第一条 この省令において使用する用語は、内水面漁業の振興に関する法律（以下「法」という。）及び内水面漁業の振興に関する法律施行令（平成二十六年政令第三百二十四号）において使用する用語の例による。
（許可の申請）第二条 指定養殖業について法第二十六条第一項の許可（第十一条及び第十七条を除き、以下「許可」という。）を受けようとする者は、養殖場ごとに、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二 申請に係る指定養殖業の種類
三 使用する養殖場の名称、その所在地及びその面積
四 養殖することを希望する水産動植物の種類及びその量
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 個人にあっては、次に掲げる書類 イ 住民票の写し
ロ 財産に関する調書
二 法人にあっては、次に掲げる書類 イ 定款
ロ 登記事項証明（目的、名称、事務所（二以上ある場合にあっては、主たる事務所）及び当該法人を代表すべき者の氏名に係る事項を証明した登記事項証明書に限る。）
ハ 申請の日の属する事業年度の直前の事業年度の貸借対照表、損益計算書及び当該事業年度末の財産目録又はこれらに準ずるもの（申請の日の属する事業年度に設立された法人にあっては、その設立時における財産目録）
三 登記事項証明書その他の養殖場の所在地を証明することができる書類
四 申請に係る養殖場を使用する権利が所有権以外の場合には、当該権利を有することを証する書面
五 二人以上が共同して申請する場合には、当該養殖業に関する各共同者の権利義務の関係を記載した書面
六 法第三十条において準用する漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）第四十一条第一項第二号から第四号までに掲げる者のいずれにも該当しないことを誓約する書面
３ 農林水産大臣は、前項に掲げる書類のほか、許可をするかどうかの判断に関し必要と認める書類の提出を求めることができる。 （許可証）第三条 農林水産大臣は、許可をしたときは、次に掲げる事項を記載した許可証を交付するものとする。
一 指定養殖業の種類
二 許可の年月日及び許可の番号
三 氏名及び住所（法人にあっては、その名称及び主たる事務所の所在地）
四 養殖場の名称、その所在地及びその面積
五 養殖場において養殖することができる水産動植物の種類及び量
六 許可の有効期間
七 許可の条件
（休業の届出を要する期間）第四条 法第二十七条の農林水産省令で定める期間は、一年とする。
（指定養殖業の制限措置）第五条 法第三十条において準用する漁業法第四十二条第一項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一 許可をすべき指定養殖業に係る水産動植物の総量
二 養殖場の総面積
三 養殖場の数
（申請すべき期間に関する特別の事情）第六条 法第三十条において準用する漁業法第四十二条第二項の農林水産省令で定める緊急を要する特別の事情は、国際交渉との関係上水産動植物の総量が定められることとなった指定養殖業について、三月以上の申請期間を定めて同条第一項の規定による公示をするとすれば指定養殖業の養殖の時機を失し、当該指定養殖業を営む者の経営に著しい支障を及ぼすと認められる事情とする。
（養殖場が滅失した場合の許可の申請）第七条 許可の申請の後に、当該申請に係る養殖場が滅失した場合には、遅滞なく、その旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
２ 前項の場合において、当該申請をした者が当該滅失した養殖場に代えて他の養殖場について法第三十条において準用する漁業法第四十五条第三号の規定による許可の申請をしたときは、当該申請は、当該他の養殖場についての申請とみなす。 ３ 前項の場合において、当該申請は、法第三十条において準用する漁業法第四十二条第五項の規定の適用については、従前の許可に係る養殖場と同一の養殖場についてした申請とみなす。 ４ 従前の許可に係る養殖場が許可を申請すべき期間の満了日の前六月以内に滅失した場合において、当該従前の許可を受けていた者が当該滅失した養殖場に代えて他の養殖場について法第三十条において準用する漁業法第四十五条第三号の規定による許可の申請をし、かつ、当該他の養殖場について許可の申請をしたときも、前項と同様とする。 （許可の申請後申請者が死亡し、又は解散し、若しくは分割をした場合）第八条 許可の申請をした者が当該申請をした後に死亡し、又は合併により解散し、若しくは分割（当該申請に係る養殖場を承継させるものに限る。）をしたときは、その相続人又は当該合併後存続する法人若しくは当該合併によって成立した法人若しくは当該分割によって当該養殖場を承継した法人は、当該許可の申請をした者の地位を承継する。
２ 前項の規定により許可の申請をした者の地位を承継した者は、承継の日から二月以内に、その事実を証する書面を添えて、その旨を農林水産大臣に届け出なければならない。 （許可をすべき者の決定）第九条 法第三十条において準用する漁業法第四十二条第五項又は第六項の規定により許可をする者を定めないときは、当該指定養殖業を営む者の数、当該指定養殖業に係る養殖場の数及び当該指定養殖業の実態その他の事情を勘案して、許可の基準を定め、これに従って許可する者を定めるものとする。
（許可の有効期間）第十条 法第三十条において準用する漁業法第四十六条第一項の農林水産省令で定める期間は、五年とする。
（変更の許可の申請）第十一条 法第三十条において読み替えて準用する漁業法第四十七条の許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二 申請に係る指定養殖業の種類
三 許可の年月日及び許可の番号
四 変更の内容
五 変更の理由
２ 農林水産大臣は、前項の申請書のほか、変更の許可をするかどうかの判断に関し必要と認める書類の提出を求めることができる。 （相続又は法人の合併若しくは分割の届出）第十二条 法第三十条において準用する漁業法第四十八条第一項の規定により許可を受けた者の地位を承継した者は、同条第二項の規定によりその旨を農林水産大臣に届け出るときは、その事実を証する書面を添えなければならない。
（許可証の書換交付の申請）第十三条 許可養殖業者は、許可証の記載事項に変更を生じたとき（第十五条第二号から第五号までに掲げる場合を除く。）は、速やかに、農林水産大臣に許可証の書換交付を申請しなければならない。
（許可証の再交付の申請）第十四条 許可養殖業者は、許可証を亡失し、又は毀損した場合には、速やかに、理由を付して農林水産大臣に許可証の再交付を申請しなければならない。
（許可証の書換交付及び再交付）第十五条 農林水産大臣は、次に掲げる場合には、遅滞なく、許可証を書き換えて交付し、又は再交付する。
一 第十三条の規定による書換交付又は前条の規定による再交付の申請があったとき。
二 法第三十条において準用する漁業法第四十四条第二項の規定により許可に条件を付け、又は同条第一項若しくは第二項の規定により付けた条件を変更し、若しくは取り消したとき。
三 法第三十条において準用する漁業法第四十七条の許可をしたとき。
四 法第三十条において準用する漁業法第四十八条第二項の規定による届出があったとき。
五 法第三十条において準用する漁業法第五十四条第二項又は同法第五十五条第一項の規定により許可を変更したとき。
（許可証の返納）第十六条 許可養殖業者は、当該許可がその効力を失い、又は取り消された場合には、速やかに、その許可証を農林水産大臣に返納しなければならない。
２ 前項の場合において、許可証を返納することができないときは、理由を付してその旨を農林水産大臣に届け出なければならない。 （許可手数料）第十七条 法第三十条において準用する漁業法第百七十五条第二項の手数料は、申請書に手数料の額に相当する額の収入印紙を貼って納めなければならない。
２ 手数料の額は、次のとおりとする。一 法第二十六条第一項の規定による指定養殖業の許可の申請
四千四百五十円
二 法第三十条において準用する漁業法第四十七条の規定による変更の許可の申請
二千二百円
三 第十三条の許可証の書換交付の申請及び第十四条の許可証の再交付の申請
八百五十円
第十八条 届出養殖業につき法第二十八条第一項の規定による届出をしようとする者は、養殖場ごとに、同項に規定する事項を記載した届出書を農林水産大臣に提出しなければならない。
２ 法第二十八条第一項第四号の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。一 養殖場ごとの養殖池数
二 養殖場ごとの全ての養殖池の総面積及び総体積
三 養殖の方法
四 養殖する水産動植物の種類
五 当該養殖業の開始予定時期
３ 法第二十八条第二項の規定による届出をしようとする者は、次に掲げる事項を記載した届出書を農林水産大臣に提出しなければならない。一 申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二 養殖場の届出番号
三 変更の内容
四 変更の理由
五 変更があった年月日
４ 法第二十八条第三項の規定による届出をしようとする者は、次に掲げる事項を記載した届出書を農林水産大臣に提出しなければならない。一 申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二 養殖場の届出番号
三 廃止の理由
四 廃止した年月日
（届出養殖業者の相続人等に関する特例）第十九条 届出養殖業者が法第二十八条第一項の規定による届出に係る養殖業の全部を譲り渡し、又は届出養殖業者について相続、合併若しくは分割（当該届出に係る養殖業の全部を承継させるものに限る。）があったときは、その養殖業の全部を譲り受けた者又は相続人（相続人が二人以上ある場合において、その全員の同意により養殖業を承継すべき相続人を選定したときは、その者）、合併後存続する法人若しくは合併により設立した法人若しくは分割によりその養殖業の全部を承継した法人は、その届出養殖業者の地位を承継する。
２ 前項の規定により届出養殖業者の地位を承継した者は、その承継の日から三十日以内に、次に掲げる事項を記載した届出書にその事実を証する書面を添えて、農林水産大臣に提出しなければならない。一 承継人の氏名及び住所（法人にあっては、その名称及び主たる事務所の所在地）
二 被承継人の氏名及び住所（法人にあっては、その名称及び主たる事務所の所在地）
三 養殖場の届出番号
四 承継に係る養殖場の名称、その所在地並びにその面積及び体積
五 承継の年月日
六 承継の原因
（届出番号の決定等）第二十条 農林水産大臣は、法第二十八条第一項の規定による届出を受理したときは、当該届出に係る特定の養殖場を識別するために養殖場ごとに番号を決定し、遅滞なく、当該届出をした届出養殖業者に通知するものとする。
（実績報告書の提出）第二十一条 法第二十九条第一項の実績報告書は、次の各号に掲げる養殖業の区分に応じ、当該各号に定める日までに農林水産大臣に提出しなければならない。
一 許可養殖業
当該報告に係る月の翌月の十日
二 届出養殖業
当該報告に係る事業年度（四月一日から翌年の三月三十一日までをいう。）に属する最終月の翌月の三十日
一 許可を受けた者又は届出をした者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二 許可又は届出の番号
三 養殖の用に供した種苗の種類別の量
四 養殖の実績
五 その他必要な事項
（身分を示す証明書）第二十二条 法第三十一条第二項に規定する証明書の様式は、別記様式のとおりとする。
（提出書類の経由機関）第二十三条 法第三十二条の規定により都道府県知事を経由して農林水産大臣に提出しなければならない申請書その他の書類は、当該書類に係る養殖場の所在地を管轄する都道府県知事を経由して提出しなければならない。
２ 前項の規定により、第二条第一項、第十一条第一項、第十三条若しくは第十四条の規定による申請書、第七条第一項、第八条第二項、第十八条第一項、第三項若しくは第四項若しくは第十九条第二項の届出書又は第二十一条の実績報告書が都道府県知事に受理されたときは、その受理されたときに農林水産大臣にこれらの書類の提出があったものとみなす。 （添付書類の省略）第二十四条 法又はこれに基づく命令の規定により同時に二以上の申請書その他の書類を提出する場合において、各申請書その他の書類に添付すべき書類の内容が同一であるときは、一の申請書その他の書類にこれを添付し、他の申請書その他の書類にはその旨を記載して、一の申請書その他の書類に添付した書類の添付を省略することができる。
２ 前項に規定する場合のほか、農林水産大臣は、特に必要がないと認めるときは、法又はこれに基づく命令の規定により申請書その他の書類に添付することとされている書類の添付を省略させることができる。 （協議会設置に係る申出）第二十五条 法第三十五条第一項の規定により申出をしようとする共同漁業権者は、次に掲げる事項を記載した申出書を都道府県知事に提出しなければならない。
一 共同漁業権者の名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地
二 共同漁業権の免許番号
三 共同漁業権に係る漁業の種類及び名称
四 協議会の構成員に加えるべき者
五 協議内容
附則
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二六年一〇月一日農林水産省令第五三号）
この省令は、平成二十六年十一月一日から施行する。 この省令の施行前にこの省令による改正前の内水面漁業の振興に関する法律施行規則別記様式により提出された申出書は、この省令による改正後の内水面漁業の振興に関する法律施行規則別記様式第七号により提出された申出書とみなす。附則（平成二七年五月二〇日農林水産省令第五四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十七年六月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 内水面漁業の振興に関する法律施行令の一部を改正する政令（平成二十七年政令第二百三十六号）附則第三条において読み替えて適用する法第三十条において準用する漁業法第五十八条の二第三項の農林水産省令で定める水産動植物の量は、平成二十六年度当初におけるこの省令による改正前の内水面漁業の振興に関する法律施行規則第五条の規定による養殖予定書に記載されたうなぎの量とする。
第三条 内水面漁業の振興に関する法律施行令の一部を改正する政令附則第二条第一項の規定によりうなぎ養殖業の許可を受けているものとみなされる者についてのこの省令による改正後の内水面漁業の振興に関する法律施行規則第十八条の規定の適用については、「別記様式第七号」とあるのは、「内水面漁業の振興に関する法律施行規則の一部を改正する省令（平成二十七年農林水産省令第五十四号）による改正前の内水面漁業の振興に関する法律施行規則別記様式第六号」とする。
第四条 この省令の施行前にこの省令による改正前の内水面漁業の振興に関する法律施行規則別記様式第七号により提出された申出書は、この省令による改正後の内水面漁業の振興に関する法律施行規則別記様式第九号により提出された申出書とみなす。
附則（令和二年七月八日農林水産省令第四九号）
この省令は、漁業法等の一部を改正する等の法律（以下「改正法」という。）の施行の日（令和二年十二月一日）から施行する。 この省令の施行前に第三条の規定による改正前の内水面漁業の振興に関する法律施行規則別記様式第八号により交付された証明書は、同条の規定による改正後の同令別記様式により交付された証明書とみなす。 この省令の施行前にした行為及び前項の規定によりなおその効力を有することとされる場合におけるこの省令の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。附則（令和二年一二月二一日農林水産省令第八三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和五年二月一六日農林水産省令第八号）
この省令は、令和五年四月一日から施行する。別記様式
（第二十二条関係）[PDF]