第一条 この法律は、自然再生についての基本理念を定め、及び実施者等の責務を明らかにするとともに、自然再生基本方針の策定その他の自然再生を推進するために必要な事項を定めることにより、自然再生に関する施策を総合的に推進し、もって生物の多様性の確保を通じて自然と共生する社会の実現を図り、あわせて地球環境の保全に寄与することを目的とする。
（定義）第二条 この法律において「自然再生」とは、過去に損なわれた生態系その他の自然環境を取り戻すことを目的として、関係行政機関、関係地方公共団体、地域住民、特定非営利活動法人（特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第二項に規定する特定非営利活動法人をいう。以下同じ。）、自然環境に関し専門的知識を有する者等の地域の多様な主体が参加して、河川、湿原、干潟、藻場、里山、里地、森林その他の自然環境を保全し、再生し、若しくは創出し、又はその状態を維持管理することをいう。
２ この法律において「自然再生事業」とは、自然再生を目的として実施される事業をいう。 ３ この法律において「土地の所有者等」とは、土地若しくは木竹の所有者又は土地若しくは木竹の使用及び収益を目的とする権利、漁業権若しくは入漁権（臨時設備その他一時使用のため設定されたことが明らかなものを除く。）を有する者をいう。 （基本理念）第三条 自然再生は、健全で恵み豊かな自然が将来の世代にわたって維持されるとともに、生物の多様性の確保を通じて自然と共生する社会の実現を図り、あわせて地球環境の保全に寄与することを旨として適切に行われなければならない。
２ 自然再生は、関係行政機関、関係地方公共団体、地域住民、特定非営利活動法人、自然環境に関し専門的知識を有する者等の地域の多様な主体が連携するとともに、透明性を確保しつつ、自主的かつ積極的に取り組んで実施されなければならない。 ３ 自然再生は、地域における自然環境の特性、自然の復元力及び生態系の微妙な均衡を踏まえて、かつ、科学的知見に基づいて実施されなければならない。 ４ 自然再生事業は、自然再生事業の着手後においても自然再生の状況を監視し、その監視の結果に科学的な評価を加え、これを当該自然再生事業に反映させる方法により実施されなければならない。 ５ 自然再生事業の実施に当たっては、自然環境の保全に関する学習（以下「自然環境学習」という。）の重要性にかんがみ、自然環境学習の場として活用が図られるよう配慮されなければならない。 （国及び地方公共団体の責務）第四条 国及び地方公共団体は、地域住民、特定非営利活動法人その他の民間の団体等が実施する自然再生事業について、必要な協力をするよう努めなければならない。
（実施者の責務）第五条 この法律に基づいて自然再生事業を実施しようとする者（河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）、港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）その他の法律の規定に基づき自然再生事業の対象となる区域の一部又は全部を管理する者からの委託を受けて自然再生事業を実施しようとする者を含む。以下「実施者」という。）は、基本理念にのっとり、自然再生事業の実施に主体的に取り組むよう努めなければならない。
（他の公益との調整）第六条 自然再生は、国土の保全その他の公益との調整に留意して実施されなければならない。
（自然再生基本方針）第七条 政府は、自然再生に関する施策を総合的に推進するための基本方針（以下「自然再生基本方針」という。）を定めなければならない。
２ 自然再生基本方針には、次の事項を定めるものとする。一 自然再生の推進に関する基本的方向
二 次条第一項に規定する協議会に関する基本的事項
三 次条第二項第一号の自然再生全体構想及び第九条第一項に規定する自然再生事業実施計画の作成に関する基本的事項
四 自然再生に関して行われる自然環境学習の推進に関する基本的事項
五 その他自然再生の推進に関する重要事項
３ 環境大臣は、あらかじめ農林水産大臣及び国土交通大臣と協議して自然再生基本方針の案を作成し、閣議の決定を求めなければならない。 ４ 環境大臣は、自然再生基本方針の案を作成しようとするときは、あらかじめ、広く一般の意見を聴かなければならない。 ５ 環境大臣は、第三項の規定による閣議の決定があったときは、遅滞なく、自然再生基本方針を公表しなければならない。 ６ 自然再生基本方針は、自然再生事業の進捗状況等を踏まえ、おおむね五年ごとに見直しを行うものとする。 ７ 第三項から第五項までの規定は、自然再生基本方針の変更について準用する。 （自然再生協議会）第八条 実施者は、次項に規定する事務を行うため、当該実施者のほか、地域住民、特定非営利活動法人、自然環境に関し専門的知識を有する者、土地の所有者等その他の当該実施者が実施しようとする自然再生事業又はこれに関連する自然再生に関する活動に参加しようとする者並びに関係地方公共団体及び関係行政機関からなる自然再生協議会（以下「協議会」という。）を組織するものとする。
２ 協議会は、次の事務を行うものとする。一 自然再生全体構想を作成すること。
二 次条第一項に規定する自然再生事業実施計画の案について協議すること。
三 自然再生事業の実施に係る連絡調整を行うこと。
３ 前項第一号の自然再生全体構想（以下「自然再生全体構想」という。）は、自然再生基本方針に即して、次の事項を定めるものとする。一 自然再生の対象となる区域
二 自然再生の目標
三 協議会に参加する者の名称又は氏名及びその役割分担
四 その他自然再生の推進に必要な事項
４ 協議会の組織及び運営に関して必要な事項は、協議会が定める。 ５ 協議会の構成員は、相協力して、自然再生の推進に努めなければならない。 （自然再生事業実施計画）第九条 実施者は、自然再生基本方針に基づき、自然再生事業の実施に関する計画（以下「自然再生事業実施計画」という。）を作成しなければならない。
２ 自然再生事業実施計画には、次の事項を定めるものとする。一 実施者の名称又は氏名及び実施者の属する協議会の名称
二 自然再生事業の対象となる区域及びその内容
三 自然再生事業の対象となる区域の周辺地域の自然環境との関係並びに自然環境の保全上の意義及び効果
四 その他自然再生事業の実施に関し必要な事項
３ 実施者は、自然再生事業実施計画を作成しようとするときは、あらかじめ、その案について協議会において十分に協議するとともに、その協議の結果に基づいて作成しなければならない。 ４ 自然再生事業実施計画は、自然再生全体構想と整合性のとれたものでなければならない。 ５ 実施者は、自然再生事業実施計画を作成したときは、主務省令で定めるところにより、遅滞なく、主務大臣及び当該自然再生事業実施計画に係る自然再生事業の対象となる区域の所在地を管轄する都道府県知事に、当該自然再生事業実施計画の写し（当該自然再生事業実施計画の添付書類の写しを含む。以下同じ。）及び当該自然再生事業実施計画に係る自然再生全体構想の写し（当該自然再生全体構想の添付書類の写しを含む。以下同じ。）を送付しなければならない。 ６ 主務大臣及び都道府県知事は、前項の規定により自然再生事業実施計画の写し及び自然再生全体構想の写しの送付を受けたときは、実施者に対し、当該自然再生事業実施計画に関し必要な助言をすることができる。 ７ 第三項から前項までの規定は、自然再生事業実施計画の変更について準用する。 （維持管理に関する協定）第十条 自然再生事業の対象区域の全部又は一部について自然再生に係る維持管理を実施しようとする実施者は、当該区域の土地の所有者等と協定を締結して、その維持管理を行うことができる。
（実施者の相談に応じる体制の整備）第十一条 主務大臣は、実施者の相談に的確に応じることができるよう必要な体制の整備を図るものとする。
（自然再生事業の実施についての配慮）第十二条 国の行政機関及び関係地方公共団体の長は、自然再生事業実施計画に基づく自然再生事業の実施のため法令の規定による許可その他の処分を求められたときは、当該自然再生事業が円滑かつ迅速に実施されるよう、適切な配慮をするものとする。
（自然再生事業の進捗状況等の公表）第十三条 主務大臣は、毎年、自然再生事業の進捗状況を公表しなければならない。
２ 主務大臣は、第九条第五項（同条第七項において準用する場合を含む。）の規定により自然再生事業実施計画の写し及び自然再生全体構想の写しの送付を受けたときは、これを公表しなければならない。 （自然再生事業実施計画の進捗状況の報告）第十四条 主務大臣は、主務省令で定めるところにより、自然再生事業実施計画に基づき自然再生事業を実施する者に対し、当該自然再生事業実施計画の進捗状況について報告を求めることができる。
（財政上の措置等）第十五条 国及び地方公共団体は、自然再生を推進するために必要な財政上の措置その他の措置を講ずるよう努めるものとする。
（自然再生に関するその他の措置）第十六条 国及び地方公共団体は、自然再生に関して行われる自然環境学習の振興及び自然再生に関する広報活動の充実のために必要な措置を講ずるものとする。
２ 国及び地方公共団体は、地域住民、特定非営利活動法人、自然環境に関し専門的知識を有する者等が行う自然再生に関する活動の促進に資するため、自然再生に関する情報を適切に提供するよう努めるものとする。 ３ 国及び地方公共団体は、自然再生に関する研究開発の推進、その成果の普及その他の自然再生に関する科学技術の振興を図るものとする。 ４ 国及び地方公共団体は、自然再生事業の実施に関連して、地域の環境と調和のとれた農林水産業の推進を図るものとする。 （自然再生推進会議）第十七条 政府は、環境省、農林水産省、国土交通省その他の関係行政機関の職員をもって構成する自然再生推進会議を設け、自然再生の総合的、効果的かつ効率的な推進を図るための連絡調整を行うものとする。
２ 環境省、農林水産省及び国土交通省は、自然環境に関し専門的知識を有する者によって構成する自然再生専門家会議を設け、前項の連絡調整を行うに際しては、その意見を聴くものとする。 （主務大臣等）第十八条 この法律における主務大臣は、環境大臣、農林水産大臣及び国土交通大臣とする。
２ この法律における主務省令は、環境大臣、農林水産大臣及び国土交通大臣の発する命令とする。