第一条 経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律（以下「法」という。）第二条第三項の政令で定める経済連携協定は、次のとおりとする。
一 経済上の連携の強化に関する日本国とメキシコ合衆国との間の協定
二 経済上の連携に関する日本国政府とマレーシア政府との間の協定
三 戦略的な経済上の連携に関する日本国とチリ共和国との間の協定
四 経済上の連携に関する日本国とタイ王国との間の協定
五 経済上の連携に関する日本国とインドネシア共和国との間の協定
六 経済上の連携に関する日本国とブルネイ・ダルサラーム国との間の協定
七 包括的な経済上の連携に関する日本国及び東南アジア諸国連合構成国の間の協定
八 経済上の連携に関する日本国とフィリピン共和国との間の協定
九 日本国とスイス連邦との間の自由な貿易及び経済上の連携に関する協定
十 経済上の連携に関する日本国とベトナム社会主義共和国との間の協定
十一 日本国とインド共和国との間の包括的経済連携協定
十二 経済上の連携に関する日本国とペルー共和国との間の協定
十三 経済上の連携に関する日本国とオーストラリアとの間の協定
十四 経済上の連携に関する日本国とモンゴル国との間の協定
十五 地域的な包括的経済連携協定
（第二種特定原産地証明書の作成に係る経済連携協定）第二条 法第二条第四項の政令で定める経済連携協定は、次のとおりとする。
一 経済上の連携の強化に関する日本国とメキシコ合衆国との間の協定
二 日本国とスイス連邦との間の自由な貿易及び経済上の連携に関する協定
三 経済上の連携に関する日本国とペルー共和国との間の協定
四 地域的な包括的経済連携協定
（第一種原産品誓約書の交付に係る経済連携協定）第三条 法第三条第五項の政令で定める経済連携協定は、第一条第九号、第十二号及び第十三号に掲げる経済連携協定とする。
（発給申請書等の保存）第四条 第一条第一号から第十四号までに掲げる経済連携協定に係る法第五条の規定による発給申請書、第一種原産品誓約書及び資料の保存は、これらに係る法第二条第三項に規定する第一種特定原産地証明書（以下「第一種特定原産地証明書」という。）の発給の日の翌日から起算して、次の表の上欄に掲げる経済連携協定ごとにそれぞれ同表の下欄に定める期間行うものとする。
２ 第一条第十五号に掲げる経済連携協定に係る法第五条の規定による発給申請書、第一種原産品誓約書及び資料の保存は、これらに係る第一種特定原産地証明書の発給の日から起算して三年間行うものとする。 （指定発給機関の指定の有効期間）第五条 法第十二条第一項の政令で定める期間は、三年とする。
（情報提供の期間）第六条 第一条第一号に掲げる経済連携協定に係る法第三十条第一項の政令で定める期間は、当該経済連携協定の締約国たる外国に第一種特定原産地証明書の発給を受けた物品が輸出された日以後最初に当該物品が法第二条第二項に規定する特定原産品（以下「特定原産品」という。）であるか否かに関する情報の提供を求められた場合にあってはその求めがあった日の翌日から起算して六月とし、当該情報の提供を行った後更に情報の提供を求められた場合にあってはその求めがあった日の翌日から起算して三月とする。
２ 第一条第二号から第四号までに掲げる経済連携協定に係る法第三十条第一項の政令で定める期間は、当該経済連携協定の締約国たる外国に第一種特定原産地証明書の発給を受けた物品が輸出された日以後最初に当該物品が特定原産品であるか否かに関する情報の提供を求められた場合にあってはその求めを受けた日から起算して三月とし、当該情報の提供を行った後更に情報の提供を求められた場合にあってはその求めを受けた日から起算して二月とする。 ３ 第一条第五号から第八号まで、第十号から第十二号まで及び第十四号に掲げる経済連携協定に係る法第三十条第一項の政令で定める期間は、当該経済連携協定の締約国たる外国に第一種特定原産地証明書の発給を受けた物品が輸出された日以後最初に当該物品が特定原産品であるか否かに関する情報の提供を求められた場合にあってはその求めを受けた日の翌日から起算して次の表の上欄に掲げる経済連携協定ごとにそれぞれ同表の中欄に定める期間とし、当該情報の提供を行った後更に情報の提供を求められた場合にあってはその求めを受けた日の翌日から起算して同表の上欄に掲げる経済連携協定ごとにそれぞれ同表の下欄に定める期間とする。 ４ 第一条第九号に掲げる経済連携協定に係る法第三十条第一項の政令で定める期間は、同項の情報の提供の求めがあった日から起算して十月とする。 ５ 第一条第十三号に掲げる経済連携協定に係る法第三十条第一項の政令で定める期間は、同項の情報の提供の求めを受けた日から起算して四十五日とする。 ６ 第一条第十五号に掲げる経済連携協定に係る法第三十条第一項の政令で定める期間は、同項の情報の提供の求めを受けた日から起算して三十日以上九十日以下の範囲内において、当該経済連携協定の締約国が指定する期間とする。 ７ 第二条第一号に掲げる経済連携協定に係る法第三十条第三項の政令で定める期間は、当該経済連携協定の締約国たる外国に法第二条第四項に規定する第二種特定原産地証明書（以下「第二種特定原産地証明書」という。）が作成された物品が輸出された日以後最初に当該物品が特定原産品であるか否かに関する情報の提供を求められた場合にあってはその求めがあった日の翌日から起算して六月とし、当該情報の提供を行った後更に情報の提供を求められた場合にあってはその求めがあった日の翌日から起算して三月とする。 ８ 第二条第二号に掲げる経済連携協定に係る法第三十条第三項の政令で定める期間は、同項の情報の提供の求めがあった日から起算して十月とする。 ９ 第二条第三号に掲げる経済連携協定に係る法第三十条第三項の政令で定める期間は、当該経済連携協定の締約国たる外国に第二種特定原産地証明書が作成された物品が輸出された日以後最初に当該物品が特定原産品であるか否かに関する情報の提供を求められた場合にあってはその求めを受けた日の翌日から起算して三月とし、当該情報の提供を行った後更に情報の提供を求められた場合にあってはその求めを受けた日の翌日から起算して二月とする。 １０ 第二条第四号に掲げる経済連携協定に係る法第三十条第三項の政令で定める期間は、同項の情報の提供の求めを受けた日から起算して三十日以上九十日以下の範囲内において、当該経済連携協定の締約国が指定する期間とする。 （経済産業大臣の行う第一種特定原産地証明書の発給に係る手数料）第七条 法第三十二条第一項の政令で定める額は、一件につき五千五百円（電子申請（情報通信技術を活用した行政の推進等に関する法律（平成十四年法律第百五十一号）第六条第一項の規定により同項に規定する電子情報処理組織を使用して行う申請をいう。第九条において同じ。）を行う場合にあっては、二千九百五十円）とする。
（指定発給機関の行う第一種特定原産地証明書の発給に係る手数料の額の認可）第八条 法第三十二条第一項の規定による認可を受けようとする指定発給機関は、認可を受けようとする手数料の額及び法第八条第一項に規定する発給事務の実施に要する費用の額に関し経済産業省令で定める事項を記載した申請書を経済産業大臣に提出しなければならない。
２ 経済産業大臣は、前項の認可の申請に係る手数料の額が次の各号のいずれにも適合すると認めるときでなければ、同項の認可をしてはならない。一 当該発給事務の適正な実施に要する費用の額を超えないこと。
二 特定の者に対して不当に差別的でないこと。
（経済産業大臣の行う認定の更新に係る手数料）第九条 法第三十二条第三項の政令で定める額は、一件につき五千円（電子申請を行う場合にあっては、四千五百五十円）とする。
附則
この政令は、法の施行の日から施行する。附則（平成一八年五月二六日政令第二〇四号）
（施行期日）
第一条 この政令中第一条及び次条の規定は経済上の連携の強化に関する日本国とメキシコ合衆国との間の協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律の一部を改正する法律（次条において「改正法」という。）の施行の日（平成十八年六月一日）から、第二条の規定は経済上の連携に関する日本国政府とマレーシア政府との間の協定の効力発生の日から施行する。
（経過措置）
第二条 第二条の規定による改正後の経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律施行令第一条第二号に規定する経済連携協定に係る改正法による改正後の経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律（以下「新法」という。）第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、第二条の規定の施行前においても、新法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。
附則（平成一九年八月三日政令第二四三号）
（施行期日）
第一条 この政令は、戦略的な経済上の連携に関する日本国とチリ共和国との間の協定の効力発生の日から施行する。 ただし、第一条に二号を加える改正規定中第四号に係る部分及び第四条の表に次のように加える改正規定中第四号に係る部分は、経済上の連携に関する日本国とタイ王国との間の協定の効力発生の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この政令による改正後の第一条第三号及び第四号に規定する経済連携協定に係る経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、同法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。
附則（平成二〇年五月二八日政令第一九〇号）
（施行期日）
第一条 この政令は、経済上の連携に関する日本国とインドネシア共和国との間の協定の効力発生の日から施行する。 ただし、第一条に二号を加える改正規定中第六号に係る部分、第二条の改正規定及び第四条の表に次のように加える改正規定中第六号に係る部分は、経済上の連携に関する日本国とブルネイ・ダルサラーム国との間の協定の効力発生の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この政令による改正後の第一条第五号及び第六号に規定する経済連携協定に係る経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、同法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。
附則（平成二〇年一〇月一七日政令第三一八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、包括的な経済上の連携に関する日本国及び東南アジア諸国連合構成国の間の協定が日本国について効力を生ずる日から施行する。 ただし、次条の規定は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この政令による改正後の第一条第七号に規定する経済連携協定に係る経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、同法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。
附則（平成二〇年一一月一一日政令第三四七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、経済上の連携に関する日本国とフィリピン共和国との間の協定の効力発生の日から施行する。 ただし、次条の規定は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この政令による改正後の第一条第八号に規定する経済連携協定に係る経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、同法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。
附則（平成二一年七月一七日政令第一八四号）
（施行期日）
第一条 この政令は、経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日から施行する。 ただし、次条の規定は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この政令による改正後の第一条第九号に掲げる経済連携協定に係る改正法による改正後の経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律（以下「新法」という。）第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、新法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。
第三条 改正法の施行の際現に改正法による改正前の経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律（以下この条において「旧法」という。）第三条第一項の規定によりされている特定原産地証明書の発給の申請は、新法第三条第一項の規定によりされている第一種特定原産地証明書の発給の申請とみなす。 改正法の施行前に旧法第四条第一項の規定により発給された特定原産地証明書は、新法第四条第一項の規定により発給された第一種特定原産地証明書とみなす。 改正法の施行の際現に旧法第九条の経済連携協定及び物品の区分に係る旧法第八条第一項の規定による指定を受けている者は、当該指定について旧法第九条の経済連携協定及び物品の区分に係る新法第九条の経済連携協定及び物品の区分に係る新法第八条第一項の規定による指定を受けたものとみなす。
附則（平成二一年八月七日政令第二〇二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、経済上の連携に関する日本国とベトナム社会主義共和国との間の協定の効力発生の日から施行する。 ただし、次条の規定は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この政令による改正後の第一条第十号に掲げる経済連携協定に係る経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、同法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。
附則（平成二三年六月二二日政令第一七二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、日本国とインド共和国との間の包括的経済連携協定の効力発生の日から施行する。 ただし、次条の規定は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この政令による改正後の第一条第十一号に掲げる経済連携協定に係る経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、同法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。
附則（平成二四年一月一〇日政令第二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、経済上の連携に関する日本国とペルー共和国との間の協定の効力発生の日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
（経過措置）
第二条 この政令による改正後の第一条第十二号に掲げる経済連携協定に係る経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律（以下「法」という。）第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。
第三条 附則第一条第一号に掲げる規定の施行前に法第三十条第一項の規定により情報の提供を求められた場合における当該求めに応じなければならない期間は、この政令による改正後の第六条第一項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
附則（平成二六年一二月一二日政令第三九六号）
この政令は、経済上の連携に関する日本国とオーストラリアとの間の協定の効力発生の日から施行する。 ただし、次項の規定は、公布の日から施行する。 この政令による改正後の経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律施行令第一条第十三号に掲げる経済連携協定に係る経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、同法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。附則（平成二八年四月二〇日政令第二〇五号）
この政令は、経済上の連携に関する日本国とモンゴル国との間の協定の効力発生の日から施行する。 ただし、次項の規定は、公布の日から施行する。 この政令による改正後の経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律施行令第一条第十四号に掲げる経済連携協定に係る経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律第八条第一項の規定による指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、この政令の施行前においても、同法第九条から第十一条まで、第十四条第一項及び第二項、第二十四条第一項並びに第三十二条第一項（手数料の認可に係る部分に限る。）の規定の例により行うことができる。附則（令和元年一二月一三日政令第一八三号）
（施行期日）
第一条 この政令は、情報通信技術の活用による行政手続等に係る関係者の利便性の向上並びに行政運営の簡素化及び効率化を図るための行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律等の一部を改正する法律（次条において「改正法」という。）の施行の日（令和元年十二月十六日）から施行する。