第一条 この法律は、海洋法に関する国際連合条約に定める権利を的確に行使することにより海洋生物資源の適切な保存及び管理を図るため、排他的経済水域における漁業等に関する主権的権利の行使等について必要な措置を定めるものとする。
（定義）第二条 この法律において「漁業」とは、水産動植物の採捕又は養殖の事業（漁業等付随行為を含む。）をいう。
２ この法律において「漁業等付随行為」とは、水産動植物の採捕又は養殖に付随する探索、集魚、漁獲物の保蔵又は加工、漁獲物又はその製品の運搬、船舶への補給その他これらに準ずる行為で農林水産省令で定めるものをいう。 ３ この法律において「探索」とは、水産動植物の採捕に資する水産動植物の生息状況の調査であって水産動植物の採捕を伴わないものをいい、「探査」とは、探索のうち漁業等付随行為に該当しないものをいう。 ４ この法律において「外国人」とは、次に掲げるものをいう。一 日本の国籍を有しない者。
二 外国、外国の公共団体若しくはこれに準ずるもの又は外国法に基づいて設立された法人その他の団体
（排他的経済水域における外国人の漁業等に関する法令の適用等）第三条 外国人が我が国の排他的経済水域（以下単に「排他的経済水域」という。）において行う漁業、水産動植物の採捕（漁業に該当するものを除き、漁業等付随行為を含む。以下同じ。）及び探査（以下この条において「排他的経済水域における外国人の漁業等」という。）に関しては、この法律の定めるところによる。
２ 排他的経済水域における外国人の漁業等に関しては、排他的経済水域及び大陸棚に関する法律（平成八年法律第七十四号）第三条第一項の規定にかかわらず、漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）（第百二十八条第一項、第二項、第四項及び第五項を除く。）その他政令で定める法律（これらに基づく命令を含む。）の規定は、適用しない。 ３ 排他的経済水域における外国人の漁業等に関する漁業法第百二十八条の規定の適用については、同条第一項中「農林水産大臣又は都道府県知事」とあるのは「農林水産大臣」と、「漁業監督官又は漁業監督吏員」とあるのは「漁業監督官」とする。 ４ 前項に定めるもののほか、排他的経済水域における外国人の漁業等に関する法令の適用に関する技術的読替えについては、政令で必要な規定を設けることができる。 （漁業等の禁止）第四条 外国人は、排他的経済水域のうち次に掲げる海域（その海底を含む。以下「禁止海域」という。）においては、漁業又は水産動植物の採捕を行ってはならない。
一 領海及び接続水域に関する法律（昭和五十二年法律第三十号）附則第二項に規定する特定海域である海域（我が国の基線（同法第二条第一項に規定する基線をいう。以下この号において同じ。）から、いずれの点をとっても我が国の基線上の最も近い点からの距離が十二海里である線までの海域に限る。）
二 海洋生物資源の保護又は漁業調整のため必要な海域として農林水産大臣の定める海域
２ 外国人は、禁止海域（前項第一号の海域に限る。）においては、政令で定める場合を除き、漁獲物又はその製品を転載し、又は積み込んではならない。 （漁業等の許可）第五条 外国人は、排他的経済水域（禁止海域を除く。次条第一項及び第二項、第八条並びに第九条において同じ。）においては、農林水産省令で定めるところにより、漁業又は水産動植物の採捕に係る船舶ごとに、農林水産大臣の許可を受けなければ、漁業又は水産動植物の採捕を行ってはならない。
一 その水産動植物の採捕が前条第一項ただし書の農林水産省令で定める軽易なものであるとき。
二 その水産動植物の採捕が第八条の承認を受けて行われるものであるとき。
三 その漁業等付随行為が第九条の承認を受けて行われるものであるとき。
２ 農林水産大臣は、前項の許可をしたときは、農林水産省令で定めるところにより、その外国人に許可証を交付する。 ３ 第一項の許可を受けた外国人は、農林水産省令で定めるところにより、その行う漁業又は水産動植物の採捕に係る船舶にその旨を見やすいように表示し、かつ、当該船舶に前項の許可証を備え付けておかなければならない。 （許可の基準等）第六条 農林水産大臣は、前条第一項の許可の申請があった場合において、その申請に係る漁業又は水産動植物の採捕が、国際約束その他の措置により的確に実施されること、外国人が排他的経済水域において行う漁業又は水産動植物の採捕につき農林水産省令で定める区分ごとに農林水産大臣の定める漁獲量の限度を超えないことその他政令で定める基準に適合すると認められるときでなければ、当該申請に係る許可をしてはならない。
２ 前項の規定による漁獲量の限度の決定は、政令で定めるところにより、排他的経済水域における科学的根拠を有する海洋生物資源の動向及び我が国漁業者の漁獲の実情を基礎とし、排他的経済水域における外国人による漁業の状況、外国周辺水域における我が国漁業の状況等を総合的に考慮して行われなければならない。 ３ 漁業法第七条第一項に規定する漁獲可能量を定める同法第十一条第二項第三号に規定する特定水産資源について第一項の規定による漁獲量の限度の決定を行う場合には、前項に定めるところによるほか、当該漁獲可能量を基礎としなければならない。 （入漁料）第七条 外国人は、第五条第二項の規定により許可証の交付を受けるときに、政令で定める額の入漁料を国に納付しなければならない。
２ 特別の事由がある場合には、政令で定めるところにより、前項の入漁料を減額し、又は免除することができる。 ３ 前二項に定めるもののほか、入漁料に関し必要な事項は、政令で定める。 （試験研究等のための水産動植物の採捕の承認）第八条 外国人は、排他的経済水域において、試験研究その他の農林水産省令で定める目的のために水産動植物の採捕を行おうとするときは、農林水産省令で定めるところにより、水産動植物の採捕に係る船舶ごとに、農林水産大臣の承認を受けなければならない。
（外国人以外の者が行う漁業に係る漁業等付随行為等の承認）第九条 外国人は、排他的経済水域において、外国人以外の者が当該水域において行う漁業又は水産動植物の採捕に係る漁業等付随行為を行おうとするときは、農林水産省令で定めるところにより、漁業等付随行為に係る船舶ごとに、農林水産大臣の承認を受けなければならない。
（探査の承認）第十条 外国人は、排他的経済水域において、探査を行おうとするときは、農林水産省令で定めるところにより、探査に係る船舶ごとに、農林水産大臣の承認を受けなければならない。
（手数料等）第十一条 前三条の承認の申請をする外国人は、実費を勘案して政令で定める額の手数料を国に納付しなければならない。
２ 第五条第二項及び第三項の規定は前三条の承認について、第七条第二項の規定は前項の手数料について準用する。 （制限又は条件）第十二条 第五条第一項の許可又は第八条から第十条までの承認には、制限又は条件を付し、及びこれを変更することができる。
（許可等の取消し等）第十三条 農林水産大臣は、第五条第一項の許可又は第九条の承認を受けた外国人が法令又は前条の制限若しくは条件に違反したときは、期間を定めて排他的経済水域における漁業又は水産動植物の採捕の停止を命じ、又は第五条第一項の許可又は第九条の承認を取り消すことができる。
２ 農林水産大臣は、第八条又は第十条の承認を受けた外国人が法令又は前条の制限若しくは条件に違反したときは、第八条又は第十条の承認を取り消すことができる。 （大陸棚の定着性種族に係る漁業等への準用等）第十四条 第三条から前条までの規定は、大陸棚（排他的経済水域及び大陸棚に関する法律第二条に規定する区域をいう。）であって排他的経済水域でない区域の定着性種族（海洋法に関する国際連合条約第七十七条４に規定する定着性の種族に属する生物をいう。次項において同じ。）に係る漁業、水産動植物の採捕及び探査について準用する。
２ 前項において読み替えて準用する第四条第一項、第五条第一項及び第八条から第十条までの定着性種族は、農林水産大臣が告示する。 （河性資源の保存及び管理）第十五条 我が国は、排他的経済水域の外側の海域においても我が国の内水面において産卵する河性資源について、海洋法に関する国際連合条約第六十六条１の第一義的利益及び責任を有する。
（立入検査）第十五条の二 漁業監督官は、この法律を施行するため必要があると認めるときは、漁場、船舶、事業場、事務所、倉庫等に立ち入り、その状況若しくは帳簿書類その他の物件を検査し、又は関係者に対し質問をすることができる。
２ 前項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。 （行政手続法の適用除外）第十六条 この法律の規定による処分については、行政手続法（平成五年法律第八十八号）第二章及び第三章の規定は、適用しない。
（政令等への委任）第十七条 この法律の規定に基づき政令又は農林水産省令を制定し、又は改廃する場合においては、その政令又は農林水産省令で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）を定めることができる。
２ この法律に別段の定めがあるものを除くほか、第二十四条から第二十六条までの規定の実施に必要な手続その他これらの規定の施行に必要な事項については、主務省令で、その他この法律の実施に必要な手続その他その施行に必要な事項については、農林水産省令で定める。 （罰則）第十七条の二 第四条第一項（第十四条第一項において準用する場合を含む。）又は第五条第一項（第十四条第一項において準用する場合を含む。次条第二号において同じ。）の規定に違反した者は、三千万円以下の罰金に処する。
第十八条 次の各号のいずれかに該当する者は、千万円以下の罰金に処する。
一 第四条第二項又は第十条（第十四条第一項において準用する場合を含む。第十九条において同じ。）の規定に違反した者
二 第十二条（第十四条第一項において準用する場合を含む。以下この号及び第十九条において同じ。）の規定により第五条第一項の許可に付された制限又は条件（第十二条の規定により変更されたものを含む。）に違反した者
三 第十三条第一項（第十四条第一項において準用する場合を含む。）の規定による命令に違反した者
第十八条の二 第十五条の二第一項の規定による漁業監督官の検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、又はその質問に対し答弁をせず、若しくは虚偽の陳述をした者は、三百万円以下の罰金に処する。
第十九条 第十二条の規定により第八条（第十四条第一項において準用する場合を含む。）、第九条（第十四条第一項において準用する場合を含む。）又は第十条の承認に付された制限又は条件（第十二条の規定により変更されたものを含む。）に違反した者は、五十万円以下の罰金に処する。
第二十条 第十七条の二、第十八条又は前条の場合においては、犯人が所有し、又は所持する漁獲物及びその製品、船舶又は漁具その他漁業、水産動植物の採捕若しくは探査の用に供される物は、没収することができる。
第二十一条 第五条第三項（第十四条第一項において準用する場合を含む。）又は第十一条第二項において準用する第五条第三項（第十四条第一項において準用する場合を含む。）の規定に違反した者は、二十万円以下の罰金に処する。
第二十二条 法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務又は財産に関して、第十七条の二から第十九条まで又は前条の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対し、各本条の刑を科する。
（第一審の裁判権の特例）第二十三条 この法律の規定に違反した罪に係る訴訟の第一審の裁判権は、地方裁判所にも属する。
（担保金等の提供による釈放等）第二十四条 この法律の規定に違反した罪その他の政令で定める罪に当たる事件（以下「事件」という。）に関して捕（船舶を押収し、又は船長その他の乗組員を逮捕することをいう。以下同じ。）が行われた場合には、司法警察員である者であって政令で定めるもの（以下「取締官」という。）は、当該捕に係る船舶の船長（船長に代わってその職務を行う者を含む。）及び違反者に対し、遅滞なく、次に掲げる事項を告知しなければならない。
一 担保金又はその提供を保証する書面が次条第一項の政令で定めるところにより主務大臣に対して提供されたときは、遅滞なく、違反者は釈放され、及び船舶その他の押収物（以下「押収物」という。）は返還されること。
二 提供すべき担保金の額
２ 前項第二号の担保金の額は、事件の種別及び態様その他の情状に応じ、政令で定めるところにより、主務大臣の定める基準に従って、取締官が決定するものとする。第二十五条 前条第一項の規定により告知した額の担保金又はその提供を保証する書面が政令で定めるところにより主務大臣に対して提供されたときは、主務大臣は、遅滞なく、その旨を取締官又は検察官に通知するものとする。
２ 取締官は、前項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、違反者を釈放し、及び押収物を返還しなければならない。 ３ 検察官は、第一項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、違反者の釈放及び押収物の返還に関し、必要な措置を講じなければならない。第二十六条 担保金は、主務大臣が保管する。
２ 担保金は、事件に関する手続において、違反者がその求められた期日及び場所に出頭せず、又は返還された押収物で提出を求められたものがその求められた期日及び場所に提出されなかったときは、当該期日の翌日から起算して一月を経過した日に、国庫に帰属する。 ３ 前項ただし書の場合において、当該申出に係る特定の日に違反者が出頭せず、又は当該押収物が提出されなかったときは、担保金は、その日の翌日に、国庫に帰属する。 ４ 担保金は、事件に関する手続が終結した場合等その保管を必要としない事由が生じた場合には、返還する。 （主務大臣等）第二十七条 前三条における主務大臣及び第十七条第二項における主務省令は、政令で定める。
附則
（施行期日）
第一条 この法律は、海洋法に関する国際連合条約が日本国について効力を生ずる日から施行する。
（対象水域の明確化）
第一条の二 第三条第一項の規定の適用については、当分の間、同項中「排他的経済水域（」とあるのは「排他的経済水域（排他的経済水域及び大陸棚に関する法律（平成八年法律第七十四号）第四条の条約の規定により我が国が漁業、水産動植物の採捕（漁業に該当するものを除き、漁業等付随行為を含む。以下同じ。）及び探査に関する主権的権利を行使する水域の範囲について調整が行われるときは、その調整後の水域とする。」と、「水産動植物の採捕（漁業に該当するものを除き、漁業等付随行為を含む。以下同じ。）」とあるのは「水産動植物の採捕」とする。
第一条の三 前条の規定により読み替えて適用される第三条第一項に規定する調整が行われる場合における同項に規定する主権的権利に関する排他的経済水域及び大陸棚に関する法律第三条の規定の適用については、同条第一項第一号中「排他的経済水域」とあるのは、「排他的経済水域（排他的経済水域における漁業等に関する主権的権利の行使等に関する法律（平成八年法律第七十六号）附則第一条の二の規定により読み替えて適用される同法第三条第一項の排他的経済水域をいう。以下この条において同じ。）」とする。
（適用の特例）
第二条 第四条から第十三条まで（第十四条第一項において準用する場合を含む。）及び第十四条第二項の規定については、政令で、当該規定ごとに外国人及び海域を指定して適用しないこととすることができる。 ただし、政令で期限を定めたときは、その期限までの間に限る。
（漁業水域に関する暫定措置法の廃止）
第三条 漁業水域に関する暫定措置法（昭和五十二年法律第三十一号）は、廃止する。
（旧法の規定に基づく処分又は手続の効力）
第四条 この法律による廃止前の漁業水域に関する暫定措置法（以下「旧法」という。）又はこれに基づく命令の規定によってした許可、承認その他の処分又は申請その他の手続は、この附則に別段の定めがある場合を除き、この法律又はこれに基づく命令の相当規定によってした許可、承認その他の処分又は申請その他の手続とみなす。
（許可証又は承認証に関する経過措置）
第五条 この法律の施行の際現に旧法の規定により交付されている許可証又は承認証は、この法律の相当規定により交付された許可証又は承認証とみなす。
（罰則の適用に関する経過措置）
第六条 この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（第一審の裁判権の特例に関する経過措置）
第七条 旧法の規定に違反した罪に係る訴訟の第一審の裁判権の特例に関する旧法の規定の適用については、なお従前の例による。
（担保金等の提供による釈放等に関する経過措置）
第八条 旧法第二十三条第一項に規定する事件に関する同条から旧法第二十六条までの規定の適用に関しては、なお従前の例による。
（政令への委任）
第九条 附則第四条から前条までに規定するもののほか、この法律の施行に関して必要な経過措置は、政令で定める。
附則（平成一〇年一二月一八日法律第一四九号）
（施行期日）
第一条 この法律は、漁業に関する日本国と大韓民国との間の協定の効力発生の日から施行する。
（日本国と大韓民国との間の漁業に関する協定の実施に伴う同協定第一条１の漁業に関する水域の設定に関する法律の廃止）
第二条 日本国と大韓民国との間の漁業に関する協定の実施に伴う同協定第一条１の漁業に関する水域の設定に関する法律（昭和四十年法律第百四十五号）は、廃止する。
（罰則の適用に関する経過措置）
第三条 この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附則（平成一三年六月二九日法律第九一号）
（施行期日）
第一条 この法律は、公布の日から起算して九月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附則（平成二六年一一月二七日法律第一一九号）
この法律は、公布の日から起算して十日を経過した日から施行する。 この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。附則（平成三〇年一二月一四日法律第九五号）
（施行期日）
第一条 この法律は、公布の日から起算して二年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。