第一条 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 前号に掲げる者のほか、監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中長期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第一条の二 機構に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構法（平成十一年法律第百七十六号。以下「機構法」という。）、国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の財務及び会計に関する省令（平成十三年文部科学省令第三十九号）及びこの命令の規定に基づき文部科学大臣に提出する書類とする。
（業務方法書に記載すべき事項）第一条の三 機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 機構法第十六条第一項第一号に規定する基礎研究及び基盤的研究開発に関する事項
二 機構法第十六条第一項第二号に規定する研究開発に関する事項
三 機構法第十六条第一項第三号に規定する研究の成果の普及及び成果の活用の促進に関する事項
四 機構法第十六条第一項第四号に規定する機構の施設及び設備の共用に関する事項
五 機構法第十六条第一項第五号に規定する研究者の養成及び資質の向上に関する事項
六 機構法第十六条第一項第六号に規定する技術者の養成及び資質の向上に関する事項
七 機構法第十六条第一項第七号に規定する放射線による人体の障害の予防、診断及び治療に関する事項
八 機構法第十六条第一項第八号に規定する出資並びに人的及び技術的援助に関する事項
九 機構法第十六条第二項に規定する業務に関する事項
十 業務委託の基準
十一 競争入札その他契約に関する基本的事項
十二 その他機構の業務の執行に関して必要な事項
（中長期計画の認可申請）第二条 機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始三十日前までに、文部科学大臣及び原子力規制委員会に提出しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を文部科学大臣（当該変更が機構法第十六条第一項に規定する業務のうち、放射線の人体への影響並びに放射線による人体の障害の予防、診断及び治療に係るものに関する事項に係る変更である場合については、文部科学大臣及び原子力規制委員会）に提出しなければならない。 （中長期計画に定める業務運営に関する事項）第三条 機構に係る通則法第三十五条の五第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次に掲げる事項とする。
一 施設及び設備に関する計画
二 人事に関する計画
三 中長期目標期間を超える債務負担
四 積立金の使途
（業務実績等報告書）第三条の二 機構に係る通則法第三十五条の六第三項に規定する報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 機構は、前項に規定する報告書を文部科学大臣及び原子力規制委員会に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。 （最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）第三条の三 機構に係る通則法第三十五条の六第四項に規定する報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 通則法第三十五条の六第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。 イ 当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ 当該期間における業務運営の状況
ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二 前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。 イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
第四条 機構に係る通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項に規定する年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を文部科学大臣（当該変更が放射線の人体への影響並びに放射線による人体の障害の予防、診断及び治療に係るものに関する事項に係る変更である場合については、文部科学大臣及び原子力規制委員会）に提出しなければならない。 （通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する主務省令で定める内部組織）第五条 機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた機構の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として文部科学大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として文部科学大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する主務省令で定める管理又は監督の地位）第六条 機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして文部科学大臣が定めるものとする。
附則
この省令は、原子力規制委員会設置法（平成二十四年法律第四十七号）の施行の日（平成二十四年九月十九日）から施行する。附則（平成二五年三月二九日文部科学省令・原子力規制委員会規則第一号）
この命令は、平成二十五年四月一日から施行する。附則（平成二六年二月二八日文部科学省令・原子力規制委員会規則第一号）
この命令は、独立行政法人原子力安全基盤機構の解散に関する法律の施行の日（平成二十六年三月一日）から施行する。附則（平成二七年三月三一日文部科学省令・原子力規制委員会規則第一号）
（施行期日）
第一条 この命令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（次条において「通則法改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（業務実績等報告書の作成に係る経過措置）
第二条 通則法改正法附則第八条第一項の規定により通則法改正法による改正前の独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十九条第一項の中期目標が通則法改正法による改正後の独立行政法人通則法第三十五条の四第一項の規定により指示した同項の中長期目標とみなされる場合におけるこの命令による改正後の国立研究開発法人放射線医学総合研究所の業務運営等に関する命令（平成二十四年文部科学省令第三十三号）第三条の二の規定の適用については、同項の表事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書の項中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」とし、同項の表中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項及び中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」とする。
附則（平成二八年三月三一日文部科学省令・原子力規制委員会規則第一号）
（施行期日）
第一条 この命令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（機構の内部組織等に関する経過措置）
第二条 機構に係る国立研究開発法人放射線医学総合研究所法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第五条において読み替えて適用する独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた国立研究開発法人日本原子力研究開発機構（改正法の施行の日前のものに限る。本条及び次条において「原子力機構」という。）の内部組織として主務省令で定めるものは、改正法の施行の日の前日に存していた原子力機構の理事長の直近下位の内部組織として文部科学大臣が定めるもの（次項において「移行時内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。）が離職前五年間に在職していたものとする。 機構に係る改正法附則第五条において読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織のうち、移行時内部組織が行っていた業務を行うものとして文部科学大臣が定めるものとする。
（機構の管理又は監督の地位に関する経過措置）
第三条 機構についての原子力機構に係る改正法附則第五条において読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして文部科学大臣が定めるものとする。
（中長期計画の認可申請に係る経過措置）
第四条 この命令の施行の日を含む事業年度を最初の事業年度とする中長期計画に係るこの命令による改正後の国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の業務運営に関する命令第二条第一項の規定の適用については、「当該中長期計画の最初の事業年度開始三十日までに」とあるのは「平成二十八年四月一日以後最初の中長期目標の指示を受けた後遅滞なく」とする。