株式会社東日本大震災事業者再生支援機構法（平成二十三年法律第百十三号）第五十五条の規定により適用する農水産業協同組合貯金保険法（昭和四十八年法律第五十三号）第三十六条第二項及び株式会社東日本大震災事業者再生支援機構法第五十五条の規定により読み替えて適用する農水産業協同組合貯金保険法第四十四条の規定に基づき、株式会社東日本大震災事業者再生支援機構法第八章に規定する農水産業協同組合貯金保険機構の業務の特例等に関する命令を次のように定める。
（業務の特例に係る業務方法書の記載事項）第一条 農水産業協同組合貯金保険機構（以下「機構」という。）が株式会社東日本大震災事業者再生支援機構法（以下「法」という。）第五十四条第一項各号に掲げる業務を行う場合には、農水産業協同組合貯金保険法第三十六条第二項の主務省令で定める事項は、農水産業協同組合貯金保険法施行規則（昭和四十八年大蔵省・農林省令第一号）第一条の二各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項とする。
一 法第五十四条第一項第一号の規定による株式会社東日本大震災事業者再生支援機構への出資に関する事項
二 その他法第五十四条第一項各号に掲げる業務の方法に関する事項
（区分経理）第二条 機構は、東日本大震災事業者再生支援勘定（法第五十四条第二項の規定により読み替えて準用する法第四十八条に規定する東日本大震災事業者再生支援勘定をいう。以下同じ。）において整理すべき事項がその他の勘定において整理すべき事項と共通の事項であるため、東日本大震災事業者再生支援勘定に係る部分を区分して整理することが困難なときは、当該事項については、機構が農林水産大臣、財務大臣及び金融庁長官の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して整理し、当該事業年度の末日（東日本大震災事業者再生支援勘定の廃止の日の属する事業年度にあっては、その廃止の日）現在において各勘定に配分することにより整理することができる。
２ 機構が法第五十四条第一項各号に掲げる業務を行う場合には、農水産業協同組合貯金保険法施行規則第三条中「及び危機対応勘定（法第百五条第一項に規定する危機対応勘定をいう。以下同じ。）」とあるのは「、危機対応勘定（法第百五条第一項に規定する危機対応勘定をいう。以下同じ。）及び東日本大震災事業者再生支援勘定（株式会社東日本大震災事業者再生支援機構法（平成二十三年法律第百十三号）第五十四条第二項の規定により読み替えて準用する同法第四十八条に規定する東日本大震災事業者再生支援勘定をいう。以下同じ。）」と、同令第六条中「及び危機対応勘定」とあるのは「、危機対応勘定及び東日本大震災事業者再生支援勘定」とする。 （利益及び損失の処理）第三条 機構は、東日本大震災事業者再生支援勘定において、毎事業年度の損益計算上利益を生じたときは、前事業年度から繰り越した損失を埋め、なお残余があるときは、その残余の額は、積立金として整理しなければならない。
２ 機構は、東日本大震災事業者再生支援勘定において、毎事業年度の損益計算上損失を生じたときは、前項の規定による積立金を減額して整理し、なお不足があるときは、その不足額は、繰越欠損金として整理しなければならない。