第一条 平成十八年度の水田農業構造改革交付金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（以下「法」という。）第二条第一項に規定する政令で定める方法は、固定資産の取得又は改良に充てた金額に相当する金額以下の金額を同項の水田農業構造改革交付金等の交付を受けた日の属する事業年度の確定した決算（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第七十二条第一項第一号に掲げる金額を計算する場合にあっては、同項に規定する期間に係る決算。次条第一項において同じ。）において積立金として積み立てる方法（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）とする。
２ 法第二条第一項の規定は、確定申告書等（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第二条第二項第二十七号に規定する確定申告書等をいう。次項において同じ。）に法第二条第一項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。 ３ 税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があった場合に限り、法第二条第一項の規定を適用することができる。 ４ 法第二条第一項の規定の適用を受けた固定資産については、租税特別措置法第五十三条第一項各号に掲げる規定（同法第四十六条の二第一項及び同項に係る同法第五十二条の三の規定を除く。）は、適用しない。 ５ 法第二条第一項の規定の適用を受けた固定資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該固定資産の取得価額に算入しない。 ６ 法人税法第二条第十二号の八に規定する適格合併（次条において「適格合併」という。）により第一項の規定の適用を受けた固定資産の移転を受けた合併法人が当該固定資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、当該適格合併に係る被合併法人において当該固定資産の取得価額に算入されなかった金額は、当該固定資産の取得価額に算入しない。 （水田農業構造改革交付金等に係る特別勘定を設けた場合の法人税の特例）第二条 法第二条第一項の農業生産法人（以下「農業生産法人」という。）が、同項の水田農業構造改革交付金等の交付を受けた場合において、その交付を受けた日の属する事業年度の翌事業年度開始の日から交付を受けた日以後二年を経過する日までの期間（次項において「指定期間」という。）内にその受けた金額（当該交付を受けた日の属する事業年度において当該金額の一部に相当する金額をもって固定資産の取得又は改良をした場合には、当該取得又は改良に充てられた金額を控除した金額。以下この項において「交付金等の金額」という。）の全部又は一部に相当する金額をもって固定資産の取得又は改良をする見込みであり、かつ、当該交付金等の金額で当該固定資産の取得又は改良に充てようとするものの額を当該交付を受けた日の属する事業年度の確定した決算において特別勘定を設ける方法（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により経理したときは、その経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２ 前項の規定の適用を受けた農業生産法人が次の各号に掲げる場合（当該農業生産法人を被合併法人とする適格合併が行われた場合を除く。）に該当することとなった場合には、当該各号に定める金額は、その該当することとなった日の属する事業年度（第五号に掲げる場合にあっては、合併の日の前日の属する事業年度）の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。一 指定期間内に前項の特別勘定として経理した金額（既に益金の額に算入された、又は益金の額に算入されるべき金額がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この項及び第五項において「特別勘定残額」という。）の全部又は一部に相当する金額をもって固定資産の取得又は改良に充てた場合
当該取得又は改良に充てた金額に相当する金額
二 指定期間内に特別勘定残額を前号の場合以外の場合に取り崩した場合
当該取り崩した金額
三 指定期間を経過する日において、特別勘定残額を有している場合
当該特別勘定残額
四 指定期間内に解散した場合（合併により解散した場合を除く。）において、特別勘定残額を有しているとき
当該特別勘定残額
五 指定期間内に当該農業生産法人を被合併法人とする合併が行われた場合において、特別勘定残額を有しているとき
当該特別勘定残額