平成十八年度の水田農業構造改革交付金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（平成十九年法律第二号）第一条の規定に基づき、平成十八年度の水田農業構造改革交付金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律施行規則を次のように定める。
平成十八年度の水田農業構造改革交付金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（平成十九年法律第二号。以下「法」という。）第一条に規定する財務省令で定める損失又は費用は、次の各号に掲げる農地の区分に応じ当該各号に定める損失又は費用で、同条の規定の適用がないものとしたならば所得税法（昭和四十年法律第三十三号）の規定により平成十八年分の同法第二条第一項第三十五号に規定する農業所得の金額の計算上、必要経費に算入されるべきものとする。
一 法第一条の農地を米穀（飼料の用に供するものを除く。）以外の作物の生産若しくは栽培の用に供し、又は畜舎その他の農業生産に必要な施設の敷地、山林若しくは養魚池の用に供した場合における当該農地
次に掲げる損失又は費用
イ 当該農地に係るけい畔、水利施設その他所得税法第二条第一項第十八号に規定する固定資産又は同項第二十号に規定する繰延資産に係る資産の取壊し又は除却による損失
ロ イに規定する取壊し又は除却に付随する費用
ハ 当該米穀以外の作物の生産又は栽培をしたことに伴い特別に支出する費用
二 法第一条の農地で前号に掲げるもの以外のもの
当該農地に係る公租公課、農薬費、雇人費、減価償却費その他当該農地の維持又は管理に要する費用