第一条 農林水産業施設災害復旧事業費国庫補助の暫定措置に関する法律（以下「法」という。）第二条第三項第一号の政令で定める沿岸漁場整備開発施設は、護岸、堤防、突堤、導流堤及び水路（しゆんせつによるものを除く。）並びに水産動植物の定着のための捨石工その他の施設で農林水産大臣の定める基準に適合するものとする。
（共同利用施設の所有者）第一条の二 法第二条第四項の政令で定める法人は、次に掲げる法人とする。
一 農事組合法人であつて、組合員たる資格、組合員の加入及び脱退に関する事項、組合員の属する世帯数その他農林水産大臣の定める事項が農林水産大臣の定める基準に適合するもの
二 農業、林業又は水産業の振興を主たる目的とする一般社団法人又は一般財団法人であつて、次に掲げる者が、一般社団法人にあつては総社員の議決権の過半数を保有し、一般財団法人にあつては基本財産の額の過半を拠出しているもの イ 農業の振興を主たる目的とする法人にあつては、農業を営む者、農業協同組合、農業協同組合連合会、農事組合法人又は地方公共団体
ロ 林業の振興を主たる目的とする法人にあつては、林業を営む者、森林組合、生産森林組合、森林組合連合会又は地方公共団体
ハ 水産業の振興を主たる目的とする法人にあつては、水産業を営む者、水産業協同組合又は地方公共団体
三 地方公共団体
（共同利用施設の種類）第一条の三 法第二条第四項の所有者の区分ごとに政令で定める施設は、農業協同組合、農業協同組合連合会、森林組合、生産森林組合、森林組合連合会、水産業協同組合並びに前条第一号及び第二号に掲げる者の所有に係るものにあつては農林水産物（その加工品を含む。）倉庫、農林水産業用生産資材倉庫、農林水産物処理加工施設、農林水産業用生産資材（堆肥その他の自給的資材に限る。）製造施設、共同作業場、産地（水揚地を含む。）市場施設、種苗生産施設、家畜繁殖施設、共同放牧施設、養殖施設、農林水産業用機具（漁船を含む。）修理施設、通信施設、電気供給施設、製氷冷凍冷蔵施設（貯氷施設を含む。）、給水施設、給油施設、林産物搬送施設、家畜診療施設、公害防止施設（農林水産物の生産又は処理加工に伴つて生ずる公害の防止のために必要なものに限る。以下この条において同じ。）及び鳥獣侵入防止施設とし、前条第三号に掲げる者の所有に係るものにあつては種苗生産施設、家畜繁殖施設、共同放牧施設、公害防止施設及び鳥獣侵入防止施設とする。
（災害復旧事業計画概要書等の提出）第一条の四 法第三条の規定による補助を受けようとする都道府県は、農林水産省令で定める手続に従い、同条第一項第一号の経費の補助を受けようとする場合には災害復旧事業計画概要書、同項第二号の経費の補助を受けようとする場合には災害復旧事業補助計画概要書を農林水産大臣に提出しなければならない。
（国が補助する経費の範囲）第二条 法第三条第一項第一号の規定により国が補助する災害復旧事業の事業費は、当該災害復旧事業の工事のため直接必要な本工事費、附帯工事費、用地費、補償費及び機械器具費の合計額（以下「工事費」という。）とし、同項第二号の規定により国が補助する経費は、災害復旧事業の工事費の補助に要する経費とする。
２ 前項に規定する工事費には、農林水産大臣が特別の事情があると認める応急工事費、応急工事に使用した材料で復旧工事に使用できるものに要した費用及び仮締切、瀬替その他復旧工事に必要な仮設工事に要する費用を含むものとする。 （災害復旧事業費の決定等）第三条 農林水産大臣は、第一条の四の規定により災害復旧事業計画概要書又は災害復旧事業補助計画概要書を受理したときは、その定める基準に従つて審査を行い、当該災害復旧事業の事業費を決定し、その結果を都道府県に通知する。
２ 前項の規定により通知を受けた都道府県は、当該災害復旧事業計画概要書又は当該災害復旧事業補助計画概要書の変更（農林水産省令で定める軽微な変更を除く。）をしようとするときは、農林水産省令で定めるところにより、あらかじめ農林水産大臣に協議し、その同意を得なければならない。 ３ 第一項の規定により通知を受けた都道府県は、当該災害復旧事業を中止し、又は廃止したときは、農林水産省令で定めるところにより、その旨を農林水産大臣に報告しなければならない。 （補助率増高の申請）第四条 法第三条第三項の規定による補助の比率により同条第一項第一号の経費につき同項の規定による補助を受けようとする都道府県は、第一条の四の規定により災害復旧事業計画概要書を提出するほか、農林水産省令で定める手続に従い、補助率増高申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
２ 前項の規定は、法第三条第三項各号の区分に従い、当該各号に定める比率を下らない比率によつてする同条第一項第二号の補助の経費につき、同項の規定による補助を受けようとする都道府県について準用する。 ３ 農林水産大臣は、第一項（前項において準用する場合を含む。）の規定により提出された補助率増高申請書の審査の結果に基き、法第三条第四項の地域の指定を行う。 （高率補助の適用範囲）第五条 法第三条第三項各号列記以外の部分の政令で定める額は、次のとおりとする。
一 農地及び農業用施設に係るもの
二 林道に係るもの
三 漁業用施設に係るもの
２ 法第三条第三項第一号及び第二号の政令で定める額は、市町村ごとに、その区域内にある農地又はその区域内にある農地が受益する農業用施設について、その年に発生した災害に係る災害復旧事業の事業費の総額が、その区域内にある農地につき耕作の事業を行う者であつて当該災害を受けたものの総数を十五万円に乗じた額をこえる場合において、そのこえる部分の額を当該農地と農業用施設との災害復旧事業の事業費の額に応じてあん分した額とする。 ３ 法第三条第三項第三号イ及びロの政令で定める額は、市町村ごとに、その区域内にある奥地幹線林道又はその他の林道について、その年に発生した災害に係る災害復旧事業の事業費の総額が、当該災害復旧事業に係る林道の総延長のメートル数を千二百円に乗じた額をこえる場合において、そのこえる部分の額を当該奥地幹線林道とその他の林道との災害復旧事業の事業費の額に応じてあん分した額とする。 ４ 法第三条第三項第四号の政令で定める額は、市町村ごとに、その区域内又は地先にある漁業用施設について、その年に発生した災害に係る災害復旧事業の事業費の総額が、当該市町村のその年の四月一日の属する会計年度における標準税収入を当該市町村の世帯数で除した額にその区域内に住所を有する漁業を営み又はこれに従事する者（水産業協同組合の組合員である者に限る。）の属する世帯数を乗じた額の六倍に相当する額を超える場合において、その超える部分の額とする。 （連年災害補助率適用の申請）第五条の二 法第三条の二第一項の規定による補助の比率により法第三条第一項第一号の経費につき同項の規定による補助を受けようとする都道府県は、第一条の四の規定により災害復旧事業計画概要書を提出するほか、農林水産省令で定める手続に従い、連年災害補助率適用申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
２ 前項の規定は、法第三条の二第二項に規定する災害復旧事業につき、同項の規定を適用して同条第一項の規定により算出される比率を下らない比率によつてする法第三条第一項第二号の補助の経費につき、同項の規定による補助を受けようとする都道府県について準用する。 （連年災害補助率の適用地域）第五条の三 法第三条の二第一項の政令で定める地域は、左に掲げる市町村の区域とする。
一 農地及び農業用施設に係るもの
二 林道に係るもの
２ 前項の市町村は、その年ごとに、農林水産大臣が告示する。 （当該年度の補助金の額の決定）第六条 農林水産大臣は、第三条の規定により決定した災害復旧事業費に基いて、当該年度における法第三条の規定による補助金の額を決定し、これを都道府県に通知する。
（補助金交付の申請）第七条 前条の規定により通知を受けた都道府県は、農林水産省令で定める手続に従い、補助金交付申請書に、法第三条第一項第一号の経費に係るものにあつては災害復旧事業計画書及び収支予算書、同項第二号の経費に係るものにあつては災害復旧事業補助計画書、収支予算書及び補助金交付規程を添えて、これを農林水産大臣に提出しなければならない。
（緊要な災害復旧事業）第七条の二 法第三条の三の政令で定める災害復旧事業は、農林水産業の生産の維持及び経営の安定に重大な支障を及ぼす災害に係る災害復旧事業であつて、次に掲げるものとする。
一 農地については、耕土の流失、土砂の流入、埋没、沈下、隆起又はき裂で、これにより当該農地についての耕作の継続を不可能又は著しく困難とするものによつて必要を生じた事業
二 農業用施設については、次の表の上欄に掲げる農業用施設について、それぞれ同表の下欄に掲げる災害によつて必要を生じた事業
三 林業用施設については、次の表の上欄に掲げる林業用施設について、それぞれ同表の下欄に掲げる災害によつて必要を生じた事業
四 漁業用施設については、次の表の上欄に掲げる漁業用施設について、それぞれ同表の下欄に掲げる災害によつて必要を生じた事業
（事業成績書等の提出）第八条 法第三条の規定による補助を受けた都道府県は、農林水産省令で定める手続に従い、事業成績書及び収支精算書を農林水産大臣に提出しなければならない。
（適用除外）第九条 次に掲げる農地等に係る災害復旧事業は、法第五条第一号の経済効果の小さいものとする。
一 傾斜が二十度を超える農地（その農地の利用又は保全のための農業用施設を含む。以下同じ。）であつて、農地の傾斜による生産条件の著しい格差がないと認められるものとして農林水産大臣が定める農作物の栽培の用に供するもの以外のもの
二 土層の厚さが四十センチメートル未満の農地
三 土性が粗い砂土、火山灰、火山れき又は高位泥炭土の農地
四 当該農地と関連のある他の工事が完了しなければ効果のない農地
五 有効幅員百二十センチメートル未満の農業用道路
六 その災害復旧事業の事業費の額が、当該災害にかかつた農地に代わる農地を造成するのに要する標準的な費用の額として、農林水産大臣が毎年定めるところにより、算定される金額を超える農地
附則
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和二六年五月八日政令第一三八号）
この政令は、公布の日から施行し、昭和二十六年四月一日から適用する。附則（昭和二七年五月一三日政令第一四六号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和二八年一一月二八日政令第三五七号）
この政令は、公布の日から施行する。 但し、農林水産業施設災害復旧事業費国庫補助の暫定措置に関する法律施行令第十条第六号の改正規定は、昭和二十八年度分の補助金から適用する。附則（昭和二九年六月二日政令第一三一号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和三〇年一一月一日政令第二九五号）
この政令は、公布の日から施行し、昭和三十年一月一日以後に発生した災害に係る災害復旧事業について適用する。附則（昭和三一年八月二二日政令第二六八号）
この政令は、公布の日から施行する。 ただし、改正後の農林水産業施設災害復旧事業費国庫補助の暫定措置に関する法律施行令第七条の二の規定は、昭和三十一年一月一日以後に発生した災害に係る災害復旧事業について適用する。附則（昭和三三年一二月二五日政令第三四四号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和三四年二月六日政令第一三号）
この政令は、公布の日から施行し、昭和三十三年一月一日以後の災害に係る災害復旧事業について適用する。附則（昭和三六年六月八日政令第一八三号）
この政令は、公布の日から施行し、昭和三十五年一月一日以後に発生した災害について適用する。附則（昭和四四年四月一一日政令第九一号）
この政令は、公布の日から施行する。 この政令による改正後の農林水産業施設災害復旧事業費国庫補助の暫定措置に関する法律施行令第九条第六号の規定は、昭和四十四年一月一日以後に発生した災害に係る災害復旧事業から適用し、同日前に発生した災害に係る災害復旧事業については、なお従前の例による。附則（昭和五三年七月五日政令第二八二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、公布の日から施行する。
附則（昭和五九年五月一一日政令第一二九号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（昭和六〇年八月一〇日政令第二四九号）
この政令は、公布の日から施行し、昭和六十年一月一日以後に発生した災害に係る災害復旧事業について適用する。 昭和六十年一月一日からこの政令の施行の日の前日までの間に発生した災害に係る災害復旧事業のうち、改正前の第九条第六号に掲げる農地に該当せず、かつ、改正後の同号に掲げる農地に該当する農地に係る災害復旧事業については、なお従前の例による。附則（平成一一年一二月二二日政令第四一六号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十二年四月一日から施行する。
（罰則に関する経過措置）
第二十二条 この政令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附則（平成一二年六月七日政令第三一〇号）
（施行期日）
第一条 この政令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。
附則（平成一九年三月二日政令第三九号）
この政令は、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律の施行の日から施行する。附則（平成二二年四月一日政令第九八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 第一条の規定による改正後の土地改良法施行令第五十二条第一項第二号の二及び第四項並びに第七十八条の規定、第二条の規定による改正後の農林水産業施設災害復旧事業費国庫補助の暫定措置に関する法律施行令第二条第一項の規定並びに第三条の規定による改正後の森林法施行令第六条の規定は、平成二十二年度以降の年度の予算に係る国の負担（当該国の負担に係る都道府県の負担を含む。以下同じ。）又は補助（平成二十一年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十二年度に支出すべきものとされた国の補助を除く。）について適用し、平成二十一年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十二年度に支出すべきものとされた国の補助及び平成二十一年度以前の年度の歳出予算に係る国の負担又は補助で平成二十二年度以降の年度に繰り越されたものについては、なお従前の例による。