公益認定等委員会令（平成十九年政令第六十四号）第五条の規定に基づき、公益認定等委員会事務局組織規則を次のように定める。
（事務局に置く課等）第一条 公益認定等委員会（以下「委員会」という。）の事務局に総務課並びに審査監督官八人（うち六人は、関係のある他の職を占める者をもって充てられるものとする。）及び企画官一人を置く。
（総務課の所掌事務）第二条 総務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 委員長の官印及び委員会印の保管に関すること。
二 局務の総合調整に関すること。
三 委員会の人事に関すること。
四 委員会の所掌に係る会計及び会計の監査に関すること。
五 委員会所属の物品の管理に関すること。
六 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
七 委員会の保有する情報の公開に関すること。
八 委員会の保有する個人情報の保護に関すること。
九 広報に関すること。
十 公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（平成十八年法律第四十九号）並びに一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号）（以下これらを「認定法等」という。）に掲げる事項に係る内閣総理大臣からの諮問についての調査審議、認定法等の規定に基づく報告の徴収、検査又は質問並びに内閣総理大臣への勧告に関すること（審査監督官の所掌に属するものを除く。）。
十一 前各号に掲げるもののほか、局務で他の所掌に属しないものに関すること。
（審査監督官の職務）第三条 審査監督官は、命を受けて、認定法等に掲げる事項に係る内閣総理大臣からの諮問についての調査審議、認定法等の規定に基づく報告の徴収、検査又は質問及び内閣総理大臣への勧告に関する事務を分掌する。
（企画官）第四条 企画官は、命を受けて、局務のうち特定事項の調査、企画及び立案を行う。