第一条 独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項の主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項又は第四十六条の三第一項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十条第一項の中期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二又は第四十六条の三の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他国土交通大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）第二条 機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第三条 機構に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構法（以下「法」という。）及び独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構法施行令（以下「令」という。）の規定に基づき国土交通大臣に提出する書類とする。
（業務方法書の記載事項）第四条 機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、次のとおりとする。
一 法第十二条第一項第一号に規定する高速道路に係る道路資産の保有及び貸付けに関する事項
二 法第十二条第一項第二号に規定する承継債務の返済に関する事項
三 法第十二条第一項第三号に規定する債務の引受け及び返済に関する事項
四 法第十二条第一項第四号に規定する無利子貸付けに関する事項
五 法第十二条第一項第五号に規定する無利子貸付けに関する事項
六 法第十二条第一項第六号に規定する無利子貸付けに関する事項
七 法第十二条第一項第七号に規定する無利子貸付けに関する事項
八 法第十二条第一項第八号に規定する無利子貸付けに関する事項
九 法第十二条第一項第九号に規定する助成に関する事項
十 法第十二条第一項第十号に規定する道路管理者の権限の代行その他の業務に関する事項
十一 法第十二条第一項第十一号に規定する本州四国連絡橋の建設に伴う一般旅客定期航路事業等に関する特別措置法（昭和五十六年法律第七十二号）に規定する業務に関する事項
十二 法第十二条第一項第十二号に規定する附帯する業務に関する事項
十三 法第十二条第二項第一号に規定する本州と四国を連絡する鉄道施設の管理に関する事項
十四 法第十二条第二項第二号に規定する鉄道施設を有償で鉄道事業者に利用させることに関する事項
十五 法第十二条第二項第三号に規定する附帯する業務に関する事項
十六 業務委託の基準
十七 競争入札その他契約に関する基本的事項
十八 その他機構の業務の執行に関して必要な事項
（中期計画の認可申請等）第五条 機構は、通則法第三十条第一項前段の規定により中期計画の認可を受けようとするときは、当該中期計画を記載した申請書を、当該中期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに（機構の成立後最初の中期計画については、機構の成立後遅滞なく）、国土交通大臣に提出しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十条第一項後段の規定により中期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。 （中期計画の記載事項）第六条 機構に係る通則法第三十条第二項第八号の主務省令で定める業務運営に関する事項は、次に掲げるものとする。
一 施設及び設備に関する計画
二 人事に関する計画
三 法第二十一条第三項に規定する積立金の使途
四 その他当該中期目標を達成するために必要な事項
（年度計画の記載事項等）第七条 機構に係る通則法第三十一条第一項に規定する年度計画には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を国土交通大臣に提出しなければならない。 （業務実績等報告書）第七条の二 機構に係る通則法第三十二条第二項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 機構は、前項に規定する報告書を国土交通大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。 （会計の原則）第八条 機構の会計については、この省令の定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （共通経費の経理）第八条の二 機構は、法第十九条の規定により区分して経理する場合において、経理すべき事項が当該区分に係る勘定以外の勘定によって経理すべき事項と共通の事項であるため、当該勘定に係る部分を区分して経理することが困難なときは、当該事項については、国土交通大臣の承認を受けて定める基準に従って、各勘定に配分することにより経理するものとする。
（道路資産の取得原価）第九条 道路整備特別措置法（昭和三十一年法律第七号）第五十一条第二項から第四項までの規定により機構に帰属した道路資産の取得原価は、会社（法第四条に規定する会社をいう。以下同じ。）から取得した当該道路資産の価額から高速道路事業等会計規則（平成十七年国土交通省令第六十五号）第九条の道路の建設に要した費用のうち一般管理費の科目に属するものの額及び同条の除却工事費用その他道路資産の取得に伴い発生した費用で機構が引き受けることとなる債務に係る費用の額並びに同規則第十条の借入資金の利息（償却資産（道路の新設及び改築に係るものに限る。）に係るもの（高速自動車国道に係るものを除く。）を除く。）の金額を減じた価額とする。
（法令に基づく引当金）第十条 機構の法第十二条第一項の業務に係る勘定においては、道路整備事業に係る国の財政上の特別措置に関する法律（昭和三十三年法律第三十四号）第七条第十項に規定する高速道路利便増進事業のために必要となる貸付料の額の減額に係る会計処理のため、国土交通大臣の定めるところにより、貸借対照表の負債の部に高速道路利便増進事業引当金の勘定科目を設けて計算するものとする。
２ 機構の法第十二条第二項の業務に係る勘定においては、同項第一号の鉄道施設に係る会計処理のため、国土交通大臣の定めるところにより、貸借対照表の負債の部に鉄道施設管理引当金の勘定科目を設けて計算するものとする。 （道路資産の減価償却額の注記）第十一条 機構の保有する道路資産については、当該道路資産に係る道路の供用を開始した時からの当該道路資産に係る減価償却に要した費用の累積額を附属明細書に注記し、又は記載するものとする。
（収益の獲得が予定されない償却資産）第十一条の二 国土交通大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第十一条の三 国土交通大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第十一条の四 国土交通大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（財務諸表）第十二条 機構に係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第十二条の二 機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 機構の目的及び業務内容
二 国の政策における機構の位置付け及び役割
三 中期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 機構に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）第十三条 機構に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）第十三条の二 通則法第三十九条第一項後段の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見がある場合は、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第十四条 機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の借入れの認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（長期借入金の認可の申請）第十五条 機構は、法第二十二条第一項の規定により長期借入金の借入れの認可を受けようとするときは、前条各号に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
（返済計画の認可の申請）第十六条 機構は、法第二十四条の規定により返済計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した返済計画を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二 日本高速道路保有・債務返済機構債券の総額並びに当該事業年度における発行見込額及び発行の方法
三 長期借入金及び日本高速道路保有・債務返済機構債券の償還の方法及び期限
四 その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）第十六条の二 機構は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として国土交通大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて、同項本文の規定により認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 催告に係る不要財産の内容
二 不要財産であると認められる理由
三 当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四 当該不要財産の取得に係る出資の内容（出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合）
五 催告の内容
六 不要財産により払戻しをする場合には、不要財産の評価額
七 通則法第四十六条の三第三項の規定により主務大臣が定める基準に従い算定した金額により払戻しをする場合には、不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八 前号の場合における譲渡の方法
九 第七号の場合における譲渡の予定時期
十 その他必要な事項
２ 国土交通大臣は、前項の申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項の規定により主務大臣が定める基準に従い算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の認可をしたときは、次に掲げる事項を機構に通知するものとする。一 通則法第四十六条の三第一項の規定により当該不要財産に係る出資額として国土交通大臣が定める額の持分
二 通則法第四十六条の三第三項の規定により主務大臣が定める基準に従い算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）第十六条の三 機構は、通則法第四十四条第三項の中期計画において通則法第三十条第二項第五号の計画を定めた場合において、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として国土交通大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第一項各号に掲げる事項を国土交通大臣に通知しなければならない。
２ 国土交通大臣は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。 （催告の方法）第十六条の四 機構は、通則法第四十六条の三第一項の規定により催告しようとするときは、次に掲げる事項を記載した書面を交付し、又は当該事項を電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）により提供しなければならない。
一 催告に係る不要財産の内容
二 通則法第四十六条の三第一項の規定に基づき当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として国土交通大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三 通則法第四十六条の三第一項に規定する払戻しについて、次に掲げる方法のうちいずれの方法によるかの別 イ 不要財産により払戻しをすること
ロ 通則法第四十六条の三第三項の規定により主務大臣が定める基準に従い算定した金額により払戻しをすること
四 払戻しを行う予定時期
五 第三号ロの方法による払戻しの場合における払戻しの見込額
２ 前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が同項第三号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。 （民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）第十六条の五 機構は、通則法第四十六条の三第三項の規定により民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を国土交通大臣に提出するものとする。
一 当該不要財産の内容
二 譲渡によって得られた収入の額
三 譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四 譲渡した時期
五 通則法第四十六条の三第二項の規定により払戻しを請求された持分の額
２ 前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。 ３ 国土交通大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により主務大臣が定める基準に従い算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該算定した金額及び通則法第四十六条の三第三項の規定により当該持分のうち国土交通大臣が定める額の持分）を機構に通知するものとする。 ４ 機構は、前項の通知があったときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。 （資本金の減少の報告）第十六条の六 機構は、通則法第四十六条の三第四項の規定により資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を国土交通大臣に報告するものとする。
（金銭信託による余裕金の運用）第十七条 機構は、通則法第四十七条第三号に規定する金銭信託による余裕金の運用については、当該金銭信託につき元本の補てんの契約が締結される場合に限り、これを行うことができる。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）第十八条 機構に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、高速道路株式会社法（平成十六年法律第九十九号）第五条第一項第一号の高速道路の新設若しくは改築、同項第二号の高速道路の維持、修繕、災害復旧その他の管理（新設及び改築を除く。）又は法第十二条第二項第一号の鉄道施設の管理に伴い譲渡し、又は交換する不動産以外の財産であって、その帳簿価額が三千万円以上のものとする。
（重要な財産の処分等の認可の申請）第十九条 機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（内部組織）第十九条の二 機構に係る通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として国土交通大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。同項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として国土交通大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （管理又は監督の地位）第十九条の三 機構に係る通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして国土交通大臣が定めるものとする。
（法第十二条第一項第六号の国土交通省令で定める部分）第十九条の四 法第十二条第一項第六号の国土交通省令で定める部分は、専らＥＴＣ通行車（道路整備特別措置法施行規則（昭和三十一年建設省令第十八号）第十三条第二項第三号イに規定するＥＴＣ通行車をいう。）の通行の用に供することを目的とする高速道路（高速道路株式会社法第二条第二項に規定する高速道路をいう。）の部分とする。
（法第十二条第一項第七号の国土交通省令で定める施設）第十九条の五 法第十二条第一項第七号の国土交通省令で定める施設は、次に掲げるものとする。
一 休憩所
二 自動車に燃料電池又は内燃機関の燃料として圧縮水素を充塡するための施設
三 電気自動車（専ら電気を動力源とする自動車をいう。）に電気を供給するための施設
（協定）第二十条 機構は、会社と協定（法第十三条第一項に規定する協定をいう。以下同じ。）を締結しようとするときは、会社と共同して次に掲げる書類を作成しなければならない。
一 工事計画書
二 平面図、縦断図、横断定規図その他必要な図面
三 会社及び機構の収支予算の明細
四 貸付料の額及び貸付期間算出の基礎を記載した書類
五 料金の額及びその徴収期間算出の基礎を記載した書類
六 推定交通量及びその算出の基礎を記載した書類
２ 機構は、会社と協定を締結したときは、遅滞なく、協定を公表しなければならない。 （特定更新等工事の対象となる施設又は工作物）第二十条の二 法第十三条第一項第二号の国土交通省令で定める施設又は工作物は、橋、トンネル、高架の道路、土工及び防護施設とする。
（協定に定める事項）第二十一条 法第十三条第一項第十号の国土交通省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一 会社による高速道路の管理の適正な水準の確保に関し必要な事項
二 会社の経営努力による高速道路の新設、改築、維持、修繕その他の管理に要する費用の縮減を助長するための機構の助成に関し必要な事項
三 協定の変更その他必要な事項
（業務実施計画に定める事項）第二十二条 法第十四条第一項第十号の国土交通省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一 会社による高速道路の管理の適正な水準の確保に関し必要な事項
二 会社の経営努力による高速道路の新設、改築、維持、修繕その他の管理に要する費用の縮減を助長するための機構の助成に関し必要な事項その他必要な事項
（業務実施計画に係る認可の申請の添付書類）第二十三条 法第十四条第三項の国土交通省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一 貸付料及び貸付期間算出の基礎を記載した書類
二 推定交通量及びその算出の基礎を記載した書類
（貸付料と併せて機構の業務に要する費用等を償う収入）第二十四条 令第三条第九号の国土交通省令で定める収入は、次に掲げる収入とする。
一 高速道路勘定に属する資産の処分による収入
二 法第十三条第一項第九号に規定する徴収期間を通じた同号に規定する料金の額の合計額を減少させることによる当該高速道路の通行者及び利用者の負担の軽減を図るために国が機構に交付する補助金
三 道路整備特別措置法施行令（昭和三十一年政令第三百十九号）附則第五項第二号から第四号までに掲げる事業に要する費用を負担するため当該事業を実施する者により支払われる負担金に係る収入
（基金の運用方法）第二十五条 法第二十条第二項第三号の国土交通省令で定める方法は、信託業務を営む金融機関（金融機関の信託業務の兼営等に関する法律（昭和十八年法律第四十三号）第一条第一項の認可を受けた金融機関をいう。）への金銭信託で元本補てんの契約のあるものとする。
（基金の増減）第二十六条 法第二十条第一項の基金は、毎事業年度、本州四国連絡橋の建設に伴う一般旅客定期航路事業等に関する特別措置法第十五条第一項に規定する退職金支払確保契約に基づいて行う離職見込者の退職のときの特定事業主に対する給付として当該事業年度に支払った金額を減じ、同項に規定する特定事業主が当該退職金支払確保契約に基づき機構に掛金として当該事業年度に納付した金額及び当該事業年度における運用収入の金額の全部又は一部を加えることにより、損益計算を行い、その損益計算上生じた利益又は損失の額により、増加し、又は減少するものとする。
（積立金の処分に係る承認の申請の添付書類）第二十七条 独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第二項の国土交通省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一 当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表
二 当該期間最後の事業年度の損益計算書
三 当該期間最後の事業年度の事業年度末の利益の処分に関する書類
四 承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
（不動産登記規則の準用）第二十八条 不動産登記規則（平成十七年法務省令第十八号）第四十三条第一項第四号（同規則第五十一条第八項、第六十五条第九項、第六十八条第十項及び第七十条第七項において準用する場合を含む。）、第六十三条の二第一項及び第三項、第六十四条第一項第一号及び第四号並びに第百八十二条第二項の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、日本道路公団等民営化関係法施行法（平成十六年法律第百二号）の施行の日（平成十七年十月一日）から施行する。
（不動産登記規則の準用に関する経過措置）
第二条 不動産登記規則附則第十五条第四項第一号及び第三号の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
附則（平成一八年三月三〇日国土交通省令第一九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一九年九月二八日国土交通省令第八五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行し、この省令による改正後の独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構に関する省令第十一条の二及び次条の規定は、平成十七年十月一日から適用する。
（償却資産の指定の特例）
第二条 機構の成立の際、日本道路公団等民営化関係法施行法（平成十六年法律第百二号）第十五条第一項の規定により機構が本州四国連絡橋公団から承継した償却資産のうち、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律（平成十年法律第百三十六号。以下「債務等処理法」という。）附則第七条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法（昭和六十一年法律第九十号）附則第十一条第一項に規定する鉄道施設に係る資産（同項の規定により債務等処理法附則第二条の規定による解散前の日本国有鉄道清算事業団が負担した債務に係る資産のうち機構が承継したものを除く。）については、第十一条の二第一項の指定を受けたものとみなす。
附則（平成二一年三月三一日国土交通省令第二九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二一年四月三〇日国土交通省令第三二号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二二年一一月二六日国土交通省令第五五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附則（平成二三年七月二九日国土交通省令第五五号）
この省令は、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十三年八月一日）から施行する。附則（平成二五年九月二日国土交通省令第七四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、道路法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十五年九月二日）から施行する。
附則（平成二六年二月二八日国土交通省令第一五号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二六年三月七日国土交通省令第一八号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二六年六月二五日国土交通省令第五六号）
この省令は、道路法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十六年六月三十日）から施行する。附則（平成二七年三月三一日国土交通省令第一九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（中期目標管理法人となる独立行政法人の業務実績等報告書に係る経過措置）
第二条 改正法附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定の適用については、これらの規定中「当該事業年度における業務の実績（当該項目が通則法」とあるのは「当該事業年度における業務の実績（当該項目が独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下「旧通則法」という。）」と、「第二十九条第二項第二号に」とあるのは「第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「結果（当該項目が通則法」とあるのは「結果（当該項目が旧通則法」と、「期間における業務の実績（当該項目が通則法」とあるのは「期間における業務の実績（当該項目が旧通則法」とする。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第四条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成二九年一月二三日国土交通省令第三号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成三〇年九月二八日国土交通省令第七四号）
この省令は、道路法等の一部を改正する法律の施行の日（平成三十年九月三十日）から施行する。附則（平成三一年三月二九日国土交通省令第二九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の規定の平成三十一年四月一日前に開始する事業年度における適用については、なお従前の例による。