公安調査庁組織規程（平成八年法務省令第四十五号）の全部を次のように改正する。
第一章 内部部局
第一節 特別な職の設置等
（公文書監理官及び参事官）第一条 総務部に、公文書監理官一人（関係のある他の職を占める者をもって充てられるものとする。）及び参事官一人を置く。
２ 公文書監理官は、命を受けて、総務部の所掌事務のうち公文書類の管理並びにこれに関連する情報の公開及び個人情報の保護の適正な実施の確保に関する重要事項に係るものに参画し、関係事務に関し必要な調整を行う。 ３ 参事官は、命を受けて、総務部の所掌事務のうち重要事項に係るものに参画する。第二節 課の設置等
第一款 総務部
（総務部に置く課）第二条 総務部に、次の二課を置く。
（総務課の所掌事務）第三条 総務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 機密に関すること。
二 長官の官印及び庁印の保管に関すること。
三 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
四 公安調査庁の所掌に係る経費及び収入の予算、決算及び会計並びに会計の監査に関すること。
五 公安調査庁所属の行政財産及び物品の管理に関すること。
六 公文書類の審査及び進達に関すること。
七 公安調査庁の保有する情報の公開に関すること。
八 公安調査庁の保有する個人情報の保護に関すること。
九 公安調査庁の所掌事務に関する総合調整に関すること。
十 広報に関すること。
十一 公安調査庁の所掌事務に関する法令案の作成に関すること。
十二 公安調査庁の所掌事務に関する統計に関すること。
十三 公安調査庁の情報システムの整備及び管理に関すること。
十四 破壊活動防止法（昭和二十七年法律第二百四十号）第三章の規定による弁明の聴取及び処分の請求に関すること。
十五 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律（平成十一年法律第百四十七号）第三章の規定による処分の請求に関すること。
十六 破壊活動防止法第三十六条及び無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第三十一条の規定による国会への報告に関すること。
十七 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第三十二条の規定による調査結果の提供に関すること。
十八 公安調査局及び公安調査事務所の組織及び運営に関すること。
十九 前各号に掲げるもののほか、公安調査庁の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（人事課の所掌事務）第四条 人事課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 公安調査庁の機構及び定員に関すること。
二 公安調査庁の職員の任免、給与、懲戒、服務その他の人事並びに教養及び訓練に関すること。
三 公安調査庁の職員の衛生、医療その他の福利厚生に関すること。
四 公安調査庁の行政の考査に関すること。
第二款 調査第一部
（調査第一部に置く課等）第五条 調査第一部に、次の二課及び公安調査管理官二人を置く。
（第一課の所掌事務）第六条 第一課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 調査第一部の所掌事務に関する総合調整に関すること。
二 その規制に関し必要な調査が主として調査第一部の所掌に属する破壊的団体に関する情報及び資料の総合的分析に関すること。
三 その規制に関し必要な調査が主として調査第一部の所掌に属する無差別大量殺人行為を行った団体に関する情報及び資料の総合的分析に関すること。
四 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律の規定による無差別大量殺人行為を行った団体に対する観察処分に関すること（総務部の所掌に属するものを除く。）。
五 調査第一部の所掌に係る事項に関する関係機関との情報及び資料の交換の総括に関すること。
六 前各号に掲げるもののほか、調査第一部の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（第二課の所掌事務）第七条 第二課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 その規制に関し必要な調査が主として調査第一部の所掌に属する破壊的団体に対する破壊活動防止法第三章の規定による規制の手続において必要な証拠の準備に関すること。
二 その規制に関し必要な調査が主として調査第一部の所掌に属する無差別大量殺人行為を行った団体に対する無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第三章の規定による規制の手続において必要な証拠の準備に関すること。
三 破壊的団体及び無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関し必要な国内資料の収集、整理及び保管に関すること（前二号に掲げるものを除く。）。
（公安調査管理官の職務）第八条 公安調査管理官は、命を受けて、次に掲げる事務（第六条第一号から第五号まで及び前条各号に掲げるものを除く。）を分掌する。
一 破壊活動防止法第四章の規定による破壊的団体の規制に関する調査に関すること（総務部及び調査第二部の所掌に属するものを除く。）。
二 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第四章の規定による無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する調査（無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第七条第一項の規定による調査を除く。第十二条第二号において同じ。）に関すること（調査第二部の所掌に属するものを除く。）。
第三款 調査第二部
（調査第二部に置く課等）第九条 調査第二部に、次の二課及び公安調査管理官三人を置く。
（第一課の所掌事務）第十条 第一課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 調査第二部の所掌事務に関する総合調整に関すること。
二 その規制に関し必要な調査が主として調査第二部の所掌に属する破壊的団体に関する情報及び資料の総合的分析に関すること。
三 その規制に関し必要な調査が主として調査第二部の所掌に属する無差別大量殺人行為を行った団体に関する情報及び資料の総合的分析に関すること。
四 前三号に掲げるもののほか、調査第二部の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（第二課の所掌事務）第十一条 第二課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 その規制に関し必要な調査が主として調査第二部の所掌に属する破壊的団体に対する破壊活動防止法第三章の規定による規制の手続において必要な証拠の準備に関すること。
二 その規制に関し必要な調査が主として調査第二部の所掌に属する無差別大量殺人行為を行った団体に対する無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第三章の規定による規制の手続において必要な証拠の準備に関すること。
三 破壊的団体及び無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関し必要な国外資料の収集、整理及び保管に関すること（前二号に掲げるものを除く。）。
四 調査第二部の所掌に係る事項に関する国外との関連を有する関係機関との情報及び資料の交換の総括に関すること。
（公安調査管理官の職務）第十二条 公安調査管理官は、命を受けて、次に掲げる事務（第十条第一号から第三号まで及び前条各号に掲げるものを除く。）を分掌する。
一 破壊活動防止法第四章の規定による破壊的団体の規制に関する調査であって国外との関連を有するものに関すること（総務部の所掌に属するものを除く。）。
二 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第四章の規定による無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する調査であって国外との関連を有するものに関すること。
第三節 課の内部組織等
第一款 総務部
（審理室及び渉外広報調整官）第十三条 総務課に、審理室及び渉外広報調整官一人を置く。
審理室は、次に掲げる事務をつかさどる。一 公文書類の審査及び進達に関すること。
二 公安調査庁の保有する情報の公開に関すること。
三 公安調査庁の保有する個人情報の保護に関すること。
四 公安調査庁の所掌事務に関する法令案の作成に関すること。
五 破壊活動防止法第三章の規定による弁明の聴取及び処分の請求に関すること。
六 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第三章の規定による処分の請求に関すること。
七 破壊活動防止法第三十六条及び無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第三十一条の規定による国会への報告に関すること。
八 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第三十二条の規定による調査結果の提供に関すること。
審理室に、室長を置き、関係のある他の職を占める者をもってこれに充てる。 渉外広報調整官は、渉外及び広報に関する事務をつかさどる。第二款 調査第二部
（国際調査企画官）第十三条の二 第一課に、国際調査企画官一人を置く。
国際調査企画官は、命を受けて、第一課の所掌事務のうち特定事項に係るものの企画及び調整に関する事務をつかさどる。（国際破壊活動対策室）第十三条の三 第二課に、国際破壊活動対策室を置く。
国際破壊活動対策室は、次に掲げる事務をつかさどる。一 その規制に関し必要な調査が主として調査第二部の所掌に属する破壊的団体に対する破壊活動防止法第三章の規定による規制の手続において必要な証拠の準備に関すること。
二 その規制に関し必要な調査が主として調査第二部の所掌に属する無差別大量殺人行為を行った団体に対する無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第三章の規定による規制の手続において必要な証拠の準備に関すること。
国際破壊活動対策室に、室長を置き、関係のある他の職を占める者をもってこれに充てる。第二章 施設等機関
（公安調査庁研修所の位置）第十四条 公安調査庁研修所は、東京都に置く。
（所長及び法務教官）第十五条 公安調査庁研修所に、所長及び法務教官を置く。
２ 所長は、公安調査庁研修所の事務を掌理する。 ３ 法務教官は、研修の指導及び研修の目的を達するに必要な事項の調査研究に当たる。第三章 地方支分部局
第一節 公安調査局
第一款 部の設置等
（公安調査局に置く部）第十六条 公安調査局に、次の三部を置く。
（総務部の所掌事務）第十七条 総務部は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 機密に関すること。
二 局長の官印及び庁印の保管に関すること。
三 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
四 公安調査局及びその管轄区域内の公安調査事務所の所掌に係る経費及び収入の予算、決算及び会計並びに会計の監査に関すること。
五 公安調査局所属の行政財産の管理に関すること。
六 公安調査局及びその管轄区域内の公安調査事務所所属の物品の管理に関すること。
七 公文書類の審査に関すること。
八 公安調査局及びその管轄区域内の公安調査事務所の保有する情報の公開に関すること。
九 公安調査局及びその管轄区域内の公安調査事務所の保有する個人情報の保護に関すること。
十 公安調査局及びその管轄区域内の公安調査事務所の所掌事務に関する総合調整に関すること。
十一 広報に関すること。
十二 公安調査局及びその管轄区域内の公安調査事務所の職員の任免、給与、懲戒、服務その他の人事並びに教養及び訓練に関すること。
十三 公安調査局及びその管轄区域内の公安調査事務所の職員の衛生、医療その他の福利厚生に関すること。
十四 公安調査局及びその管轄区域内の公安調査事務所の行政の考査に関すること。
十五 公安調査局及びその管轄区域内の公安調査事務所の情報システムの整備及び管理に関すること。
十六 前各号に掲げるもののほか、公安調査局の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（調査第一部の所掌事務）第十八条 調査第一部は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 破壊活動防止法第四章の規定による破壊的団体の規制に関する調査に関すること（調査第二部の所掌に属するものを除く。）。
二 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第四章の規定による無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する調査（次号に該当するものを除く。次条第二号において同じ。）に関すること（調査第二部の所掌に属するものを除く。）。
三 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律の規定による無差別大量殺人行為を行った団体に対する観察処分の実施に関すること。
（調査第二部の所掌事務）第十九条 調査第二部は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 破壊活動防止法第四章の規定による破壊的団体の規制に関する調査であって国外との関連を有するものに関すること。
二 無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律第四章の規定による無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する調査であって国外との関連を有するものに関すること。
（所掌事務に関する特例）第二十条 局長は、特に必要があると認めるときは、臨時に、一の部の所掌に属する事務を他の部において行わせることができる。
（部次長）第二十条の二 関東公安調査局、中部公安調査局及び近畿公安調査局の総務部に、それぞれ次長一人を置く。
次長は、部長を助け、部の事務を整理する。第二款 職の設置等
第二節 公安調査事務所
（公安調査事務所の名称、位置及び管轄区域）第二十四条 公安調査事務所の名称、位置及び管轄区域は、別表のとおりとする。
（公安調査事務所の所掌事務）第二十五条 公安調査事務所は、公安調査局の所掌事務のうち、第十七条第一号から第四号まで、第六号、第七号及び第十一号から第十四号まで、第十八条各号並びに第十九条各号の事務を分掌する。
（首席調査官）第二十六条 公安調査事務所に、それぞれ首席調査官二人を置く。
２ 公安調査事務所に置く首席調査官は、命を受けて、第十八条各号及び第十九条各号の事務を分掌する。 ３ 公安調査事務所に置く首席調査官のうちあらかじめ指定する一人は、前項に掲げる事務のほか、公安調査事務所の所掌に係る事項で他の首席調査官の所掌に属しない事務をつかさどる。第四章 雑則
第二十七条 この省令に定めるもののほか、事務分掌その他組織の細目は、公安調査庁にあっては長官が定め、公安調査庁研修所にあっては所長、公安調査局にあっては局長、公安調査事務所にあっては所長が長官の承認を受けて定める。
附則
この中央省庁等改革推進本部令（次項において「本部令」という。）は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。 この本部令は、その施行の日に、公安調査庁組織規則（平成十三年法務省令第二号）となるものとする。附則（平成一三年三月三〇日法務省令第四八号）
この省令は、平成十三年四月一日から施行する。 ただし、別表埼玉公安調査事務所の項の改正規定は、同年五月一日から施行する。附則（平成一四年四月一日法務省令第二九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一五年四月一日法務省令第三七号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一六年四月一日法務省令第三五号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一六年五月二一日法務省令第四一号）
この省令は、公布の日から施行し、改正後の公安調査庁組織規則の規定は、平成十六年四月一日から適用する。附則（平成一七年四月一日法務省令第五五号）
この省令は、平成十七年四月一日から施行する。附則（平成一八年三月三一日法務省令第四〇号）
この省令は、平成十八年四月一日から施行する。附則（平成一九年三月三〇日法務省令第二五号）
この省令は、平成十九年四月一日から施行する。附則（平成二〇年三月三一日法務省令第二〇号）
この省令は、平成二十年四月一日から施行する。附則（平成二一年三月三一日法務省令第一六号）
この省令は、平成二十一年四月一日から施行する。附則（平成三一年三月二九日法務省令第二八号）
この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。附則（令和五年三月三〇日法務省令第一七号）
この省令は、令和五年四月一日から施行する。附則（令和六年三月二九日法務省令第二三号）
この省令は、令和六年四月一日から施行する。別表 （第二十四条関係）
| 名称 | 位置 | 管轄区域 |
| 釧路公安調査事務所 | 釧路市 | 北海道のうち 釧路市 帯広市 北見市 網走市 紋別市 根室市 網走郡 斜里郡 常呂郡 紋別郡 上川郡のうち 新得町 清水町 中川郡のうち 幕別町 池田町 豊頃町 本別町 河東郡 河西郡 広尾郡 足寄郡 十勝郡 釧路郡 厚岸郡 川上郡 阿寒郡 白糠郡 野付郡 標津郡 目梨郡 |
| 盛岡公安調査事務所 | 盛岡市 | 青森県 岩手県 秋田県 |
| さいたま公安調査事務所 | さいたま市 | 栃木県 埼玉県 |
| 千葉公安調査事務所 | 千葉市 | 茨城県 千葉県 |
| 横浜公安調査事務所 | 横浜市 | 神奈川県 |
| 新潟公安調査事務所 | 新潟市 | 新潟県 |
| 長野公安調査事務所 | 長野市 | 群馬県 長野県 |
| 静岡公安調査事務所 | 静岡市 | 山梨県 静岡県 |
| 金沢公安調査事務所 | 金沢市 | 富山県 石川県 福井県 |
| 京都公安調査事務所 | 京都市 | 滋賀県 京都府 |
| 神戸公安調査事務所 | 神戸市 | 兵庫県 |
| 岡山公安調査事務所 | 岡山市 | 鳥取県 岡山県 |
| 熊本公安調査事務所 | 熊本市 | 熊本県 宮崎県 鹿児島県 |
| 那覇公安調査事務所 | 那覇市 | 沖縄県 |