。
七 前号に掲げるもののほか、当該特定秘密である情報に係る特定秘密文書等の作成、運搬、交付、保管、廃棄その他の取扱いの方法を制限すること。
八 当該特定秘密の伝達の方法を制限すること。
九 当該特定秘密の利用の状況の検査の方法を定めること。
十 当該特定秘密である情報に係る特定秘密文書等の紛失その他の事故が生じた場合における当該提供をした者に対する報告の方法を定めること。
第四章 適性評価等
（適性評価を受けることを要しない者）第十八条 法第十一条第七号の政令で定める者は、次に掲げる者とする。
一 国家公安委員会委員
二 原子力規制委員会の委員長及び委員
三 都道府県公安委員会委員
（適性評価の実施の方法）第十九条 行政機関の長又は警察本部長は、法第十二条第一項又は第十五条第一項の規定による適性評価の実施に当たっては、評価対象者に法第十二条第二項各号に掲げる事項に関する質問票の交付（当該質問票の作成に代えて電磁的記録の作成がされている場合にあっては、当該電磁的記録の電子情報処理組織を使用する方法による提供）をし、これらの事項についての記載又は記録を求めるほか、運用基準で定めるところにより、同項（法第十五条第二項において準用する場合を含む。）の調査を行うものとする。
（評価対象者に対する告知等）第二十条 法第十二条第三項（法第十五条第二項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定による告知は、法第十二条第三項各号に掲げる事項を記載した書面の交付により行うものとする。
２ 法第十二条第三項の規定による同意は、その旨を記載した書面の交付により行うものとする。 （国家公務員法第三十八条各号等に準ずる事由）第二十一条 法第十六条第一項ただし書の政令で定める事由は、国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第八十一条第二項の規定に基づく人事院規則で定める降任、免職若しくは降給の事由、自衛隊法施行令（昭和二十九年政令第百七十九号）第六十三条の規定による降任若しくは免職の事由又は地方公務員法（昭和二十五年法律第二百六十一号）第二十七条第二項の規定に基づく条例で定める休職若しくは降給の事由若しくは同法第二十九条の二第二項の規定に基づく条例で定める降任、免職若しくは降給の事由とする。
（権限又は事務の委任）第二十二条 行政機関の長は、法第五章に定める権限又は事務のうちその所掌に係るものを、国家公務員法第五十五条第二項の規定により任命権を委任した者（防衛大臣及び防衛装備庁長官にあっては、自衛隊法（昭和二十九年法律第百六十五号）第三十一条第一項の規定により同法第二条第五項に規定する隊員の任免について権限を委任した者）に委任することができる。
附則
（施行期日）
第一条 この政令は、法の施行の日（平成二十六年十二月十日）から施行する。
附則（平成二七年九月一八日政令第三二八号）
この政令は、平成二十七年十月一日から施行する。附則（平成二七年九月一八日政令第三三四号）
この政令は、防衛省設置法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十七年十月一日）から施行する。附則（平成二七年一二月一八日政令第四二七号）
この政令は、平成二十八年一月一日から施行する。附則（令和元年一〇月二四日政令第一三六号）
この政令は、特定複合観光施設区域整備法附則第一条第三号に掲げる規定の施行の日（令和二年一月七日）から施行する。附則（令和元年一二月一〇日政令第一七七号）
この政令は、令和元年十二月十一日から施行する。 ただし、第三条の規定は、公布の日から施行する。附則（令和二年一一月二六日政令第三三五号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（令和三年三月三一日政令第一三八号）
この政令は、令和三年四月一日から施行する。附則（令和三年六月一六日政令第一七〇号）
この政令は、令和三年七月一日から施行する。附則（令和三年七月二日政令第一九一号）
この政令は、令和三年九月一日から施行する。附則（令和三年七月二日政令第一九五号）
この政令は、令和三年九月一日から施行する。附則（令和三年一二月二八日政令第三四九号）
この政令は、公布の日から施行する。 ただし、次項及び附則第四項の規定は、令和四年一月一日から施行する。附則（令和四年三月二四日政令第八〇号）
この政令は、令和四年四月一日から施行する。附則（令和五年三月三〇日政令第一二六号）
（施行期日）
第一条 この政令は、令和五年四月一日から施行する。