第一条 独立行政法人国立特別支援教育総合研究所（以下「研究所」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十条第一項の中期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他文部科学大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）第一条の二 研究所に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 研究所の役員及び職員
二 前号に掲げる者のほか、監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、研究所の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 研究所の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 研究所の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他研究所の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 研究所の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第一条の三 研究所に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人国立特別支援教育総合研究所法（平成十一年法律第百六十五号。以下「研究所法」という。）及びこの省令の規定に基づき文部科学大臣に提出する書類とする。
（業務方法書に記載すべき事項）第一条の四 研究所に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 研究所法第十二条第一号に規定する研究に関する事項
二 研究所法第十二条第二号に規定する研修に関する事項
三 研究所法第十二条第三号に規定する研究の成果の普及及び研究の促進に関する事項
四 研究所法第十二条第四号に規定する資料及び情報の収集、整理、保存及び提供に関する事項
五 研究所法第十二条第五号に規定する相談並びに助言、指導及び援助に関する事項
六 業務委託の基準
七 競争入札その他契約に関する基本的事項
八 その他研究所の業務の執行に関して必要な事項
（中期計画の作成・変更に係る事項）第二条 研究所は、通則法第三十条第一項の規定により中期計画の認可を受けようとするときは、中期計画を記載した申請書を、当該中期計画の最初の事業年度開始三十日前までに（研究所の最初の事業年度の属する中期計画については、研究所の成立後遅滞なく）、文部科学大臣に提出しなければならない。
２ 研究所は、通則法第三十条第一項後段の規定により中期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。 （中期計画記載事項）第三条 研究所に係る通則法第三十条第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次に掲げる事項とする。
一 筑波大学附属久里浜特別支援学校との協力に関する事項
二 施設及び設備に関する事項
三 人事に関する計画
四 中期計画期間を超える債務負担
五 積立金の使途
（年度計画の作成・変更に係る事項）第四条 研究所に係る通則法第三十一条第一項の年度計画には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ 研究所は、通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を文部科学大臣に提出しなければならない。 （業務実績等報告書）第五条 研究所に係る通則法第三十二条第二項に規定する報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 研究所は、前項に規定する報告書を文部科学大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。第六条及び第七条 削除
（会計の原則）第八条 研究所の会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （会計処理）第九条 文部科学大臣は、研究所が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第九条の二 文部科学大臣は、研究所が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第九条の三 文部科学大臣は、研究所が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（財務諸表）第十条 研究所に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第十条の二 研究所に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 研究所の目的及び業務内容
二 国の政策における研究所の位置付け及び役割
三 中期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 研究所に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）第十一条 研究所に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（短期借入金の認可の申請）第十二条 研究所は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の借入れの認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 借入れ又は借換えを必要とする理由
二 借入れ又は借換えの額
三 借入先又は借換先
四 借入れ又は借換えの利率
五 償還の方法及び期限
六 利息の支払いの方法及び期限
七 その他必要な事項
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）第十三条 研究所に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物並びに文部科学大臣が指定するその他の財産とする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）第十四条 研究所は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 研究所の業務運営上支障がない旨及びその理由
（通則法第五十条の六第一号に規定する主務省令で定める内部組織）第十四条の二 研究所に係る通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として文部科学大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として文部科学大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （通則法第五十条の六第二号に規定する主務省令で定める管理又は監督の地位）第十四条の三 研究所に係る通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして文部科学大臣が定めるものとする。
（積立金の処分に係る申請書の添付書類）第十五条 研究所に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第二項に規定する文部科学省令で定める書類は、同条第一項に規定する中期目標の期間の最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該年度の損益計算表とする。
（評価に関する庶務）第十六条 研究所法附則第五条第三項に規定する評価に関する庶務は、文部科学省初等中等教育局において処理する。
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十三年四月一日から施行する。 ただし、第十六条の規定は、公布の日から施行する。
（成立の際の会計処理の特例）
第二条 研究所の成立の際研究所法附則第五条第二項の規定により研究所に出資されたものとされる財産のうち償却資産については、第九条第一項の指定があったものとみなす。
附則（平成一六年三月三一日文部科学省令第一五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十六年四月一日から施行する。
附則（平成一八年三月三一日文部科学省令第二四号）
この省令は、平成十八年四月一日から施行する。附則（平成一九年三月三〇日文部科学省令第五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、学校教育法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成十九年四月一日）から施行する。
附則（平成二二年一一月二六日文部科学省令第二一号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二七年三月三〇日文部科学省令第一二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「通則法改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（業務実績等報告書の作成に係る経過措置）
第二条 通則法改正法附則第八条第一項の規定により旧通則法第二十九条第一項の中期目標が新通則法第二十九条第一項の規定により指示した同項の中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定及び独立行政法人大学改革支援・学位授与機構に関する省令（平成十五年文部科学省令第五十九号）第五条第一項の規定の適用については、これらの省令の規定中「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第二十九条第二項第二号」とあるのは「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第二十九条第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」と、「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第二十九条第二項第二号」とあるのは「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が旧通則法第二十九条第二項第三号」とする。
（業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第三条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、通則法改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る業務報告書又は事業報告書から適用する。
附則（平成二八年四月一日文部科学省令第二三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
附則（令和元年六月一三日文部科学省令第四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書については、なお従前の例による。