海難審判法（昭和二十二年法律第百三十五号）第九条第四項及び第十四条の二第三項並びに国家行政組織法（昭和二十三年法律第百二十号）第七条第六項及び第二十一条第五項の規定に基づき、並びに海難審判法を実施するため、海難審判庁組織規則（昭和二十七年運輸省令第七十五号）の全部を改正するこの命令を制定する。
（海難審判所の位置）第一条 海難審判所は、東京都に置く。
（首席審判官）第二条 海難審判所に、首席審判官一人を置き、審判官をもって充てる。
２ 首席審判官は、審判官が行う審判に関する事務を統括する。 （首席理事官）第三条 海難審判所に、首席理事官一人を置き、理事官をもって充てる。
２ 首席理事官は、理事官が行う審判の請求及びこれに係る海難の調査並びに裁決の執行に関する事務を統括する。 （海難審判所に置く課）第四条 海難審判所に、総務課及び書記課を置く。
（総務課の所掌事務）第五条 総務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 機密に関すること。
二 海難審判所の職員の任免、給与、懲戒、服務その他の人事並びに教養及び訓練に関すること。
三 所長の官印及び所印の保管に関すること。
四 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
五 法令案その他の公文書類の審査及び進達に関すること。
六 海難審判所の保有する情報の公開に関すること。
七 海難審判所の保有する個人情報の保護に関すること。
八 海難審判所の所掌事務に関する総合調整に関すること。
九 海難審判所の行政の考査に関すること。
十 広報に関すること。
十一 海難審判所の機構及び定員に関すること。
十二 海難審判所の所掌に係る経費及び収入の予算、決算及び会計並びに会計の監査に関すること。
十三 海難審判所所属の行政財産及び物品の管理に関すること。
十四 海難審判所の職員の衛生、医療その他の福利厚生に関すること。
十五 前各号に掲げるもののほか、海難審判所の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（書記課の所掌事務）第六条 書記課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 海事補佐人の登録に関すること。
二 海難審判事件に関する書類の整理に関すること。
三 海難審判事件に関する証拠に関すること。
四 地方海難審判所における海難審判事務の共助に関すること。
五 海難及び海難審判事務に関する調査に関すること。
六 審判の請求に係る海難の調査その他の理事官の業務の補助に関すること。
（地方海難審判所）第七条 地方海難審判所の名称、位置、管轄区域及び海難審判法第十六条第三項の規定による事件の管轄は、別表のとおりとする。
２ 地方海難審判所の長は、地方海難審判所長とし、審判官をもって充てる。 （書記官）第八条 地方海難審判所に、書記官一人を置く。
（書記官の職務）第九条 書記官は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 地方海難審判所長の官印及び所印の保管に関すること。
二 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
三 広報に関すること。
四 海難審判事件に関する書類の整理に関すること。
五 海難審判事件に関する証拠に関すること。
六 審判の請求に係る海難の調査その他の理事官の業務の補助に関すること。
七 前各号に掲げるもののほか、地方海難審判所の審判に関し必要な事務に関すること。
（支所）第十条 門司地方海難審判所に、支所を設ける。
２ 支所は、名称を門司地方海難審判所那覇支所とし、那覇市に置く。 ３ 支所は、門司地方海難審判所の所掌事務のうち、別表により門司地方海難審判所の管轄に属する事件のうち北緯二十九度以南の区域において発生するものに関する事務をつかさどる。 ４ 門司地方海難審判所那覇支所の長は、門司地方海難審判所那覇支所長とし、審判官をもって充てる。 （書記官）第十一条 門司地方海難審判所那覇支所に、書記官一人を置く。
（書記官の職務）第十二条 書記官は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 支所長の官印及び支所印の保管に関すること。
二 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
三 広報に関すること。
四 海難審判事件に関する書類の整理に関すること。
五 海難審判事件に関する証拠に関すること。
六 審判の請求に係る海難の調査その他の理事官の業務の補助に関すること。
七 前各号に掲げるもののほか、支所の審判に関し必要な事務に関すること。
（雑則）第十三条 この省令に定めるもののほか、事務分掌その他組織の細目は、海難審判所長が定める。
附則
この中央省庁等改革推進本部令（次項において「本部令」という。）は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。 この本部令は、その施行の日に、海難審判庁組織規則（平成十三年国土交通省令第五号）となるものとする。 門司地方海難審判理事所那覇支所は、当分の間、置かれるものとする。附則（平成一六年四月一日国土交通省令第四二号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一七年三月三一日国土交通省令第三三号）
この省令は、平成十七年四月一日から施行する。附則（平成一八年三月三一日国土交通省令第四六号）
この省令は、平成十八年四月一日から施行する。附則（平成二〇年八月八日国土交通省令第七〇号）
この省令は、平成二十年十月一日から施行する。附則（平成二一年三月三〇日国土交通省令第一六号）
この省令は、国家公務員法等の一部を改正する法律附則第一条第三号に掲げる規定の施行の日（平成二十一年四月一日）から施行する。附則（平成二三年三月三一日国土交通省令第二一号）
この省令は、公布の日から施行する。別表 （第七条関係）
| 名称 | 位置 | 管轄 |
| 函館地方海難審判所 | 函館市 | |
| 仙台地方海難審判所 | 仙台市 | |
| 横浜地方海難審判所 | 横浜市 | |
| 神戸地方海難審判所 | 神戸市 | |
| 広島地方海難審判所 | 広島市 | |
| 門司地方海難審判所 | 北九州市 | |
| 長崎地方海難審判所 | 長崎市 |