第一条 平成二十年度に海上運送法（以下「法」という。）第三十五条第三項の規定による日本船舶・船員確保計画の認定を受けた法第三十七条の二に規定する認定事業者（以下「特定認定事業者」という。）が、当該認定に係る日本船舶・船員確保計画（以下「現行計画」という。）の計画期間終了の日以降引き続き同条に規定する課税の特例の適用を受けるため、平成二十五年度に法第三十五条第四項の規定による日本船舶・船員確保計画の変更（準日本船舶（法第三十八条第七項に規定する準日本船舶をいう。以下同じ。）の確保並びにこれに乗り組む船員の育成及び確保に係る事項が新たに記載されるものに限る。）の認定の申請をする場合における法第三十五条第三項第三号の国土交通省令で定める期間は、海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令（平成二十年国土交通省令第六十七号。以下「認定省令」という。）第四条の規定にかかわらず、当該変更前の現行計画の計画期間とする。
２ 特定認定事業者が、現行計画（準日本船舶の確保並びにこれに乗り組む船員の育成及び確保に係る事項が記載されているものに限る。）の計画期間終了の日以降引き続き法第三十七条の二に規定する課税の特例の適用を受けるため、平成二十五年度に法第三十五条第一項の規定による日本船舶・船員確保計画の認定の申請をする場合における同条第三項第三号の国土交通省令で定める期間は、認定省令第四条の規定にかかわらず、当該認定の申請日の属する事業年度の翌事業年度開始の日から四年とする。 （計画期間における日本船舶の隻数の増加の割合）第二条 前条第一項の場合における法第三十五条第三項第五号の国土交通省令で定める日本船舶の隻数の増加の割合は、平成二十年度に海上運送法第三十五条第一項又は第四項の規定による日本船舶・船員確保計画の認定の申請をする場合における同条第三項第五号の日本船舶の隻数の増加の割合を定める省令（平成二十年国土交通省令第六十九号）の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。
一 次号に掲げる場合以外の場合
百分の二百八
二 特定認定事業者が海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平成二十年法律第五十三号。以下「改正法」という。）の施行の日から現行計画の計画期間開始の日までの間に日本船舶の隻数を増加させた場合
百分の二百八を改正法の施行の日における日本船舶の隻数に対する現行計画の計画期間開始の日における日本船舶の隻数の割合で除して得た割合
一 次号に掲げる場合以外の場合
百分の三百二十を現行計画の計画期間開始の日における日本船舶の隻数に対する前条第二項の認定に係る日本船舶・船員確保計画（以下「新計画」という。）の計画期間開始の日における日本船舶の隻数の割合で除して得た割合
二 特定認定事業者が改正法の施行の日から現行計画の計画期間開始の日までの間に日本船舶の隻数を増加させた場合
百分の三百二十を改正法の施行の日における日本船舶の隻数に対する新計画の計画期間開始の日における日本船舶の隻数の割合で除して得た割合
附則
この省令は、平成二十五年四月一日から施行する。附則（平成二九年九月二九日国土交通省令第五五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十九年十月一日）から施行する。