第一条 林業種苗法（以下「法」という。）第三条第一項の農林水産省令で定める基準は、別表のとおりとする。
（指定の公示等）第二条 法第五条第一項の規定による公示は、次に掲げる事項につきするものとする。
一 指定番号及び指定年月日
二 指定採取源の種別
三 樹種
四 所在場所
五 本数及び樹木の集団を指定する場合にあつては面積
六 法第三条第三項の所有者等の氏名又は名称及び住所
２ 法第五条第一項の規定による公示は、農林水産大臣がするものにあつては省令の公布と同一の方法により、都道府県知事がするものにあつては条例の公布と同一の方法によつてするものとする。 ３ 法第五条第一項の規定による通知は、第一項第一号から第五号までに掲げる事項を記載した書面を送付してするものとする。第三条 削除
（伐採の許可の申請）第四条 法第七条第一項の規定による許可を受けようとする者は、伐採をしようとする日の六十日前までに、別記様式第一号による伐採許可申請書に伐採しようとする樹木の位置を明示した図面を添えて、農林水産大臣に提出しなければならない。
（特別母樹等の伐採の届出）第五条 法第七条第二項の規定による届出は、伐採を開始する日の三十日前までに（同項第二号に掲げる場合に該当して伐採した場合にあつては、伐採の終つた日から三十日以内に）、別記様式第二号による伐採届出書を農林水産大臣に提出してしなければならない。
（特別母樹等の伐採の許可を要しない場合）第六条 法第七条第二項第三号の農林水産省令で定める場合は、次のとおりとする。
一 人の生命又は身体に対する危害を防止するための砂防法（明治三十年法律第二十九号）第一条の砂防工事、森林法（昭和二十六年法律第二百四十九号）第四十一条の保安施設事業、地すべり等防止法（昭和三十三年法律第三十号）による地すべり防止工事若しくはぼた山崩壊防止工事、河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第八条の河川工事又は急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律（昭和四十四年法律第五十七号）第二条第三項の急傾斜地崩壊防止工事を実施するため伐採する場合
二 法令又はこれに基づく処分により施設の保守の支障となる立木を伐採する場合であつて、当該伐採を行なわなければ人の生命又は身体に対する危害を防止することができなくなるとき。
（育種母樹、普通母樹等の伐採の届出）第七条 法第七条第三項の規定による届出は、伐採を開始する日前九十日から三十日までの間に（同条第二項第二号に掲げる場合に該当して伐採した場合にあつては、伐採の終つた日から三十日以内に）、別記様式第三号による伐採届出書を提出してしなければならない。
（損失補償の請求）第八条 法第八条第二項の規定による請求は、毎年十二月二十日までに、別記様式第四号による損失補償請求書（三通）を農林水産大臣に提出してしなければならない。
（指定の解除の公示等）第九条 第二条の規定は、法第九条第四項において準用する法第五条第一項の規定による公示及び通知について準用する。
（登録の申請）第十条 法第十条第一項の登録を受けようとする者は、別記様式第五号による登録申請書（法人にあつては、別記様式第五号による登録申請書並びに定款並びに主たる事務所の所在地及び役員に関する登記事項証明書）を提出しなければならない。
２ 法第十条第二項第七号の農林水産省令で定める事項は、生産事業に係る苗畑面積とする。 （登録証の様式）第十一条 法第十二条第一項の登録証の様式は、別記様式第六号による。
（生産事業者の届出等）第十二条 法第十三条第一項の規定による届出及び書替交付の申請は、登録証の記載事項に変更を生じた日から三十日以内に、別記様式第七号による書替交付申請書を提出してしなければならない。
２ 法第十三条第二項の規定による届出及び再交付の申請は、別記様式第八号による再交付申請書を提出してしなければならない。 ３ 法第十三条第三項の規定による届出は、法第十条第二項第一号の代表者の氏名若しくは同項第六号に掲げる事項に変更を生じた場合又は生産事業を廃止した場合において、その変更を生じた日又は生産事業を廃止した日から三十日以内に、別記様式第九号による届出書を提出してしなければならない。 （公告の方法）第十三条 法第十六条第一項及び第二項の規定による公告は、都道府県の公報への掲載、インターネットの利用その他の適切な方法によつてするものとする。
（配布事業者の届出）第十四条 法第十七条第一項の規定による届出は、別記様式第十号による配布事業者届出書を提出してしなければならない。
２ 法第十七条第一項の農林水産省令で定める事項は、次のとおりとする。一 配布事業の内容
二 配布事業の開始年月日
第十五条 法第十七条第二項の規定による届出は、届出事項に変更を生じた日又は配布事業を廃止した日から三十日以内に、別記様式第十一号による届出書を提出してしなければならない。
２ 法第十七条第二項の農林水産省令で定める事項は、前条第二項第一号及び第三号に掲げる事項とする。 （生産事業者表示票の添付方法）第十六条 法第十八条第一項の生産事業者表示票は、容器又は包装を用いる場合にあつてはその外部の見やすい場所に、針金で結びつける方法その他容器又は包装から容易に離れない方法で添付し、容器及び包装を用いない場合にあつては各荷口又は各箇の見やすい場所に添付しなければならない。
（生産事業者が表示書を交付することができる場合）第十七条 法第十八条第一項ただし書の農林水産省令で定める場合は、生産事業者が種苗を造林の用に供する者にその採取又は育成の場所において同ただし書の書面を添えて種苗を直接配布する場合とする。
（生産事業者表示票の記載事項）第十八条 法第十八条第一項第五号の農林水産省令で定める事項は、次のとおりとする。
一 種苗の数量
二 種穂にあつてはその採取の年月、苗木にあつてはその苗齢
三 指定採取源から採取された種穂又はこれから育成された苗木にあつては、指定採取源の指定番号
（配布事業者表示票の添付方法）第十九条 法第十八条第二項の規定による配布事業者表示票の添付については、第十六条の規定を準用する。
（配布事業者が表示書を交付することができる場合）第二十条 法第十八条第二項ただし書の農林水産省令で定める場合は、配布事業者が種苗を造林の用に供する者に容器若しくは包装を開き若しくは変更し、又は容器に入れ若しくは包装する場所において同ただし書の書面を添えて種苗を直接配布する場合とする。
（生産事業者表示票又は配布事業者表示票に記載することができる事項）第二十一条 法第十八条第三項の農林水産省令で定める事項は、次のとおりとする。
一 種苗の銘柄（当該種苗の特性を表す用語を含む。）
二 種子にあつては発芽率並びにその鑑定機関名及び鑑定年月日、苗木にあつては根元径及び苗長についての規格並びにその検査機関名及び検査年月日
三 生産事業者の登録番号
四 生産事業者又は配布事業者が所属する団体の名称
五 都道府県知事が種苗につき特に定めている名称、略号その他の表示事項
六 種苗の生産国名その他輸出又は輸入に際して通常付される表示事項
七 増殖した特定母樹（森林の間伐等の実施の促進に関する特別措置法（平成二十年法律第三十二号）第二条第二項に規定する特定母樹をいう。）から採取された種穂であるかどうかの別又は特定苗木（同条第四項に規定する特定苗木をいう。）であるかどうかの別
八 当該生産事業者表示票又は配布事業者表示票に記載された事項を掲載したウェブサイトのアドレス（二次元コードその他のこれに代わるものを含む。）
（是正命令をした場合の通知）第二十一条の二 法第十九条第二項の規定による通知は、次に掲げる事項を記載した書面を送付してするものとする。
一 生産事業者又は配布事業者の別
二 生産事業者の場合にあつては、その登録番号及び登録年月日
三 生産事業者又は配布事業者の氏名又は名称及び住所
四 是正命令の内容
五 是正命令を行つた年月日
（証明の区分）第二十二条 法第二十条第一項又は第二項の規定による証明は、その証明を受けようとする種苗の種類により、種子の証明、穂木の証明、幼苗の証明及び幼苗以外の苗木の証明とする。
（証明の申請）第二十三条 法第二十条第一項又は第二項の証明を受けようとする者は、その種苗に係る指定採取源ごとに、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に掲げる行為に着手する日の三十日前までに、特別母樹又は特別母樹林に係る種穂又は苗木の証明にあつては農林水産大臣に、育種母樹、育種母樹林、普通母樹又は普通母樹林に係る種穂の証明にあつてはその種穂を採取する指定採取源の所在場所を管轄する都道府県知事に、育種母樹、育種母樹林、普通母樹又は普通母樹林に係る苗木の証明にあつてはその苗木を育成する場所を管轄する都道府県知事に申請しなければならない。
一 種子の証明
指定採取源からのきゆう果の採取
二 穂木の証明
指定採取源からの穂木の採取
三 幼苗の証明
法第二十条第四項の証明書又は国若しくは都道府県が指定採取源から採取した旨の生産事業者表示票が添付されている種穂（次号及び第二十五条において「証明種穂」という。）のは種又はさし付け
四 幼苗以外の苗木の証明
証明種穂のは種若しくはさし付け又は法第二十条第四項の証明書若しくは国若しくは都道府県が指定採取源から種穂を採取し、これから育成した旨の生産事業者表示票が添付されている幼苗（第二十五条において「証明幼苗」という。）の床替え
第二十四条 前条の規定により農林水産大臣に申請する場合における証明申請手数料は、証明申請一件につき四千円に次に掲げる額を合算した額に相当する収入印紙を申請書に貼つて納付するものとする。
一 種穂については、種子にあつては一キログラムにつき八百円として、穂木にあつては一万本につき七百円として計算した額
二 苗木については、幼苗にあつては一万本につき六百円として、幼苗以外の苗木にあつては一万本につき九百円に証明に係る事実の確認の回数を乗じて得た額として計算した額
（証明に係る事実の確認の方法）第二十五条 法第二十条第三項の農林水産省令で定める方法は、農林水産大臣又は都道府県知事が、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に掲げる事実につき、その職員に、立会して確認させることとする。
一 種子の証明
指定採取源からのきゆう果の採取、その精選及び種子を容器に入れること。
二 穂木の証明
指定採取源からの穂木の採取及びその包装
三 幼苗の証明
証明種穂のは種又はさし付け及び幼苗の包装
四 幼苗以外の苗木の証明
証明種穂のは種若しくはさし付け又は証明幼苗の床替え、幼苗の床替え及び幼苗以外の苗木の包装
第二十六条 農林水産大臣又は都道府県知事は、その職員に、前条各号に掲げる事実のすべてを確認させたときは、その種苗の容器又は包装に封印を施させ、かつ、その容器又は包装の外部に法第二十条第四項の証明書を添付させるものとする。
２ 法第二十条第四項の農林水産省令で定める証明書の様式は、別記様式第十二号とする。 （種子を採取すべき時期の指定）第二十七条 法第二十三条の規定による種子を採取すべき時期の指定は、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に掲げる期日以降の日を毎年の種子を採取すべき最初の日として定めてするものとする。
一 すぎ、ひのき、あかまつ、くろまつ及びりゆうきゆうまつ
九月二十日
二 からまつ及びとどまつ
九月一日
三 えぞまつ
九月十日
第二十八条 法第二十三条の規定による種穂の採取の禁止は、同様の気候その他の自然条件の下で生育している樹木からみて、材積成長量がきわめて小さい樹木であつて、幹がわん曲していること、枝が太いことその他林業用の樹木としてのきわめて好ましくない特徴を備えているもの又はこれらの樹木がその五十パーセント以上を構成している樹木の集団について、その所在場所を明らかにしてするものとする。
２ 前条第二項の規定は、法第二十三条の規定による種穂の採取の禁止について準用する。 （配布区域の指定方法）第二十九条 法第二十四条第一項の規定による配布区域の指定は、種苗の樹種別に、一定の生産区域との対応を明らかにして、告示をもつてするものとする。
（帳簿の記載方法等）第三十条 法第二十六条の帳簿には、暦年ごとに区分して同条の記載事項を記載しなければならない。
２ 前項の帳簿の保存期間は、五年とする。 （帳簿の記載事項）第三十一条 法第二十六条の農林水産省令で定める事項は、次のとおりとする。
一 種苗の種類
二 種苗の配布に係る相手方の氏名又は名称及び住所
（立入検査職員の証明書）第三十二条 法第二十八条第二項の証明書は、別記様式第十三号による。
（監督処分をした場合の通知）第三十三条 法第二十九条第二項の規定による通知は、次に掲げる事項を記載した書面を送付してするものとする。
一 生産事業者又は配布事業者の別
二 生産事業者の場合にあつては、その登録番号及び登録年月日
三 生産事業者又は配布事業者の氏名又は名称及び住所
四 監督処分の内容
五 監督処分を行つた年月日
２ 前項の規定は、法第二十九条第三項において準用する法第十九条第二項の規定による通知について準用する。附則
この省令は、法の施行の日（昭和四十六年二月一日）から施行する。 林業種苗法施行規則（昭和十五年農林省令第二号）は、廃止する。附則（昭和四七年五月一三日農林省令第二九号）
この省令は、沖縄の復帰に伴う関係法令の改廃に関する法律の施行の日（昭和四十七年五月十五日）から施行する。附則（昭和四九年八月二二日農林省令第三四号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和五三年七月五日農林省令第四九号）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
附則（昭和五八年一二月二六日農林水産省令第五四号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和六一年四月一四日農林水産省令第二四号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成五年四月一日農林水産省令第一二号）
この省令は、公布の日から施行する。 この省令による改正前の肥料取締法施行規則、植物防疫法施行規則、農薬取締法施行規則、繭糸価格安定法施行規則、繭検定規則、農業機械化促進法施行規則、大豆なたね交付金暫定措置法施行規則、生糸検査規則、家畜改良増殖法施行規則、犬の輸出入検疫規則、家畜伝染病予防法施行規則、酪農及び肉用牛生産の振興に関する法律施行規則、家畜取引法施行規則、動物用医薬品等取締規則、家畜商法施行規則、牛及び豚のうち純粋種の繁殖用のもの並びに暫定税率を適用しない馬の証明書の発給に関する省令、飼料の安全性の確保及び品質の改善に関する法律施行規則、卸売市場法施行規則、農林水産省関係研究交流促進法施行規則、食糧管理法施行規則、林業種苗法施行規則、漁船法施行規則、指定漁業の許可及び取締り等に関する省令、日本国と大韓民国との間の漁業に関する協定第二条の共同規制水域等におけるさばつり漁業及び沿岸漁業等の取締りに関する省令、北太平洋の海域におけるずわいがに等漁業の取締りに関する省令、いかつり漁業の取締りに関する省令、ずわいがに漁業等の取締りに関する省令、北太平洋の海域におけるつぶ漁業の取締りに関する省令、大西洋の海域におけるはえなわ等漁業の取締りに関する省令、かじき等流し網漁業の取締りに関する省令、いか流し網漁業の取締りに関する省令、黄海及び東支那海の海域におけるふぐはえなわ漁業の取締りに関する省令、べにずわいがに漁業の取締りに関する省令及び小型まぐろはえ縄漁業の取締りに関する省令（以下「関係省令」という。）に規定する様式による書面は、平成六年三月三十一日までの間は、これを使用することができる。 平成六年三月三十一日以前に使用されたこの省令による改正前の関係省令に規定する様式による書面は、この省令による改正後の関係省令に規定する様式による書面とみなす。附則（平成六年四月一三日農林水産省令第二九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一〇年一一月一三日農林水産省令第七六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十一年四月一日から施行する。
附則（平成一一年一月一一日農林水産省令第一号）
この省令は、公布の日から施行する。 この省令による改正前の土地改良法施行規則、獣医師法施行規則、家畜等の無償貸付及び譲与等に関する省令、肥料取締法施行規則、病菌害虫防除用機具貸付規則、植物防疫法施行規則、家畜改良増殖法施行規則、犬の輸出入検疫規則、農薬取締法施行規則、農産物検査法施行規則、家畜伝染病予防法施行規則、専門技術員資格試験等に関する省令、農業機械化促進法施行規則、養鶏振興法施行規則、日本国と大韓民国との間の漁業に関する協定第二条の共同規制水域等におけるさばつり漁業及び沿岸漁業等の取締りに関する省令、林業種苗法施行規則、卸売市場法施行規則、漁業操業に関する日本国政府とソヴィエト社会主義共和国連邦政府との間の協定第一条１の日本国沿岸の地先沖合の公海水域における漁業の操業の調整に関する省令、分収林特別措置法施行規則、農林水産省関係研究交流促進法施行規則、アリモドキゾウムシの緊急防除に関する省令、牛及び豚のうち純粋種の繁殖用のもの並びに無税を適用する馬の証明書の発給に関する省令、野菜栽培用の豆の証明書の発給に関する省令、ナシ枝枯細菌病菌の緊急防除を行うために必要な措置に関する省令及びイモゾウムシの緊急防除に関する省令（以下「関係省令」という。）に規定する様式による書面は、平成十一年三月三十一日までの間は、これを使用することができる。 平成十一年三月三十一日以前に使用されたこの省令による改正前の関係省令に規定する様式による書面は、この省令による改正後の関係省令に規定する様式による書面とみなす。附則（平成一二年一月三一日農林水産省令第五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十二年四月一日から施行する。
（林業種苗法施行規則の一部改正に伴う経過措置）
第五条 この省令の施行の際現に交付されている林業種苗法（昭和四十五年法律第八十九号）第二十条第四項の証明書の様式については、なお従前の例による。
附則（平成一三年三月三〇日農林水産省令第七二号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一五年三月二八日農林水産省令第二二号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一六年三月一八日農林水産省令第一八号）
この省令は、平成十六年三月二十九日から施行する。附則（平成一七年三月七日農林水産省令第一八号）
この省令は、不動産登記法の施行の日（平成十七年三月七日）から施行する。附則（平成一九年五月二二日農林水産省令第五四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の林業種苗法施行規則別記様式第十五号（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の林業種苗法施行規則別記様式第十五号によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（平成二五年八月一日農林水産省令第五六号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和元年六月二七日農林水産省令第一〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和元年一二月一六日農林水産省令第四七号）
この省令は、情報通信技術の活用による行政手続等に係る関係者の利便性の向上並びに行政運営の簡素化及び効率化を図るための行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年十二月十六日）から施行する。附則（令和二年一二月二一日農林水産省令第八三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和三年三月三一日農林水産省令第二三号）
この省令は、令和三年四月一日から施行する。別表
| 指定採取源の種別 | 基準 |
| 一 育種母樹 | 全国的な水準と比較して材積成長量及び形質の特にすぐれた樹木（以下「優良樹木」という。）のクローン（一本の樹木からさし木、つぎ木等無性繁殖の方法によつて繁殖した樹木の群をいう。以下同じ。）に属する樹木であつて、優良な穂木を採取するために育成したものであること。 |
| 二 育種母樹林 | 次に掲げる要件のいずれかを備えているものであること。 （一） 優良樹木のクローンに属する樹木であつて、優良な穂木を採取するために育成したものの集団であること。 |
| （二） 優良樹木又は耐寒性、耐乾性、耐雪性等の特性を有する樹木のクローンに属する樹木で、優良な種子を採取するために育成されたものの集団であつて、次の要件を備えているものであること。 | |
| イ 附近の優良樹木以外の樹木との交配が避けられるように隔離されていること。 | |
| ロ 均等に交配するように九クローン（交配により優良樹木が生じることが明らかな場合にあつては、二クローン）以上の樹木が混植されていること。 | |
| 三 普通母樹 | （一） 穂木の採取の用に供するものにあつては、指定後十年間以上穂木の採取が可能な五年生以上の樹木であつて、同様の気候その他の自然条件の下で生育している樹木からみて、材積成長量が平均より大きく、かつ、幹の通直性、真円性、細枝性、自然落枝性その他林業用の樹木としての特性（以下「林業用樹木としての特性」という。）を数多く備えている系統に属するものとしての特徴を受け継いでいると認められるものであること。 |
| （二） 種子の採取の用に供するものにあつては、森林法の規定による市町村森林整備計画において定められている標準伐期齢（以下「標準伐期齢」という。）以上の樹木であつて、同様の気候その他の自然条件の下で生育している樹木からみて、材積成長量がきわめて大きいもの又は材積成長量が平均より大きく、かつ、林業用樹木としての特性が極めて優れているものであること。 | |
| 四 普通母樹林 | （一） 穂木の採取の用に供するものにあつては、三の（一）の基準をみたす樹木の集団であること。 |
| （二） 種子の採取の用に供するものにあつては、標準伐期齢以上の樹木で、同様の気候その他の自然条件の下で生育している樹木からみて、材積成長量が平均より大きく、かつ、林業用樹木としての特性を数多く備えているものによりその七十五パーセント以上が構成されている集団であつて、法第二十三条の規定により種穂の採取を禁止された樹木又はその集団から一キロメートル以上の距離をもつて隔離されているものであること。 |
様式第１号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第２号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第３号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第４号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第５号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第６号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第７号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第８号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第９号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第１０号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第１１号
（日本産業規格Ａ４）[PDF]
様式第１２号
〔第２６条〕[PDF]
様式第１３号
〔第３２条関係〕[PDF]