第一章 関係政令の整備
（独立行政法人航海訓練所法第十四条第一項の規定による医療法施行令の規定の技術的読替え等に関する政令の廃止）第一条 独立行政法人航海訓練所法第十四条第一項の規定による医療法施行令の規定の技術的読替え等に関する政令（平成十二年政令第三百三十号）は、廃止する。
第二章 経過措置
（国が承継する資産の範囲等）第二十四条 独立行政法人に係る改革を推進するための国土交通省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）附則第二条第二項の規定により国が承継する資産は、次に掲げるものとする。
一 国立研究開発法人港湾空港技術研究所（以下「港湾空港技術研究所」という。）が有する資産のうち国土交通大臣が財務大臣に協議して指定するもの
二 国立研究開発法人電子航法研究所（以下「電子航法研究所」という。）が有する資産のうち国土交通大臣が財務大臣に協議して指定するもの
三 独立行政法人航海訓練所（以下「航海訓練所」という。）が有する資産のうち国土交通大臣が財務大臣に協議して指定するもの
２ 前項の規定により国が承継する資産のうち、同項第一号及び第二号に掲げる資産については国土交通大臣が財務大臣に協議して定めるところにより一般会計又は自動車安全特別会計の空港整備勘定に、同項第三号に掲げる資産については一般会計に帰属させるものとする。 （研究所が行う港湾空港技術研究所の積立金の処分に関する経過措置）第二十五条 国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所（以下「研究所」という。）は、整備法附則第二条第七項の規定による処理のうち、港湾空港技術研究所に係るものにおいて、独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金がある場合であって、その額に相当する金額の全部又は一部を整備法附則第二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される整備法附則第八条第一号の規定による廃止前の国立研究開発法人港湾空港技術研究所法（平成十一年法律第二百九号。以下この項及び第三項において「なお効力を有する旧港湾空港技術研究所法」という。）第十二条第一項の規定により研究所の平成二十八年四月一日を含む通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間における業務の財源に充てようとするときは、次に掲げる事項を記載した承認申請書を国土交通大臣に提出し、同年六月三十日までに、なお効力を有する旧港湾空港技術研究所法第十二条第一項の規定による承認を受けなければならない。
一 なお効力を有する旧港湾空港技術研究所法第十二条第一項の規定による承認を受けようとする金額
二 前号の金額を財源に充てようとする業務の内容
２ 前項の承認申請書には、港湾空港技術研究所の平成二十七年四月一日に始まる事業年度（以下「最終事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表、港湾空港技術研究所の最終事業年度の損益計算書その他の国土交通省令で定める書類を添付しなければならない。 ３ 研究所は、なお効力を有する旧港湾空港技術研究所法第十二条第三項に規定する残余があるときは、同項の規定による納付金（以下この条において「港湾空港技術研究所の国庫納付金」という。）の計算書に、港湾空港技術研究所の最終事業年度の事業年度末の貸借対照表、港湾空港技術研究所の最終事業年度の損益計算書その他の当該港湾空港技術研究所の国庫納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、平成二十八年六月三十日までに、これを国土交通大臣に提出しなければならない。 ただし、第一項の承認申請書を提出したときは、これに添付した前項に規定する書類を重ねて提出することを要しない。 ４ 国土交通大臣は、前項の港湾空港技術研究所の国庫納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該港湾空港技術研究所の国庫納付金の計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。 ５ 港湾空港技術研究所の国庫納付金は、平成二十八年七月十日までに納付しなければならない。 ６ 港湾空港技術研究所の国庫納付金は、一般会計に帰属する。 （研究所が行う電子航法研究所の積立金の処分に関する経過措置）第二十六条 研究所は、整備法附則第二条第七項の規定による処理のうち、電子航法研究所に係るものにおいて、通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金がある場合であって、その額に相当する金額の全部又は一部を整備法附則第二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される整備法附則第八条第二号の規定による廃止前の国立研究開発法人電子航法研究所法（平成十一年法律第二百十号。以下この項及び第三項において「なお効力を有する旧電子航法研究所法」という。）第十三条第一項の規定により研究所の平成二十八年四月一日を含む通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間における業務の財源に充てようとするときは、次に掲げる事項を記載した承認申請書を国土交通大臣に提出し、同年六月三十日までに、なお効力を有する旧電子航法研究所法第十三条第一項の規定による承認を受けなければならない。
一 なお効力を有する旧電子航法研究所法第十三条第一項の規定による承認を受けようとする金額
二 前号の金額を財源に充てようとする業務の内容
２ 前項の承認申請書には、電子航法研究所の最終事業年度の事業年度末の貸借対照表、電子航法研究所の最終事業年度の損益計算書その他の国土交通省令で定める書類を添付しなければならない。 ３ 研究所は、なお効力を有する旧電子航法研究所法第十三条第三項に規定する残余があるときは、同項の規定による納付金（以下この条において「電子航法研究所の国庫納付金」という。）の計算書に、電子航法研究所の最終事業年度の事業年度末の貸借対照表、電子航法研究所の最終事業年度の損益計算書その他の当該電子航法研究所の国庫納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、平成二十八年六月三十日までに、これを国土交通大臣に提出しなければならない。 ただし、第一項の承認申請書を提出したときは、これに添付した前項に規定する書類を重ねて提出することを要しない。 ４ 国土交通大臣は、前項の電子航法研究所の国庫納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該電子航法研究所の国庫納付金の計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。 ５ 電子航法研究所の国庫納付金は、平成二十八年七月十日までに納付しなければならない。 ６ 電子航法研究所の国庫納付金は、一般会計に帰属する。 （機構が行う積立金の処分に関する経過措置）第二十七条 独立行政法人海技教育機構（以下「機構」という。）は、整備法附則第二条第七項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金がある場合であって、その額に相当する金額の全部又は一部を整備法附則第二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される整備法附則第八条第三号の規定による廃止前の独立行政法人航海訓練所法（平成十一年法律第二百十三号。以下この項及び第三項において「なお効力を有する旧航海訓練所法」という。）第十二条第一項の規定により機構の平成二十八年四月一日を含む通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間における業務の財源に充てようとするときは、次に掲げる事項を記載した承認申請書を国土交通大臣に提出し、同年六月三十日までに、なお効力を有する旧航海訓練所法第十二条第一項の規定による承認を受けなければならない。
一 なお効力を有する旧航海訓練所法第十二条第一項の規定による承認を受けようとする金額
二 前号の金額を財源に充てようとする業務の内容
２ 前項の承認申請書には、航海訓練所の最終事業年度の事業年度末の貸借対照表、航海訓練所の最終事業年度の損益計算書その他の国土交通省令で定める書類を添付しなければならない。 ３ 機構は、なお効力を有する旧航海訓練所法第十二条第三項に規定する残余があるときは、同項の規定による納付金（以下この条において「航海訓練所の国庫納付金」という。）の計算書に、航海訓練所の最終事業年度の事業年度末の貸借対照表、航海訓練所の最終事業年度の損益計算書その他の当該航海訓練所の国庫納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、平成二十八年六月三十日までに、これを国土交通大臣に提出しなければならない。 ただし、第一項の承認申請書を提出したときは、これに添付した前項に規定する書類を重ねて提出することを要しない。 ４ 国土交通大臣は、前項の航海訓練所の国庫納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該航海訓練所の国庫納付金の計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。 ５ 航海訓練所の国庫納付金は、平成二十八年七月十日までに納付しなければならない。 ６ 航海訓練所の国庫納付金は、一般会計に帰属する。 （港湾空港技術研究所等の解散の登記の嘱託等）第二十八条 整備法附則第二条第一項の規定により港湾空港技術研究所、電子航法研究所及び航海訓練所が解散したときは、国土交通大臣は、遅滞なく、その解散の登記を登記所に嘱託しなければならない。
２ 登記官は、前項の規定による嘱託に係る解散の登記をしたときは、その登記記録を閉鎖しなければならない。 （研究所が承継する資産に係る評価委員の任命等）第二十九条 整備法附則第三条第二項の評価委員（研究所が承継する資産の価額を評価する者に限る。）は、次に掲げる者につき国土交通大臣が任命する。
一 財務省の職員 一人
二 国土交通省の職員 一人
三 研究所の役員（平成二十八年三月三十一日までの間は、国立研究開発法人海上技術安全研究所の役員） 一人
四 学識経験のある者 二人
２ 整備法附則第三条第二項の規定による評価（研究所が承継する資産の価額の評価に限る。次項において同じ。）は、同条第二項の評価委員の過半数の一致によるものとする。 ３ 整備法附則第三条第二項の規定による評価に関する庶務は、国土交通省総合政策局技術政策課において処理する。 （機構が承継する資産に係る評価委員の任命等）第三十条 整備法附則第三条第二項の評価委員（機構が承継する資産の価額を評価する者に限る。）は、次に掲げる者につき国土交通大臣が任命する。
一 財務省の職員 一人
二 国土交通省の職員 一人
三 機構の役員（平成二十八年三月三十一日までの間は、航海訓練所の役員） 一人
四 学識経験のある者 二人
２ 整備法附則第三条第二項の規定による評価（機構が承継する資産の価額の評価に限る。次項において同じ。）は、同条第二項の評価委員の過半数の一致によるものとする。 ３ 整備法附則第三条第二項の規定による評価に関する庶務は、国土交通省海事局海技課において処理する。 （研究所に係る国有財産の無償使用）第三十一条 整備法附則第四条第一項の政令で定める国有財産は、整備法の施行の際現に専ら港湾空港技術研究所に使用されている庁舎等（国の庁舎等の使用調整等に関する特別措置法（昭和三十二年法律第百十五号）第二条第二項に規定する庁舎等をいう。次条第一項において同じ。）とする。
２ 国土交通大臣は、研究所の理事長の申請に基づき、研究所に対し、前項の国有財産を無償で使用させることができる。 （機構に係る国有財産の無償使用）第三十二条 整備法附則第四条第二項の政令で定める国有財産は、整備法の施行の際現に専ら航海訓練所に使用されている庁舎等とする。
２ 国は、機構の理事長の申請に基づき、機構に対し、前項の国有財産を無償で使用させることができる。 （研究所の役員又は職員についての依頼等の規制等に関する経過措置）第三十三条 研究所についての独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（以下この条及び次条第一項において「共通事項政令」という。）第十八条において準用する共通事項政令第十三条の規定の適用については、同条第二号中「）の総額」とあるのは「以下この号において単に「契約」という。）の総額（以下この号において「研究所契約総額」という。）、独立行政法人に係る改革を推進するための国土交通省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第四十八号）附則第二条第一項の規定により解散した旧国立研究開発法人港湾空港技術研究所との間に締結した契約の総額（以下この号において「旧港湾空港技術研究所契約総額」という。）又は同項の規定により解散した旧国立研究開発法人電子航法研究所との間に締結した契約の総額（以下この号において「旧電子航法研究所契約総額」という。）」と、「当該契約の総額」とあるのは「研究所契約総額、旧港湾空港技術研究所契約総額又は旧電子航法研究所契約総額」とする。
２ 整備法の施行の日の前日の属する年度（共通事項政令第十七条に規定する年度をいう。以下この項及び次条第二項において同じ。）に港湾空港技術研究所の理事長又は電子航法研究所の理事長（以下この項において「港湾空港技術研究所の理事長等」という。）に対してされた通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六の規定による届出並びに同年度に港湾空港技術研究所の理事長等が講じた通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の八第一項及び第二項の措置の内容に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の八第三項の規定による報告については、研究所の理事長が行うものとする。 （機構の役員又は職員についての依頼等の規制等に関する経過措置）第三十四条 機構についての共通事項政令第十三条の規定の適用については、同条第二号中「）の総額」とあるのは「以下この号において単に「契約」という。）の総額（以下この号において「機構契約総額」という。）又は独立行政法人に係る改革を推進するための国土交通省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第四十八号）附則第二条第一項の規定により解散した旧独立行政法人航海訓練所（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）との間に締結した契約の総額（以下この号において「旧航海訓練所契約総額」という。）」と、「当該契約の総額」とあるのは「機構契約総額又は旧航海訓練所契約総額」とする。
２ 整備法の施行の日の前日の属する年度に航海訓練所の理事長に対してされた通則法第五十条の六の規定による届出並びに同年度に航海訓練所の理事長が講じた通則法第五十条の八第一項及び第二項の措置の内容に係る同条第三項の規定による報告については、機構の理事長が行うものとする。