第一条 内航海運組合法（昭和三十二年法律第百六十二号。以下「法」という。）第十条第一項前段（法第五十八条において準用する場合を含む。）の認可を受けようとする内航海運組合又は内航海運組合連合会（以下「海運組合等」という。）は、次の書類を添え、団体協約の内容を記載した申請書三通を国土交通大臣（内航海運組合法施行令（昭和三十二年政令第二百九十二号）第一項の規定により国土交通大臣の職権が地方運輸局長（運輸監理部長を含む。以下同じ。）に委任されている場合は当該地方運輸局長。以下第十三条まで同じ。）に提出しなければならない。
一 締結の理由を記載した書面
二 締結を承認した総会又は総代会の議事録の謄本
（団体協約の変更の認可の申請）第二条 法第十条第一項後段（法第五十八条において準用する場合を含む。）の認可を受けようとする海運組合等は、次の書類を添え、団体協約の変更をしようとする内容を記載した申請書三通を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 変更の理由を記載した書面
二 変更を承認した総会又は総代会の議事録の謄本
（団体協約の廃止の届出）第三条 法第十条第二項（法第五十八条において準用する場合を含む。）において準用する法第十五条の規定により、団体協約の廃止の届出をしようとする海運組合等は、その旨を記載した届出書三通を国土交通大臣に提出しなければならない。
（調整規程の認可の申請）第四条 法第十二条第一項前段（法第五十八条において準用する場合を含む。）の認可を受けようとする海運組合等は、次の書類を添え、調整規程の内容を記載した申請書三通を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 設定の理由及びその運賃等の算出基礎を明らかにした書面
二 設定を決議した総会、総代会又は創立総会の議事録の謄本
（調整規程の変更の認可の申請）第五条 法第十二条第一項後段（法第五十八条において準用する場合を含む。）の認可を受けようとする海運組合等は、次の書類を添え、調整規程の変更しようとする内容を記載した申請書三通を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 変更の理由及びその運賃等の算出基礎を明らかにした書面
二 変更を決議した総会又は総代会の議事録の謄本（法第十六条第二項（法第五十一条第六項及び法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定により、理事会が変更を委任された場合にあつては、変更を委任した総会又は総代会及び変更を決議した理事会の議事録の謄本）
（調整規程の廃止の届出）第六条 法第十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定により、調整規程の廃止の届出をしようとする海運組合等は、その旨を記載した届出書三通を国土交通大臣に提出しなければならない。
（組合員資格の制限）第七条 法第十九条（法第五十八条において準用する場合を含む。）の国土交通省令で定める業種は、次のとおりとする。
一 内航海運業法（昭和二十七年法律第百五十一号）第二条第二項の内航海運業
二 貨物利用運送事業法（平成元年法律第八十二号）第二条第六項の貨物利用運送事業（内航海運業法第二条第二項第一号の内航運送をする事業を営む者の行う運送に係るものに限る。）
三 木船に関する内航海運事業
四 鋼船に関する内航海運事業
五 貨物船に関する内航海運事業
六 油槽船に関する内航海運事業
七 薬品槽船に関する内航海運事業
八 沿海区域を航行区域とする船舶に関する内航海運事業
九 平水区域を航行区域とする船舶に関する内航海運事業
（電磁的方法）第七条の二 法第二十一条第三項（法第五十八条において準用する場合を含む。）に規定する国土交通省令で定めるものは、次に掲げる方法とする。
一 電子情報処理組織を使用する方法のうちイ又はロに掲げるもの イ 送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを接続する電気通信回線を通じて送信し、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに記録する方法
ロ 送信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに記録された情報の内容を電気通信回線を通じて情報の提供を受ける者の閲覧に供し、当該情報の提供を受ける者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報を記録する方法
二 電磁的記録媒体（電磁的記録（法第三十八条第三項に規定する電磁的記録をいう。以下同じ。）に係る記録媒体をいう。第八条の六において同じ。）をもつて調製するファイルに情報を記録したものを交付する方法
２ 前項各号に掲げる方法は、受信者がファイルへの記録を出力することにより書面を作成することができるものでなければならない。 （創立総会の議事録）第七条の三 法第二十七条第七項（法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定による創立総会の議事録の作成については、この条の定めるところによる。
２ 創立総会の議事録は、書面又は電磁的記録をもつて作成しなければならない。 ３ 創立総会の議事録は、次に掲げる事項を内容とするものでなければならない。一 創立総会が開催された日時及び場所
二 創立総会の議事の経過の要領及びその結果
三 創立総会に出席した発起人及び設立当時の役員の氏名又は名称
四 創立総会の議長が存するときは、議長の氏名
五 議事録の作成に係る職務を行つた発起人の氏名又は名称
（設立の認可の申請）第八条 法第二十八条第一項（法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定により、海運組合等の設立の認可を受けようとする者は、次の書類を添え、定款の内容を記載した申請書二通を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 事業の種類ごとにその計画の概要を記載した書面
二 役員となる者の氏名、住所及び略歴を記載した書面
三 組合員又は会員（以下「組合員等」という。）となる者の名簿
四 創立総会の議事録の謄本
五 組合員となる者又は内航海運組合連合会を直接若しくは間接に構成することとなる内航海運組合の組合員が関係している航路の大要を記載した書面
（理事会の議事録）第八条の二 法第三十四条第六項（法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）及び法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定による理事会の議事録の作成については、この条の定めるところによる。
２ 理事会の議事録は、書面又は電磁的記録をもつて作成しなければならない。 ３ 理事会の議事録は、次に掲げる事項を内容とするものでなければならない。一 理事会が開催された日時及び場所（当該場所に存しない理事が理事会に出席をした場合における当該出席の方法を含む。）
二 理事会が次に掲げるいずれかのものに該当するときは、その旨 イ 法第三十四条第七項（法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）及び法第五十八条において準用する場合を含む。）において準用する会社法（平成十七年法律第八十六号）第三百六十六条第二項の規定による理事の請求を受けて招集されたもの
ロ 法第三十四条第七項（法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）及び法第五十八条において準用する場合を含む。）において準用する会社法第三百六十六条第三項の規定により理事が招集したもの
三 理事会の議事の経過の要領及びその結果
四 決議を要する事項について特別の利害関係を有する理事があるときは、当該理事の氏名
五 次に掲げる規定により理事会において述べられた発言があるときは、その発言の内容の概要 イ 法第三十四条の三第三項（法第五十八条において準用する場合を含む。）
ロ 法第四十一条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において準用する会社法第四百三十条の二第四項
六 理事会の議長が存するときは、議長の氏名
（役員のために締結される保険契約）第八条の三 法第四十一条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において読み替えて準用する会社法第四百三十条の三第一項の国土交通省令で定める保険契約は、次に掲げるものとする。
一 被保険者に保険者との間で保険契約を締結する海運組合等を含む保険契約であつて、当該海運組合等がその業務に関連し第三者に生じた損害を賠償する責任を負うこと又は当該責任の追及に係る請求を受けることによつて当該海運組合等に生ずることのある損害を保険者が塡補することを主たる目的として締結されるもの
二 役員が第三者に生じた損害を賠償する責任を負うこと又は当該責任の追及に係る請求を受けることによつて当該役員に生ずることのある損害（役員がその職務上の義務に違反し若しくは職務を怠つたことによつて第三者に生じた損害を賠償する責任を負うこと又は当該責任の追及に係る請求を受けることによつて当該役員に生ずることのある損害を除く。）を保険者が塡補することを目的として締結されるもの
（役員の責任追及等の訴えの提起の請求方法）第八条の四 法第四十一条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において読み替えて準用する会社法第八百四十七条第一項の国土交通省令で定める方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法による提供とする。
一 被告となるべき者
二 請求の趣旨及び請求を特定するのに必要な事実
（役員の責任追及等の訴えを提起しない理由の通知方法）第八条の五 法第四十一条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において読み替えて準用する会社法第八百四十七条第四項の国土交通省令で定める方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法による提供とする。
一 海運組合等が行つた調査の内容（次号の判断の基礎とした資料を含む。）
二 請求対象者の責任又は義務の有無についての判断
三 請求対象者に責任又は義務があると判断した場合において、責任追及等の訴え（法第四十一条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において読み替えて準用する会社法第八百四十七条第一項に規定する責任追及等の訴えをいう。）を提起しないときは、その理由
（電磁的記録）第八条の六 法第三十八条第三項（法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）及び法第五十八条において準用する場合を含む。）の国土交通省令で定める電磁的記録は、電子計算機に備えられたファイル又は電磁的記録媒体をもつて調製するファイルに記録したものとする。
（総会の招集に係る情報通信の技術を利用する方法）第八条の七 法第四十三条第四項（法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）及び法第五十八条において準用する場合を含む。）の国土交通省令で定める方法は、第七条の二第一項第二号に掲げる方法とする。
（総会又は総代会の招集の承認の申請）第九条 法第四十四条（法第四十条第五項（法第五十一条第六項及び法第五十八条において準用する場合を含む。）、法第五十一条第六項及び法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定により、総会又は総代会の招集の承認を受けようとする組合員等又は総代は、組合員等又は総代の名簿及び組合員等又は総代の総数の五分の一以上の同意を得たことを証する書面を添え、会議の目的たる事項及び申請の理由を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
（定款の変更の認可の申請）第十条 法第四十七条第二項（法第五十八条において準用する場合を含む。）の認可を受けようとする海運組合等は、次の書類を添え、定款の変更しようとする内容を記載した申請書二通を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 変更の理由を記載した書面
二 変更を決議した総会又は総代会の議事録の謄本
（定款の変更の届出）第十条の二 法第四十七条第二項（法第五十八条において準用する場合を含む。）に規定する国土交通省令で定める事項は、法第三十一条第一項第三号に掲げる事項とする。
２ 法第四十七条第四項（法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定により、定款の変更の届出をしようとする海運組合等は、その旨を記載した届出書二通を、変更を決議した総会又は総代会の議事録の謄本を添え、国土交通大臣に提出しなければならない。 （総会の議事録）第十条の三 法第四十九条の三（法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定による総会の議事録の作成については、この条の定めるところによる。
２ 総会の議事録は、書面又は電磁的記録をもつて作成しなければならない。 ３ 総会の議事録は、次に掲げる事項を内容とするものでなければならない。一 総会が開催された日時及び場所（当該場所に存しない役員又は組合員が総会に出席をした場合における当該出席の方法を含む。）
二 総会の議事の経過の要領及びその結果
三 総会に出席した役員の氏名又は名称
四 総会の議長が存するときは、議長の氏名
五 議事録の作成に係る職務を行つた理事の氏名
（解散の届出）第十一条 法第五十二条第二項（法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定により、解散の届出をしようとする海運組合等は、その旨を記載した届出書二通を国土交通大臣に提出しなければならない。
（合併の認可の申請）第十二条 法第五十三条第二項（法第五十八条において準用する場合を含む。）の認可を受けようとする海運組合等は、次の書類を添え、当事者の名称及び合併後の海運組合等の定款の内容を記載した申請書二通を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 合併後の事業の種類ごとにその計画の概要を記載した書面
二 合併の理由及び経過を記載した書面
三 合併を決議した各海運組合等の総会の議事録の謄本
四 合併後の組合員等の名簿
五 合併後の組合員となる者又は内航海運組合連合会を直接若しくは間接に構成することとなる内航海運組合の組合員となる者が関係している航路の大要を記載した書面
六 合併によつて海運組合等を設立する場合にあつては、合併後の海運組合等の役員となる者の氏名、住所及び略歴を記載した書面
七 合併によつて海運組合等を設立する場合にあつては、その定款が法第五十四条第一項の規定による設立委員によつて共同して作成されたものであることを証する書面
（財産目録）第十二条の二 法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において準用する会社法第四百九十二条第一項の規定により作成すべき財産目録については、この条の定めるところによる。
２ 前項の財産目録に計上すべき財産については、その処分価格を付すことが困難な場合を除き、法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において準用する会社法第四百七十五条第一号又は第二号に掲げる場合に該当することとなつた日における処分価格を付さなければならない。 ３ 第一項の財産目録は、次に掲げる部に区分して表示しなければならない。一 資産
二 負債
三 正味資産
（清算開始時の貸借対照表）第十二条の三 法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において読み替えて準用する会社法第四百九十二条第一項の規定により作成すべき貸借対照表については、この条の定めるところによる。
２ 前項の貸借対照表は、財産目録に基づき作成しなければならない。 ３ 第一項の貸借対照表は、次に掲げる部に区分して表示しなければならない。一 資産
二 負債
三 純資産
４ 処分価格を付すことが困難な資産がある場合には、第一項の貸借対照表には、当該資産に係る財産評価の方針を注記しなければならない。 （決算報告）第十二条の四 法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において読み替えて準用する会社法第五百七条第一項の規定により作成すべき決算報告は、次に掲げる事項を内容とするものでなければならない。
一 債権の取立て、資産の処分その他の行為によつて得た収入の額
二 債務の弁済、清算に係る費用の支払その他の行為による費用の額
三 残余財産の額（支払税額がある場合には、その税額及び当該税額を控除した後の財産の額）
（清算人の責任追及等の訴えの提起の請求方法）第十二条の五 法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において読み替えて準用する会社法第八百四十七条第一項の国土交通省令で定める方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法による提供とする。
一 被告となるべき者
二 請求の趣旨及び請求を特定するのに必要な事実
（清算人の責任追及等の訴えを提起しない理由の通知方法）第十二条の六 法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において読み替えて準用する会社法第八百四十七条第四項の国土交通省令で定める方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法による提供とする。
一 海運組合等が行つた調査の内容（次号の判断の基礎とした資料を含む。）
二 請求対象者の責任又は義務の有無についての判断
三 請求対象者に責任又は義務があると判断した場合において、責任追及等の訴え（法第五十五条（法第五十八条において準用する場合を含む。）において読み替えて準用する会社法第八百四十七条第一項に規定する責任追及等の訴えをいう。）を提起しないときは、その理由
（事業活動の規制に関する命令の申出）第十三条 法第五十九条第一項又は第二項の申出をしようとする海運組合等は、次に掲げる事項を記載した申出書三通を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 法第五十九条第一項又は第二項の規定により国土交通大臣が参酌すべき調整規程の内容
二 前号の調整規程と同一内容の調整規程が内航海運事業を営む者又は当該内航海運組合の組合員（当該内航海運組合連合会を直接又は間接に構成する内航海運組合の組合員を含む。）たる資格を有する者の大部分に適用されていることの説明
三 第一号の調整規程と同一内容の調整規程の適用を受けない内航海運事業を営む者の事業活動が当該調整規程が目的としている法第八条第一項ただし書に規定する事態の克服を阻害していること及び当該海運組合等の自主的活動をもつてしてはこれを除去できないことの説明
（役員の変更の届出）第十四条 海運組合等は、役員の氏名又は住所に変更があつたときは、その変更の日から二週間以内に、変更した事項及びその年月日を記載した届出書二通を国土交通大臣（当該海運組合等の設立又は合併に関する国土交通大臣の職権が内航海運組合法施行令第一項の規定により地方運輸局長に委任されている場合は当該地方運輸局長）に提出しなければならない。
第十五条 削除
（経由）第十六条 法及びこの省令の規定により海運組合等その他の者が国土交通大臣に対し申請、届出その他の手続をしようとするときは、当該手続に係る海運組合等の住所がその管轄区域内にある地方運輸局長を経由して行わなければならない。
附則
この省令は、法の施行の日（昭和三十二年十月一日）から施行する。附則（昭和三九年八月五日運輸省令第五六号）
この省令は、昭和三十九年八月十日から施行する。附則（昭和四六年一二月一五日運輸省令第六七号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和五六年三月三〇日運輸省令第一二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、地方支分部局の整理のための行政管理庁設置法等の一部を改正する法律の施行の日（昭和五十六年四月一日）から施行する。
附則（昭和五九年六月二二日運輸省令第一八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、昭和五十九年七月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行前に次の表の上欄に掲げる行政庁が法律若しくはこれに基づく命令の規定によりした許可、認可その他の処分又は契約その他の行為（以下「処分等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁がした処分等とみなし、この省令の施行前に同表の上欄に掲げる行政庁に対してした申請、届出その他の行為（以下「申請等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁に対してした申請等とみなす。
附則（昭和六〇年四月二五日運輸省令第一八号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和六〇年一二月二四日運輸省令第三九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二年一一月二九日運輸省令第三一号）
この省令は、貨物運送取扱事業法及び貨物自動車運送事業法の施行の日（平成二年十二月一日）から施行する。附則（平成六年三月三〇日運輸省令第一四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成六年四月一日から施行する。
附則（平成一二年一一月二九日運輸省令第三九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十三年一月六日から施行する。
附則（平成一四年六月二八日国土交通省令第七九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十四年七月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式又は書式による申請書、証明書その他の文書は、この省令による改正後のそれぞれの様式又は書式にかかわらず、当分の間、なおこれを使用することができる。
附則（平成一五年二月一四日国土交通省令第一一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、鉄道事業法等の一部を改正する法律の施行の日（平成十五年四月一日）から施行する。
附則（平成一七年一月二〇日国土交通省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、海上運送事業の活性化のための船員法等の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年四月一日）から施行する。
附則（平成一七年三月二九日国土交通省令第二五号）
この省令は、民間事業者等が行う書面の保存等における情報通信の技術の利用に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律の施行の日（平成十七年四月一日）から施行する。附則（平成一八年四月二八日国土交通省令第五八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、会社法の施行の日（平成十八年五月一日）から施行する。
（経過措置）
第三条 この省令の施行前にしたこの省令による改正前の省令の規定による処分、手続、その他の行為は、この省令による改正後の省令（以下「新令」という。）の規定の適用については、新令の相当規定によってしたものとみなす。
附則（令和二年一二月二三日国土交通省令第九八号）
この省令は、令和三年一月一日から施行する。附則（令和三年三月一日国土交通省令第七号）
この省令は、会社法の一部を改正する法律の施行の日（令和三年三月一日）から施行する。附則（令和三年八月三一日国土交通省令第五三号）
この省令は、令和三年九月一日から施行する。附則（令和四年一月七日国土交通省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、海事産業の基盤強化のための海上運送法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（令和四年四月一日）から施行する。
附則（令和五年一二月二八日国土交通省令第九八号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和六年三月二九日国土交通省令第二六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和六年四月一日から施行する。