特別会計に関する法律施行令（平成十九年政令第百二十四号）第十二条、第十七条第三項及び第十八条第二項の規定に基づき、並びに特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）及び同令を実施するため、年金特別会計事務取扱規則を次のように定める。
（総括部局長及び所管部局長の指定の通知）第一条 所管大臣（特別会計に関する法律（以下「法」という。）第百九条第一項の大臣をいう。以下同じ。）は、総括部局長（特別会計に関する法律施行令（以下「令」という。）第十二条に規定する総括部局長をいう。以下同じ。）の指定又は所管部局長（令第十七条第三項に規定する所管部局長をいう。以下同じ。）の指定をした場合には、遅滞なく、その旨を他の所管大臣に通知しなければならない。
（歳入歳出予定計算書の作成等）第二条 所管部局長は、令第十二条に規定する歳入歳出予定計算書、繰越明許費要求書、国庫債務負担行為要求書及び歳入歳出決定計算書に記載すべき事項を明らかにした書類を作成し、それぞれ別表第一の下欄に掲げる期限までに、総括部局長に送付しなければならない。
２ 令第十二条に規定する会計全体の計算に関する書類で所管大臣の定めるものは、別表第二の上欄に掲げるものとする。 ３ 所管部局長は、前項に規定する書類に記載すべき事項を明らかにした書類を作成し、別表第二の下欄に掲げる期限までに、総括部局長に送付しなければならない。 （徴収済額集計表及び支出済額集計表の様式）第三条 令第十七条第三項に規定する徴収済額集計表及び令第十八条第二項に規定する支出済額集計表の様式は、それぞれ別紙第一号書式及び別紙第二号書式によるものとする。
（徴収済額集計表及び支出済額集計表の送付期限）第四条 令第十七条第三項及び第十八条第二項に規定する所管大臣の定める期限は、毎月二十二日とする。
（原簿科目及び補助簿科目）第五条 令第二十六条第二項に規定する原簿に記載する科目は、基礎年金勘定にあっては別表第三、国民年金勘定にあっては別表第四、厚生年金勘定にあっては別表第五、健康勘定にあっては別表第六、子ども・子育て支援勘定にあっては別表第七、業務勘定にあっては別表第八に掲げるものとする。
２ 令第二十六条第二項に規定する補助簿に記載する科目は、厚生労働大臣が定める。 （情報開示に関する書類）第六条 所管部局長は、令第三十四条第一項から第三項までに規定する書類に記載すべき事項及び令第三十六条第一項各号に掲げる情報に関する事項を明らかにした書類を作成し、それぞれ別表第九の下欄に掲げる期限までに、総括部局長に送付しなければならない。
（支払元受高の配分及び返還）第七条 所管部局長は、支払元受高の配分を受けようとする場合には、各勘定別に別紙第三号書式による支払元受高配分請求書により総括部局長に対してその配分の請求をしなければならない。
２ 総括部局長は、前項の規定により請求を受けた場合には、支払元受高を、各勘定別に別紙第四号書式による支払元受高配分通知書により所管部局長に配分するものとする。 ３ 所管部局長は、必要がある場合には、前項の規定により配分された範囲内で、支払元受高を、各勘定別に別紙第四号書式による支払元受高配分通知書により官署支出官（予算決算及び会計令（昭和二十二年勅令第百六十五号。以下「予決令」という。）第一条第二号に規定する官署支出官をいう。以下同じ。）に配分するものとする。 ４ 官署支出官は、毎会計年度、前項の規定により配分を受けた支払元受高のうち、年度内に支出を終わらなかったものがある場合には、これを各勘定別に別紙第五号書式による支払元受高返還通知書により、翌年度の五月六日までに、所管部局長に返還しなければならない。 ５ 所管部局長は、前項の規定により官署支出官から返還を受けた支払元受高を集計し、これを各勘定別に別紙第五号書式による支払元受高返還通知書により、当該翌年度の五月十日までに、総括部局長に返還しなければならない。附則
この命令は、子ども・子育て支援法（平成二十四年法律第六十五号）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。附則（平成二八年三月三一日内閣府・財務省・厚生労働省令第一号）
この命令は、平成二十八年四月一日から施行する。 この命令による改正後の年金特別会計事務取扱規則の規定は、平成二十八年度の予算から適用し、平成二十七年度以前の年度の決算に関しては、なお従前の例による。附則（平成三〇年三月三一日内閣府・財務省・厚生労働省令第一号）
この命令は、平成三十年四月一日から施行する。 この命令による改正後の年金特別会計事務取扱規則の規定は、平成三十年度の予算から適用し、平成二十九年度以前の年度の決算に関しては、なお従前の例による。附則（令和元年六月二五日内閣府・財務省・厚生労働省令第一号）
この命令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。附則（令和二年一二月四日内閣府・財務省・厚生労働省令第二号）
この命令は、公布の日から施行する。別表第一（第二条関係）
| 歳入歳出予定計算書等に記載すべき事項を明らかにした書類 | 提出期限 |
| 一 歳入歳出予定計算書、繰越明許費要求書及び国庫債務負担行為要求書に係る書類 | 予決令第九条第一項の規定により、概算について閣議の決定を得た旨の財務大臣からの通知があった日の翌日 |
| 二 歳入歳出決定計算書に係る書類 | 翌年度の七月二十日 |
別表第二（第二条関係）
| 会計全体の計算に関する書類 | 提出期限 |
| 一 財政法（昭和二十二年法律第三十四号）第十七条第二項に規定する歳入、歳出、繰越明許費及び国庫債務負担行為の見積に関する書類 | 前年度の八月十五日 |
| 二 令第九条第一項に規定する歳入歳出予定額各目明細書 | 予算が国会に提出された日の翌日 |
| 三 支出負担行為等取扱規則（昭和二十七年大蔵省令第十八号）第二条又は第三条に規定する収入予定総表又は支払計画予定総表 | 別に定める場合を除き、各四半期の開始前二十二日 |
| 四 予決令第十七条に規定する移用又は流用を必要とする理由、科目及び金額を明らかにした書類 | 移用又は流用をする必要があることについて所管大臣の決定があった日の翌日 |
| 五 予備費の使用を必要と認める理由、金額及び積算の基礎を明らかにした財政法第三十五条第二項に規定する調書 | 予備費の使用を必要と認めることについて所管大臣の決定があった日の翌日 |
| 六 予備費をもって支弁した金額についての財政法第三十六条第一項に規定する調書 | 四月から十二月分までについては当該年度の十二月末日及び一月から三月分までについては翌年度の七月二十日 |
| 七 財政法第四十三条第一項に規定する繰越計算書 | 当該年度の三月十五日 |
| 八 財政法第四十三条第三項に規定する繰越しに係る通知書 | 翌年度の四月三十日 |
| 九 法第九条第二項第一号に規定する債務に関する計算書 | 翌年度の七月十五日 |
| 十 物品管理法（昭和三十一年法律第百十三号）第三十七条に規定する毎会計年度間における増減及び毎会計年度末における現在額の報告書 | 翌年度の七月十五日 |
| 十一 国の債権の管理等に関する法律（昭和三十一年法律第百十四号）第三十九条に規定する債権の毎年度末における現在額の報告書 | 翌年度の七月二十日 |
別表第三（第五条関係）
| 借方科目 | 拠出金等収入 運用収入 積立金より受入 雑収入 一時借入金 国庫余裕金繰替 一時借入金（借換） |
| 貸方科目 | 基礎年金給付費 基礎年金相当給付費他勘定へ繰入及交付金 諸支出金 国債整理基金特別会計へ繰入 |
| 整理科目 | 預託金 |
別表第四（第五条関係）
| 借方科目 | 保険料収入 一般会計より受入 基礎年金勘定より受入 運用収入 積立金より受入 年金積立金管理運用独立行政法人納付金 独立行政法人福祉医療機構納付金 雑収入 前年度剰余金受入 一時借入金 国庫余裕金繰替 |
| 貸方科目 | 特別障害給付金給付費 福祉年金給付費 国民年金給付費 基礎年金給付費等基礎年金勘定へ繰入 年金相談事業費等業務勘定へ繰入 諸支出金 国債整理基金特別会計へ繰入 |
| 整理科目 | 預託金 寄託金 |
別表第五（第五条関係）
| 借方科目 | 保険料収入 一般会計より受入 労働保険特別会計より受入 基礎年金勘定より受入 存続厚生年金基金等徴収金 解散厚生年金基金等徴収金 拠出金収入 実施機関拠出金収入 存続組合等納付金 運用収入 積立金より受入 年金積立金管理運用独立行政法人納付金 独立行政法人地域医療機能推進機構納付金 独立行政法人福祉医療機構納付金 雑収入 一時借入金 国庫余裕金繰替 |
| 貸方科目 | 保険給付費 実施機関保険給付費等交付金 基礎年金給付費等基礎年金勘定へ繰入 年金相談事業費等業務勘定へ繰入 諸支出金 国債整理基金特別会計へ繰入 |
| 整理科目 | 預託金 寄託金 |
別表第六（第五条関係）
| 借方科目 | 保険料収入 一般会計より受入 日雇拠出金収入 運用収入 業務勘定より受入 独立行政法人地域医療機能推進機構納付金 借入金 雑収入 前年度剰余金受入 |
| 貸方科目 | 保険料等交付金 業務取扱費等業務勘定へ繰入 諸支出金 国債整理基金特別会計へ繰入 |
| 整理科目 | 預託金 歳入外一時借入金 歳入外一時借入金返還 |
別表第七（第五条関係）
| 借方科目 | 事業主拠出金収入 一般会計より受入 積立金より受入 雑収入 一時借入金 国庫余裕金繰替 一時借入金（借換） 前年度剰余金受入 |
| 貸方科目 | 児童手当等交付金 子ども・子育て支援推進費 地域子ども・子育て支援及仕事・子育て両立支援事業費 業務取扱費 諸支出金 国債整理基金特別会計へ繰入 |
| 整理科目 | 預託金 翌年度繰越剰余金 |
別表第八（第五条関係）
| 借方科目 | 一般会計より受入 他勘定より受入 特別保健福祉事業資金より受入 独立行政法人福祉医療機構納付金 雑収入 前年度剰余金受入 一時金借入 国庫余裕金繰替 |
| 貸方科目 | 業務取扱費 社会保険オンラインシステム費 日本年金機構運営費 独立行政法人福祉医療機構納付金等相当財源健康勘定へ繰入 一般会計へ繰入 |
| 整理科目 | 預託金 翌年度繰越剰余金 |
別表第九（第六条関係）
| 情報開示に関する書類 | 提出期限 |
| 一 令第三十四条第一項から第三項までに規定する書類に記載すべき事項を明らかにした書類 | 翌年度の十月十五日 |
| 二 令第三十六条第一項第一号に掲げる情報に関する事項を明らかにした書類 | 平成二十七年四月二日（令第三十六条第一項第一号に掲げる情報に変更があった場合には、当該変更のあった日の翌日） |
| 三 令第三十六条第一項第二号に掲げる情報に関する事項を明らかにした書類 | 予算を国会に提出した日の翌日 |
| 四 令第三十六条第一項第三号に掲げる情報に関する事項を明らかにした書類 | 決算を国会に提出した日の翌日 |