第一条 環境と調和のとれた食料システムの確立のための環境負荷低減事業活動の促進等に関する法律（以下「法」という。）第二条第四項第三号の農林水産省令で定める事業活動は、農林漁業に由来する環境への負荷（以下「環境負荷」という。）の低減に相当程度資するものとして農林水産大臣が定める事業活動とする。
２ 農林水産大臣は、前項の事業活動を定め、又はこれを変更しようとするときは、あらかじめ、環境大臣と協議するものとする。 （特定環境負荷低減事業活動）第二条 法第十五条第二項第三号の農林水産省令で定める環境負荷低減事業活動は、集団又は相当規模で行われることにより地域における環境負荷の低減の効果を相当程度高めるものとして農林水産大臣が定める環境負荷低減事業活動とする。
（基本計画の協議）第三条 市町村及び都道府県は、法第十六条第一項の規定により基本計画について協議しようとするときは、同条第二項各号に掲げる事項を明らかにした基本計画を、農林水産大臣に提出しなければならない。
（基本計画の公告）第四条 法第十六条第三項（法第十七条第三項において準用する場合を含む。）の規定による公告は、法第十六条第二項第三号に掲げる事項の案並びに当該案の縦覧の場所及び期間について、同号イの区域をその区域に含む市町村及び都道府県の公報への掲載、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
（基本計画の変更の協議）第五条 法第十七条第一項の規定により基本計画の変更に係る同意を得ようとする市町村及び都道府県は、変更しようとする事項及びその理由を記載した変更協議書に変更後の基本計画を添付して、農林水産大臣に提出しなければならない。
（基本計画の軽微な変更）第六条 法第十七条第一項ただし書の農林水産省令で定める軽微な変更は、次に掲げる変更とする。
一 地域の名称又は地番の変更に伴う変更
二 前号に掲げるもののほか、基本計画の円滑な実施に支障を及ぼすおそれがないと農林水産大臣が認める変更
２ 法第十七条第二項の規定により基本計画の軽微な変更に係る届出をしようとする市町村及び都道府県は、変更した事項及びその理由を記載した届出書を、農林水産大臣に提出しなければならない。 （環境負荷低減事業活動実施計画の認定の申請）第七条 法第十九条第一項の規定により環境負荷低減事業活動実施計画の認定を受けようとする農林漁業者は、氏名及び住所（法人その他の団体にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）を記載した申請書を都道府県知事に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 環境負荷低減事業活動実施計画
二 当該環境負荷低減事業活動実施計画に法第十九条第三項各号に掲げる措置を記載する場合において、当該農林漁業者以外の者が行政庁の許可、認可、承認その他これらに類するもの（以下「許認可等」という。）を必要とする事業を行うときは、その許認可等を受けていることを証する書類又はその許認可等の申請の状況を明らかにした書類
３ 法第十九条第一項（法第二十一条第一項において準用する場合を含む。）の代表者は、一名とする。 （環境負荷低減事業活動に不可欠な資材）第八条 法第十九条第三項第一号の農林水産省令で定める資材は、次に掲げる資材とする。
一 堆肥、木材チップその他の化学的に合成された肥料、農薬若しくは土壌改良資材又は化石資源（原油、天然ガス、可燃性天然ガス及び石炭をいう。第十二条第一号において同じ。）に代替する資材
二 その使用又は施用が環境負荷の低減に直接寄与する資材
（環境負荷低減事業活動実施計画の変更の認定の申請）第九条 法第二十条第一項の規定により環境負荷低減事業活動実施計画の変更の認定を受けようとする農林漁業者は、氏名及び住所（法人その他の団体にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）並びに変更しようとする理由を記載した申請書を都道府県知事に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 変更後の環境負荷低減事業活動実施計画及び変更前の環境負荷低減事業活動実施計画に従って行われる環境負荷低減事業活動（法第十九条第三項に掲げる措置を含む。次条第四号において同じ。）の実施状況を記載した書類
二 第七条第二項第二号に掲げる書類
（環境負荷低減事業活動実施計画の軽微な変更）第十条 法第二十条第一項ただし書の農林水産省令で定める軽微な変更は、次に掲げるものとする。
一 氏名及び住所（法人その他の団体にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）の変更
二 環境負荷低減事業活動の実施期間の六月以内の変更
三 環境負荷低減事業活動を実施するために必要な資金の額及びその調達方法の変更であって、当該資金の額について十パーセント未満の増減を伴うもの
四 前三号に掲げるもののほか、地域の名称又は地番の変更その他の環境負荷低減事業活動実施計画の内容の実質的な変更を伴わないと都道府県知事が認める変更
（特定環境負荷低減事業活動実施計画の認定の申請）第十一条 法第二十一条第一項の規定により特定環境負荷低減事業活動実施計画の認定を受けようとする農林漁業者は、氏名及び住所（法人その他の団体にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）を記載した申請書を都道府県知事に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 特定環境負荷低減事業活動実施計画
二 当該農林漁業者の最近二期間の事業報告書、貸借対照表及び損益計算書（これらの書類がない場合にあっては、最近一年間の事業内容の概要を記載した書類）
三 当該特定環境負荷低減事業活動実施計画に法第二十一条第三項各号に掲げる措置に関する事項を含める場合にあっては、次に掲げる書類 イ 当該法第二十一条第三項各号に掲げる措置を行う同項に規定する者（以下この号及び第五号において「関連措置実施者」という。）が法人である場合にあっては、その定款又はこれに代わる書面
ロ 関連措置実施者が法人でない団体である場合にあっては、規約その他当該団体の組織及び運営に関する定めを記載した書類
ハ 関連措置実施者の最近二期間の事業報告書、貸借対照表及び損益計算書（これらの書類がない場合にあっては、最近一年間の事業内容の概要を記載した書類）
ニ 関連措置実施者が行政庁の許認可等を必要とする事業を行う場合にあっては、その許認可等を受けていることを証する書類又はその許認可等の申請の状況を明らかにした書類
四 当該特定環境負荷低減事業活動実施計画に法第二十一条第四項第一号イ及びロに掲げる事項を記載する場合は、当該施設の規模及び構造を明らかにした図面
五 当該特定環境負荷低減事業活動実施計画に法第二十一条第六項第二号に規定する事項を記載する場合にあっては、次に掲げる書類 イ 次に掲げる者が法人である場合にあっては、その登記事項証明書及び定款又はこれに代わる書面（その者が当該農林漁業者又は関連措置実施者である場合には、定款又はこれに代わる書面を除く。）
ロ 当該事項に係る土地の位置を示す地図及び当該土地の登記事項証明書（全部事項証明書に限る。）
ハ 当該事項に係る土地に設置しようとする建物その他の施設及びこれらの施設を利用するために必要な道路、用排水施設その他の施設の位置を明らかにした図面
ニ 特定環境負荷低減事業活動（法第二十一条第三項各号に掲げる措置を含む。第十四条第二項第一号及び第十五条第四号において同じ。）を実施するために必要な資力及び信用があることを証する書面
ホ 当該事項に係る農地又は採草放牧地を転用する行為の妨げとなる権利を有する者がある場合にあっては、その同意があったことを証する書面
ヘ 当該事項に係る農地又は採草放牧地が土地改良区の地区内にある場合にあっては、当該土地改良区の意見書（意見を求めた日から三十日を経過してもなおその意見を得られない場合にあっては、その事由を記載した書面）
ト その他参考となるべき書類
六 当該特定環境負荷低減事業活動実施計画に法第二十一条第四項第二号に掲げる事項を記載する場合にあっては、補助金等交付財産の名称、現行の用途、補助金等交付財産に充てられた補助金等及び当該補助金等交付財産を所管する府省の名称、補助金等交付財産の処分の方法及び事業主体並びに補助金等交付財産の処分後の用途に関する事項を記載した書類
（特定環境負荷低減事業活動に不可欠な資材又は機械類その他の物件）第十二条 法第二十一条第三項第一号の農林水産省令で定める資材又は機械類その他の物件は、次に掲げるものとする。
一 堆肥、木材チップその他の化学的に合成された肥料、農薬若しくは土壌改良資材又は化石資源に代替する資材
二 その使用又は施用が環境負荷の低減に直接寄与する資材
三 除草機その他の環境負荷の低減に資する機械類又はプログラム（情報処理の促進に関する法律（昭和四十五年法律第九十号）第二条第二項に規定するプログラムをいう。）であって、農林漁業者の共同利用に供するもの
四 前号の機械類の格納庫その他の特定環境負荷低減事業活動を行うために不可欠な施設の用に供する建築物
（特定環境負荷低減事業活動の用に供する施設の整備に関して特定環境負荷低減事業活動実施計画に記載すべき事項）第十三条 法第二十一条第四項第一号ロ（２）の農林水産省令で定める事項は、特定環境負荷低減事業活動実施計画に同条第六項第二号に規定する事項を記載する場合にあっては、次に掲げる事項とする。
一 当該事項に係る農地を農地以外のものにする場合にあっては、次に掲げる事項 イ 当該事項に係る土地の利用状況及び普通収穫高
ロ 転用の時期
ハ 転用することによって生ずる付近の農地、作物等の被害の防除施設の概要
ニ その他参考となるべき事項
二 当該事項に係る農地又は採草放牧地を農地又は採草放牧地以外のものにするためこれらの土地について所有権又は使用及び収益を目的とする権利を取得する場合にあっては、次に掲げる事項 イ 権利の設定又は移転の当事者の氏名及び住所（法人その他の団体にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
ロ 当該土地の所有者の氏名又は名称
ハ 当該土地に所有権以外の使用及び収益を目的とする権利が設定されている場合にあっては、当該権利の種類及び内容並びにその設定を受けている者の氏名又は名称
ニ 権利を設定し、又は移転しようとする契約の内容
ホ 当該事項に係る土地の利用状況及び普通収穫高
ヘ 転用の時期
ト 転用することによって生ずる付近の農地又は採草放牧地、作物等の被害の防除施設の概要
チ その他参考となるべき事項
第十四条 法第二十二条第一項の規定により当該特定環境負荷低減事業活動実施計画の変更の認定を受けようとする農林漁業者は、氏名及び住所（法人その他の団体にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）並びに変更しようとする理由を記載した申請書を都道府県知事に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 変更後の特定環境負荷低減事業活動実施計画及び変更前の特定環境負荷低減事業活動実施計画に従って行われる特定環境負荷低減事業活動の実施状況を記載した書類
二 第十一条第二項第二号から第六号までに掲げる書類
（特定環境負荷低減事業活動実施計画の軽微な変更）第十五条 法第二十二条第一項ただし書の農林水産省令で定める軽微な変更は、次に掲げるものとする。
一 氏名及び住所（法人その他の団体にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）の変更
二 特定環境負荷低減事業活動の実施期間の六月以内の変更
三 特定環境負荷低減事業活動を実施するために必要な資金の額及びその調達方法の変更であって、当該資金の額について十パーセント未満の増減を伴うもの
四 前三号に掲げるもののほか、地域の名称又は地番の変更その他の特定環境負荷低減事業活動実施計画の内容の実質的な変更を伴わないと都道府県知事が認める変更
（協定の認可を受ける場合の添付書類）第十六条 法第三十一条第一項又は第三十四条第一項の規定による認可を受けようとするときは、法第三十一条第三項又は第三十四条第一項の合意があったことを証する書面を添付しなければならない。
（協定の公告）第十七条 法第三十二条第一項（法第三十四条第二項において準用する場合を含む。）の規定による公告は、次に掲げる事項について、市町村（協定区域が二以上の市町村の区域にわたる場合にあっては、都道府県）の公報への掲載、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
一 協定案の名称
二 協定区域案を表示した図面
三 協定案の縦覧の場所
四 協定案の縦覧の期間
２ 前項（第四号に係る部分を除く。）の規定は、法第三十三条第二項（法第三十四条第二項において準用する場合を含む。）の規定による公告について準用する。 （協定区域の明示方法）第十八条 法第三十三条第二項（法第三十四条第二項において準用する場合を含む。）の規定による協定区域の明示は、協定区域内の見やすい場所に当該協定区域を表示した図面を掲示して行うものとする。
（農用地区域設定の要請）第十九条 法第三十八条第一項の規定により要請をしようとする者は、次に掲げる事項を記載した要請書を市町村長に提出しなければならない。
一 当該要請をしようとする者の氏名又は名称及び住所
二 当該要請に係る農用地の所在、地番、地目、用途及び地積
三 当該要請に係る農用地につき地上権、永小作権、質権、賃借権、使用貸借による権利若しくはその他の使用及び収益を目的とする権利、先取特権又は抵当権を有する者がある場合には、その者の氏名又は名称及び住所並びにその権利の表示
２ 前項の要請書には、法第三十八条第一項の同意を得たことを証する書類を添付しなければならない。 （出願料軽減申請書等の添付書面の省略）第二十条 環境と調和のとれた食料システムの確立のための環境負荷低減事業活動の促進等に関する法律施行令（以下「令」という。）第三条第一項又は第四条第一項の申請書（以下この条及び次条において「出願料軽減申請書等」という。）に添付すべき書面を他の出願料軽減申請書等の提出に係る手続において既に農林水産大臣に提出した者は、当該他の出願料軽減申請書等に添付した令第三条第一項に規定する申請に係る出願品種が認定基盤確立事業の成果に係るものであることを証する書面若しくは同条第二項各号に掲げる書面又は令第四条第一項に規定する申請に係る登録品種が認定基盤確立事業の成果に係るものであることを証する書面若しくは同条第二項各号に掲げる書面に変更がないときは、出願料軽減申請書等にその旨を記載して当該書面の添付を省略することができる。
（確認書の交付）第二十一条 農林水産大臣は、出願料軽減申請書等及びこれに添付すべき書面の提出があった場合において、申請人が法第四十二条第一項又は第二項に規定する認定基盤確立事業者であることを確認したときは、その申請人に確認書を交付するものとする。
（権限の委任）第二十二条 法第十六条第一項、同条第七項及び第八項（これらの規定を法第十七条第三項において準用する場合を含む。）、第十七条第一項及び第二項、第十八条並びに第二十一条第六項第三号、第十一項及び同条第十九項（これらの規定を法第二十二条第四項において準用する場合を含む。）の規定による農林水産大臣の権限は、当該都道府県又は市町村の区域を管轄する地方農政局長（北海道農政事務所長を含む。）に委任する。
２ 法第十九条第六項、第七項及び第八項（これらの規定を法第二十条第四項において準用する場合を含む。）並びに第二十一条第六項第一号及び第七項から第九項まで（これらの規定を法第二十二条第四項において準用する場合を含む。）の規定による農林水産大臣の権限のうち、食品等の流通の合理化が一の地方農政局の管轄区域のみにおいて行われる環境負荷低減事業活動実施計画又は特定環境負荷低減事業活動実施計画に係るものは、当該食品等の流通の合理化に要する経費について国の補助が見込まれる場合を除き、当該区域を管轄する地方農政局長に委任する。 ３ 法第二十一条第十二項（同条第十六項（法第二十二条第四項において準用する場合を含む。）及び法第二十二条第四項において準用する場合を含む。）の規定による農林水産大臣の権限は、法第二十一条第四項第一号イ及びロに掲げる事項に係る土地を管轄する地方農政局長に委任する。附則
（施行期日）
第一条 この省令は、法の施行の日（令和四年七月一日）から施行する。
（持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律施行規則の廃止）
第二条 持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律施行規則（平成十一年農林水産省令第六十九号）は、廃止する。