第一条 独立行政法人中小企業基盤整備機構（以下「機構」という。）の行う独立行政法人中小企業基盤整備機構法（以下「機構法」という。）第十八条第一項第二号に掲げる業務（以下「産業基盤整備業務」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十条第一項の中期計画の認可に係る申請の日。以下この条において同じ。）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他経済産業大臣及び財務大臣が定める財産とする。
（業務方法書の記載事項）第一条の二 産業基盤整備業務に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 機構法第十五条第一項第七号に規定する大学等における技術に関する研究成果の民間事業者への移転の促進に関する法律（平成十年法律第五十二号）第六条に規定する業務に関する事項
二 機構法第十五条第一項第八号に規定する中心市街地の活性化に関する法律（平成十年法律第九十二号）第五十二条第一項に規定する業務に関する事項
三 機構法第十五条第一項第九号に規定する中小企業等経営強化法（平成十一年法律第十八号）第十二条及び第二十五条に規定する業務に関する事項
四 機構法第十五条第一項第十号に規定する地域再生法（平成十七年法律第二十四号）第十七条の三に規定する業務に関する事項
五 機構法第十五条第一項第十四号に規定する産業競争力強化法（平成二十五年法律第九十八号）第十八条、第二十一条の五、第三十四条及び第五十一条に規定する業務に関する事項
六 機構法第十五条第一項第十五号に規定する農業競争力強化支援法（平成二十九年法律第三十五号）第二十四条に規定する業務に関する事項
七 機構法第十五条第一項第二十四号に規定する情報の収集、調査及び研究並びにその成果の普及に関する事項
八 業務委託の基準
九 競争入札その他契約に関する基本的事項
十 その他機構の産業基盤整備業務の執行に関して必要な事項
（監査報告の作成）第二条 産業基盤整備業務に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 機構の子法人（通則法第十九条第七項に規定する子法人をいう。以下同じ。）の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法（平成十七年法律第八十六号）第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事、機構の子法人の監査役その他これらの者に相当する者との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第二条の二 産業基盤整備業務に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、機構法及び独立行政法人中小企業基盤整備機構法施行令（以下「施行令」という。）の規定に基づき経済産業大臣及び財務大臣に提出する書類とする。
（中期計画の認可の申請）第三条 機構は、通則法第三十条第一項前段の規定により産業基盤整備業務に係る中期計画（以下この条、第四条第一項において単に「中期計画」という。）の認可を受けようとするときは、中期計画を記載した申請書を、当該中期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに（機構の最初の事業年度の属する中期計画については、機構の成立後遅滞なく）、経済産業大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十条第一項後段の規定により中期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を経済産業大臣及び財務大臣に提出しなければならない。 （中期計画の記載事項）第四条 産業基盤整備業務に係る通則法第三十条第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、機構法第十九条第一項の規定による積立金の処分に関する事項とする。
（年度計画の記載事項等）第五条 機構に係る通則法第三十一条第一項の年度計画（産業基盤整備業務に係る部分に限る。次項及び次条第一項において単に「年度計画」という。）には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を経済産業大臣及び財務大臣に提出しなければならない。 （業務実績等報告書）第六条 産業基盤整備業務に係る通則法第三十二条第二項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 機構は、前項に規定する報告書を経済産業大臣及び財務大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。 （会計の原則）第七条 通則法第三十七条の規定により定める機構の会計（産業基盤整備業務に係る部分に限る。）は、この省令の定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （収益の獲得が予定されない償却資産）第八条 経済産業大臣及び財務大臣は、機構が産業基盤整備業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第八条の二 経済産業大臣及び財務大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第八条の三 経済産業大臣及び財務大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（財務諸表）第九条 産業基盤整備業務に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第十条 産業基盤整備業務に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 機構の目的及び業務内容
二 国の政策における機構の位置付け及び役割
三 中期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 機構に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）第十一条 産業基盤整備業務に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）第十一条の二 産業基盤整備業務に係る通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員（監事を除く。）及び職員
二 機構の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び第四項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等をすべての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第十二条 機構は通則法第四十五条第一項ただし書の規定により産業基盤整備業務に係る短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により産業基盤整備業務に係る短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を経済産業大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（立入検査の身分証明書）第十三条 産業基盤整備業務に係る通則法第六十四条第二項の証明書は、別記様式第一による。
（金融機関等への業務の委託に係る認可の申請）第十四条 機構は、機構法第十七条第一項の規定により産業基盤整備業務に係る業務の委託の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した認可申請書を経済産業大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一 委託しようとする業務の内容
二 委託しようとする相手方の名称及び主たる事務所の所在地
三 委託することを適当とする理由
四 その他必要な事項
（第一種信用基金の増減）第十五条 機構法第二十条第一項の第一種信用基金は、毎事業年度、機構法第十五条第一項第八号及び附則第八条の三第二号の規定による保証に係る債務の履行として当該事業年度に支払った金額を減じ、当該事業年度における債務保証料、当該保証債務の履行により取得した求償権に基づいて当該事業年度に取得した金額及び当該事業年度における運用収入の金額の全部又は一部を加えることにより、損益計算を行い、その損益計算上生じた利益又は損失の額により、増加し、又は減少するものとする。
（第二種信用基金の増減）第十六条 機構法第二十一条第一項の第二種信用基金は、毎事業年度、機構法第十五条第一項第七号、第九号、第十号、第十四号及び第十五号並びに附則第七条、附則第八条の三第一号及び第三号、附則第八条の五第一号及び第四号、附則第八条の七並びに附則第八条の九第一号から第三号までの規定による保証に係る債務の履行として当該事業年度に支払った金額を減じ、当該事業年度における債務保証料、当該保証債務の履行により取得した求償権に基づいて当該事業年度に取得した金額及び当該事業年度における運用収入の金額の全部又は一部を加えることにより、損益計算を行い、その損益計算上生じた利益又は損失の額により、増加し、又は減少するものとする。
（立入検査の身分証明書）第十七条 産業基盤整備業務に係る機構法第二十六条第二項の証明書は、別記様式第二による。
（積立金の処分に係る申請の添付書類）第十八条 施行令第五条第二項に規定する経済産業省令・財務省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一 当該中期目標の期間の最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表
二 当該中期目標の期間の最後の事業年度の損益計算書
三 承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、機構の成立の日から施行する。
（業務方法書の記載事項に関する経過措置）
第二条 機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、第一条の二各号に掲げるもののほか、機構が次の各号に掲げる業務を行う場合には、当該各号に掲げる業務に関する事項とする。
（業務方法書の記載事項等の特例）
第三条 前条各号に掲げる業務が行われる場合には、第一条から第八条まで、第九条から第十一条の二まで、第十四条及び第十七条中「産業基盤整備業務」とあるのは、「産業基盤整備業務並びに機構法附則第七条、第八条の三、第八条の五、第八条の七及び第八条の九に規定する業務」とする。
（償却資産の承継）
第四条 機構の成立の際中小企業総合事業団法及び機械類信用保険法の廃止等に関する法律（平成十四年法律第百四十六号）附則第四条第一項の規定により機構が産業基盤整備基金から承継した償却資産のうち、機構法第十八条第一項第二号に掲げる業務に係る勘定に属するものであって、産業基盤整備基金が補助金、交付金及び寄付金以外の資金を原資として取得したものについては、第八条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
（産業基盤整備基金に関する省令等の廃止）
第五条 次に掲げる省令は、廃止する。
附則（平成一七年四月一三日財務省・経済産業省令第三号）
この省令は、中小企業経営革新支援法の一部を改正する法律の施行の日から施行する。附則（平成一八年五月二六日財務省・経済産業省令第五号）
この省令は、民間事業者の能力の活用による特定施設の整備の促進に関する臨時措置法及び輸入の促進及び対内投資事業の円滑化に関する臨時措置法を廃止する法律の施行の日（平成十八年五月二十九日）から施行する。附則（平成一八年八月一八日財務省・経済産業省令第六号）
この省令は、中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律の一部を改正する等の法律の施行の日（平成十八年八月二十二日）から施行する。附則（平成一九年六月一一日財務省・経済産業省令第三号）
この省令は、企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律の施行の日（平成十九年六月十一日）から施行する。附則（平成一九年八月三日財務省・経済産業省令第四号）
この省令は、産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律の施行の日（平成十九年八月六日）から施行する。附則（平成二一年六月二二日財務省・経済産業省令第三号）
この省令は、我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十一年六月二十二日）から施行する。附則（平成二一年七月三一日財務省・経済産業省令第五号）
この省令は、商店街の活性化のための地域住民の需要に応じた事業活動の促進に関する法律の施行の日（平成二十一年八月一日）から施行する。附則（平成二二年一一月二六日財務省・経済産業省令第三号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二三年五月二日財務省・経済産業省令第二号）
この省令は、東日本大震災に対処するための特別の財政援助及び助成に関する法律（平成二十三年法律第四十号）の施行の日から施行する。附則（平成二三年八月一日財務省・経済産業省令第三号）
この省令は、総合特別区域法の施行の日（平成二十三年八月一日）から施行する。附則（平成二五年九月一九日財務省・経済産業省令第一号）
この省令は、小規模企業の事業活動の活性化のための中小企業基本法等の一部を改正する等の法律の施行の日（平成二十五年九月二十日）から施行する。附則（平成二六年一月一七日財務省・経済産業省令第一号）
この省令は、産業競争力強化法の施行の日（平成二十六年一月二十日）から施行する。附則（平成二六年七月二日財務省・経済産業省令第二号）
この省令は、中心市街地の活性化に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成二十六年七月三日）から施行する。附則（平成二六年九月二六日財務省・経済産業省令第三号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二七年四月一日財務省・経済産業省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号。以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（業務実績等報告書に係る経過措置）
第二条 改正法附則第八条第一項の規定により旧中期目標が新中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の独立行政法人中小企業基盤整備機構の産業基盤整備業務に係る業務運営、財務及び会計に関する省令（平成十六年財務省・経済産業省令第二号。以下「新令」という。）第六条の規定の適用については、同条の表中「通則法第二十九条第二項第二号に」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第二十九条第二項第二号から第五号」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から第五号」と読み替える。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第三条 新令第十条第三項の規定は、改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成二七年八月七日財務省・経済産業省令第四号）
この省令は、地域再生法の一部を改正する法律（平成二十七年法律第四十九号）の施行の日（平成二十七年八月十日）から施行する。附則（平成二七年八月一〇日財務省・経済産業省令第五号）
この省令は、官公需についての中小企業者の受注の確保に関する法律等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第五十七号）の施行の日（平成二十七年八月十日）から施行する。附則（平成二八年三月二五日財務省・経済産業省令第二号）
この省令は、中小企業の経営の承継の円滑化に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十八年四月一日）から施行する。附則（平成二八年六月三〇日財務省・経済産業省令第三号）
この省令は、中小企業の新たな事業活動の促進に関する法律の一部を改正する法律の施行の日から施行する。附則（平成二九年七月三一日財務省・経済産業省令第一号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二九年八月一日財務省・経済産業省令第二号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成三〇年六月五日財務省・経済産業省令第一号）
この省令は、生産性向上特別措置法の施行の日（平成三十年六月六日）から施行する。附則（平成三〇年七月六日財務省・経済産業省令第二号）
この省令は、産業競争力強化法等の一部を改正する法律の施行の日（平成三十年七月九日）から施行する。附則（平成三一年四月一日財務省・経済産業省令第一号）
この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。 この省令による改正後の独立行政法人中小企業基盤整備機構の産業基盤整備業務に係る業務運営、財務及び会計に関する省令第九条及び第十条の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表（独立行政法人通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下この項において同じ。）及び事業報告書（同条第二項に規定する事業報告書をいう。以下この項において同じ。）から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。附則（令和元年五月三一日財務省・経済産業省令第一号）
この省令は、令和元年六月一日から施行する。 独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）附則第八条第一項の規定により旧中期目標が新中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の独立行政法人中小企業基盤整備機構の産業基盤整備業務に係る業務運営、財務及び会計に関する省令（平成十六年財務省、経済産業省令第二号）第六条の規定の適用については、同条の表中「通則法第二十九条第二項第二号に」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第二十九条第二項第二号から第五号」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から第五号」と読み替える。附則（令和元年七月一二日財務省・経済産業省令第四号）
この省令は、中小企業の事業活動の継続に資するための中小企業等経営強化法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月十六日）から施行する。附則（令和二年五月二九日財務省・経済産業省令第二号）
この省令は、令和二年六月一日から施行する。 この省令による改正後の独立行政法人中小企業基盤整備機構の産業基盤整備業務に係る業務運営、財務及び会計に関する省令第九条の規定及び独立行政法人中小企業基盤整備機構の産業基盤整備業務に係る業務運営、財務及び会計に関する省令第十一条の二を削る改正規定は、令和二年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下この項において同じ。）及び独立行政法人中小企業基盤整備機構に係る独立行政法人通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類（以下この項において「財務諸表等」という。）について適用し、同日前に開始した事業年度に係る財務諸表等については、なお従前の例による。附則（令和二年九月一六日財務省・経済産業省令第六号）
この省令は、中小企業の事業承継の促進のための中小企業における経営の承継の円滑化に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（令和二年十月一日）から施行する。附則（令和三年六月一六日財務省・経済産業省令第三号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和三年七月三〇日財務省・経済産業省令第四号）
この省令は、産業競争力強化法等の一部を改正する等の法律の施行の日（令和三年八月二日）から施行する。附則（令和四年二月一五日財務省・経済産業省令第一号）
この省令は、令和四年二月十五日から施行する。別記様式第一
（第１３条関係）[PDF]
別記様式第二
（第１７条関係）[PDF]