第一条 海上運送法（以下「法」という。）第三十五条第一項の規定により日本船舶・船員確保計画の認定を申請しようとする者は、第一号様式による申請書の正本及び副本を国土交通大臣に提出するものとする。
２ 前項の申請書の正本及び副本には、次に掲げる書類をそれぞれ添付するものとする。一 既存の法人にあっては、次に掲げる書類 イ 定款及び登記事項証明書
ロ 最近の事業年度における事業報告、貸借対照表及び損益計算書
二 法人を設立しようとする者にあっては、次に掲げる書類 イ 定款の謄本
ロ 株式の引受け又は出資の状況又は見込みを記載した書類
三 個人にあっては、次に掲げる書類 イ 戸籍抄本又は本籍の記載のある住民票の写し
ロ 資産調書
第二条 法第三十五条第二項第五号の国土交通省令で定める事項は、次のとおりとする。
一 日本船舶・船員確保計画の認定により受けようとする支援措置
二 法第三十七条の二に規定する課税の特例の適用を受けようとする場合にあっては、計画期間開始の日において対外船舶運航事業等（同条に規定する対外船舶運航事業等をいう。）の用に供する船舶の隻数（第五条第一項第一号において「総隻数」という。）
三 前二号に掲げるもののほか、日本船舶・船員確保計画の実施に当たって特に留意すべき事項
（認定通知書）第三条 国土交通大臣は、法第三十五条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定により日本船舶・船員確保計画の認定をしたときは、速やかに、申請者に対し、その旨を通知するものとする。
２ 前項の通知は、第二号様式による認定通知書に第一条第一項の申請書の副本及びその添付書類を添えて行うものとする。 （計画期間）第四条 法第三十五条第三項第三号の国土交通省令で定める期間は、三年、四年又は五年（法第三十七条の二に規定する課税の特例の適用を受けようとする場合にあっては、法第三十五条第一項又は第四項の規定による日本船舶・船員確保計画の認定（同項の認定にあっては、当該認定により同条第三項第五号に掲げる基準に適合することとなるものに限る。）の申請日の属する事業年度の翌事業年度開始の日から五年）とする。
（計画期間における日本船舶の隻数の増加の割合）第五条 法第三十五条第三項第五号の国土交通省令で定める日本船舶の隻数の増加の割合は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合とする。
一 総隻数に占める日本船舶の隻数の割合（以下この項において「基準割合」という。）が百分の二十一を超える場合
百分の百十五
二 基準割合が百分の十九以上百分の二十一以下の場合
百分の百二十
三 基準割合が百分の十九未満の場合
百分の百四十
一 当該対外船舶運航事業を営む者ごとに計画期間開始の日における日本船舶の隻数に前項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合を乗じて得た隻数を合計した隻数
二 当該対外船舶運航事業を営む者の計画期間開始の日における日本船舶の隻数を合計した隻数
（日本船舶・船員確保計画の変更の認定申請）第六条 法第三十五条第四項の規定により日本船舶・船員確保計画の変更の認定を申請しようとする認定事業者は、第三号様式による申請書の正本及び副本を国土交通大臣に提出するものとする。
２ 前項の申請書の正本及び副本には、当該日本船舶・船員確保計画の変更が第一条第二項各号に掲げる書類の変更を伴う場合にあっては、当該変更後の書類をそれぞれ添付するものとする。 ３ 第一条第三項及び第四項の規定は、第一項の場合について準用する。 （課税の特例の適用対象となる日本船舶の大きさ）第七条 法第三十七条の二の国土交通省令で定める大きさは、総トン数百トンとする。
（課税の特例の適用対象となる事業）第八条 法第三十七条の二に規定する国土交通省令で定める事業は、次に掲げる事業とする。
一 対外船舶運航事業を営む者が行う貨物の運送と当該運送に先行し及び後続する利用運送（貨物利用運送事業法（平成元年法律第八十二号）第二条第一項に規定する利用運送をいう。）とを一貫して行う事業
二 対外船舶運航事業、対外船舶貸渡業又は前号に掲げる事業に附帯する事業
（日本船舶の譲渡等に類する行為）第九条 法第三十七条の三第一項の国土交通省令で定める行為は、同項に規定する認定事業者が他人から対外船舶運航事業又は対外船舶貸渡業の用に供する日本船舶の貸渡しを受けている場合における当該日本船舶に係る貸渡契約の終了とする。
（日本船舶の譲渡等の届出）第十条 法第三十七条の三第一項の規定による届出をしようとする者は、次に掲げる事項を記載した日本船舶譲渡等届出書を国土交通大臣に提出するものとする。
一 譲渡（貸渡）人及び譲受（借受）人の住所及び氏名又は名称並びに国籍
二 譲渡（貸渡し又は貸渡契約の終了）をしようとする船舶の明細（海上運送法施行規則（昭和二十四年運輸省令第四十九号。次号において「規則」という。）第九号様式による。）
三 譲渡（貸渡し又は貸渡契約の終了）をしようとする船舶が規則第四十三条第二項の確認を受けている場合にあっては、その旨及び確認を受けた年月日
四 譲渡の予定期日、貸渡しの期間又は貸渡契約の終了の予定期日
五 譲渡（貸渡し又は貸渡契約の終了）を必要とする理由
２ 前項の届出書には、譲渡（貸渡）契約書の写しを添付するものとする。 （届出を要しない貸渡しの期間）第十一条 法第三十七条の三第一項ただし書の国土交通省令で定める期間は、六月（当該船舶に係る貸渡しが定期船である場合については二年）とする。
（報告等）第十二条 法第三十七条の六第一項の規定による報告は、第四号様式による報告書を、計画期間開始の日から起算して一年ごとに作成し、当該期間の経過後一月以内に国土交通大臣に提出することにより行うものとする。
２ 前項の報告書には、当該報告書に記載する日本船舶について、報告に係る認定日本船舶・船員確保計画の計画期間内において他人が作成する日本船舶・船員確保計画及びその実施状況に関する前項の報告書に記載されないことを証する書類を添付するものとする。 ３ 認定日本船舶・船員確保計画に準日本船舶（法第三十八条第七項に規定する準日本船舶をいう。以下この項及び次項において同じ。）の確保に係る事項が記載されている場合には、第一項の報告書には、前項に規定するもののほか、当該認定事業者が運航する全ての準日本船舶の名称、国際海事機関船舶識別番号及び同条第五項の規定による準日本船舶の認定（次項において単に「認定」という。）の日を記載した書類を添付するものとする。 ４ 国土交通大臣は、前項の書類に記載された準日本船舶のうちに、法第三十四条第一項に規定する日本船舶・船員確保基本方針に基づき日本船舶の確保並びにこれに乗り組む船員の育成及び確保に関する措置に関連して実施される準日本船舶の確保に関する措置の対象となる準日本船舶（以下この項において「特定準日本船舶」という。）に該当するものがある場合には、速やかに、当該認定事業者に対し、次に掲げる事項を記載した確認証を交付するものとする。一 当該認定事業者の住所及び氏名（法人にあってはその住所、名称及び代表者の氏名）
二 特定準日本船舶に該当する準日本船舶の名称、国際海事機関船舶識別番号及び認定の日
三 前号の準日本船舶ごとに、特定準日本船舶に該当する期間
附則
この省令は、公布の日から施行する。 令和五年四月一日から令和六年三月三十一日までの間に開始する事業年度において法第三十五条第一項の規定による日本船舶・船員確保計画の認定の申請をする場合であって、当該事業年度から法第三十七条の二に規定する課税の特例の適用を受けようとする場合における法第三十五条第三項第三号の国土交通省令で定める期間は、第四条の規定にかかわらず、当該事業年度開始の日から五年とする。附則（平成二四年一二月一一日国土交通省令第八七号）
この省令は、海上運送法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十四年十二月十一日）から施行する。 この省令の施行の際現にある第一条の規定による改正前の海上運送法施行規則第四号様式による証票及び第三条の規定による改正前の海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令第五号様式による証票は、それぞれ第一条の規定による改正後の海上運送法施行規則第四号様式による証票及び第三条の規定による改正後の海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令第五号様式による証票とみなす。附則（平成二五年三月三〇日国土交通省令第一七号）
この省令は、平成二十五年四月一日から施行する。 この省令の施行前に海上運送法第三十五条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による認定を受けた日本船舶・船員確保計画についての同条第三項第五号の国土交通省令で定める日本船舶の隻数の増加の割合については、この省令による改正後の海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令第五条の規定にかかわらず、なお従前の例による。附則（平成二九年九月二九日国土交通省令第五五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十九年十月一日）から施行する。
（証票等に関する経過措置）
第四条 この省令の施行の際現にある第一条の規定による改正前の海上運送法施行規則第四号様式による証票及び同令第十三号様式による証票並びに第五条の規定による改正前の海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令第五号様式による証票は、それぞれ第一条の規定による改正後の海上運送法施行規則第四号様式による証票及び同令第十三号様式による証票並びに第五条の規定による改正後の海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令第五号様式による証票とみなす。
附則（平成三〇年二月一六日国土交通省令第九号）
この省令は、公布の日から施行する。 この省令の施行前に海上運送法第三十五条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による認定を受けた日本船舶・船員確保計画についての同条第三項第五号の国土交通省令で定める日本船舶の隻数の増加の割合については、この省令による改正後の海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令第五条の規定にかかわらず、なお従前の例による。附則（令和元年五月七日国土交通省令第一号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和元年六月二八日国土交通省令第二〇号）
この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。附則（令和元年六月二八日国土交通省令第二一号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和二年一二月二三日国土交通省令第九八号）
この省令は、令和三年一月一日から施行する。 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による用紙は、当分の間、これを取り繕って使用することができる。附則（令和三年八月二〇日国土交通省令第五一号）
この省令は、海事産業の基盤強化のための海上運送法等の一部を改正する法律附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日（令和三年八月二十日）から施行する。附則（令和五年三月三一日国土交通省令第三七号）
この省令は、令和五年四月一日から施行する。 この省令の施行前に海上運送法第三十五条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による認定を受けた日本船舶・船員確保計画についての同条第二項第五号の国土交通省令で定める事項及び同条第三項第五号の国土交通省令で定める日本船舶の隻数の増加の割合については、この省令による改正後の海上運送法第三十五条の規定に基づく日本船舶・船員確保計画の認定等に関する省令第二条及び第五条の規定にかかわらず、なお従前の例による。附則（令和五年六月三〇日国土交通省令第五一号）
この省令は、海上運送法等の一部を改正する法律附則第一条第三号に掲げる規定の施行の日（令和五年七月一日）から施行する。附則（令和六年三月二九日国土交通省令第二六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和六年四月一日から施行する。
第一号様式
（第１条関係）[PDF]
第二号様式
（第３条関係）[PDF]
第三号様式
（第６条関係）[PDF]
第四号様式
（第１２条関係）[PDF]