研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律施行令（平成二十年政令第三百十四号）第二条第二項第二号及び第三号、第六条第四項第三号、第八条第五項（同令第十一条第三項において準用する場合を含む。）並びに第九条第五項（同令第十二条第三項において準用する場合を含む。）の規定に基づき、並びに研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律（平成二十年法律第六十三号）を実施するため、防衛省関係研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律施行規則を次のように定める。
第一条 科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律施行令（平成二十年政令第三百十四号。以下「令」という。）第二条第二項第二号の命令で定める部課等は、次の表の上欄に掲げる試験研究機関等の区分に応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる部課等とする。
２ 令第二条第二項第三号の命令で定める者は、次の表の上欄に掲げる試験研究機関等の区分に応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる者とする。
第二条 令第六条第四項第三号の命令で定める本邦法人又は外国法人等は、次の各号に掲げる本邦法人又は外国法人等とする。
一 発明者等が所属する本邦法人又は外国法人等（以下この条において「特定法人等」という。）により発行済株式の総数、出資口数の総数又は出資価額の総額（以下この条において「発行済株式の総数等」という。）の百分の五十を超える数又は額の株式又は出資を所有されている法人（以下この条において「特定子会社」という。）
二 特定法人等の発行済株式の総数等の百分の五十を超える数又は額の株式又は出資を所有する法人（以下この条において「特定親会社」という。）
三 法人で、特定法人等により所有されるその株式又は出資の数又は額と、当該特定法人等に係る特定子会社により所有されるその株式又は出資の数又は額に当該特定法人等の当該特定子会社に対する出資比率を乗じて計算した株式又は出資の数又は額とを合計した株式又は出資の数又は額の当該法人の発行済株式の総数等に占める割合が百分の五十を超えるもの
四 法人で、その所有する特定法人等の株式又は出資の数又は額と、当該法人に係る子会社（当該法人により発行済株式の総数等の百分の五十を超える数又は額の株式又は出資を所有されている会社をいう。）の所有する当該特定法人等の株式又は出資の数又は額に当該法人の当該子会社に対する出資比率を乗じて計算した株式又は出資の数又は額とを合計した株式又は出資の数又は額の当該特定法人等の発行済株式の総数等に占める割合が百分の五十を超えるもの
五 特定親会社により発行済株式の総数等の百分の五十を超える数又は額の株式又は出資を所有されている法人
六 特定法人等と、各当事者がそれぞれの保有する特許権等に係る特許発明又は登録実用新案の実施を他方の当事者に対して許諾する義務を定めた契約を締結している法人であって、令第六条第三項に掲げる特許権等が国と当該法人との共有に係る場合において、当該法人のその特許発明若しくは登録実用新案の実施について、国の持分に係る対価を受けず、若しくは時価よりも低い対価を受け、又は国有の当該特許権等について、当該法人に対し、通常実施権の許諾を無償とし、若しくはその許諾の対価を時価よりも低く定めることが、国際共同研究の円滑な推進に特に必要であると認められるもの
第三条 令別表第一の四の項から六の項までに掲げる機関（以下「研究所等」という。）の国有の試験研究施設の使用に関し令第八条第一項の認定を受けようとする者は、様式第一の申請書を、防衛大臣に提出しなければならない。 この場合において、防衛大臣は、当該申請書が真正であることを確認するための措置を講じるものとする。
２ 防衛大臣は、前項の申請書を受理した場合において、令第八条第一項の認定をしたときは、その申請をした者に様式第二の認定書を交付（電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録をいう。以下同じ。）については、当該電磁的記録に記録された情報の電磁的方法（電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法をいう。以下同じ。）による提供）するものとする。
第四条 研究所等の敷地内に整備する施設の用に供する土地の使用に関し令第九条第一項の認定を受けようとする者は、様式第三の申請書を、防衛大臣に提出しなければならない。 この場合において、防衛大臣は、当該申請書が真正であることを確認するための措置を講じるものとする。
２ 防衛大臣は、前項の申請書を受理した場合において、令第九条第一項の認定をしたときは、その申請をした者に様式第四の認定書を交付（電磁的記録については、当該電磁的記録に記録された情報の電磁的方法による提供）するものとする。
第五条 科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成二十年法律第六十三号。以下「法」という。）第三十七条第一項の規定による公示は、次に掲げる事項を官報に掲載して行うものとする。
一 法第三十七条第二項に規定する中核的研究機関（以下単に「中核的研究機関」という。）の名称
第六条 研究所等が中核的研究機関である場合において、当該中核的研究機関の国有の試験研究施設の使用に関し令第十一条第一項の認定を受けようとする者は、様式第五の申請書を、防衛大臣に提出しなければならない。 この場合において、防衛大臣は、当該申請書が真正であることを確認するための措置を講じるものとする。
２ 防衛大臣は、前項の申請書を受理した場合において、令第十一条第一項の認定をしたときは、その申請をした者に様式第六の認定書を交付（電磁的記録については、当該電磁的記録に記録された情報の電磁的方法による提供）するものとする。
第七条 研究所等が中核的研究機関である場合において、当該中核的研究機関の敷地内に整備する施設の用に供する土地の使用に関し令第十二条第一項の認定を受けようとする者は、様式第七の申請書を、防衛大臣に提出しなければならない。 この場合において、防衛大臣は、当該申請書が真正であることを確認するための措置を講じるものとする。
２ 防衛大臣は、前項の申請書を受理した場合において、令第十二条第一項の認定をしたときは、その申請をした者に様式第八の認定書を交付（電磁的記録については、当該電磁的記録に記録された情報の電磁的方法による提供）するものとする。