第一条 特定外貿埠頭の管理運営に関する法律（以下「法」という。）第三条第一項の指定を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 商号及び本店の所在地並びに代表取締役又は代表執行役の氏名
二 支店の所在地
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 定款及び登記事項証明書
二 指定の申請に関する意思の決定を証する書類
三 外貿頭業務（法第三条第一項第三号の外貿埠頭業務をいう。以下同じ。）の実施に関する基本的な計画
四 発行済株式の総数の五パーセント以上の株式を所有する株主の名簿
五 最近の事業年度における財産目録、貸借対照表及び損益計算書その他の法第三条第一項第三号に掲げる要件を備えていることを証する書類
六 役員（取締役及び監査役（監査等委員会設置会社にあっては取締役、指名委員会等設置会社にあっては取締役及び執行役）をいう。第十四条において同じ。）の名簿及び履歴書
七 法第三条第一項第四号から第六号までに掲げる要件を備えていることを証する書類
（心身の故障により外貿埠頭業務を適正に実施することができない者）第一条の二 法第三条第一項第六号の国土交通省令で定める者は、精神の機能の障害により外貿埠頭業務を適正に実施するに当たって必要な認知、判断及び意思疎通を適切に行うことができない者とする。
（商号等の変更の届出）第二条 指定会社は、法第三条第四項の規定による変更の届出をしようとするときは、当該変更の内容を記載した書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
（財務及び営業の方針の決定に対して重要な影響を与えることが推測される事実）第二条の二 法第四条第一項に規定する国土交通省令で定める事実は、次に掲げる事実とする。
一 役員若しくは使用人である者又はこれらであった者であって指定会社の財務及び営業又は事業の方針の決定に関して影響を与えることができるものが、当該指定会社の取締役若しくは執行役又はこれらに準ずる役職に就任していること。
二 指定会社に対して重要な融資を行っていること。
三 指定会社に対して重要な技術を提供していること。
四 指定会社との間に重要な営業上又は事業上の取引があること。
五 その他指定会社の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができることが推測される事実が存在すること。
（取得又は保有の態様その他の事情を勘案して取得又は保有する議決権から除く議決権）第二条の三 法第四条第一項に規定する国土交通省令で定めるものは、次に掲げるものとする。
一 信託業（信託業法（平成十六年法律第百五十四号）第二条第一項に規定する信託業をいう。）を営む者が信託財産として取得し、又は所有する指定会社の株式に係る議決権（法第四条第五項第一号の規定により当該信託業を営む者が自ら取得し、又は保有する議決権とみなされるものを除く。）
二 法人の代表権を有する者又は法人の代理権を有する支配人が当該代表権又は代理権に基づき、議決権を行使することができる権限又は議決権の行使について指図を行うことができる権限を有し、又は有することとなる場合における当該法人が取得し、又は所有する指定会社の株式に係る議決権
三 指定会社の役員又は従業員が当該指定会社の他の役員又は従業員と共同して当該指定会社の株式の取得（一定の計画に従い、個別の投資判断に基づかず、継続的に行われ、各役員又は従業員の一回当たりの拠出金額が百万円に満たないものに限る。）をした場合（当該指定会社が会社法（平成十七年法律第八十六号）第百五十六条第一項（同法第百六十五条第三項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定に基づき取得した株式以外の株式を取得したときは、金融商品取引法（昭和二十三年法律第二十五号）第二条第九項に規定する金融商品取引業者に委託して行った場合に限る。）において当該取得をした指定会社の株式を信託された者が取得し、又は所有する当該指定会社の株式に係る議決権（法第四条第五項第一号の規定により当該信託された者が自ら取得し、又は保有する議決権とみなされるものを除く。）
四 相続人が相続財産として取得し、又は所有する指定会社の株式（当該相続人（共同相続の場合を除く。）が単純承認（単純承認をしたものとみなされる場合を含む。）若しくは限定承認をした日までのもの又は当該相続財産の共同相続人が遺産分割を了していないものに限る。）に係る議決権
五 指定会社が自己の株式の消却を行うために取得し、又は所有する当該指定会社の株式に係る議決権
（取得等の制限の適用除外）第二条の四 法第四条第二項に規定する国土交通省令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
一 保有する対象議決権の数に増加がない場合
二 担保権の行使又は代物弁済の受領により対象議決権を取得し、又は保有する場合
三 金融商品取引業者（金融商品取引法第二十八条第一項に規定する第一種金融商品取引業を行う者に限る。）が業務として対象議決権を取得し、又は保有する場合（同法第二条第八項第一号に掲げる行為により取得し、又は保有する場合を除く。）
四 金融商品取引法第二条第三十項に規定する証券金融会社が同法第百五十六条の二十四第一項に規定する業務として対象議決権を取得し、又は保有する場合
（特定保有者の届出）第二条の五 法第四条第三項の届出は、特定保有者となった日から二週間以内に行わなければならない。
２ 法第四条第三項に規定する国土交通省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。一 特定保有者になった日
二 特定保有者に該当することとなった原因
三 その保有する対象議決権の数
四 指定会社の保有基準割合未満の数の対象議決権の保有者となるために必要な措置として予定している措置
（特別の関係にある者）第二条の六 法第四条第五項第二号（法第四条の二第二項において準用する場合を含む。）に規定する国土交通省令で定める特別の関係にある者は、次に掲げる関係にある者（地方公共団体若しくは港務局又はその総株主の議決権の三分の二以上の数の議決権を地方公共団体が保有している株式会社を除く。）とする。
一 共同で指定会社の対象議決権を取得し、若しくは保有し、又は当該指定会社の対象議決権を行使することを合意している者（以下この条において「共同保有者」という。）の関係
二 会社の総株主等の議決権（総株主又は総出資者の議決権をいい、株式会社にあっては、株主総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない株式についての議決権を除き、会社法第八百七十九条第三項の規定により議決権を有するものとみなされる株式についての議決権を含む。以下この条において同じ。）の百分の五十を超える議決権を保有している者（以下この条において「支配株主等」という。）と当該会社（以下この条において「被支配会社」という。）との関係
三 被支配会社とその支配株主等の他の被支配会社との関係
四 夫婦の関係
２ 共同保有者が合わせて会社の総株主等の議決権の百分の五十を超える議決権を保有している場合には、当該共同保有者は、それぞれ当該会社の支配株主等とみなして前項の規定を適用する。 ３ 支配株主等とその被支配会社が合わせて他の会社の総株主等の議決権の百分の五十を超える議決権を保有している場合には、当該他の会社も、当該支配株主等の被支配会社とみなして第一項の規定を適用する。 ４ 夫婦が合わせて会社の総株主等の議決権の百分の五十を超える議決権を保有している場合には、当該夫婦は、それぞれ当該会社の支配株主等とみなして第一項の規定を適用する。 ５ 第一項第二号及び第二項から前項までの場合において、これらの規定に規定する者が保有する議決権には、社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号）第百四十七条第一項又は第百四十八条第一項の規定により発行者に対抗することができない株式に係る議決権を含むものとする。 （対象議決権保有届出書の提出等）第二条の七 法第四条の二第一項の規定により対象議決権保有届出書を提出する者は、対象議決権保有者となった日から二週間以内に、別記様式により作成した対象議決権保有届出書を、国土交通大臣に提出するものとする。
２ 法第四条の二第一項に規定する対象議決権保有割合、保有の目的その他国土交通省令で定める事項は、別記様式に定める事項とする。 （発行済株式総数の公表等）第二条の八 法第四条の四の規定による公表は、指定会社のウェブサイトへの掲載その他の適切な方法により行うものとする。
２ 法第四条の四に規定する国土交通省令で定める事項は、当該指定会社の発行済株式の総数及び総株主の議決権の数とする。 ３ 法第四条の四の規定により公表する場合において、株式の転換（当該株式がその発行会社に取得され、引換えに他の種類の株式が交付されることをいう。）又は新株予約権の行使によって発行済株式の総数又は総株主の議決権の数に変更があった場合における発行済株式の総数又は総株主の議決権の数は、前月末日現在のものによることができる。 ４ 法第四条の四の規定により公表する場合において、指定会社の発行済株式の総数に変更があったときは、その登記が行われるまでの間は、登記されている発行済株式の総数をもって、第二項の発行済株式の総数とみなすことができる。 （貸付申請の手続）第三条 港湾管理者は、法第六条第一項の規定に基づき政府の貸付けを受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 港湾管理者の当該年度における当該外貿埠頭に係る貸付けの金額及びその時期
二 港湾管理者の貸付けを受ける指定会社の当該年度における当該外貿埠頭に関する工事実施計画
三 港湾管理者の貸付けを受ける指定会社の当該年度における当該外貿埠頭に係る資金の調達方法及び使途を記載した資金計画
四 港湾管理者の貸付金に関する貸付けの条件
２ 前項の申請書には、次に掲げる当該外貿埠頭に関する書類を添付するものとする。一 平面図、縦断面図、標準横断面図、深浅図その他の必要な図面
二 法第二条第一項第一号の岸壁及び同項第三号の施設の安定計算の概要
（令第三条第五号の外貿埠頭を構成する施設の価額）第四条 特定外貿埠頭の管理運営に関する法律施行令（以下「令」という。）第三条第五号の外貿埠頭を構成する施設の価額は、当該施設の取得価額又は製作価額とする。
（令第三条第五号の国土交通省令で定める割合）第五条 令第三条第五号の国土交通省令で定める割合は、年三パーセントとする。
（令第三条第五号の利益の額）第六条 令第三条第五号の利益の額は、貸付けに係る外貿埠頭の運営に係る毎事業年度における収益から費用を控除した額とする。
２ 前項の収益は、岸壁等（法第三条第一項第二号イに規定する岸壁等をいう。以下同じ。）の貸付料その他の事業収益及び受取利子その他の事業外収益（積立金取崩額以外の特別利益を含む。次条第一号において同じ。）の合計額とする。 ３ 第一項の費用は、事業費用（法人税、道府県民税及び市町村民税を含む。次条第二号において同じ。）及び支払利子その他の事業外費用（特別損失を含む。次条第三号において同じ。）の合計額とする。第七条 前条の規定により収益及び費用を計算する場合において、貸付けに係る外貿埠頭の運営と外貿埠頭の運営以外の事業との双方に関連する収益及び費用は、次に掲げる割合によりそれぞれの事業に配賦するものとする。
一 受取利子その他の事業外収益にあっては、それぞれの事業に専属する事業収益による割合
二 事業費用にあっては、次に掲げる割合 イ 法人税、道府県民税、事業税及び市町村民税にあっては、それぞれの事業に専属する利益による割合
ロ その他のものにあっては、それぞれの事業に専属する事業費用（諸税及び減価償却費を除く。次号ロにおいて同じ。）による割合
三 支払利子その他の事業外費用にあっては、次に掲げる割合 イ 支払利子にあっては、それぞれの事業に専属する事業用固定資産の価額による割合（当該固定資産につき前事業年度末における貸借対照表に付せられた価額から当該固定資産につき当該貸借対照表に計上された減価償却引当金の額を控除した価額による割合をいう。）
ロ その他のものにあっては、それぞれの事業に専属する事業費用による割合
第八条 指定会社は、外貿埠頭業務及びこれに附帯する業務（以下この条において「外貿埠頭業務等」という。）以外の業務を行う場合においては、外貿埠頭業務等に関する経理について特別の勘定を設け、外貿埠頭業務等以外の業務に関する経理と区分して整理しなければならない。
（重要な財産の処分の制限）第九条 法第九条第一項の国土交通省令で定める重要な財産は、港湾施設（港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二条第五項の港湾施設をいう。）であって、その帳簿価額が一億円以上のもの（外貿埠頭の建設に伴い譲渡し、又は交換するものを除く。）とする。
２ 指定会社は、法第九条第一項の規定による認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。一 譲渡し、交換し、又は担保に供しようとする財産の内容及び価額
二 譲渡し、交換し、又は担保に供しようとする理由
三 相手方の氏名又は名称及び住所
四 譲渡し、交換し、又は担保に供しようとする場合の条件
（業務の休廃止の許可）第十条 指定会社は、法第九条第二項の規定による許可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 休止し、又は廃止しようとする岸壁等の名称、位置、係留能力及び貨物取扱能力
二 休止又は廃止の期日
三 休止の許可の申請の場合にあっては、休止の期間
四 休止又は廃止を必要とする理由
２ 前項の申請書には、岸壁等の貸付けに係る業務の休止又は廃止に関する意思の決定を証する書類を添付しなければならない。 （定款の変更の決議の認可の申請）第十一条 指定会社は、法第十条の規定により定款の変更の決議の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及び変更の理由を記載した申請書に定款の変更に関する株主総会の議事録の写しを添えて、国土交通大臣に提出しなければならない。
（剰余金の配当その他の剰余金の処分の決議の認可の申請）第十二条 指定会社は、法第十条の規定により剰余金の配当その他の剰余金の処分の決議の認可を受けようとするときは、剰余金の総額及び剰余金の配当その他の剰余金の処分の内訳を記載した申請書に剰余金の配当その他の剰余金の処分に関する株主総会又は取締役会の議事録の写しを添えて、国土交通大臣に提出しなければならない。
（合併、分割又は解散の決議の認可の申請）第十三条 指定会社は、法第十条の規定により合併、分割又は解散の決議の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項（解散の決議の認可を受けようとする場合にあっては、第一号、第四号及び第五号に掲げる事項に限る。）を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 合併の場合にあっては合併後存続する法人又は合併により設立する法人の名称及び住所、分割の場合にあっては事業を承継する法人又は分割により設立する法人の名称及び住所、解散の場合にあっては清算人の氏名及び住所
二 合併又は分割の方法及び条件
三 合併又は分割に反対した株主があるときは、その者の氏名又は名称及び住所並びにその者の所有する株式の種類及び数
四 合併、分割又は解散の時期
五 合併、分割又は解散の理由
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類（解散の決議の認可を受けようとする場合にあっては、第一号に掲げる書類に限る。）を添えなければならない。一 合併、分割又は解散に関する株主総会の議事録の写し
二 合併契約又は吸収分割契約（新設分割の場合にあっては、新設分割計画）において定めた事項を記載した書類
三 合併又は分割の主要な条件の決定に関する説明書
四 合併契約又は吸収分割契約の締結（新設分割の場合にあっては、新設分割計画の作成）の時における指定会社の資産、負債その他の財産の状況の説明書
五 合併後存続する法人若しくは合併により設立する法人又は分割により事業を承継する法人若しくは分割により設立する法人の定款
（役員の選任及び解任の届出）第十四条 指定会社は、法第十一条の規定による届出をしようとするときは、遅滞なく、次に掲げる書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 選任又は解任された役員の氏名及び住所を記載した書類
二 選任又は解任に関する株主総会又は取締役会の議事録の写し
三 選任の届出の場合にあっては、選任された役員の履歴書
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十八年十月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現に存する海上物流の基盤強化のための港湾法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）第二条の規定による改正前の外貿埠頭公団の解散及び業務の承継に関する法律第二条第一項の規定により指定された法人（以下「指定法人」という。）については、改正前の外貿埠頭公団の解散及び業務の承継に関する法律施行規則第三条から第十三条まで及び別記様式の規定は、改正法附則第四条第四項の規定により指定法人が解散するまでの間は、なおその効力を有する。
附則（平成二三年一二月一三日国土交通省令第九四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日（平成二十三年十二月十五日）から施行する。
（経過措置）
第六条 この省令の施行前に交付した第二条の規定による改正前の特定外貿埠頭の管理運営に関する法律施行規則別記様式による証明書は、第二条の規定による改正後の特定外貿埠頭の管理運営に関する法律施行規則第三号様式による証明書とみなす。
附則（平成二七年四月二八日国土交通省令第三八号）
この省令は、会社法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十七年五月一日）から施行する。附則（令和元年五月七日国土交通省令第一号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和元年六月二八日国土交通省令第二〇号）
この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。附則（令和元年九月一三日国土交通省令第三四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、成年被後見人等の権利の制限に係る措置の適正化等を図るための関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（令和元年九月十四日）から施行する。
附則（令和二年一二月二三日国土交通省令第九八号）
この省令は、令和三年一月一日から施行する。 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による用紙は、当分の間、これを取り繕って使用することができる。附則（令和六年三月二九日国土交通省令第二六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和六年四月一日から施行する。
別記様式
（第二条の七関係）[PDF]