第一条 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項又は第四十六条の三第一項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十五条の五第一項の中長期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二又は第四十六条の三の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他文部科学大臣が定める財産とする。
（文部科学省令・経済産業省令で定める加工施設）第二条 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構法施行令（平成十七年政令第二百二十四号）第七条第一号の文部科学省令・経済産業省令で定める加工施設は、軽水型実用発電用原子炉において使用される混合酸化物燃料（ウランの酸化物及びプルトニウムの酸化物を含む核燃料物質をいう。）の加工施設及び実用ウラン濃縮施設とする。
（会計処理）第三条 機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、文部科学大臣（当該償却資産が国立研究開発法人日本原子力研究開発機構法（平成十六年法律第百五十五号。以下「機構法」という。）第十七条第一項に規定する業務のうち、同項第三号に掲げるもの及びこれに関連する同項第四号に掲げるもの（これらに附帯する業務を含む。以下「核燃料サイクル開発業務」という。）のため取得しようとしているものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣）は、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第四条 文部科学大臣（機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産が核燃料サイクル開発業務に係るものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣）は、当該有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第五条 文部科学大臣（通則法第八条第三項に規定する不要財産が核燃料サイクル開発業務に係るものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣）は、機構が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産）第五条の二 文部科学大臣（機構が承継する資産が核燃料サイクル開発業務に係るものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣）は、機構が承継する現金及び預金、棚卸資産、仮払金、前払金、前払費用、未収金並びに敷金・保証金（以下この条において「現金及び預金等」という。）について当該現金及び預金等から生ずる費用に相当する額（以下「費用相当額」という。）に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その承継までの間に限り、当該現金及び預金等を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた現金及び預金等に係る費用相当額については、費用は計上せず、費用相当額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （財務諸表）第六条 機構に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（事業報告書の作成）第六条の二 機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 機構の目的及び業務内容
二 国の政策における機構の位置付け及び役割
三 中長期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中長期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 機構に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）第七条 機構に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項に規定する主務省令で定める書類）第七条の二 機構に係る通則法第三十八条第四項に規定する主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）第七条の三 通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員（監事を除く。）及び職員
二 前号に掲げる者のほか、会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付する必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）第八条 機構は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として文部科学大臣（当該不要財産が核燃料サイクル開発業務に係るものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣。以下この条において同じ。）が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 民間等出資に係る不要財産の内容
二 不要財産であると認められる理由
三 当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四 当該不要財産の取得に係る出資の内容（通則法第四十六条の三に規定する出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合）
五 催告の内容
六 当該不要財産により払戻しをする場合には、当該不要財産の評価額
七 通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合には、当該不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八 前号の場合における譲渡の方法
九 第七号の場合における譲渡の予定時期
十 その他必要な事項
２ 文部科学大臣は、前項の申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の認可をしたときは、次に掲げる事項を機構に通知するものとする。一 通則法第四十六条の三第一項の規定により、当該不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分
二 通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中長期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）第九条 機構は、通則法第四十四条第三項の中長期計画において通則法第三十五条の五第二項第五号の計画を定めた場合において、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として文部科学大臣（当該不要財産が核燃料サイクル開発業務に係るものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣。以下この条において同じ。）が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第一項各号に掲げる事項を文部科学大臣に通知しなければならない。
２ 文部科学大臣は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。 （催告の方法）第十条 通則法第四十六条の三第一項に規定する主務省令で定める催告の方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）による提供とする。
一 民間等出資に係る不要財産の内容
二 通則法第四十六条の三第一項の規定に基づき当該不要財産に係る出資額として文部科学大臣（当該不要財産が核燃料サイクル開発業務に係るものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣）が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三 通則法第四十六条の三第一項に規定する払戻しについて、次に掲げる方法のうち何れの方法によるかの別 イ 当該不要財産の払戻しをすること
ロ 通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをすること
四 当該払戻しを行う予定時期
五 第三号ロの方法による払戻しの場合における当該払戻しの見込額
２ 前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が前項第三号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。 （民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）第十一条 機構は、通則法第四十六条の三第三項の規定により民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を文部科学大臣（当該不要財産が核燃料サイクル開発業務に係るものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣。以下この条において同じ。）に提出するものとする。
一 当該不要財産の内容
二 譲渡によって得られた収入の額
三 譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四 譲渡した時期
五 通則法第四十六条の三第二項の規定により払戻しを請求された持分の額
２ 前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。 ３ 文部科学大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める基準に従い算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める額の持分を含む。）を機構に通知するものとする。 ４ 機構は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により文部科学大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。 （資本金の減少の報告）第十二条 機構は、通則法第四十六条の三第四項の規定により資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を文部科学大臣及び経済産業大臣に報告するものとする。
（長期借入金の認可の申請）第十三条 機構は、機構法第二十二条第一項の規定により長期借入金の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）第十四条 機構は、機構法第二十四条の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後遅滞なく、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。
一 長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二 日本原子力研究開発機構債券の総額及び当該事業年度における発行見込額並びに発行の方法
三 長期借入金及び日本原子力研究開発機構債券の償還の方法及び期限
四 その他必要な事項
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）第十五条 機構に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、土地、建物、原子炉及び再処理設備並びに文部科学大臣（当該財産が核燃料サイクル開発業務に係るものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣）が指定するその他の財産とする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）第十六条 機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣（当該財産が核燃料サイクル開発業務に係るものである場合には、文部科学大臣及び経済産業大臣）に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（増資の認可の申請）第十七条 機構は、機構法第六条第二項の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。
一 増資金額
二 増資の理由
三 募集の方法
四 増資により取得する金額の使途
五 払込みの方法
（積立金の処分に係る申請書の添付書類）第十八条 機構に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第三項において準用する同条第二項に規定する文部科学省令・経済産業省令で定める書類は、同条第三項において準用する同条第一項に規定する中長期目標の期間の最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該事業年度の損益計算書とする。
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。 ただし、第十六条並びに附則第四条及び第五条の規定は、平成十七年十月一日から施行する。
（成立の際の会計処理の特例）
第三条 機構の成立の際機構法附則第二条第八項及び第九項並びに第三条第六項及び第七項の規定により機構に出資されたものとされる資産のうち償却資産については、第八条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
（核燃料サイクル開発機構法施行規則の廃止）
第四条 核燃料サイクル開発機構法施行規則（昭和四十二年総理府令第四十六号）は、廃止する。
附則（平成二〇年八月二九日文部科学省・経済産業省令第一号）
この省令は、独立行政法人日本原子力研究開発機構法の一部を改正する法律（平成二十年法律第五十一号）の施行の日（平成二十年九月一日）から施行する。附則（平成二一年六月三〇日文部科学省・経済産業省令第二号）
この省令は、平成二十一年七月一日から施行する。附則（平成二二年一一月二六日文部科学省・経済産業省令第二号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二五年三月二九日文部科学省・経済産業省令第一号）
この省令は、平成二十五年四月一日から施行する。附則（平成二七年三月三一日文部科学省・経済産業省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（次条において「通則法改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の国立研究開発法人日本原子力研究開発機構の財務及び会計等に関する省令（平成十七年文部科学省・経済産業省令第二号）第六条の二第三項の規定は、通則法改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（令和元年六月一三日文部科学省・経済産業省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の国立研究開発法人日本原子力研究開発機構の財務及び会計等に関する省令第六条及び第六条の二の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
附則（令和元年一二月二七日文部科学省・経済産業省令第四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産に係る特例）
第二条 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構の成立の際、国立研究開発法人日本原子力研究開発機構法（平成十六年法律第百五十五号）附則第二条第九項及び第三条第七項の規定により国立研究開発法人日本原子力研究開発機構に出資されたものとされる資産のうち現金及び預金、棚卸資産、仮払金、前払金、前払費用、未収金並びに敷金・保証金については、この省令による改正後の国立研究開発法人日本原子力研究開発機構の財務及び会計等に関する省令第五条の二第一項の指定を受けたものとみなす。
附則（令和三年三月三一日文部科学省・経済産業省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和三年四月一日から施行する。
（財務諸表の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の国立研究開発法人日本原子力研究開発機構の財務及び会計等に関する省令第六条の規定は、令和三年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表については、なお従前の例による。