第一条 農林漁業有機物資源のバイオ燃料の原材料としての利用の促進に関する法律（以下「法」という。）第二条第二項の主務省令で定める簡易な方法は、単なる乾燥、切断、破砕及び粉砕とする。
（農林漁業有機物資源をバイオ燃料の原材料として利用するために必要な行為）第二条 法第二条第三項の主務省令で定める行為は、農林漁業有機物資源（農林水産物の生産又は加工に伴い副次的に得られたものに限る。）をバイオ燃料の原材料として利用するために必要な圧縮、乾燥、こん包、収集、切断、脱水、破砕、粉砕、分別及び保管とする。
（生産製造連携事業計画の認定の申請）第三条 法第四条第一項の規定により生産製造連携事業計画の認定を受けようとする者は、別記様式第一号による申請書を主務大臣に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 当該申請をしようとする者が法人である場合には、その定款又はこれに代わる書面
二 当該申請をしようとする者が個人である場合には、その住民票の写し
三 当該申請をしようとする者の最近二期間の事業報告書、貸借対照表及び損益計算書（これらの書類がない場合にあっては、最近一年間の事業内容の概要を記載した書類）
四 特定バイオ燃料を製造する施設の規模及び構造を明らかにした図面
五 農林漁業有機物資源が廃棄物である場合にあっては、当該農林漁業有機物資源を処理するに当たり廃棄物の処理及び清掃に関する法律（昭和四十五年法律第百三十七号）第七条、第八条、第十四条又は第十五条の許可を要するときは、当該許可を得ていること又は得る見込みがあることを証する書類
（生産製造連携事業計画の変更の認定の申請）第四条 法第五条第一項の規定により生産製造連携事業計画の変更の認定を受けようとする認定事業者は、別記様式第二号による申請書を主務大臣に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 当該生産製造連携事業計画に従って行われる生産製造連携事業の実施状況を記載した書類
二 前条第二項各号に掲げる書類
（研究開発事業計画の認定の申請）第五条 法第六条第一項の規定により研究開発事業計画の認定を受けようとする者は、別記様式第三号による申請書を主務大臣に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 当該申請をしようとする者が法人である場合には、その定款又はこれに代わる書面
二 当該申請をしようとする者が個人である場合には、その住民票の写し
三 当該申請をしようとする者の最近二期間の事業報告書、貸借対照表及び損益計算書（これらの書類がない場合にあっては、最近一年間の事業内容の概要を記載した書類）
（研究開発事業計画の変更の認定の申請）第六条 法第七条第一項の規定により研究開発事業計画の変更の認定を受けようとする認定研究開発事業者は、別記様式第四号による申請書を主務大臣に提出しなければならない。
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 当該研究開発事業計画に従って行われる研究開発事業の実施状況を記載した書類
二 前条第二項各号に掲げる書類
（出願料軽減申請書の様式）第七条 農林漁業有機物資源のバイオ燃料の原材料としての利用の促進に関する法律施行令（以下「令」という。）第八条第一項の申請書は、一の申請ごとに別記様式第五号により作成しなければならない。
（登録料軽減申請書の様式）第八条 令第九条第一項の申請書は、一の申請ごとに別記様式第六号により作成しなければならない。
（出願料軽減申請書等の添付書面の省略）第九条 令第八条第一項又は第九条第一項の申請書（以下「出願料軽減申請書等」という。）に添付すべき書面を他の出願料軽減申請書等の提出に係る手続において既に農林水産大臣に提出した者は、当該他の出願料軽減申請書等に添付した令第八条第一項に規定する申請に係る出願品種が認定研究開発事業計画に従って行われる研究開発事業の成果に係るものであることを証する書面若しくは同条第二項各号に掲げる書面又は令第九条第一項に規定する申請に係る登録品種が認定研究開発事業計画に従って行われる研究開発事業の成果に係るものであることを証する書面若しくは同条第二項各号に掲げる書面に変更がないときは、出願料軽減申請書等にその旨を記載して当該書面の添付を省略することができる。
（確認書の交付）第十条 農林水産大臣は、出願料軽減申請書等及びこれに添付すべき書面の提出があった場合において、申請人が法第十三条第一項又は第二項に規定する認定研究開発事業者であることを確認したときは、その申請人に確認書を交付するものとする。
附則
この省令は、法の施行の日（平成二十年十月一日）から施行する。附則（平成二二年四月二三日農林水産省・経済産業省・環境省令第一号）
この省令は、平成二十二年十月一日から施行する。附則（平成二四年七月六日農林水産省・経済産業省・環境省令第一号）
この省令は、住民基本台帳法の一部を改正する法律の一部及び出入国管理及び難民認定法及び日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法の一部を改正する等の法律の施行の日（平成二十四年七月九日）から施行する。附則（令和元年五月七日農林水産省・経済産業省・環境省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和元年六月二八日農林水産省・経済産業省・環境省令第二号）
この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。附則（令和元年一二月一二日農林水産省・経済産業省・環境省令第五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和二年一二月二五日農林水産省・経済産業省・環境省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
別記様式第１号
（第３条関係）[PDF]
別記様式第２号
（第４条関係）[PDF]
別記様式第３号
（第５条関係）[PDF]
別記様式第４号
（第６条関係）[PDF]
別記様式第５号
（第７条関係）[PDF]
別記様式第６号
（第８条関係）[PDF]