第一条 外国人漁業の規制に関する法律（以下「法」という。）第二条第一項の農林水産省令で定める附属の島は、本州、北海道、四国及び九州に附属する島のうち、当分の間、歯舞群島、色丹島、国後島及び択捉島を除いたものとする。
（軽易な水産動植物の採捕）第二条 法第三条ただし書の農林水産省令で定める軽易な水産動植物の採捕は、次に掲げる水産動植物の採捕で、第一号、第二号及び第四号に掲げるものにあつては総トン数三トン未満の船舶により若しくは船舶によらないで行うもの又は適法に我が国に在留する外国人が日本の国籍を有する漁業者（人に水産動植物の採捕をさせることを業とする者を含む。）の管理の下に総トン数三トン以上の日本船舶により行うものと、第三号に掲げるものにあつては船舶によらないで行うものとする。
一 さおづり又は手づり（まきづりを除く。）による水産動植物の採捕
二 たも網、手網、やす及びは具以外の漁具を使用しないで行う水産動植物の採捕
三 投網による水産動植物の採捕
四 ひき縄づりによる水産動植物の採捕
（寄港の許可の申請）第三条 法第四条第一項の規定による許可を受けようとする船長は、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 船長の氏名及び国籍
二 当該外国漁船の名称、種類、旗国（海洋法に関する国際連合条約第九十一条２に規定するその旗を掲げる権利を有する国をいう。以下同じ。）、総トン数、長さ、幅及び喫水、旗国における船舶の登録に係る番号、国際海事機関船舶識別番号、呼出符号並びに船舶の外部から当該船舶を識別できる番号、当該外国漁船との連絡手段並びに当該外国漁船が水産資源の持続的な利用に関する国際機関その他の国際的な枠組み（以下「国際的な枠組み」という。）に登録されている場合にあつては当該登録に係る番号（以下「名称等」という。）
三 当該外国漁船の有する漁ろう設備の種類並びに衛星船位測定送信機（人工衛星を利用して船舶の位置の測定及び送信を行う機器であつて、次に掲げる基準に適合するものをいう。以下同じ。）の有無、種類、情報の送信先及び当該外国漁船内に備え付けることを要求している国又は国際的な枠組み イ 当該船舶の位置を自動的に測定及び記録できるものであること。
ロ 次に掲げる情報を自動的に送信できるものであること。
ハ ロに掲げる情報の改変を防止するための措置が講じられているものであること。
四 当該外国漁船に積載されている漁獲物等の品名、魚種、形態、数量及び積込地（採捕した場所を含む。）（以下「品名等」という。）、当該漁獲物等の全部又は一部の本邦への陸揚げ又は他の船舶への転載を行う場合においてはその漁獲物等の品名等並びに当該外国漁船の漁業に係る許可の権限を有する者、有効期間及び許可番号並びに当該許可に係る操業の場所、魚種及び漁具（以下「漁業の内容等」という。）
五 漁獲物等を当該外国漁船から他の船舶に転載し、又は他の船舶から当該外国漁船に積み込んだ場合にあつては、その場所及び年月日、当該他の船舶の名称、旗国及び国際海事機関船舶識別番号その他の当該他の船舶を特定することができる番号並びに当該漁獲物等の品名等
六 当該外国漁船の所有者その他当該外国漁船を使用する権利を有する者の氏名、国籍及び住所（法人その他の団体にあつては、名称、本店又は主たる事務所の所在地及び代表者の氏名。以下「氏名等」という。）
七 当該外国漁船を寄港させようとする本邦の港の名称及び所在地
八 当該外国漁船を寄港させようとする年月日時及び期間並びに当該寄港の目的
九 当該寄港の前最後に当該外国漁船を寄港させた港の名称及び所在地並びに入出港の年月日並びに次に当該外国漁船を寄港させようとする港の名称及び所在地並びに当該港までの航海の目的
２ 前項の申請書には、次に掲げる事項を記載した書面を添付しなければならない。一 当該外国漁船が漁業の用に供され、又は漁場から漁獲物等を運搬する際に必要とされる当該外国漁船の旗国の効力を有する漁業に係る許可を有している旨
二 当該外国漁船が沿岸国（旗国を除く。以下この号において同じ。）の主権又は管轄権の下にある水域において漁業の用に供され、又は漁獲物等を運搬する場合にあつては、当該外国漁船が、その際に必要とされる当該沿岸国の効力を有する漁業に係る許可を有している旨
三 当該外国漁船に積載されている漁獲物等が沿岸国の主権又は管轄権の下にある水域で採捕されたものである場合にあつては、当該漁獲物等が当該沿岸国の決定した水産資源の適切な保存及び管理のための措置に違反して採捕されたものではない旨
四 当該外国漁船に積載されている漁獲物等が国際的な枠組みにより当該国際的な枠組みが決定した水産資源の適切な保存及び管理のための措置を適用することとされているものである場合にあつては、当該漁獲物等が当該措置に違反して採捕されたものではない旨
五 前各号に掲げるもののほか、当該外国漁船が国際的な枠組みにより我が国が本邦の港への寄港の禁止その他の必要な措置を講ずることが必要である旨が決定される原因となる行為をしていない旨
（漁獲物等の転載等の許可の申請）第四条 外国人漁業の規制に関する法律施行令（以下「令」という。）第四条第二号の規定による許可で法第六条第一項の規定の適用の除外に係るものを受けようとする外国漁船の船長は、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 当該外国漁船及び当該他の船舶又は当該他の外国漁船の船長の氏名及び国籍
二 当該外国漁船及び当該他の船舶又は当該他の外国漁船の名称等
三 当該外国漁船及び当該他の船舶（外国漁船に限る。以下この号及び次号において同じ。）又は当該他の外国漁船の有する漁ろう設備の種類並びに衛星船位測定送信機の有無、種類、情報の送信先並びに当該外国漁船及び当該他の船舶又は当該他の外国漁船内に備え付けることを要求している国又は国際的な枠組み
四 当該外国漁船及び当該他の船舶又は当該他の外国漁船に積載されている漁獲物等の品名等並びに当該外国漁船及び当該他の船舶又は当該他の外国漁船の漁業の内容等
五 当該外国漁船及び当該他の船舶又は当該他の外国漁船の所有者その他当該外国漁船及び当該他の船舶又は当該他の外国漁船を使用する権利を有する者の氏名等
六 当該漁獲物等の品名等、仕向地及び所有者の氏名等
七 漁獲物等を当該外国漁船から他の船舶に転載し、又は他の船舶から当該外国漁船に積み込んだ場合にあつては、その場所及び年月日、当該他の船舶の名称、旗国及び国際海事機関船舶識別番号その他の当該他の船舶を特定することができる情報並びに当該漁獲物等の品名等
八 当該漁獲物等の転載又は積込みの前最後に当該外国漁船及び当該他の船舶又は当該他の外国漁船を寄港させた港の名称及び所在地並びに入出港の年月日並びに次に当該外国漁船及び当該他の船舶又は当該他の外国漁船を寄港させようとする港の名称及び所在地並びに当該港までの航海の目的
２ 前項の申請書には、前条第二項各号に掲げる事項を記載した書面を添付しなければならない。 ３ 令第四条第二号の規定による許可で法第六条第二項の規定の適用の除外に係るものを受けようとする外国漁船以外の船舶の船長は、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。一 当該船舶及び当該外国漁船の船長の氏名及び国籍
二 当該船舶及び当該外国漁船の名称等
三 当該外国漁船の有する漁ろう設備の種類並びに衛星船位測定送信機の有無、種類、情報の送信先及び当該外国漁船内に備え付けることを要求している国又は国際的な枠組み
四 当該外国漁船に積載されている漁獲物等の品名等及び当該外国漁船の漁業の内容等
五 当該船舶及び当該外国漁船の所有者その他当該船舶及び当該外国漁船を使用する権利を有する者の氏名等
六 当該漁獲物等の品名等、仕向地及び所有者の氏名等
七 当該漁獲物等の積込みの前最後に当該船舶及び当該外国漁船を寄港させた港の名称及び所在地並びに入出港の年月日並びに次に当該船舶及び当該外国漁船を寄港させようとする港の名称及び所在地並びに当該港までの航海の目的
４ 令第四条第二号の規定による許可で法第六条第三項の規定の適用の除外に係るものを受けようとする外国漁船以外の船舶の船長は、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。一 前項第一号から第六号までに掲げる事項
二 当該漁獲物等の陸揚げ又は転載の前最後に当該船舶を寄港させた港（当該本邦の港を除く。）の名称及び所在地並びに入出港の年月日並びに次に当該船舶を寄港させようとする港の名称及び所在地並びに当該港までの航海の目的
三 当該漁獲物等の積込みの前最後に当該外国漁船を寄港させた港の名称及び所在地並びに入出港の年月日並びに次に当該外国漁船を寄港させようとする港の名称及び所在地並びに当該港までの航海の目的
（停船命令）第五条 漁業監督官は、法第六条の二第一項の規定による検査又は質問をするため必要があるときは、漁業、水産動植物の採捕、採捕準備行為又は探査に係る船舶の船長、船長の職務を行う者又は操業を指揮する者に対し、停船を命ずることができる。
２ 前項の停船命令は、同項の検査又は質問をする旨を告げ、又は表示し、かつ、国際海事機関が採択した国際信号書に規定する次に掲げる信号その他の適切な手段により行うものとする。一 信号旗Ｌを掲げること。
二 サイレン、汽笛その他の音響信号によりＬの信号（短音一回、長音一回、短音二回）を約七秒の間隔を置いて連続して行うこと。
三 投光器によりＬの信号（短光一回、長光一回、短光二回）を約七秒の間隔を置いて連続して行うこと。
３ 前項において、「長音」又は「長光」とは、約三秒間継続する吹鳴又は投光をいい、「短音」又は「短光」とは、約一秒間継続する吹鳴又は投光をいう。附則
この省令は、法の施行の日（昭和四十二年十月十二日）から施行する。附則（昭和四三年五月一日農林省令第二六号）
この省令は、昭和四十三年五月十日から施行する。附則（昭和四三年六月二六日農林省令第四六号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和四七年五月一三日農林省令第二九号）
この省令は、沖縄の復帰に伴う関係法令の改廃に関する法律の施行の日（昭和四十七年五月十五日）から施行する。附則（昭和五二年六月一七日農林省令第二八号）
この省令は、法の施行の日（昭和五十二年七月一日）から施行する。附則（昭和五三年七月五日農林省令第四九号）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
附則（平成一二年一月三一日農林水産省令第五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十二年四月一日から施行する。