会計検査院事務総局事務分掌及び分課規則を次のように定める。
第一章 事務総長官房
第一条 事務総長官房に、総務、人事、調査、会計及び法規の五課を置く。
第二条 総務課は、次の事務をつかさどる。
一 検査官会議の議事に関すること
二 院長又は総長の決裁を要する文書（図画及び電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によつては認識することができない方式で作られた記録をいう。）を含む。以下同じ。）（人事課の所掌に属するものを除く。）の取扱いに関すること
三 国会との交渉に関すること
四 広報に関すること
五 各局に共通する検査事項の処理に関すること
六 会計検査院法（昭和二十二年法律第七十三号）第二十三条の規定による検査をするものの指定に関すること
七 検査の計画及び実施に関する企画及び調整に関すること
八 年報の整備に関すること
九 前各号に掲げるもののほか、他の所掌に属しない事務
第三条 人事課は、次の事務をつかさどる。
一 院長の互選に関すること
二 院長に代わつてその職務を行う検査官を定める合議に関すること
三 会計検査院長、会計検査院事務総長及び会計検査院事務総局次長の官印並びに会計検査院印及び会計検査院事務総局印の管守に関すること
四 職員の出張に関すること
五 職員の任免、給与、分限、懲戒、保障、服務、職員団体及び人事記録に関すること（災害補償に関することを除く。）
六 機構及び定員に関すること
七 児童手当に関すること
八 その他人事に関すること
第四条 調査課は、次の事務をつかさどる。
一 財政及び経済の調査に関すること
二 会計検査に関する調査研究に関すること
三 外国の財政監督制度の調査に関すること
四 最高会計検査機関国際組織に関すること
五 国際協力及び海外との連絡に関すること
第五条 会計課は、左の事務を掌る。
一 予算、決算及び収入、支出に関すること
二 国有財産及び物品（図書を除く。）に関すること
三 営繕及び契約に関すること
四 庁中の衛生及び警備に関すること
第六条 法規課は、次の事務をつかさどる。
一 会計検査院諸法規の制定及び改廃に関すること
二 会計検査院の所掌事務に関する改善事項の企画立案に関すること
三 法制の調査に関すること
四 会計検査院法第三十七条又は予算執行職員等の責任に関する法律（昭和二十五年法律第百七十二号）第九条第五項の規定による意見の表示に関すること
五 計算証明規則（昭和二十七年会計検査院規則第三号）に基づく指定又は承認に関すること
六 検査済否報告表の調査及び整理に関すること
七 会計検査院の保有する情報の公開に関すること
八 会計検査院の保有する個人情報の保護に関すること
九 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること
十 前三号に掲げるもののほか、他の所掌に属しない情報の管理に関すること
十一 官報掲載に関すること
十二 印刷に関すること
第六条の二 上席検定調査官は、次の事務をつかさどる。
一 懲戒処分の要求に関すること
二 弁償責任の検定に関すること
三 検察庁に対する通告に関すること
四 審査に関すること
第六条の三 上席企画調査官は、次の事務をつかさどる。
一 会計検査に関する中長期的な企画に関すること
二 各局に共通する検査手法の開発及び検査事務の合理化に関すること
三 会計検査院情報公開・個人情報保護審査会の庶務に関すること
四 その他特に命ぜられた事項に関すること
第七条 厚生管理官は、次の事務をつかさどる。
一 職員の保健、衛生及び医療に関すること
二 宿舎の運営に関すること
三 会計検査院共済組合に関すること
四 その他職員の福利厚生に関すること
五 職員の災害補償に関すること
第七条の二 上席情報システム調査官は、情報システムに関する事務をつかさどる。
第七条の三 能力開発官は、次の事務をつかさどる。
一 会計検査院の所掌事務に関する研修に関すること
二 検査を受けるものの会計の監査に関する調査及び意見交換その他必要な連携に関すること
三 検査のための資料及び情報の収集、管理及び提供に関すること
四 会計検査院の活動に関する資料（年報を除く。）の整備に関すること
五 図書の管理に関すること
六 国立国会図書館支部会計検査院図書館の業務に関すること
第二章 各局
第八条 各局に、別表課及び上席調査官の欄に掲げる課を置く。
第九条 各局に置かれる課及び上席調査官の事務分掌は、それぞれ別表事務分掌事項欄に定めるところによる。
第十条 監理官は、次の事務をつかさどる。
一 局内各課（上席調査官を含む。以下この条において同じ。）から局長に提出する文書の取扱いに関すること
二 局内各課に共通する検査事項の処理に関すること
三 局長印の管守に関すること
四 局長から特に命ぜられた事項について検査を行うこと
五 前各号に掲げるもののほか、局の事務で、他の課の所掌に属しないものに関すること
附則
この規則は、昭和二十二年五月三日から、これを施行する。附則（昭和二三年一二月二〇日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から、これを施行する。附則（昭和二四年六月一日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和二四年九月一日会計検査院規則第七号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和二五年一月二一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和二六年一月一六日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和二七年一月一六日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和三〇年八月一日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和三四年四月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和三六年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、昭和三十六年四月一日から施行する。附則（昭和三七年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、昭和三十七年四月一日から施行する。附則（昭和三八年四月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、昭和三十八年四月一日から施行する。附則（昭和四三年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、昭和四十三年四月一日から施行する。附則（昭和四七年二月三日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和四八年一一月二日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和五二年一月二六日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和五三年一月七日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和五三年三月一八日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和五三年七月二六日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧八郎潟新農村建設事業団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和五四年一月三一日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和五四年九月二七日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和五五年七月一五日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。 通商産業省の石炭及び石油対策特別会計に係る経理の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和五五年一一月四日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧オリンピツク記念青少年総合センター、旧中小企業共済事業団、旧石炭鉱業合理化事業団及び旧中小企業振興事業団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和五六年一月二一日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和五六年七月二九日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和五六年一一月四日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧日本住宅公団、旧宅地開発公団、旧こどもの国協会及び旧日本蚕糸事業団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和五七年一〇月二八日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧京浜外貿埠頭公団及び旧阪神外貿埠頭公団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和五八年六月一〇日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧漁業共済基金及び旧日本航空機製造株式会社の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和五九年四月一一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和五九年一二月一七日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和六〇年二月一三日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧医療金融公庫の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和六〇年四月二三日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧日本専売公社、旧日本原子力船研究開発事業団及び旧日本電信電話公社の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和六〇年一〇月二一日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧大阪国際空港周辺整備機構及び旧福岡空港周辺整備機構の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和六一年三月二〇日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧国立競技場の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和六一年七月一七日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和六一年一〇月二〇日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧農業機械化研究所の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和六一年一二月一七日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和六二年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和六二年四月二四日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧日本国有鉄道の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和六二年一〇月一二日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧中央漁業信用基金及び旧林業信用基金の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（昭和六二年一二月一八日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和六三年三月三〇日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和六三年五月二日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和六三年七月二九日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（昭和六三年一〇月三一日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成元年三月三日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成元年五月二九日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成元年一〇月一一日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成元年一〇月三一日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二年二月一九日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二年五月二八日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成三年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成三年八月六日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成三年一〇月九日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧新幹線鉄道保有機構の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成三年一二月一七日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成四年四月一〇日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成四年八月六日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成四年一〇月八日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成五年五月二七日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。 通商産業省の石炭並びに石油及び石油代替エネルギー対策特別会計に係る経理の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成六年四月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成六年五月二七日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成六年六月二四日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成八年八月五日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成八年一〇月九日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧蚕糸砂糖類価格安定事業団、旧畜産振興事業団、旧石炭鉱害事業団、旧日本科学技術情報センター及び旧新技術事業団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成九年一〇月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧船舶整備公団及び旧鉄道整備基金の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成九年一二月二六日会計検査院規則第四号）
この規則は、平成十年一月一日から施行する。 旧日本私学振興財団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一〇年六月二九日会計検査院規則第三号）
この規則は、平成十年七月一日から施行する。 旧アジア経済研究所の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一〇年九月二九日会計検査院規則第四号）
この規則は、平成十年十月一日から施行する。附則（平成一〇年一〇月三〇日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧日本国有鉄道清算事業団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一一年四月一六日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成一一年七月一日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧繊維産業構造改善事業協会、旧中小企業信用保険公庫及び旧中小企業事業団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一一年一〇月一日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧海外経済協力基金、旧雇用促進事業団、旧住宅・都市整備公団、旧農用地整備公団、旧環境衛生金融公庫、旧北海道東北開発公庫、旧日本開発銀行及び旧日本輸出入銀行の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一二年四月四日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧農業共済基金の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一二年六月二八日会計検査院規則第四号）
この規則は、平成十二年七月一日から施行する。附則（平成一二年一一月九日会計検査院規則第五号）
この規則は、平成十三年一月六日から施行する。附則（平成一三年二月二七日会計検査院規則第一号）
この規則は、平成十三年三月一日から施行する。 旧造船業基盤整備事業協会の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一三年三月三〇日会計検査院規則第四号）
この規則は、平成十三年四月一日から施行する。 旧年金福祉事業団、旧国立教育会館及び旧アルコール専売事業特別会計の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一三年四月六日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表の規定は、各独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人をいう。）成立の日から適用する。附則（平成一四年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表の備考二の規定は、平成十四年二月八日から適用し、改正後の別表第二局防衛検査第一課の事務分掌事項欄の規定は、独立行政法人駐留軍等労働者労務管理機構成立の日から適用する。 経済産業省の石炭並びに石油及びエネルギー需給構造高度化対策特別会計に係る経理の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一四年六月二八日会計検査院規則第三号）
この規則は、自動車検査独立行政法人の成立の日から施行する。附則（平成一五年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の第二条第二号の規定は、平成十五年二月三日から、改正後の別表第一局上席調査官（財務担当）の事務分掌事項欄の規定（貨幣回収準備資金に係る経理に係る部分を除く。）は、独立行政法人造幣局及び独立行政法人国立印刷局の成立の日から適用する。 旧基盤技術研究促進センターの検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一五年八月五日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成一五年一〇月一日会計検査院規則第八号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表の規定は、各独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人をいう。）の成立の日から適用する。 旧国民生活センター、旧日本万国博覧会記念協会、旧北方領土問題対策協会、旧国際交流基金、旧国際協力事業団、旧平和祈念事業特別基金、旧通関情報処理センター、旧社会福祉・医療事業団、旧心身障害者福祉協会、旧日本労働研究機構、旧日本障害者雇用促進協会、旧国際観光振興会、旧自動車事故対策センター、旧運輸施設整備事業団、旧水資源開発公団、旧海上災害防止センター、旧空港周辺整備機構、旧日本芸術文化振興会、旧日本体育・学校健康センター、旧理化学研究所、旧宇宙開発事業団、旧科学技術振興事業団、旧独立行政法人航空宇宙技術研究所、旧日本学術振興会、旧生物系特定産業技術研究推進機構、旧農林漁業信用基金、旧農畜産業振興事業団、旧海洋水産資源開発センター、旧緑資源公団、旧日本貿易振興会、旧新エネルギー・産業技術総合開発機構、旧日本鉄道建設公団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一五年一二月一八日会計検査院規則第一〇号）
この規則は、公布の日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。一 第二条中別表第二局厚生労働検査第二課の事務分掌事項欄の改正規定 独立行政法人雇用・能力開発機構の成立の日
二 第二条中別表第五局経済産業検査課の事務分掌事項欄の改正規定 独立行政法人情報処理推進機構の成立の日
三 第二条中別表第五局上席調査官（経済産業担当）の事務分掌事項欄の改正規定 石油公団法及び金属鉱業事業団法の廃止等に関する法律（平成十四年法律第九十三号）第一条（第二号に係る部分に限る。）の規定の施行の日
第一条の規定による改正後の別表第五局上席調査官（経済産業担当）の事務分掌事項欄の規定は、平成十五年十一月二十五日から適用する。 旧雇用・能力開発機構、旧情報処理振興事業協会及び旧金属鉱業事業団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一六年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第二局上席調査官（年金担当）の事務分掌事項欄の規定は平成十六年一月二十六日から、同表第三局上席調査官（都市・地域担当）の事務分掌事項欄の規定は同年同月二十三日から、同表第二局厚生労働検査第二課の事務分掌事項欄の規定中独立行政法人労働者健康福祉機構に係る部分は独立行政法人労働者健康福祉機構の成立の日から、同局厚生労働検査第三課の事務分掌事項欄の規定中独立行政法人国立病院機構に係る部分は独立行政法人国立病院機構の成立の日から、同表第四局文部科学検査第一課の事務分掌事項欄の規定中独立行政法人日本学生支援機構に係る部分は独立行政法人日本学生支援機構の成立の日から、同局文部科学検査第二課の事務分掌事項欄の規定中独立行政法人海洋研究開発機構に係る部分は独立行政法人海洋研究開発機構の成立の日から適用する。 旧環境事業団、旧公害健康被害補償予防協会、旧医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構、旧労働福祉事業団、国立病院特別会計、旧農業者年金基金、旧新東京国際空港公団、旧日本育英会、旧海洋科学技術センター、旧国立学校特別会計、旧通信・放送機構及び旧帝都高速度交通営団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一六年七月一日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧都市基盤整備公団、旧地域振興整備公団、旧産業基盤整備基金及び旧中小企業総合事業団の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一六年一〇月一日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第五局上席調査官（融資機関担当）の事務分掌事項欄の規定中独立行政法人奄美群島振興開発基金に係る部分は独立行政法人奄美群島振興開発基金の成立の日から適用する。 旧奄美群島振興開発基金の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一六年一二月一日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成一七年一月二四日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第四局文部科学検査第一課の事務分掌事項欄の規定は、平成十七年一月五日から適用する。附則（平成一七年四月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第二局厚生労働検査第一課の事務分掌事項欄の規定は、独立行政法人医薬基盤研究所の成立の日から適用する。 予算決算及び会計令等の一部を改正する政令（平成十七年政令第一号）附則第二条の規定による廃止前の支出に関する事務を電子情報処理組織を使用して処理する場合における予算決算及び会計令等の臨時特例に関する政令（昭和五十五年政令第二十二号）第三条第二項に規定するセンター支出官の取り扱う経理の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一七年九月一日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第三局国土交通検査第一課の事務分掌事項欄の規定は、独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構の成立の日から適用する。附則（平成一七年九月三〇日会計検査院規則第七号）
この規則は、平成十七年十月一日から施行し、改正後の別表第二局上席調査官（年金担当）の事務分掌事項欄の規定は、独立行政法人年金・健康保険福祉施設整理機構の成立の日から、同表第四局文部科学検査第二課の事務分掌事項欄の規定は、独立行政法人日本原子力研究開発機構の成立の日から適用する。 旧日本道路公団、旧首都高速道路公団、旧阪神高速道路公団、旧本州四国連絡橋公団、旧日本原子力研究所及び旧核燃料サイクル開発機構の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一八年一月二三日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成一八年一月三〇日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成一八年三月三一日会計検査院規則第三号）
この規則は、平成十八年四月一日から施行し、改正後の別表第一局司法検査課の事務分掌事項欄の規定は、日本司法支援センターの成立の日から、同表第二局上席調査官（年金担当）の事務分掌事項欄の規定は、年金積立金管理運用独立行政法人の成立の日から適用する。 旧独立行政法人消防研究所、旧独立行政法人産業医学総合研究所、旧年金資金運用基金、旧独立行政法人北海道開発土木研究所、旧独立行政法人海技大学校、旧独立行政法人国立青年の家、旧独立行政法人国立少年自然の家、旧独立行政法人農業者大学校、旧独立行政法人農業工学研究所、旧独立行政法人食品総合研究所及び旧独立行政法人さけ・ます資源管理センターの検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一八年七月三一日会計検査院規則第七号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成一八年一一月三〇日会計検査院規則第八号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成一九年一月九日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成一九年三月三一日会計検査院規則第五号）
この規則は、平成十九年四月一日から施行する。 旧住宅金融公庫、旧独立行政法人文化財研究所、旧独立行政法人肥飼料検査所、旧独立行政法人農薬検査所、旧独立行政法人林木育種センター並びに経済産業省の旧電源開発促進対策特別会計及び旧石油及びエネルギー需給構造高度化対策特別会計に係る経理の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一九年八月三一日会計検査院規則第六号）
この規則は、平成十九年九月一日から施行する。附則（平成一九年一〇月一日会計検査院規則第七号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧日本郵政公社の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成一九年一一月三〇日会計検査院規則第八号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧総合研究開発機構の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成二〇年四月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。 平成二十年三月三十一日以前の日本電信電話株式会社の株式の売払収入の活用による社会資本の整備の促進に関する特別措置法（昭和六十二年法律第八十六号。以下「社会資本整備特別措置法」という。）第二条第一項又は第二条の二第一項の規定による貸付け（特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）附則第三百十七条の規定による改正前の社会資本整備特別措置法第六条第二項第一号の特別融資関係特別会計において経理されるものを除く。）に関し各省各庁において取り扱う経理及び当該貸付けに係る会計検査院法第二十三条第一項第三号に規定する会計の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成二〇年四月一日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧独立行政法人緑資源機構の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成二〇年七月四日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二〇年一〇月一日会計検査院規則第七号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧公営企業金融公庫、旧国際協力銀行、旧独立行政法人通関情報処理センター、社会保険庁の旧政府管掌健康保険事業の医療給付に係る経理、旧農林漁業金融公庫、旧国民生活金融公庫、旧中小企業金融公庫、旧日本政策投資銀行及び旧商工組合中央金庫の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成二一年四月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二一年六月一日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二一年八月六日会計検査院規則第七号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第五局経済産業検査第一課の事務分掌事項欄の規定は、株式会社産業革新機構の成立の日から適用する。附則（平成二一年一〇月一日会計検査院規則第八号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二一年一二月二八日会計検査院規則第九号）
この規則は、平成二十二年一月一日から施行する。附則（平成二二年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二三年二月一〇日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第一局財務検査第一課の事務分掌事項欄の規定は、平成二十三年二月一日から適用する。附則（平成二三年四月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二三年七月一日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二三年九月二二日会計検査院規則第八号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第五局経済産業検査第二課の事務分掌事項欄の規定は、原子力損害賠償支援機構の成立の日から適用する。附則（平成二三年九月三〇日会計検査院規則第九号）
この規則は、平成二十三年十月一日から施行する。附則（平成二三年一一月一日会計検査院規則第一一号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成二四年二月一〇日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二四年二月二四日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第一局財務検査第一課の事務分掌事項欄の規定は、平成二十四年二月十七日から適用する。附則（平成二四年三月三〇日会計検査院規則第三号）
この規則は、平成二十四年四月一日から施行する。 ただし、第二条の規定は、同年七月一日から施行する。附則（平成二四年九月一九日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二五年二月一三日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第四局農林水産検査第一課の事務分掌事項欄の規定は、株式会社農林漁業成長産業化支援機構の成立の日から適用する。附則（平成二五年四月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二五年一〇月一日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧独立行政法人海上災害防止センターの検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成二五年一〇月一六日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第五局上席調査官（融資機関担当）の事務分掌事項欄の規定は、株式会社民間資金等活用事業推進機構の成立の日から適用する。附則（平成二五年一一月二二日会計検査院規則第七号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第五局経済産業検査第一課の事務分掌事項欄の規定は株式会社海外需要開拓支援機構の成立の日から適用する。附則（平成二六年四月一日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。 旧独立行政法人日本万国博覧会記念機構の検査の事務分掌については、なお従前の例による。附則（平成二六年八月一八日会計検査院規則第七号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二六年一〇月三一日会計検査院規則第八号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第三局国土交通検査第一課の事務分掌事項欄の規定は、株式会社海外交通・都市開発事業支援機構の成立の日から適用する。附則（平成二六年一一月二一日会計検査院規則第九号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二六年一二月一〇日会計検査院規則第一〇号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二六年一二月二四日会計検査院規則第一一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二七年三月一〇日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二七年四月一日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二七年一〇月一日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行する。 ただし、別表第五局情報通信検査課の事務分掌事項欄の改正規定は、株式会社海外通信・放送・郵便事業支援機構の成立の日から施行する。附則（平成二八年四月一日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二八年五月六日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行する。 第一条の規定による改正後の別表第三局国土交通検査第二課の事務分掌事項欄の規定は、平成二十八年三月十八日から適用する。附則（平成二八年一一月二四日会計検査院規則第九号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二九年二月三日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第二局厚生労働検査第二課の事務分掌事項欄の規定は、外国人技能実習機構の成立の日から適用する。附則（平成二九年三月三一日会計検査院規則第三号）
この規則は、平成二十九年四月一日から施行する。附則（平成二九年七月七日会計検査院規則第六号）
この規則は、平成二十九年七月十一日から施行する。附則（平成二九年九月一日会計検査院規則第七号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成二九年一二月一日会計検査院規則第九号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成三〇年七月二〇日会計検査院規則第二号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成三〇年九月二五日会計検査院規則第三号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（平成三一年四月一日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（令和二年一月七日会計検査院規則第一号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（令和二年四月一日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（令和三年七月一日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（令和三年九月一日会計検査院規則第六号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（令和四年四月一日会計検査院規則第七号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（令和四年一一月一四日会計検査院規則第九号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第三局環境検査課の事務分掌事項欄の規定は、株式会社脱炭素化支援機構の成立の日から適用する。附則（令和五年三月三一日会計検査院規則第四号）
この規則は、令和五年四月一日から施行し、改正後の別表第一局総務検査課の事務分掌事項欄の規定は、福島国際研究教育機構の成立の日から適用する。 この規則による改正前の別表の備考三の規定により事務総長から特に命ぜられた事項は、この規則の施行の際、改正後の別表の備考三の規定により事務総長から特に命ぜられた事項とみなす。附則（令和五年九月一日会計検査院規則第五号）
この規則は、公布の日から施行する。附則（令和五年九月二九日会計検査院規則第六号）
この規則は、令和五年十月一日から施行する。附則（令和六年四月一日会計検査院規則第二号）
この規則は、金融経済教育推進機構の成立の日から施行する。附則（令和六年六月一四日会計検査院規則第四号）
この規則は、公布の日から施行し、改正後の別表第五局経済産業検査第二課の事務分掌事項欄の規定は、脱炭素成長型経済構造移行推進機構の成立の日から適用する。別表 （第八条、第九条関係）
| 局 | 課及び上席調査官 | 事務分掌事項 |
| 第一局 | 財務検査第一課 | 決算、債権及び物品の検査の総括 国会、内閣、内閣府（他の課（上席調査官を含む。以下同じ。）の所掌に属する分を除く。）、財務省（他の課の所掌に属する分を除く。）、日本銀行、預金保険機構、農水産業協同組合貯金保険機構、独立行政法人国立公文書館、独立行政法人北方領土問題対策協会及び金融経済教育推進機構その他国が資本金の二分の一以上を出資している法人（他の課の所掌に属する分を除く。）の検査に関する事務 国の会計経理に関する検査として行う財政状況に関する検査のうち横断的な処理を要するものとして事務総長から特に命ぜられた事項の検査に関する事務 |
| | 財務検査第二課 | 国有財産の検査の総括 人事院、内閣府の沖縄の振興及び開発に係る経理、公正取引委員会、カジノ管理委員会、消費者庁、財務省理財局の所掌に属する国有財産、貨幣回収準備資金に係る経理、財務省の財政投融資特別会計特定国有財産整備勘定に係る経理（他の課の所掌に属する分を除く。）、独立行政法人造幣局、独立行政法人国立印刷局、独立行政法人国民生活センター、公益財団法人塩事業センター及び日本たばこ産業株式会社の検査に関する事務 |
| | 司法検査課 | 裁判所、会計検査院、国家公安委員会、法務省、日本司法支援センター及び自動車安全運転センターの検査に関する事務 |
| | 総務検査課 | 内閣府地方創生推進事務局、復興庁、総務省（他の課の所掌に属する分を除く。）、財政融資資金の地方債及び地方公共団体に対する貸付けに係る経理、福島国際研究教育機構並びに地方公共団体金融機構の検査に関する事務 検査を受けるものの東日本大震災からの復興に関する事業に係る経理に関する検査のうち横断的な処理を要するものとして事務総長から特に命ぜられた事項の検査に関する事務 |
| | 外務検査課 | 外務省、独立行政法人国際協力機構及び独立行政法人国際交流基金の検査に関する事務 |
| | 租税検査第一課 | 租税検査の総括 財務省大臣官房会計課の国税収納金整理資金に係る経理、財務省主税局及び関税局（他の課の所掌に属する分を除く。）、国税庁（他の課の所掌に属する分を除く。）、函館、東京、横浜各税関、独立行政法人酒類総合研究所並びに輸出入・港湾関連情報処理センター株式会社の検査に関する事務 |
| | 租税検査第二課 | 名古屋、大阪、広島、高松、福岡、熊本各国税局及び沖縄国税事務所並びに名古屋、大阪、神戸、門司、長崎各税関及び沖縄地区税関の検査に関する事務 |
| 第二局 | 厚生労働検査第一課 | こども家庭庁、厚生労働省（他の課の所掌に属する分を除く。）、独立行政法人福祉医療機構及び独立行政法人国立重度知的障害者総合施設のぞみの園の検査に関する事務 |
| | 厚生労働検査第二課 | 厚生労働省労働基準局、職業安定局、雇用環境・均等局及び人材開発統括官、中央労働委員会、独立行政法人勤労者退職金共済機構、独立行政法人高齢・障害・求職者雇用支援機構、独立行政法人労働政策研究・研修機構並びに外国人技能実習機構の検査に関する事務 |
| | 厚生労働検査第三課 | 厚生労働省老健局及び保険局並びに全国健康保険協会の医療給付に係る経理の検査に関する事務 |
| | 厚生労働検査第四課 | 厚生労働省年金局、年金積立金管理運用独立行政法人、全国健康保険協会（他の課の所掌に属する分を除く。）及び日本年金機構の検査に関する事務 |
| | 上席調査官（医療機関担当） | 厚生労働省大臣官房厚生科学課、医政局、健康・生活衛生局及び医薬局、検疫所、国立ハンセン病療養所、国立医薬品食品衛生研究所、国立保健医療科学院、国立社会保障・人口問題研究所、国立感染症研究所、独立行政法人労働者健康安全機構、独立行政法人国立病院機構、独立行政法人医薬品医療機器総合機構、国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所、独立行政法人地域医療機能推進機構、国立研究開発法人国立がん研究センター、国立研究開発法人国立循環器病研究センター、国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター、国立研究開発法人国立国際医療研究センター、国立研究開発法人国立成育医療研究センター並びに国立研究開発法人国立長寿医療研究センターの検査に関する事務 |
| | 防衛検査第一課 | 防衛省（他の課の所掌に属する分を除き、財務省から委任された財政投融資特別会計特定国有財産整備勘定に係る経理を含む。）及び独立行政法人駐留軍等労働者労務管理機構の検査に関する事務 |
| | 防衛検査第二課 | 海上幕僚監部、海上自衛隊の部隊及び機関、地方防衛局の海上自衛隊関係の装備品等の調達、補給及び管理並びに役務の調達に係る経理並びに防衛装備庁の海上自衛隊関係の経理の検査に関する事務 |
| | 防衛検査第三課 | 航空幕僚監部、航空自衛隊の部隊及び機関、地方防衛局の航空自衛隊関係の装備品等の調達、補給及び管理並びに役務の調達に係る経理並びに防衛装備庁の航空自衛隊関係の経理の検査に関する事務 |
| 第三局 | 国土交通検査第一課 | 国土交通省（他の課の所掌に属する分を除く。）、国立研究開発法人土木研究所、国立研究開発法人建築研究所、独立行政法人都市再生機構及び株式会社海外交通・都市開発事業支援機構の検査に関する事務 |
| | 国土交通検査第二課 | 国土交通省港湾局及び航空局、航空保安大学校、国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所、独立行政法人航空大学校、独立行政法人空港周辺整備機構、成田国際空港株式会社、新関西国際空港株式会社、横浜川崎国際港湾株式会社、中部国際空港株式会社並びに阪神国際港湾株式会社の検査に関する事務 |
| | 国土交通検査第三課 | 国土交通省水管理・国土保全局、独立行政法人水資源機構及び日本下水道事業団の検査に関する事務 |
| | 国土交通検査第四課 | 国土交通省都市局及び道路局並びに一般財団法人民間都市開発推進機構の検査に関する事務 |
| | 国土交通検査第五課 | 国土交通省鉄道局、物流・自動車局及び海事局、海難審判所、観光庁、気象庁、海上保安庁、運輸安全委員会、独立行政法人海技教育機構、独立行政法人自動車技術総合機構、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構、独立行政法人国際観光振興機構、独立行政法人自動車事故対策機構、東京地下鉄株式会社、北海道旅客鉄道株式会社、四国旅客鉄道株式会社並びに日本貨物鉄道株式会社の検査に関する事務 |
| | 環境検査課 | 環境省（他の課の所掌に属する分を除く。）、国立研究開発法人国立環境研究所、独立行政法人環境再生保全機構、中間貯蔵・環境安全事業株式会社及び株式会社脱炭素化支援機構の検査に関する事務 |
| | 上席調査官（道路担当） | 東日本高速道路株式会社、中日本高速道路株式会社、西日本高速道路株式会社、本州四国連絡高速道路株式会社、独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構、首都高速道路株式会社及び阪神高速道路株式会社の検査に関する事務 |
| 第四局 | 文部科学検査第一課 | 文部科学省（他の課の所掌に属する分を除く。）、独立行政法人国立特別支援教育総合研究所、独立行政法人国立女性教育会館、独立行政法人国立科学博物館、独立行政法人国立美術館、独立行政法人教職員支援機構、独立行政法人日本スポーツ振興センター、独立行政法人日本芸術文化振興会、独立行政法人国立青少年教育振興機構、独立行政法人国立文化財機構及び放送大学学園の検査に関する事務 |
| | 文部科学検査第二課 | 文部科学省高等教育局、科学技術・学術政策局及び研究振興局、日本学士院、科学技術・学術政策研究所、日本私立学校振興・共済事業団、独立行政法人大学入試センター、国立研究開発法人科学技術振興機構、独立行政法人日本学術振興会、独立行政法人日本学生支援機構、国立大学法人法（平成十五年法律第百十二号）別表第一に掲げる国立大学法人及び同法別表第二に掲げる大学共同利用機関法人、独立行政法人国立高等専門学校機構、独立行政法人大学改革支援・学位授与機構並びに国立研究開発法人日本医療研究開発機構の検査に関する事務 |
| | 上席調査官（文部科学担当） | 文部科学省研究開発局、国立研究開発法人物質・材料研究機構、国立研究開発法人防災科学技術研究所、国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構、国立研究開発法人理化学研究所、国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構、国立研究開発法人海洋研究開発機構及び国立研究開発法人日本原子力研究開発機構の検査に関する事務 |
| | 農林水産検査第一課 | 農林水産省（他の課の所掌に属する分を除く。）、独立行政法人農林水産消費安全技術センター、株式会社農林漁業成長産業化支援機構及び独立行政法人農業者年金基金の検査に関する事務 |
| | 農林水産検査第二課 | 農林水産省農村振興局の検査に関する事務 |
| | 農林水産検査第三課 | 農林水産省消費・安全局畜水産安全管理課及び動物衛生課並びに畜産局、動物検疫所、動物医薬品検査所、水産庁、日本中央競馬会、独立行政法人家畜改良センター、国立研究開発法人水産研究・教育機構並びに独立行政法人農畜産業振興機構の検査に関する事務 |
| | 農林水産検査第四課 | 農林水産省農林水産技術会議、林野庁、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構、国立研究開発法人国際農林水産業研究センター及び国立研究開発法人森林研究・整備機構の検査に関する事務 |
| 第五局 | デジタル検査課 | デジタル庁、総務省国際戦略局、情報流通行政局、総合通信基盤局及びサイバーセキュリティ統括官、情報通信政策研究所、国立研究開発法人情報通信研究機構並びに株式会社海外通信・放送・郵便事業支援機構の検査に関する事務 |
| | 上席調査官（情報通信・郵政担当） | 日本郵政株式会社、独立行政法人郵便貯金簡易生命保険管理・郵便局ネットワーク支援機構、日本放送協会及び日本電信電話株式会社の検査に関する事務 |
| | 経済産業検査第一課 | 経済産業省（他の課の所掌に属する分を除く。）、国立研究開発法人産業技術総合研究所、独立行政法人製品評価技術基盤機構、独立行政法人日本貿易振興機構、独立行政法人情報処理推進機構、独立行政法人中小企業基盤整備機構、株式会社産業革新投資機構、株式会社海外需要開拓支援機構及び株式会社日本貿易保険の検査に関する事務 |
| | 経済産業検査第二課 | 内閣府の原子力災害に関する事務に係る経理、経済産業省のエネルギー対策特別会計に係る経理、資源エネルギー庁、原子力規制委員会、国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構、独立行政法人エネルギー・金属鉱物資源機構、原子力損害賠償・廃炉等支援機構、脱炭素成長型経済構造移行推進機構及び日本アルコール産業株式会社の検査に関する事務 |
| | 上席調査官（融資機関担当） | 沖縄振興開発金融公庫、株式会社日本政策金融公庫、株式会社国際協力銀行、独立行政法人農林漁業信用基金、独立行政法人奄美群島振興開発基金、独立行政法人住宅金融支援機構、株式会社日本政策投資銀行、株式会社民間資金等活用事業推進機構及び株式会社商工組合中央金庫の検査に関する事務 |
| | 特別検査課 | 国会法（昭和二十二年法律第七十九号）第百五条（同法第五十四条の四第一項において準用する場合を含む。以下同じ。）の規定による要請に係る国の会計経理に関する特定の事項その他の事務総長から特に命ぜられた事項の検査に関する事務 |
| | 上席調査官（特別検査担当） | 国会法第百五条の規定による要請に係る国以外のものの会計経理に関する特定の事項その他の事務総長から特に命ぜられた事項の検査に関する事務 |