地方教育行政の組織及び運営に関する法律（昭和三十一年法律第百六十二号）第四十七条の六第一項ただし書の規定に基づき、二以上の学校の運営に関し相互に密接な連携を図る必要がある場合を定める省令を次のように定める。
地方教育行政の組織及び運営に関する法律第四十七条の五第一項ただし書に規定する二以上の学校の運営に関し相互に密接な連携を図る必要がある場合として文部科学省令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
一 同一の教育委員会の所管に属する小学校及び中学校において、学校教育法施行規則（昭和二十二年文部省令第十一号）第七十九条の九第一項の規定により小学校における教育と中学校における教育を一貫して施す場合
二 同一の教育委員会の所管に属する中学校及び高等学校において、学校教育法（昭和二十二年法律第二十六号）第七十一条の規定により中学校における教育と高等学校における教育を一貫して施す場合
三 同一の教育委員会の所管に属する小学校及び当該小学校に在籍する児童のうち多数の者が進学する中学校において、これらの学校が相互に密接に連携し、その所在する地域の特色を生かした教育活動を行う場合その他教育委員会においてその所管に属する二以上の学校の運営に関し相互に密接な連携を図る必要があると認めた場合