第一条 独立行政法人水資源機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十条第一項の中期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他国土交通大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）第二条 機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第三条 機構に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人水資源機構法（以下「機構法」という。）及び独立行政法人水資源機構法施行令（平成十五年政令第三百二十九号）の規定に基づき農林水産大臣、経済産業大臣又は国土交通大臣に提出する書類とする。
（会計の原則）第四条 機構の会計については、この省令の定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （区分経理）第五条 機構は、機構法第十二条（同条第一項第一号及び第二号イを除く。）の業務で次に掲げる施設に関するものに係る経理については、それぞれその他の業務に係る経理と区分し、勘定を設けて整理しなければならない。
一 木曽川水系に係る愛知豊川用水施設（次項において「愛知用水施設」という。）
二 豊川水系に係る愛知豊川用水施設（次項において「豊川用水施設」という。）
２ 機構は、愛知用水施設又は豊川用水施設と一体的な管理を行うことが適当であると認められる水資源開発施設の管理に係る経理については、当該愛知用水施設又は豊川用水施設に係る前項に規定する勘定において一括して整理することができる。 （補助金等の会計処理）第六条 機構は、機構法第十二条第一項第一号から第三号までの業務の実施に際し、機構法第二十一条第一項及び第二十二条第一項の交付金、機構法第二十三条、第二十五条各項、第二十六条第一項及び第二十七条の負担金並びに機構法第三十五条の補助金（以下この条において「補助金等」という。）をそれらの業務の財源の全部又は一部に充てたときは、当該業務により生じた施設その他の固定資産（独立行政法人会計基準において建設仮勘定に属する資産を除く。）の価額のうち当該補助金等の額に相当する額を資産の部に固定資産として計上するとともに、その額と同額を負債の部に資産見返負債として計上するものとする。
２ 機構は、機構法第十二条第一項第一号から第三号までの業務の実施に際し、機構法第三十一条第一項の規定により国土交通大臣の承認を受けた金額をそれらの業務の財源の全部又は一部に充てたときは、当該業務により生じた施設その他の固定資産の価額のうち当該承認を受けた金額に相当する額を資産の部に固定資産として計上するとともに、その額と同額を負債の部に資産見返負債として計上するものとする。 （収益の獲得が予定されない償却資産）第七条 国土交通大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第八条 国土交通大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第九条 国土交通大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（財務諸表）第十条 機構に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に掲げる行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第十一条 機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 機構の目的及び業務内容
二 国の政策における機構の位置付け及び役割
三 中期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 機構に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）第十二条 機構に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）第十三条 通則法第三十九条第一項後段の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見がある場合は、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第十四条 機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払いの方法及び期限
七 その他必要な事項
（長期借入金の認可の申請）第十五条 機構は、機構法第三十二条第一項の規定により長期借入金の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払いの方法及び期限
七 その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）第十六条 機構は、機構法第三十四条の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後遅滞なく、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二 水資源債券の総額及び当該事業年度において発行するものの引受けの見込み
三 長期借入金及び水資源債券の償還の方法及び期限
四 その他必要な事項
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）第十七条 機構に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、次に掲げる財産以外の財産であって、その取得価額が三千万円以上のものとする。
一 機構法第十二条第一項第一号の施設の新築若しくは改築、同項第二号の施設の災害復旧工事又は同項第四号の規定による特定河川工事に伴い譲渡する財産
二 機構法第十二条第一項第一号の施設の新築若しくは改築、同項第二号の施設の災害復旧工事又は同項第四号の規定による特定河川工事の完了によりその用途を終え譲渡する財産
三 機構法第十九条の五の規定により譲渡する財産
（重要な財産の処分等の認可の申請）第十八条 機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（内部組織）第十九条 機構に係る通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として国土交通大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。同項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として国土交通大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （管理又は監督の地位）第二十条 機構に係る通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして国土交通大臣が定めるものとする。
（積立金の処分に係る申請の添付書類）第二十一条 独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（以下この条において「令」という。）第二十一条第二項に規定する添付書類は、次に掲げるものとする。
一 令第二十一条第一項の期間最後の事業年度（以下単に「期間最後の事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表
二 期間最後の事業年度の損益計算書
三 期間最後の事業年度の事業年度末の利益の処分に関する書類
四 承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
（延滞金の免除）第二十二条 機構法第二十八条第五項ただし書の国土交通省令で定める場合は、次のとおりとする。
一 負担金の額が千円未満であるとき。
二 延滞金の額が百円未満であるとき。
三 災害その他負担金を納期限までに納付しないことにつきやむを得ない事情があると認められるとき。
（機構法第三十一条第二項の国土交通省令で定める金額）第二十三条 機構法第三十一条第二項の国土交通省令で定める額は、通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間における機構法第十二条第一項第二号ハ及び第五号、第二項並びに第三項の業務に係る収益の合計額から当該業務に要する費用の合計額を差し引いた金額とする。
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（補助金等の会計処理の特例等）
第二条 機構法附則第四条第一項の規定により機構が同項に規定する業務を行う場合には、第六条中「機構法第十二条第一項第一号から第三号まで」とあるのは「機構法第十二条第一項第一号から第三号まで及び機構法附則第四条第一項」と、第十七条第一号及び第二号中「機構法第十二条第一項第一号の施設の新築若しくは改築又は同項第二号の施設の災害復旧工事」とあるのは「機構法第十二条第一項第一号の施設の新築若しくは改築若しくは同項第二号の施設の災害復旧工事又は機構法附則第四条第一項に規定する業務」とする。
（水資源開発公団の財務及び会計に関する省令の廃止）
第三条 水資源開発公団の財務及び会計に関する省令（昭和三十七年総理府令第六十五号）は、廃止する。
附則（平成一六年三月三一日国土交通省令第三三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行し、改正後の独立行政法人水資源機構の財務及び会計に関する省令及び次条の規定は、平成十五年十月一日から適用する。
（償却資産の指定の特例）
第二条 独立行政法人水資源機構の成立の際、独立行政法人水資源機構法（平成十四年法律第百八十二号）附則第二条第一項の規定により独立行政法人水資源機構が水資源開発公団から承継した償却資産のうち同法第二条第二項に規定する水資源開発施設及び同条第三項に規定する愛知豊川用水施設（これらに附帯する施設を含む。）に係るもの以外のものについては、独立行政法人水資源機構の財務及び会計に関する省令第三条の二第一項の指定を受けたものとみなす。
附則（平成二二年一一月二六日国土交通省令第五五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附則（平成二四年三月一四日国土交通省令第一六号）
この省令は、公布の日から施行し、平成二十三年四月一日に始まる事業年度の決算から適用する。附則（平成二七年三月三一日国土交通省令第一九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第四条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成二九年六月一四日国土交通省令第三六号）
この省令は、水防法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十九年六月十九日）から施行する。附則（平成三〇年八月二四日国土交通省令第六四号）
この省令は、海外社会資本事業への我が国事業者の参入の促進に関する法律の施行の日（平成三十年八月三十一日）から施行する。附則（平成三一年三月二九日国土交通省令第二九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の規定の平成三十一年四月一日前に開始する事業年度における適用については、なお従前の例による。