第一条 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所（以下「研究所」という。）は、国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所法（平成十六年法律第百三十五号。以下「法」という。）第十五条の三第三項の規定による命令を受けたときは、厚生労働大臣の指定する期日までに、同条第一項に規定する基金の額のうち研究所が当該基金に係る業務を円滑に遂行する上で必要がないと認められるものに相当する額として厚生労働大臣が定める額を、同条第三項の規定による納付金（以下この条において「納付金」という。）として国庫に納付しなければならない。
２ 厚生労働大臣は、前項の規定により納付金の額を定めるときは、あらかじめ、財務大臣に協議しなければならない。 ３ 納付金は、一般会計に帰属する。 （積立金の処分に係る承認の手続）第二条 研究所は、独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間（以下この項において「中長期目標の期間」という。）の最後の事業年度（以下「期間最後の事業年度」という。）に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金がある場合において、その額に相当する金額の全部又は一部を法第十八条第一項の規定により当該中長期目標の期間の次の中長期目標の期間における法第十五条に規定する業務の財源に充てようとするときは、次に掲げる事項を記載した承認申請書を厚生労働大臣に提出し、当該次の中長期目標の期間の最初の事業年度の六月三十日までに、法第十八条第一項の規定による承認を受けなければならない。
一 法第十八条第一項の規定による承認を受けようとする金額
二 前号の金額を財源に充てようとする業務の内容
２ 前項の承認申請書には、当該期間最後の事業年度末の貸借対照表、当該期間最後の事業年度の損益計算書その他厚生労働省令で定める書類を添付しなければならない。 （国庫納付金の納付の手続）第三条 研究所は、法第十八条第三項に規定する残余があるときは、当該規定による納付金（以下「国庫納付金」という。）の計算書に、当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表、当該期間最後の事業年度の損益計算書その他の当該国庫納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、当該期間最後の事業年度の次の事業年度の六月三十日までに、これを厚生労働大臣に提出しなければならない。
２ 厚生労働大臣は、前項の国庫納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該国庫納付金の計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。 （国庫納付金の納付期限）第四条 国庫納付金は、当該期間最後の事業年度の次の事業年度の七月十日までに納付しなければならない。
（国庫納付金の帰属する会計）第五条 国庫納付金は、一般会計に帰属させるものとする。
附則
（施行期日）
第一条 この政令は、公布の日から施行する。 ただし、附則第七条から第二十三条までの規定は、平成十七年四月一日から施行する。
（職員の引継ぎに係る政令で定める部局又は機関）
第二条 法附則第二条の政令で定める厚生労働省の部局又は機関は、国立医薬品食品衛生研究所及び国立感染症研究所の内部組織のうち、厚生労働省令で定めるものとする。
（研究所の成立の時において承継される国の権利及び義務）
第三条 法附則第八条第一項の政令で定める権利及び義務は、次に掲げる権利及び義務とする。
（国の有する権利及び義務の承継の際出資があったものとされる財産）
第四条 法附則第八条第二項に規定する政令で定める財産は、次に掲げるものとする。
（研究所が承継する財産等に係る評価委員の任命等）
第五条 法附則第八条第三項（法附則第十一条第四項において準用する場合を含む。次項及び第三項において同じ。）の評価委員は、次に掲げる者につき厚生労働大臣が任命する。 法附則第八条第三項の規定による評価は、同項の評価委員の過半数の一致によるものとする。 法附則第八条第三項の規定による評価に関する庶務は、厚生労働省大臣官房厚生科学課において処理する。
（国有財産の無償使用）
第六条 法附則第十条の規定により国が研究所に無償で使用させることができる国有財産及び当該国有財産の使用に関し必要な手続は、厚生労働大臣が財務大臣に協議して定める。
（研究所が承継した株式の処分を行う期限等）
第七条 法附則第十二条第一項の政令で指定する日は、平成三十六年三月三十一日とする。 法附則第十三条第一項の規定による納付金については、同項に規定する残余財産の額に相当する金額を財政投融資特別会計の投資勘定に帰属させるものとする。
（承継勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の算定方法）
第八条 法附則第十二条第四項に規定する承継勘定（次条及び附則第十条において「承継勘定」という。）における法附則第十二条第五項の規定により読み替えて適用する通則法第四十四条第一項ただし書の政令で定めるところにより計算した額（附則第十条において「毎事業年度において国庫に納付すべき額」という。）は、通則法第四十四条第一項に規定する残余の額に百分の九十を乗じて得た額とする。
（承継勘定に係る積立金に関する処分に係る承認の手続及び国庫納付金の納付手続等）
第九条 承継勘定に係る積立金に関する処分に係る承認の手続並びに国庫納付金の納付手続、納付期限及び帰属する会計（次条及び附則第十二条において「納付手続等」という。）については、第二条から第五条までの規定を準用する。 この場合において、第二条第一項中「通則法第四十四条第一項」とあるのは「法附則第十二条第五項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項」と、「第十八条第一項」とあるのは「附則第十二条第六項において準用する法第十八条第一項」と、「第十五条に規定する業務」とあるのは「附則第十一条第五項に規定する承継業務」と、第三条第一項中「第十八条第三項」とあるのは「附則第十二条第六項において準用する法第十八条第三項」と、第五条中「一般会計」とあるのは「財政投融資特別会計の投資勘定」と読み替えるものとする。
（承継勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の納付の手続等）
第十条 承継勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の納付手続等については、前条において準用する第三条から第五条までの規定を準用する。 この場合において、前条において準用する第三条第一項及び第四条中「期間最後の事業年度」とあるのは、「事業年度」と読み替えるものとする。
（特例業務を行う期限等）
第十一条 法附則第十四条第一項の政令で指定する日は、平成四十五年三月三十一日とする。 法附則第十五条第一項の規定による納付金については、同項に規定する残余財産の額に相当する金額を財政投融資特別会計の投資勘定に帰属させるものとする。
（特例業務勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の算定方法等）
第十二条 法附則第十五条第一項に規定する特例業務勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の算定方法、積立金に関する処分に係る承認の手続及び国庫納付金の納付手続等並びに毎事業年度において国庫に納付すべき額の納付手続等については、附則第八条から第十条までの規定を準用する。 この場合において、附則第八条中「附則第十二条第五項」とあるのは「附則第十四条第二項において準用する法附則第十二条第五項」と、附則第九条中「附則第十二条第五項」とあるのは「附則第十四条第二項において準用する法附則第十二条第五項」と、「附則第十二条第六項」とあるのは「附則第十四条第二項において準用する法附則第十二条第六項」と、「附則第十一条第五項に規定する承継業務」とあるのは「附則第十四条第一項に規定する特例業務」と読み替えるものとする。
（大麻取締法等の適用に関する経過措置）
第十三条 研究所の成立前に次の各号に掲げる法律の規定により国立医薬品食品衛生研究所及び国立感染症研究所に対しされた免許、許可その他の処分又は通知その他の行為であって、法附則第八条第一項の規定により研究所が承継することとなる権利及び義務に係るものは、研究所の成立後は、それぞれの法律の規定により研究所に対しされた免許、許可その他の処分又は通知その他の行為とみなす。 研究所の成立前に前項各号に掲げる法律の規定により国立医薬品食品衛生研究所及び国立感染症研究所がしている届出その他の行為であって、法附則第八条第一項の規定により研究所が承継することとなる権利及び義務に係るものは、研究所の成立後は、それぞれの法律の規定により研究所がした届出その他の行為とみなす。
（核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律の適用に関する経過措置）
第十四条 独立行政法人国立健康・栄養研究所（以下この条において「国立健康・栄養研究所」という。）の解散前に核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律（昭和三十二年法律第百六十六号）の規定により国立健康・栄養研究所に対しされた許可、認可その他の処分又は通知その他の行為であって、独立行政法人医薬基盤研究所法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第三十八号）附則第二条第一項の規定により研究所が承継することとなる権利及び義務に係るものは、国立健康・栄養研究所の解散後は、核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律の規定により研究所に対しされた許可、認可その他の処分又は通知その他の行為とみなす。
附則（平成一七年四月一日政令第一一八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、公布の日から施行する。
附則（平成二〇年二月二九日政令第四〇号）
（施行期日）
第一条 この政令は、特別会計に関する法律の一部の施行の日（平成二十年四月一日）から施行する。