第一条 地域における生物の多様性の増進のための活動の促進等に関する法律（以下「法」という。）第九条第一項の規定により増進活動実施計画の認定を受けようとする者は、氏名及び住所（法人その他の団体にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地。以下同じ。）を記載した申請書を主務大臣に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 増進活動実施計画
二 実施区域（法第九条第三項第二号に規定する実施区域をいう。次号及び第四条第三号において同じ。）の状況を明らかにした図面
三 当該地域生物多様性増進活動が実施区域における生物の多様性の維持に資するものである場合には、当該実施区域における生物の多様性の現況に関する書類
四 法第十五条第一項及び第二項、法第十六条第一項及び第二項、法第十七条第一項及び第二項、法第十八条並びに法第二十一条各項の規定の適用を受けようとする場合には、次に掲げる書類 イ 当該規定に係る行為の種類、目的、実施主体、実施場所、実施時期及び実施方法を記載した書類
ロ 当該規定に係る行為の実施場所及びその付近の状況を明らかにした図面及び天然色写真
ハ 当該規定に係る行為の実施方法を明らかにした図面
五 法第十五条第三項の規定の適用を受けようとする場合には、次に掲げる書類 イ 当該規定に係る事業の実施主体、区域、内容及び期間を記載した書類
ロ 自然公園法施行規則（昭和三十二年厚生省令第四十一号）第十五条の六第三項各号に掲げる書類
六 法第十六条第三項の規定の適用を受けようとする場合には、次に掲げる書類 イ 当該規定に係る事業の実施主体、区域、内容及び期間を記載した書類
ロ 自然環境保全法施行規則（昭和四十八年総理府令第六十二号）第三十条の四第三項各号に掲げる書類
七 法第十七条第三項の規定の適用を受けようとする場合には、次に掲げる書類 イ 当該規定に係る事業の実施主体及び期間を記載した書類
ロ 絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則（平成五年総理府令第九号）第三十三条第二項各号に掲げる書類
八 法第十九条の規定の適用を受けようとする場合には、次に掲げる書類 イ 当該規定に係る防除の実施主体、対象となる特定外来生物の種類、目標及び実施方法並びに防除を行う区域及び期間を記載した書類
ロ 特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律施行規則（平成十七年農林水産省・環境省令第二号）第二十五条第二項に掲げる書類（市町村が防除の実施主体の場合は、同項第三号及び第四号に掲げる書類を除く。）
九 法第二十条第一項の規定の適用を受けようとする場合には、当該規定に係る森林の所在場所、伐採面積、伐採方法、伐採齢、伐採後の造林の方法、期間及び樹種並びに森林法施行規則（昭和二十六年農林省令第五十四号）第八条各号に掲げる事項を記載した書類
３ 主務大臣は、前項各号に掲げるもののほか、法第九条第一項の規定による認定に関し必要があると認めるときは、当該認定の申請をした者に対し、当該申請に係る増進活動実施計画が同条第三項各号に適合することを確認するために必要な書類の提出を求めることができる。 （意見聴取の期間）第二条 法第九条第四項の主務省令で定める期間は、二週間とする。
（増進活動実施計画の変更の認定の申請）第三条 法第十条第一項の規定により増進活動実施計画の変更の認定を受けようとする者は、氏名及び住所並びに変更しようとする理由を記載した申請書を主務大臣に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 変更後の増進活動実施計画
二 変更前の増進活動実施計画に従って行われる地域生物多様性増進活動の実施状況を記載した書類
三 第一条第二項第二号から第九号までに掲げる書類及び同条第三項の規定により提出した書類
（増進活動実施計画の軽微な変更）第四条 法第十条第一項ただし書の主務省令で定める軽微な変更は、次に掲げるものであって、変更後も増進活動実施計画が法第九条第三項に掲げる基準に適合することが明らかなものとする。
一 氏名及び住所の変更
二 地域生物多様性増進活動の実施時期の六月以内の変更
三 実施区域の変更（その名称若しくは地番の変更又は十パーセント未満の面積の減少に限る。）
四 増進活動実施計画の計画期間の六月以内の短縮
五 前各号に掲げるもののほか、増進活動実施計画の内容の実質的な変更を伴わないと主務大臣が認める変更
（増進活動実施計画の軽微な変更の届出）第五条 法第十条第二項の規定による軽微な変更の届出は、次に掲げる事項を記載した届出書を主務大臣に提出して行うものとする。
一 氏名及び住所
二 変更の内容
三 変更した年月日
四 変更を必要とする理由
（増進活動実施計画の中止等の通知）第六条 法第十条第三項の規定による通知は、次に掲げる事項を記載した通知書を主務大臣に提出して行うものとする。
一 氏名及び住所
二 中止等（認定増進活動実施者がその地域生物多様性増進活動を中止したこと又はその地域生物多様性増進活動をその増進活動実施計画に従って行うことができなくなったことをいう。以下この条において同じ。）をした年月日
三 中止等の理由
四 中止等の前に行われた地域生物多様性増進活動の実施状況
（連携増進活動実施計画の認定の申請）第七条 法第十一条第一項の規定により連携増進活動実施計画の認定を受けようとする市町村は、市町村名を記載した申請書を主務大臣に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 連携増進活動実施計画
二 実施区域（法第十一条第八項において読み替えて準用する法第九条第三項第二号に規定する実施区域をいう。次号及び第九条第二号において同じ。）の状況を明らかにした図面
三 連携地域生物多様性増進活動が実施区域における生物の多様性の維持に資するものである場合には、当該実施区域における生物の多様性の現況に関する書類
四 第一条第二項第四号から第八号までに掲げる書類
３ 主務大臣は、前項各号に掲げるもののほか、法第十一条第一項の規定による認定に関し必要があると認めるときは、当該認定の申請をした者に対し、当該申請に係る連携増進活動実施計画が同条第八項において読み替えて準用する法第九条第三項各号に適合することを確認するために必要な書類の提出を求めることができる。 （連携増進活動実施計画の変更の認定の申請）第八条 法第十二条第一項の規定により連携増進活動実施計画の変更の認定を受けようとする市町村は、市町村名及び変更しようとする理由を記載した申請書を主務大臣に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 変更後の連携増進活動実施計画
二 変更前の連携増進活動実施計画に従って行われる連携地域生物多様性増進活動の実施状況を記載した書類
三 前条第二項第二号から第四号までに掲げる書類及び同条第三項の規定により提出した書類
（連携増進活動実施計画の軽微な変更）第九条 法第十二条第一項ただし書の主務省令で定める軽微な変更は、次に掲げるものであって、変更後も連携増進活動実施計画が法第十一条第八項において読み替えて準用する法第九条第三項に掲げる基準に適合することが明らかなものとする。
一 連携地域生物多様性増進活動の実施時期の六月以内の変更
二 実施区域の変更（その名称若しくは地番の変更又は十パーセント未満の面積の減少に限る。）
三 連携増進活動実施計画の計画期間の六月以内の短縮
四 前三号に掲げるもののほか、連携増進活動実施計画の内容の実質的な変更を伴わないと主務大臣が認める変更
（連携増進活動実施計画の軽微な変更の届出）第十条 法第十二条第二項の規定による軽微な変更の届出は、次に掲げる事項を記載した届出書を主務大臣に提出して行うものとする。
一 市町村名
二 変更の内容
三 変更した年月日
四 変更を必要とする理由
（連携増進活動実施計画の中止等の通知）第十一条 法第十二条第三項において読み替えて準用する法第十条第三項の規定による通知は、次に掲げる事項を記載した通知書を主務大臣に提出して行うものとする。
一 市町村名
二 中止等（認定連携市町村がその連携地域生物多様性増進活動を中止したこと又はその連携地域生物多様性増進活動をその連携増進活動実施計画に従って行うことができなくなったことをいう。以下この条において同じ。）をした年月日
三 中止等の理由
四 中止等の前に行われた連携地域生物多様性増進活動の実施状況
（認定等に関する事務）第十二条 独立行政法人環境再生保全機構は、法第十四条に規定する事務として、申請の受付、申請に係る地域生物多様性増進活動又は連携地域生物多様性増進活動の区域の状況及び実施体制の確認並びに内容の整理、認定通知書類の作成、当該通知書の送付その他これらに附帯する事務を行うものとする。
（生物多様性維持協定の基準）第十三条 法第二十二条第三項第三号（法第二十五条において準用する場合を含む。）に規定する主務省令で定める基準は、次に掲げるものとする。
一 生物多様性維持協定区域は、その境界が明確に定められていなければならない。
二 生物多様性維持協定区域内の連携地域生物多様性増進活動に関する事項は、当該生物多様性維持協定区域内の生物の多様性の維持に資するもの及びこれに関連して必要とされるものでなければならない。
三 生物多様性維持協定に違反した場合の措置は、違反した者に対して不当に重い負担を課するものであってはならない。
四 生物多様性維持協定は、関係法令及び関係法令に基づく計画と整合性のとれたものでなければならない。
五 生物多様性維持協定は、河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）、海岸法（昭和三十一年法律第百一号）その他これらの関係法令の規定に基づく公共用物の管理に特段の支障が生じないものでなければならない。
（生物多様性維持協定の公告）第十四条 法第二十三条第一項（法第二十五条において準用する場合を含む。）の規定による公告は、次に掲げる事項について、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
一 生物多様性維持協定の名称
二 生物多様性維持協定区域
三 生物多様性維持協定区域内の連携地域生物多様性増進活動に関する事項
四 生物多様性維持協定の有効期間
五 生物多様性維持協定の縦覧場所
（生物多様性維持協定の締結の公告）第十五条 前条の規定は、法第二十四条（法第二十五条において準用する場合を含む。）の規定による公告について準用する。
（権限の委任）第十六条 法に規定する主務大臣の権限（環境大臣に属するものに限る。）のうち、次に掲げるものは、地方環境事務所長に委任する。
一 法第九条第四項から第六項まで（法第十条第六項及び法第十一条第八項（法第十二条第四項において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）に規定する権限
二 法第三十三条に規定する権限
三 法第三十四条各項に規定する権限