独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十八条第二項、第三十条第一項及び第二項第七号、第三十一条第一項、第三十二条第一項、第三十三条並びに第三十四条第一項の規定に基づき、並びに同法を実施するため、独立行政法人日本原子力研究開発機構の業務運営に関する省令を次のように定める。
第一条 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構法（平成十六年法律第百五十五号。以下「機構法」という。）第十七条第一項第一号に規定する基礎的研究に関する事項
二 機構法第十七条第一項第二号に規定する応用の研究に関する事項
三 機構法第十七条第一項第三号に規定する核燃料サイクルを技術的に確立するために必要な業務に関する事項
四 機構法第十七条第一項第四号に規定する成果の普及及び成果の活用の促進に関する事項
五 機構法第十七条第一項第五号に規定する放射性廃棄物の処分に関する業務に関する事項
六 機構法第十七条第一項第六号に規定する施設及び設備の供用に関する事項
七 機構法第十七条第一項第七号に規定する研究者及び技術者の養成及び資質の向上に関する事項
八 機構法第十七条第一項第八号に規定する情報の収集、整理及び提供に関する事項
九 機構法第十七条第一項第九号に規定する試験及び研究、調査、分析又は鑑定に関する事項
十 機構法第十七条第一項第十号に規定する出資並びに人的及び技術的援助に関する事項
十一 機構法第十七条第一項第十一号に規定する附帯業務に関する事項
十二 機構法第十七条第二項に規定する業務に関する事項
十三 機構法第十七条第三項に規定する核原料物質、核燃料物質又は放射性廃棄物を貯蔵し、又は処理する業務に関する事項
十五 競争入札その他契約に関する基本的事項（放射性廃棄物の発生を伴う業務に係る契約における当該放射性廃棄物の処理及び処分について責任を有する者並びにその費用を負担する者に関する事項を含む。）
第二条 機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始三十日前までに、文部科学大臣、経済産業大臣及び原子力規制委員会に提出しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとする場合において、当該変更しようとする事項が次の各号に掲げるものであるときは、当該変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を、それぞれ当該各号に定める大臣又は委員会（第四条第二項において「主務大臣」という。）に提出しなければならない。
一 次号及び第三号に掲げるもの以外のもの文部科学大臣
二 機構法第十七条に規定する業務（次号に規定するものを除く。）のうち、原子力の研究、開発及び利用における安全の確保に関する事項（原子力に係る製錬、加工、貯蔵、再処理及び廃棄の事業並びに原子炉に関する規制に関する事項並びに国際約束に基づく保障措置の実施のための規制その他の原子力の平和的利用の確保のための規制に関する事項を含む。）文部科学大臣及び原子力規制委員会
三 機構法第十七条第一項第三号に掲げる業務及びこれに関連する同項第四号に掲げるもの（これらに附帯する業務を含む。）並びに機構法第二十条第一項第二号に規定する埋設処分業務等（次に掲げる放射性廃棄物に係るものに限る。）に関する事項文部科学大臣及び経済産業大臣（原子力の研究、開発及び利用における安全の確保に関する事項（原子力に係る製錬、加工、貯蔵、再処理及び廃棄の事業並びに原子炉に関する規制に関する事項並びに国際約束に基づく保障措置の実施のための規制その他の原子力の平和的利用の確保のための規制に関する事項を含む。）については、文部科学大臣、経済産業大臣及び原子力規制委員会）
イ 機構法第十七条第一項第三号に掲げる業務に伴い発生した放射性廃棄物（当該業務に係る機構法附則第二条第一項及び第三条第一項の規定により機構が承継した放射性廃棄物を含む。）
ロ 機構以外の者から処分の委託を受けた放射性廃棄物であって、核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律（昭和三十二年法律第百六十六号）第二条第五項に規定する発電用原子炉（同法第四十三条の四第一項に規定する実用発電用原子炉を除く。）及びその附属施設並びに原子力発電と密接な関連を有する施設で国立研究開発法人日本原子力研究開発機構法施行令（平成十七年政令第二百二十四号）第十九条で定めるものから発生したもの
第三条 機構に係る通則法第三十五条の五第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一 施設及び設備に関する計画（次号に掲げるものを除く。）
二 放射性廃棄物の処理及び処分（機構法第十七条第一項第五号に掲げる業務に係るものを除く。）並びに原子力施設（核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律第十三条第二項第二号に規定する加工施設、同法第二十三条第二項第五号に規定する試験研究用等原子炉施設、同法第四十三条の三の五第二項第五号に規定する発電用原子炉施設、同法第四十四条第二項第二号に規定する再処理施設、同法第五十一条の二第二項に規定する廃棄物埋設施設、同条第三項第二号に規定する廃棄物管理施設、同法第五十二条第二項第七号に規定する使用施設、同項第八号に規定する貯蔵施設及び同項第九号に規定する廃棄施設並びに放射性同位元素等の規制に関する法律（昭和三十二年法律第百六十七号）第三条第二項第五号に規定する使用施設、同項第六号に規定する貯蔵施設、同項第七号に規定する廃棄施設、同法第四条の二第二項第四号に規定する廃棄物詰替施設及び同項第五号に規定する廃棄物貯蔵施設をいう。）の廃止措置に関する計画
第三条の二 機構に係る通則法第三十五条の六第三項に規定する報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。 その際、機構は、当該報告書が同条第一項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項を記載するものとする。
２ 機構は、前項に規定する報告書を文部科学大臣、経済産業大臣及び原子力規制委員会に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
第三条の三 機構に係る通則法第三十五条の六第四項に規定する報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。 その際、機構は、当該報告書が同条第二項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して次に掲げる事項を記載するものとする。
一 通則法第三十五条の六第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。 なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ 当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二 前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。 なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
２ 機構は、前項に規定する報告書を文部科学大臣、経済産業大臣及び原子力規制委員会に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
第四条 機構に係る通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項に規定する年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を主務大臣に提出しなければならない。