大規模災害からの復興に関する法律（平成二十五年法律第五十五号）第十三条第二項及び第十九条第二項の規定に基づき、並びに同法を実施するため、大規模災害からの復興に関する法律第十三条第二項及び第十九条第二項に規定する農林水産大臣に対する協議に関する命令を次のように定める。
（協議会が組織されていない場合等における農地の転用に係る土地利用方針に関する協議及び同意）第一条 大規模災害からの復興に関する法律（以下「法」という。）第十三条第二項の規定により農林水産大臣に協議をし、その同意を得ようとする特定被災市町村等であって、法第十条第一項第一号に掲げる地域をその区域とするものは、協議書に復興計画に記載しようとする土地利用方針を記載した書類及び次に掲げる事項（特定被災市町村が特定被災都道府県と共同して復興計画を作成する場合にあっては、第三号に掲げる事項を除く。）を記載した書類を添えて、これらを内閣総理大臣を経由して農林水産大臣に提出するものとする。
一 復興計画の区域における特定被災市町村の農業の健全な発展を図るための施策の推進に関する基本的な事項
二 前号の施策を推進するために必要な農地の確保及びその利用に関する基本的な事項
三 当該土地利用方針に係る特定被災都道府県の知事の意見
２ 土地利用方針について法第十三条第二項の農林水産大臣の同意を得た特定被災市町村等は、当該同意を得た土地利用方針が記載された復興計画が法第十条第六項の規定により公表される日の前日までに、当該土地利用方針に係る復興整備事業（同条第二項第四号に規定する復興整備事業をいう。）に関する書類として農林水産大臣が定める書類を、内閣総理大臣を経由して農林水産大臣に提出するものとする。 （協議会が組織されていない場合等における漁港漁場整備事業に関する協議及び同意）第二条 法第十九条第二項の規定により農林水産大臣に協議をし、その同意を得ようとする特定被災市町村等は、協議書に漁港及び漁場の整備等に関する法律施行規則（昭和二十六年農林省令第四十七号）別記第一号様式により作成した復興計画に記載しようとする同項の漁港漁場整備事業に関する事項を記載した書類を添えて、これらを内閣総理大臣を経由して農林水産大臣に提出するものとする。