内閣は、特定港湾施設整備特別措置法（昭和三十四年法律第六十七号）第二条、第四条第二項及び第四項並びに第六条第一項及び第二項の規定に基き、この政令を制定する。
（港湾等の指定）第一条 特定港湾施設整備特別措置法（以下「法」という。）第二条の政令で定める港湾並びにその水域施設、外郭施設及び係留施設で政令で定めるものは、別表のとおりとする。
（利息）第二条 法第五条第一項の政令で定める利息は、特定港湾施設工事に係る同項に規定する負担金の全額について、その財源に充てるため国土交通省令で定める条件で地方債を発行するとした場合における当該地方債の利息とする。
（特別利用料の種類及び料率の基準）第三条 法第五条第一項の特別利用料の種類は、別表に掲げる係留施設について、船積をされるべき貨物の搬入又は陸揚をされた貨物の搬出のための利用に対する料金とする。
２ 港湾管理者は、特別利用料の料率を定めるについては、当該係留施設の完成の日の属する会計年度の翌年度の四月一日から起算して国土交通省令で定める期間中に徴収する当該特別利用料の総額が、法第五条第一項に規定する負担金のうち当該工事（当該工事に関連して施行する当該係留施設に附属する泊地の建設又は改良の工事を含む。以下次項において同じ。）に要する費用の額の十分の二（北海道の港湾にあつては、十分の一）に相当する部分（その部分に係る前条に規定する利息を含む。）の額と当該特別利用料の徴収の事務取扱費の額との合算額に見合う額となるようにしなければならない。 ３ 前項の国土交通省令で定める期間は、別表に掲げる係留施設ごとに、十一年以上十三年以下の範囲内において、当該工事に要する期間を考慮して定めなければならない。 （協議）第四条 国土交通大臣は、第二条又は前条第二項の国土交通省令を定めようとするときは、あらかじめ、総務大臣、財務大臣及び経済産業大臣と協議しなければならない。
附則
この政令は、公布の日から施行し、昭和三十四年四月一日から適用する。附則（昭和三五年四月一日政令第八六号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和三五年六月三〇日政令第一八五号）
この政令は、自治庁設置法の一部を改正する法律の施行の日（昭和三十五年七月一日）から施行する。附則（昭和三六年四月一日政令第九三号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和三六年六月一七日政令第一九九号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和三七年三月二二日政令第五一号）
この政令は、昭和三十七年四月一日から施行する。 ただし、別表第一千葉の項の改正規定は、公布の日から施行する。附則（昭和三八年三月三〇日政令第七八号）
この政令は、昭和三十八年四月一日から施行する。附則（昭和三九年三月二六日政令第三六号）
この政令は、昭和三十九年四月一日から施行する。附則（昭和四〇年三月三〇日政令第六八号）
この政令は、昭和四十年四月一日から施行する。附則（昭和四一年三月二九日政令第六〇号）
この政令は、昭和四十一年四月一日から施行する。附則（昭和四二年五月三〇日政令第九三号）
この政令は、昭和四十二年六月一日から施行する。附則（昭和四三年四月一七日政令第八七号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和四四年三月三一日政令第四七号）
この政令は、昭和四十四年四月一日から施行する。附則（昭和四五年五月一日政令第一一七号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和四五年一〇月二〇日政令第三一五号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和四六年四月一日政令第一一五号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和四七年五月一日政令第一四三号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和四八年四月一六日政令第八五号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和四八年七月一七日政令第二〇四号）
この政令は、港湾法等の一部を改正する法律の施行の日（昭和四十八年七月十七日）から施行する。附則（昭和四九年四月二三日政令第一三七号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和五〇年四月一八日政令第一二九号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和五二年四月一八日政令第九九号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和五四年五月二二日政令第一四八号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和五五年四月三〇日政令第一一六号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和五六年四月二八日政令第一五二号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和五六年一一月一七日政令第三二一号）
この政令は、外貿埠頭公団の解散及び業務の承継に関する法律の施行の日（昭和五十七年三月三十一日）から施行する。附則（昭和五七年六月一五日政令第一六七号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和五九年五月二九日政令第一六七号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（平成一二年六月七日政令第三一二号）
この政令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。附則（平成一三年三月三〇日政令第一二四号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十三年四月一日から施行する。
別表 （第一条、第三条関係）
| 港湾 | 港湾施設 | |
| 種類 | 名称 | |
| 釧路 | 水域施設 | 西港第二埠頭木材岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 西港第二埠頭木材岸壁 | |
| 苫小牧 | 水域施設 | 苫小牧石炭埠頭岸壁附属泊地 |
| 苫小牧木材埠頭岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 苫小牧石炭埠頭岸壁 | |
| 苫小牧木材埠頭岸壁 | ||
| 室蘭 | 水域施設 | 崎守埠頭木材岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 崎守埠頭木材岸壁 | |
| 石狩湾 | 水域施設 | 東埠頭木材岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 東埠頭木材岸壁 | |
| 八戸 | 水域施設 | 八太郎第一埠頭鉱産品岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 八太郎第一埠頭鉱産品岸壁 | |
| 大船渡 | 係留施設 | 野々田埠頭鉱産品岸壁 |
| 仙台塩釜 | 水域施設 | 高松木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 高松木材埠頭岸壁 | |
| 秋田船川 | 水域施設 | 向浜木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 大浜埠頭鉱産品岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 向浜木材埠頭岸壁 | |
| 大浜埠頭鉱産品岸壁 | ||
| 酒田 | 水域施設 | 古湊埠頭鉱産品岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 古湊埠頭鉱産品岸壁 | |
| 小名浜 | 水域施設 | 藤原木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 七号埠頭鉱産品岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 藤原木材埠頭岸壁 | |
| 七号埠頭鉱産品岸壁 | ||
| 日立 | 水域施設 | 第五埠頭木材岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 第五埠頭木材岸壁 | |
| 横浜 | 水域施設 | 出田町石炭埠頭岸壁附属泊地 |
| 金沢木材埠頭岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 出田町石炭埠頭岸壁 | |
| 金沢木材埠頭岸壁 | ||
| 出田町石炭埠頭物揚場 | ||
| 新潟 | 水域施設 | 南埠頭木材岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 南埠頭木材岸壁 | |
| 直江津 | 水域施設 | 中央埠頭木材岸壁附属泊地 |
| 中央埠頭鉱産品岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 中央埠頭木材岸壁 | |
| 中央埠頭鉱産品岸壁 | ||
| 七尾 | 水域施設 | 太田木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 太田木材埠頭岸壁 | |
| 清水 | 水域施設 | 袖師第一埠頭木材岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 袖師第一埠頭木材岸壁 | |
| 衣浦 | 係留施設 | 武豊石炭埠頭岸壁 |
| 武豊石炭埠頭物揚場 | ||
| 四日市 | 水域施設 | 東邦石炭埠頭岸壁附属泊地 |
| 霞ケ浦南埠頭鉱産品岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 東邦石炭埠頭岸壁 | |
| 霞ケ浦南埠頭鉱産品岸壁 | ||
| 大阪 | 水域施設 | 大正鋼材埠頭岸壁附属泊地 |
| 北港石炭埠頭岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 大正鋼材埠頭岸壁 | |
| 北港石炭埠頭岸壁 | ||
| 北港石炭埠頭物揚場 | ||
| 神戸 | 係留施設 | 兵庫石炭埠頭岸壁 |
| 兵庫石炭埠頭物揚場 | ||
| 姫路 | 水域施設 | 西部木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 西部木材埠頭岸壁 | |
| 境 | 水域施設 | 江島木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 昭和南木材埠頭岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 江島木材埠頭岸壁 | |
| 昭和南木材埠頭岸壁 | ||
| 宇野 | 水域施設 | 日比木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 日比木材埠頭岸壁 | |
| 尾道糸崎 | 水域施設 | 機織埠頭木材岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 機織埠頭木材岸壁 | |
| 広島 | 水域施設 | 廿日市木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 廿日市木材埠頭岸壁 | |
| 岩国 | 水域施設 | 室木木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 室木木材埠頭岸壁 | |
| 宇部 | 水域施設 | 芝中西埠頭鉱産品岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 芝中西埠頭鉱産品岸壁 | |
| 下関 | 水域施設 | 第二突堤第一号岸壁附属泊地 |
| 西山木材埠頭岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 第二突堤第一号岸壁 | |
| 西山木材埠頭岸壁 | ||
| 徳島小松島 | 水域施設 | 津田木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 津田木材埠頭岸壁 | |
| 松山 | 水域施設 | 今出木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 今出木材埠頭岸壁 | |
| 北九州 | 水域施設 | 安瀬木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 田野浦埠頭岸壁 | |
| 安瀬木材埠頭岸壁 | ||
| 博多 | 水域施設 | 箱崎一区埠頭木材岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 箱崎一区埠頭木材岸壁 | |
| 苅田 | 水域施設 | 苅田石炭埠頭岸壁附属泊地 |
| 松山木材埠頭岸壁附属泊地 | ||
| 係留施設 | 苅田石炭埠頭岸壁 | |
| 松山木材埠頭岸壁 | ||
| 唐津 | 水域施設 | 東港石炭埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 東港石炭埠頭岸壁 | |
| 伊万里 | 水域施設 | 久原木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 久原木材埠頭岸壁 | |
| 長崎 | 水域施設 | 小江木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 小江木材埠頭岸壁 | |
| 佐伯 | 水域施設 | 女島木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 女島木材埠頭岸壁 | |
| 鹿児島 | 水域施設 | 三号用地木材埠頭岸壁附属泊地 |
| 係留施設 | 三号用地木材埠頭岸壁 |