第一条 都道府県知事が農地及び農業用施設に係る農林水産業施設災害復旧事業費国庫補助の暫定措置に関する法律施行令（以下「令」という。）第一条の四の災害復旧事業計画概要書若しくは災害復旧事業補助計画概要書、令第四条第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の補助率増高申請書又は令第五条の二第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の連年災害補助率適用申請書を農林水産大臣に提出するときは、当該都道府県を管轄する地方農政局長（北海道にあつては農林水産省農村振興局長、沖縄県にあつては内閣府沖縄総合事務局長）を経由しなければならない。
２ 令第四条第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の補助率増高申請書又は令第五条の二第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の連年災害補助率適用申請書は災害発生の年の翌年一月三十一日までに、農林水産大臣に提出しなければならない。 ３ 都道府県知事は、前項の規定により地域を指定しようとするときは、あらかじめ、その理由を明らかにした書類を農林水産大臣に提出し、承認を受けなければならない。 （災害復旧事業計画概要書等の軽微な変更）第二条 令第三条第二項の農林水産省令で定める軽微な変更は、災害復旧事業の事業費の変更であつて、次に掲げるもの以外のものとする。
一 工種の変更に伴うもの
二 施行箇所の変更に伴うもの
三 農林水産大臣が別に定める範囲を超える工事費（令第二条第一項に規定する工事費をいう。）の額の変更に伴うもの
四 農地、農業用施設及び林地荒廃防止施設に係るものにあつては、農林水産大臣が別に定める範囲を超える設計単価又は歩掛の変更に伴うもの
五 その他農林水産大臣が別に定める変更に伴うもの
（災害復旧事業計画概要書等の変更の手続）第三条 都道府県は、令第三条第二項の規定により災害復旧事業計画概要書又は災害復旧事業補助計画概要書の変更について協議しようとするときは、当該変更に係る部分を明らかにした上で、災害復旧事業の事業費の総額の増減その他必要な事項を記載した協議書を提出しなければならない。
（補助金交付申請書の提出期限等）第四条 令第七条の補助金交付申請書は、令第六条の規定により補助金の額の通知を受けた日から六十日以内に農林水産大臣に提出しなければならない。
（災害復旧事業の中止等の報告）第五条 令第三条第三項の規定による報告は、災害復旧事業を中止し、又は廃止した後、遅滞なく、その旨を記載した報告書を提出してしなければならない。
（事業成績書等の提出）第六条 令第八条の規定による事業成績書及び収支精算書の提出は、災害復旧事業の完了の日から起算して一月を経過した日又は災害復旧事業の完了の日の属する国の会計年度の翌年度の四月十日のいずれか早い期日までに、農林水産大臣に提出してするものとする。
２ 都道府県に対し、補助金の全額が前金払又は概算払により交付された場合における前項の提出期日は、同項の規定にかかわらず、災害復旧事業の完了の日の属する国の会計年度の翌年度の六月十日までとする。 ３ 農林水産業施設災害復旧事業費国庫補助の暫定措置に関する法律（以下「法」という。）第四条第一項又は第二項の規定により農林水産大臣の承認を受けた場合における令第八条の規定による事業成績書及び収支精算書の提出は、当該承認に当たつて農林水産大臣が指定する期日までに、農林水産大臣に提出してするものとする。 （書類の様式）第七条 令第一条の四の規定による災害復旧事業計画概要書及び災害復旧事業補助計画概要書、令第四条第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の規定による補助率増高申請書、令第五条の二第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の規定による連年災害補助率適用申請書、令第七条の規定による補助金交付申請書、災害復旧事業計画書、災害復旧事業補助計画書及び収支予算書、令第八条の規定による事業成績書及び収支精算書、第三条の規定による協議書並びに第五条の規定による報告書の様式は、農林水産大臣が別に定めて告示する。
（権限の委任）第八条 法第四条及び第六条並びに令第一条の四、第三条、第六条、第七条及び第八条の規定による農林水産大臣の権限のうち次に掲げる災害復旧事業に関するものは、地方農政局長に委任する。
一 農地又は農業用施設の災害復旧事業
二 農業協同組合、農業協同組合連合会、令第一条の二第一号に掲げる者、同条第二号に掲げる者（農業の振興を主たる目的とするものに限る。）又は同条第三号に掲げる者が所有する共同利用施設（同号に掲げる者が所有するものにあつては、農業に係るものに限る。）の災害復旧事業
附則
この省令は、公布の日から施行する。 平成二十三年東北地方太平洋沖地震による災害についての激甚災害及びこれに対し適用すべき措置の指定に関する政令（平成二十三年政令第十八号）第一条の規定により激甚災害として指定された災害に係る災害復旧事業について、法第三条の規定による補助を受けようとする場合における第一条の規定の適用については、同条中「災害発生後六十日」とあるのは、「災害発生後六十日（災害による被害状況の把握が著しく困難であると都道府県知事が認める市町村において実施する災害復旧事業に係るものについては、その把握が可能となつたとして都道府県知事が定める日から六十日）」とする。 平成二十三年に福島県において発生した災害に係る災害復旧事業について、法第三条第三項の規定による補助の比率により同条第一項第一号の経費につき同項の規定による補助を受けようとする場合、同条第三項各号の区分に従い、当該各号に定める比率を下らない比率によつてする同条第一項第二号の補助の経費につき、同項の規定による補助を受けようとする場合、法第三条の二第一項の規定による補助の比率により法第三条第一項第一号の経費につき同項の規定による補助を受けようとする場合又は法第三条の二第二項に規定する災害復旧事業につき、同項の規定を適用して同条第一項の規定により算出される比率を下らない比率によつてする法第三条第一項第二号の補助の経費につき、同項の規定による補助を受けようとする場合における第一条の規定の適用については、同条中「翌年一月三十一日」とあるのは、「翌年一月三十一日（災害による被害状況の把握が著しく困難であると福島県知事が認める市町村において実施する災害復旧事業に係るものについては、その把握が可能となつたとして福島県知事が定める日の属する年の翌年一月三十一日）」とする。 平成二十六年十一月二十二日の地震による災害に係る災害復旧事業について、法第三条の規定による補助を受けようとする場合における第一条の規定の適用については、同条中「災害発生後六十日」とあるのは、「災害発生後六十日（災害による被害状況の把握が著しく困難であると長野県知事が認める市町村において実施する災害復旧事業に係るものについては、その把握が可能となつたとして長野県知事が定める日から六十日）」とする。 平成二十六年十一月二十二日の地震による災害に係る災害復旧事業について、法第三条第三項の規定による補助の比率により同条第一項第一号の経費につき同項の規定による補助を受けようとする場合、同条第三項各号の区分に従い、当該各号に定める比率を下らない比率によつてする同条第一項第二号の補助の経費につき、同項の規定による補助を受けようとする場合、法第三条の二第一項の規定による補助の比率により法第三条第一項第一号の経費につき同項の規定による補助を受けようとする場合又は法第三条の二第二項に規定する災害復旧事業につき、同項の規定を適用して同条第一項の規定により算出される比率を下らない比率によつてする法第三条第一項第二号の補助の経費につき、同項の規定による補助を受けようとする場合における第一条の規定の適用については、同条中「翌年一月三十一日」とあるのは、「翌年一月三十一日（災害による被害状況の把握が著しく困難であると長野県知事が認める市町村において実施する災害復旧事業に係るものについては、平成二十八年一月三十一日）」とする。附則（昭和二六年五月九日農林省令第二九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和二七年六月一一日農林省令第四一号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和二九年六月八日農林省令第三三号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和三〇年一一月一日農林省令第四七号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和三一年一〇月三日農林省令第五二号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和三六年六月一三日農林省令第三二号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和四三年一〇月一日農林省令第六〇号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和五三年五月二〇日農林省令第三四号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和五三年七月五日農林省令第四九号）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
附則（昭和五九年五月一一日農林水産省令第一七号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一二年二月二九日農林水産省令第一四号）
この省令は、平成十二年四月一日から施行する。附則（平成一二年九月一日農林水産省令第八二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。