第一条 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）の行う国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号。以下「研究機構法」という。）第十四条第一項第五号及び第六号（第五号に掲げる業務に係る部分に限る。）に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務（以下「基礎的研究業務」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項の主務省令で定める重要な財産は、その保有するこれらの業務に係る財産であって、その通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項又は第四十六条の三第一項の認可に係る申請の日（通則法第四十六条の二第一項ただし書若しくは第二項ただし書又は第四十六条の三第一項ただし書に規定する場合にあっては、当該財産の処分に関する計画についての通則法第三十五条の五第一項の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二又は第四十六条の三の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他農林水産大臣及び財務大臣が定める財産とする。
（企業会計原則）第二条 基礎的研究業務に係る会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （勘定区分等）第三条 研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合において、一の勘定において整理すべき事項が他の勘定において整理すべき事項と共通の事項であるため当該一の勘定に係る部分を区分して整理することが困難なときは、当該事項については、研究機構が農林水産大臣及び財務大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して整理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより整理することができる。
（償却資産の指定等）第四条 農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が基礎的研究業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第五条 農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う基礎的研究業務に係る不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第六条 農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が基礎的研究業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）第七条 基礎的研究業務に係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第八条 基礎的研究業務に係る通則法第三十八条第二項の規定による事業報告書の作成については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 研究機構の目的及び業務内容
二 国の政策における研究機構の位置付け及び役割
三 中長期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中長期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表（通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 研究機構に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）第九条 基礎的研究業務に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）第十条 基礎的研究業務に係る通則法第三十九条第一項の規定による会計監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 研究機構の役員（監事を除く。）及び職員
二 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に掲げる追記情報とは、次に掲げる事項その他の事項のうち会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項をいう。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（借入金の認可の申請）第十一条 研究機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により基礎的研究業務に係る短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により基礎的研究業務に係る短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）第十二条 研究機構は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、基礎的研究業務に係る民間等出資に係る不要財産（同項に規定する民間等出資に係る不要財産をいう。以下同じ。）について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一 民間等出資に係る不要財産の内容
二 不要財産であると認められる理由
三 当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四 当該不要財産の取得に係る出資の内容（出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合を含む。）
五 催告の内容
六 当該不要財産により払戻しをする場合には、当該不要財産の評価額
七 通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合には、当該不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八 前号の場合における譲渡の方法
九 第七号の場合における譲渡の予定時期
十 その他必要な事項
２ 農林水産大臣及び財務大臣は、前項の規定による申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の規定による認可をしたときは、次に掲げる事項を研究機構に通知するものとする。一 通則法第四十六条の三第一項の規定により当該不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分
二 通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中長期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）第十三条 研究機構は、通則法第四十四条第三項に規定する中長期計画において通則法第三十五条の五第二項第五号の計画を定めた場合において、通則法第四十六条の三第一項の規定により、基礎的研究業務に係る民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第一項各号に掲げる事項を農林水産大臣及び財務大臣に通知しなければならない。
２ 農林水産大臣及び財務大臣は、前項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。 （催告の方法）第十四条 基礎的研究業務に係る通則法第四十六条の三第一項の主務省令で定める催告の方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）による提供とする。
一 民間等出資に係る不要財産の内容
二 通則法第四十六条の三第一項の規定に基づき当該不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三 通則法第四十六条の三第一項の規定による払戻しについて、次に掲げる方法のうちいずれの方法によるかの別 イ 当該不要財産の払戻しをすること。
ロ 通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをすること。
四 当該払戻しを行う予定時期
五 第三号ロの方法による払戻しの場合における当該払戻しの見込額
２ 前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が同項第三号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。 （民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）第十五条 研究機構は、通則法第四十六条の三第三項の規定により基礎的研究業務に係る民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を農林水産大臣及び財務大臣に提出するものとする。
一 当該不要財産の内容
二 譲渡によって得られた収入の額
三 譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四 譲渡した時期
五 通則法第四十六条の三第二項の規定により払戻しを請求された持分の額
２ 前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。 ３ 農林水産大臣及び財務大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち同条第三項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分を含む。）を研究機構に通知するものとする。 ４ 研究機構は、前項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により農林水産大臣及び財務大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。 （資本金の減少の報告）第十六条 研究機構は、通則法第四十六条の三第四項の規定により基礎的研究業務に係る資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を農林水産大臣及び財務大臣に報告するものとする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）第十七条 基礎的研究業務に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物並びに農林水産大臣及び財務大臣が指定するその他の財産とする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）第十八条 研究機構は、通則法第四十八条の規定により基礎的研究業務に係る重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一 処分等の種類並びに当該処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 研究機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）第十九条 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法施行令（平成十五年政令第三百八十九号。以下「施行令」という。）第二条第二項の農林水産省令・財務省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一 施行令第二条第一項に規定する期間最後の事業年度（次号において「期間最後の事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表
二 期間最後の事業年度の損益計算書
三 承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
附則
この省令は、平成十五年十月一日から施行する。 独立行政法人農業技術研究機構法の一部を改正する法律（平成十四年法律第百二十九号。以下「改正法」という。）附則第四条第一項の規定により生物系特定産業技術研究推進機構から研究機構が承継する民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る資産のうち償却資産については、第三条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。 改正法附則第四条第一項の規定により解散した生物系特定産業技術研究推進機構の生物系特定産業技術研究推進機構の事業計画書に記載すべき事項を定める省令等を廃止する省令（平成十五年財務省・農林水産省令第一号）の規定による廃止前の生物系特定産業技術研究推進機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令（昭和六十一年大蔵省・農林水産省令第四号。以下「旧省令」という。）第一条に規定する民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る勘定（以下「旧勘定」という。）に属する資産及び負債の研究機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る勘定（以下「新勘定」という。）への帰属については、改正法の施行時において、旧省令第十八条の会計規程で規定する旧勘定の各勘定科目に属する資産及び負債をそれぞれ相当する通則法第四十九条の会計規程で規定する新勘定の各勘定科目に帰属させるものとする。附則（平成一五年一〇月二四日財務省・農林水産省令第六号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一八年三月三一日財務省・農林水産省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
（特例業務に関する独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令の規定の準用）
第三条 第二条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第一条、第二条、第五条、第七条から第九条まで及び第十七条の規定は、研究機構の行う整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務について準用する。
（勘定区分等の特例）
第四条 整備法附則第十三条第四項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合には、第二条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第三条中「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合」とあるのは、「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号）附則第十三条第四項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合」とする。
（償還計画の認可の申請に関する経過措置）
第五条 整備法の施行の日前に整備法第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法第十六条第一項の規定により独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金の償還計画の認可の申請については、第二条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令第七条の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条中「研究機構法第十七条第一項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号）附則第十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法第十七条第一項」と、同条第一号中「当該事業年度における借入見込額並びにその借入先」を「その借入先」とする。
附則（平成一九年三月二六日財務省・農林水産省令第一号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二二年一一月二六日財務省・農林水産省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附則（平成二七年三月二七日財務省・農林水産省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（事業報告書に関する経過措置）
第三条 第二条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第八条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成二八年三月三〇日財務省・農林水産省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（勘定区分等の特例）
第三条 研究機構が整備法附則第六条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合には、第二条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令（以下「新財務会計省令」という。）第三条中「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合」とあるのは、「研究機構法第十五条の規定により経理を区分して整理する場合及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）附則第六条第二項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合」とする。
（特例業務に関する国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令の規定の準用）
第四条 新財務会計省令の規定（前条の規定により読み替えて適用する新財務会計省令第三条の規定を含む。）は、研究機構の行う特例業務について準用する。
附則（平成三一年一月一七日財務省・農林水産省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律（平成三十年法律第九十四号）の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
（経過措置）
第二条 第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令第一条第一号（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条第一項第六号に掲げる業務に係る部分に限る。）の規定は、この省令の施行の日から起算して六月間は、適用しない。
附則（平成三一年三月二九日財務省・農林水産省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。