海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律施行令（昭和四十六年政令第二百一号）第一条の四第三号の規定に基づき、有害水バラストに含まれる細菌及び細菌の数の基準を定める省令を次のように定める。
海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律施行令（昭和四十六年政令第二百一号）第一条の四第三号の国土交通省令・環境省令で定める細菌は、次の表の上欄に掲げるとおりとし、同号の国土交通省令・環境省令で定める基準は、同表の上欄に掲げる細菌ごとにそれぞれ同表の下欄に掲げるとおりとする。
| 細菌 | 基準 |
| 一 エシェリヒア属コリー（別名大腸菌） | 水バラスト百ミリリットル当たりの集落数が二百五十以上であること。 |
| 二 ビブリオ属コレラ（別名コレラ菌）（血清型がＯ一又はＯ一三九であるものに限る。） | 水バラスト百ミリリットル当たりの集落数又は動物プランクトン一グラム当たりの集落数が一以上であること。 |
| 三 エンテロコッカス（別名腸球菌） | 水バラスト百ミリリットル当たりの集落数が百以上であること。 |