第一条 経済連携協定に基づく関税割当制度に関する政令（以下「令」という。）第二条第一項及び第二項の関税割当申請書の様式は別記様式第一によるものとし、その提出部数は一通とする。
（関税割当証明書）第二条 令第二条第七項の関税割当証明書の様式は、別記様式第二によるものとする。
（関税割当証明書の分割）第三条 令第二条第五項及び第六項の規定により割当てを受けた者がその割当数量（この条の規定により分割された割当数量を含む。）を分割し、その分割した数量に応じて関税割当証明書（この条の規定により分割された関税割当証明書を含む。以下同じ。）の分割を申請しようとするときは、別記様式第三による関税割当証明書分割申請書一通に当該関税割当証明書を添えて、農林水産大臣に提出しなければならない。
２ 農林水産大臣は、前項の関税割当証明書分割申請書を受理したときは、申請に係る関税割当証明書に代えて、分割した関税割当証明書を交付するものとする。 （関税割当証明書の返納）第四条 令第二条第五項及び第六項の規定により割当てを受けた者は、当該割当数量又はその残存数量（割当数量から割当てに係る貨物の輸入数量を差し引いた数量をいう。）に係る貨物の輸入を希望しなくなったとき、又は関税割当証明書の有効期間の満了その他の事由により当該貨物の輸入をすることができなくなったときは、遅滞なく、当該関税割当証明書を農林水産大臣に返納しなければならない。
（関税割当数量）第五条 令第二条第十一項の規定により読み替えて適用する同条第五項の農林水産省令で定める数量は、令和六年四月一日から令和七年三月三十一日までの間は八千トンとする。
（公表）第六条 農林水産大臣は、前各条に規定するもののほか、関税割当申請書の提出の時期及び提出先、添付書類その他手続に関し必要な事項並びに割当ての基準に関する事項について定め、公表するものとする。
附則
この省令は、関税暫定措置法の一部を改正する法律（平成十六年法律第百四十二号）の施行の日から施行する。附則（平成一九年三月三一日農林水産省令第三二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、関税定率法等の一部を改正する法律の施行に伴う関係政令の整備等に関する政令の施行の日（平成十九年四月一日）から施行する。
（経済上の連携に関する日本国政府とマレーシア政府との間の協定に基づく農林水産省の所掌事務に係る物資の関税割当制度に関する省令の廃止）
第二条 経済上の連携に関する日本国政府とマレーシア政府との間の協定に基づく農林水産省の所掌事務に係る物資の関税割当制度に関する省令（平成十八年農林水産省令第四十八号）は、廃止する。
附則（平成三〇年一一月一二日農林水産省令第七一号）
この省令は、関税法施行令等の一部を改正する政令の施行の日（平成三十年十二月三十日）から施行する。附則（令和元年六月二七日農林水産省令第一〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和二年三月一八日農林水産省令第一七号）
この省令は、令和二年四月一日から施行する。附則（令和二年一二月二一日農林水産省令第八三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和三年三月一二日農林水産省令第九号）
この省令は、令和三年四月一日から施行する。附則（令和四年一月二八日農林水産省令第五号）
この省令は、令和四年四月一日から施行する。附則（令和四年一二月二八日農林水産省令第七六号）
この省令は、令和五年四月一日から施行する。附則（令和五年一二月二八日農林水産省令第六八号）
この省令は、令和六年四月一日から施行する。別記様式第１
（第１条関係）[PDF]
別記様式第２
（第２条関係）[PDF]
別記様式第３
（第３条関係）[PDF]