内閣は、平成二十二年四月以降において発生が確認された口蹄疫に起因して生じた事態に対処するための手当金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（平成二十二年法律第五十号）第一条及び第二条第四項の規定に基づき、この政令を制定する。
（所得税の特例）第一条 平成二十二年四月以降において発生が確認された口蹄疫に起因して生じた事態に対処するための手当金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（以下「法」という。）第一条第一項に規定する政令で定める要件は、農林水産大臣が指定する地方公共団体が、家畜伝染病予防法（昭和二十六年法律第百六十六号）第五十八条第一項第三号に規定する当該家畜についてその評価額の五分の一に相当する金額を、又は同項第五号に規定する当該物品についてその評価額の五分の一に相当する金額を交付するものであることとする。
２ 法第一条第一項に規定する政令で定める補助金又は給付金は、平成二十二年四月以降において発生が確認された口疫に起因して生じた事態に対処するために交付される補助金又は給付金であって農林水産大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。 ３ 法第一条第一項の規定により所得税が免除されることとなる手当金等の交付により生じた所得の金額は、手当金等（同項に規定する手当金等をいう。以下同じ。）の額の合計額から当該手当金等の額の計算の基礎となった家畜に係る損失の額及び費用の額の合計額を控除した金額とする。 ４ 前項の場合において、当該手当金等の額の計算の基礎となった家畜と当該家畜以外の家畜の双方に関連して生じた費用の額（以下この項において「共通費用の額」という。）があるときは、前項に規定する費用の額に算入すべき金額は、当該共通費用の額のうち、当該手当金等の額、当該手当金等の額の計算の基礎となった日数その他合理的な基準により当該手当金等の額の計算の基礎となった家畜に係る費用の額として配分されるものに限るものとする。 ５ 法第一条第一項の規定により免除される所得税の額は、その年分の所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第二十二条第二項に規定する総所得金額（以下この項において「総所得金額」という。）に係る所得税の額から法第一条第一項に規定する所得の金額がないものとして計算した場合における総所得金額に係る所得税の額を控除した金額とする。 ６ 法第一条第一項の規定は、確定申告書（所得税法第二条第一項第三十七号に規定する確定申告書をいう。次項において同じ。）に手当金等の交付により生じた所得の金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。 ７ 税務署長は、前項の添付がない確定申告書の提出があった場合においても、その添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、同項に規定する明細書及び書類の提出があった場合に限り、法第一条第一項の規定を適用することができる。 ８ その年分の所得税につき法第一条第一項の規定の適用を受ける場合における租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第二十五条第二項の規定の適用については、同項第二号中「事業所得の金額」とあるのは、「事業所得の金額及び平成二十二年四月以降において発生が確認された口蹄疫に起因して生じた事態に対処するための手当金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（平成二十二年法律第五十号）第一条第一項に規定する所得の金額の合計額」とする。 ９ その年分の所得税につき法第一条第一項の規定の適用を受ける場合における租税特別措置法施行令（昭和三十二年政令第四十三号）第十七条第四項の規定の適用については、同項中「総所得金額に係る所得税の額から同項に規定する所得の金額」とあるのは、「平成二十二年四月以降において発生が確認された口蹄疫に起因して生じた事態に対処するための手当金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（平成二十二年法律第五十号）第一条第一項に規定する所得の金額がないものとして計算した場合における総所得金額に係る所得税の額から同項に規定する所得の金額及び法第二十五条第一項に規定する所得の金額の合計額」とする。 １０ 農林水産大臣は、第一項の規定により地方公共団体を指定し、又は第二項の規定により補助金若しくは給付金を指定したときは、これを告示する。 （法人税の特例）第二条 法第二条第一項又は第二項の規定により損金の額に算入されることとなる金額に相当する手当金等に係る利益の額は、当該手当金等の額の合計額から当該手当金等の額の計算の基礎となった家畜に係る原価の額、費用の額及び損失の額の合計額を控除した金額とする。
２ 法第二条第一項又は第二項の規定は、これらの規定の適用を受けようとする事業年度又は連結事業年度の確定申告書等又は連結確定申告書等に、これらの規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等又は連結確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。 ３ 税務署長は、前項の記載又は明細書及び書類の添付がない確定申告書等又は連結確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は明細書及び書類の添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項に規定する明細書及び書類の提出があった場合に限り、法第二条第一項又は第二項の規定を適用することができる。 ４ 前二項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。一 事業年度
法第二条第三項第二号に規定する事業年度をいう。
二 連結事業年度
法第二条第三項第六号に規定する連結事業年度をいう。
三 確定申告書等
租税特別措置法第二条第二項第二十七号に規定する確定申告書等をいう。
四 連結確定申告書等
租税特別措置法第二条第二項第二十七号の二に規定する連結確定申告書等をいう。
附則
この政令は、公布の日から施行する。附則（令和二年六月二六日政令第二〇七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、令和四年四月一日から施行する。