水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法（以下「法」という。）第九条第一項に規定する特定事業者（以下この項及び第七項において「特定事業者」という。）の同条第一項第二号に規定する事業譲渡の日の属する事業年度又は連結事業年度（以下この項において「適用年度」という。）前の各事業年度において生じた欠損金額及び各連結事業年度において生じた個別欠損金額で法第三十条第一項に規定する政令で定める金額は、第一号に掲げる金額から第二号に掲げる金額を控除した金額とする。
一 適用年度終了の時における当該適用年度前の事業年度及び連結事業年度から繰り越された欠損金額及び個別欠損金額の合計額
二 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額 イ
ロ
法第三十条第一項に規定する事業譲渡の時における事業会社の株式の価額として政令で定める金額は、法第十条第一項に規定する認可事業再編計画に記載された法第九条第一項第七号に規定する株式の評価額とする。
法第三十条第一項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする事業年度又は連結事業年度の確定申告書等又は連結確定申告書等に、同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載及び当該金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。
税務署長は、前項の記載又は明細書の添付がない確定申告書等又は連結確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は明細書の添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、法第三十条第一項の規定を適用することができる。
前各項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 事業年度
法第三十条第二項第一号に規定する事業年度をいう。
二 連結事業年度
法第三十条第二項第二号に規定する連結事業年度をいう。
三 欠損金額
法第三十条第二項第三号に規定する欠損金額をいう。
四 連結欠損金額
法第三十条第二項第四号に規定する連結欠損金額をいう。
五 個別欠損金額
法第三十条第一項に規定する個別欠損金額をいう。
六 連結所得
法第三十条第二項第六号に規定する連結所得をいう。
七 確定申告書等
租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第二条第二項第二十七号に規定する確定申告書等をいう。
八 連結確定申告書等
租税特別措置法第二条第二項第二十七号の二に規定する連結確定申告書等をいう。
法第三十条第一項の規定の適用がある場合における法人税法及び法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）並びに租税特別措置法施行令（昭和三十二年政令第四十三号）の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
| 法人税法第六十七条第三項第六号 | 又は第五十九条 | 若しくは第五十九条 |
| ）の規定 | ）又は水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法（平成二十一年法律第八十一号。以下「水俣特別措置法」という。）第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定 | |
| 法人税法第八十一条の十三第二項第五号 | ）の規定 | ）及び水俣特別措置法第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定 |
| 法人税法施行令第九条第一号ト | 又は第五十九条 | 若しくは第五十九条 |
| ）の規定 | ）又は水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法（平成二十一年法律第八十一号。以下「水俣特別措置法」という。）第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定 | |
| 法人税法施行令第九条の二第一項第一号ヘ | ）の規定 | ）及び水俣特別措置法第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定 |
| 法人税法施行令第七十三条第二項及び第七十七条の二第二項 | 掲げる規定 | 掲げる規定及び水俣特別措置法第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定 |
| 法人税法施行令第百十六条の三 | 第二号に掲げる金額 | 第二号に掲げる金額並びに水俣特別措置法第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定により法第五十九条第一項に規定する適用年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される水俣特別措置法第三十条第一項に規定する欠損金額及び個別欠損金額の合計額 |
| 法人税法施行令第百十七条の二 | 第二号に掲げる金額 | 第二号に掲げる金額並びに水俣特別措置法第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定により法第五十九条第二項に規定する適用年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される水俣特別措置法第三十条第一項に規定する欠損金額及び個別欠損金額の合計額 |
| 法人税法施行令第百四十二条の三第四項 | ）の規定 | ）並びに水俣特別措置法第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定 |
| 法人税法施行令第百五十五条の十三第二項及び第百五十五条の十三の二第二項 | 規定を | 規定及び水俣特別措置法第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定を |
| 法人税法施行令第百五十五条の二十七第四項 | ）の規定 | ）並びに水俣特別措置法第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定 |
| 法人税法施行令第百五十五条の四十三第二項第五号 | 相当する金額 | 相当する金額並びに水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法施行令（平成二十一年政令第百八十三号）第七項（法人税に係る課税の特例）の規定により個別帰属損金額とされた水俣特別措置法第三十条第一項（法人税に係る課税の特例）の規定により当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額 |
| 租税特別措置法施行令第三十六条第五項 | 第百十二条第十項 | 第百十二条第十項並びに水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法（平成二十一年法律第八十一号。以下「水俣特別措置法」という。）第三十条第一項 |
| 租税特別措置法施行令第三十九条の三十一第四項及び第三十九条の三十二第一項 | 第百十二条第十項 | 第百十二条第十項並びに水俣特別措置法第三十条第一項 |
| 租税特別措置法施行令第三十九条の九十第六項 | 第六十二条の九第一項 | 第六十二条の九第一項並びに水俣特別措置法第三十条第一項 |
| 租税特別措置法施行令第三十九条の百二十五第二項及び第三十九条の百二十六第一項 | 第六十二条の五第二項及び第五項 | 第六十二条の五第二項及び第五項並びに水俣特別措置法第三十条第一項 |
| 同法第八十一条の十八第一項に規定する個別帰属損金額 | 法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別帰属損金額 |
特定事業者が第五項第二号に規定する連結事業年度において法第三十条第一項又は第三項の規定の適用を受けた場合において、当該特定事業者の法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、法第三十条第一項又は第三項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別帰属損金額に含まれるものとする。
附則
この政令は、公布の日から施行する。附則（平成二二年三月三一日政令第五一号）
（施行期日）
第一条 この政令は、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める日から施行する。
附則（平成二二年三月三一日政令第五八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十二年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
附則（令和二年六月二六日政令第二〇七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、令和四年四月一日から施行する。