第一条 排他的経済水域及び大陸棚の保全及び利用の促進のための低潮線の保全及び拠点施設の整備等に関する法律（以下「法」という。）第五条第一項第一号に掲げる行為に係る同項の許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 海底の掘削又は切土の目的
二 海底の掘削又は切土の内容
三 海底の掘削又は切土の期間
四 海底の掘削又は切土の場所
五 海底の掘削又は切土の方法
２ 法第五条第一項第二号に掲げる行為に係る同項の許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。一 土砂の採取の目的
二 土砂の採取の期間
三 土砂の採取の場所
四 土砂の採取の方法
五 土砂の採取量
３ 法第五条第一項第三号に掲げる行為に係る同項の許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。一 施設又は工作物の新設又は改築の目的
二 施設又は工作物の新設又は改築の場所
三 新設又は改築する施設又は工作物の構造
四 工事実施の方法
五 工事実施の期間
（特定離島港湾施設の存する港湾における水域の占用の許可等）第二条 法第九条第一項第一号に掲げる行為に係る同項の許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 水域の占用の目的
二 水域の占用の期間
三 水域の占用の場所
四 水域の占用の方法
２ 法第九条第一項第二号に掲げる行為に係る同項の許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。一 土砂の採取の目的
二 土砂の採取の期間
三 土砂の採取の場所
四 土砂の採取の方法
五 土砂の採取量
３ 法第九条第一項第三号に掲げる行為に係る同項の許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。一 行為の目的
二 行為の内容
三 行為の期間
四 行為の場所
五 行為の方法
（水域の占用等の許可をしてはならない水域施設）第三条 法第九条第四項の国土交通省令で定める水域施設は、航路、泊地及び船だまりとする。
（占用料及び土砂採取料の基準）第四条 法第九条第六項の占用料又は土砂採取料は、近傍類地の地代又は近傍類地における土砂採取料等を考慮して国土交通大臣が定めるものとする。
２ 国土交通大臣は、公益上特に必要があると認めるときは、前項の規定にかかわらず、占用料及び土砂採取料を減額し、又は免除することができる。 （過怠金）第五条 国土交通大臣は、偽りその他不正の行為により法第九条第六項の占用料又は土砂採取料の徴収を免れた者から、その徴収を免れた金額の五倍に相当する金額の過怠金を徴収するものとする。
（放置等を禁止する物件の指定又はその廃止の公示）第六条 法第十条第二項の規定による物件の指定又はその廃止の公示は、官報又は新聞紙に掲載するほか、法第九条第一項の規定により公告されている水域又はその周辺の見やすい場所に掲示して行うものとする。
２ 前項の指定の公示は、当該公示に係る指定の適用の日の十日前までに行わなければならない。 （工作物等を保管した場合の公示事項）第七条 法第十一条第五項の国土交通省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一 工作物等（法第十一条第一項に規定する工作物等をいう。以下同じ。）の名称又は種類、形状及び数量
二 工作物等の放置されていた場所及び当該工作物等を撤去した日時
三 工作物等の保管を始めた日時及び保管の場所
四 前三号に掲げるもののほか、工作物等を返還するため必要と認められる事項
（工作物等を保管した場合の公示の方法）第八条 法第十一条第五項の規定による公示は、次に掲げる方法により行わなければならない。
一 前条各号に掲げる事項を、保管を始めた日から起算して十四日間、当該工作物等の放置されていた場所を管轄する地方整備局の事務所に掲示すること。
二 前号の公示の期間が満了しても、なお当該工作物等の所有者、占有者その他当該工作物等について権原を有する者（第十二条において「所有者等」という。）の氏名及び住所を知ることができないときは、前条各号に掲げる事項の要旨を官報又は新聞紙に掲載すること。
２ 国土交通大臣は、前項に規定する方法による公示を行うとともに、第一号様式による保管した工作物等一覧簿を当該工作物等の放置されていた場所を管轄する地方整備局の事務所に備え付け、かつ、これをいつでも関係者に自由に閲覧させなければならない。 （工作物等の価額の評価の方法）第九条 法第十一条第六項の規定による工作物等の価額の評価は、当該工作物等の購入又は製作に要する費用、使用年数、損耗の程度その他当該工作物等の価額の評価に関する事項を勘案してするものとする。
（保管した工作物等を売却する場合の手続）第十条 法第十一条第六項の規定による保管した工作物等の売却は、競争入札に付して行わなければならない。
第十一条 国土交通大臣は、当該工作物等を前条本文の競争入札のうち一般競争入札に付そうとするときは、その入札期日の前日から起算して少なくとも五日前までに、次に掲げる事項を当該工作物等の放置されていた場所を管轄する地方整備局の事務所に掲示し、又は官報若しくは新聞紙に掲載する等当該掲示に準ずる適当な方法で公示しなければならない。
一 当該工作物等の名称又は種類、形状及び数量
二 当該競争入札の執行を担当する職員の職及び氏名
三 当該競争入札の執行の日時及び場所
四 契約条項の概要
五 その他国土交通大臣が必要と認める事項
２ 国土交通大臣は、当該工作物等を前条本文の競争入札のうち指名競争入札に付そうとするときは、なるべく三人以上の入札者を指定し、かつ、それらの者に前項各号に掲げる事項をあらかじめ通知しなければならない。 ３ 国土交通大臣は、前条ただし書の随意契約によろうとするときは、なるべく二人以上の者から見積書を徴さなければならない。 （工作物等を返還する場合の手続）第十二条 国土交通大臣は、保管した工作物等（法第十一条第六項の規定により売却した代金を含む。）を所有者等に返還するときは、返還を受ける者にその所有権等を証するに足りる書類を提出させる等の方法によってその者が当該工作物等の返還を受けるべき所有者等であることを証明させ、かつ、第二号様式による受領書と引換えに返還するものとする。
（報告の徴収等）第十三条 法第九条第一項の規定による許可を受けた者は、当該許可に係る事項に関し必要な報告を求められたときは、直ちに、これに関する報告をしなければならない。
（延滞金）第十四条 法第十三条第二項の規定により国土交通大臣が徴収する延滞金の額は、負担金等（法第十三条第一項に規定する「負担金等」をいう。以下この条において同じ。）を納付すべき期限の翌日からその納付の日までの日数に応じ負担金等の額に年十・七五パーセントの割合を乗じて計算した額とする。
（権限の委任）第十五条 法第五条第一項（法第六条第二項において読み替えて適用する場合を含む。）、第九条第一項（同条第五項において読み替えて適用する場合を含む。）、第二項、第六項及び第七項、第十条第二項、第十三条第一項から第三項まで並びに第十四条第一項の規定による国土交通大臣の権限（法第九条第一項に掲げる権限にあっては、同項各号に掲げる行為に係る同項の許可に係るものに限る。）は、地方整備局長及び北海道開発局長が行うものとする。
２ 法第七条、第十一条第一項から第七項まで及び第十二条第一項の規定による国土交通大臣の権限は、地方整備局長及び北海道開発局長も行うことができる。附則
この省令は、法の施行の日（平成二十二年六月二十四日）から施行する。附則（平成二三年五月三〇日国土交通省令第四三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、排他的経済水域及び大陸棚の保全及び利用の促進のための低潮線の保全及び拠点施設の整備等に関する法律附則第一条ただし書に規定する規定の施行の日（平成二十三年六月一日）から施行する。
附則（令和元年六月二八日国土交通省令第二〇号）
この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。附則（令和二年一二月二三日国土交通省令第九八号）
この省令は、令和三年一月一日から施行する。 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による用紙は、当分の間、これを取り繕って使用することができる。附則（令和六年三月二九日国土交通省令第二六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和六年四月一日から施行する。
第一号様式
（第八条関係）[PDF]
第二号様式
（第十二条関係）[PDF]