第一条 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（同条第一項ただし書又は第二項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十条第一項の中期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他国土交通大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）第二条 機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 機構の子法人（通則法第十九条第七項に規定する子法人をいう。以下同じ。）の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法（平成十七年法律第八十六号）第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事、機構の子法人の監査役その他これらの者に相当する者との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第三条 機構に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、次に掲げる法令の規定に基づき国土交通大臣に提出する書類とする。
一 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（以下「法」という。）
二 日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律（平成十年法律第百三十六号。以下「債務等処理法」という。）
三 流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律（平成十七年法律第八十五号）
四 地域公共交通の活性化及び再生に関する法律（平成十九年法律第五十九号）
五 海外社会資本事業への我が国事業者の参入の促進に関する法律（平成三十年法律第四十号）
六 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令（以下「令」という。）
（業務方法書の記載事項）第四条 機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、次のとおりとする。
一 法第十三条第一項第一号に規定する鉄道施設の建設に関する事項
二 法第十三条第一項第二号に規定する調査に関する事項
三 法第十三条第一項第三号に規定する鉄道施設の貸付け又は譲渡に関する事項
四 法第十三条第一項第四号に規定する災害復旧工事に関する事項
五 法第十三条第一項第五号に規定する鉄道施設又は軌道施設の建設及び大改良に関する事項
六 法第十三条第一項第六号に規定する鉄道施設又は軌道施設の貸付け又は譲渡に関する事項
七 法第十三条第一項第七号に規定する船舶の建造、使用及び譲渡に関する事項
八 法第十三条第一項第八号に規定する技術的援助に関する事項
九 法第十三条第一項第九号に規定する地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十九条の二第一項に規定する業務に関する事項
十 法第十三条第一項第十号に規定する流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律第二十条の二第一項に規定する業務に関する事項
十一 法第十三条第二項第一号から第三号までに規定する補助金等の交付に関する事項
十二 法第十三条第三項に規定する海外社会資本事業への我が国事業者の参入の促進に関する法律第四条第一項に規定する業務に関する事項
十三 法第十三条第四項第一号に規定する施設の建設及び管理に関する事項
十四 法第十三条第四項第二号に規定する工事並びに調査、測量、設計、試験及び研究に関する事項
十五 法第十五条第一項に規定する業務の委託に関する事項
十六 業務の委託に関する基準
十七 競争入札その他契約に関する事項
十八 その他業務の執行に関して必要な事項
（中期計画の認可申請等）第五条 機構は、通則法第三十条第一項の規定により中期計画の認可を受けようとするときは、当該中期計画を記載した申請書を、中期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに（機構の成立後最初の中期計画については、機構の成立後遅滞なく）、国土交通大臣に提出しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十条第一項後段の規定により中期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。 （中期計画の記載事項）第六条 機構に係る通則法第三十条第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次に掲げるものとする。
一 施設及び設備に関する計画
二 人事に関する計画
三 法第十八条第一項に規定する積立金の使途
四 その他当該中期目標を達成するために必要な事項
（年度計画の記載事項等）第七条 機構に係る通則法第三十一条第一項の年度計画には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を国土交通大臣に提出しなければならない。 （業務実績等報告書）第七条の二 機構に係る通則法第三十二条第二項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 機構は、前項に規定する報告書を国土交通大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。 （会計の原則）第八条 機構の会計については、この省令の定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令の規定に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （勘定区分等）第九条 機構は、次に掲げる業務ごとに経理を区分し、それぞれ勘定を設けて経理するものとする。
一 法第十七条第一項第一号に掲げる業務
二 法第十七条第一項第二号に掲げる業務
三 法第十七条第一項第三号に掲げる業務
四 法第十七条第一項第四号に掲げる業務
２ 前項第一号に掲げる業務に係る勘定（以下「建設勘定」という。）は、内訳として、次に掲げる業務に係る各経理単位に区分するものとする。一 法第十三条第一項第一号及び第三号に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務（これらの業務のうち次に掲げる繰入金の繰入れ又は交付金の交付を受けて建設される鉄道施設に係るものに限る。） イ 法第十七条第三項の規定により同項第一号に掲げる事業に要する費用の一部に充てるため建設勘定に繰り入れられた繰入金
ロ 法附則第十四条の規定による廃止前の運輸施設整備事業団法（平成九年法律第八十三号。以下「旧事業団法」という。）第二十条第一項第一号の交付金
ハ 新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律（平成三年法律第四十五号）附則第二条の規定による廃止前の新幹線鉄道保有機構法（昭和六十一年法律第八十九号）附則第十三条第一項の交付金
ニ 旧事業団法附則第十五条の規定による廃止前の鉄道整備基金法（平成三年法律第四十六号。以下「旧基金法」という。）第二十条第一項第一号の交付金
二 法第十三条第一項第五号及び第六号に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務（これらの業務のうち旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（昭和六十一年法律第八十八号）第一条第一項に規定する旅客会社（以下「旅客会社」という。）及び日本貨物鉄道株式会社（以下「貨物会社」という。）以外の鉄道事業者又は軌道経営者の鉄道又は軌道に係るもの（旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律の施行に伴う経過措置を定める政令（平成十三年政令第三百四十五号）第一条に規定する鉄道施設に係るものを除く。）に限る。）
三 前二号に掲げる業務以外の業務
３ 機構は、第一項の規定により区分して経理する場合において、経理すべき事項が当該区分に係る勘定以外の勘定によって経理すべき事項と共通の事項であるため、当該勘定に係る部分を区分して経理することが困難なときは、当該事項については、国土交通大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して経理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより経理することができる。 ４ 第一項各号に掲げる業務に係る勘定相互間における資金の融通（短期のものに限る。）は、融通をする勘定からその融通を受ける勘定への貸付けとして整理するものとする。 （新幹線資産見返負債）第十条 建設勘定においては、全国新幹線鉄道整備法（昭和四十五年法律第七十一号）第六条第一項に規定する営業主体に貸し付けている新幹線鉄道に係る鉄道施設（以下「新幹線鉄道施設」という。）に係る会計処理のため、貸借対照表の負債の部に新幹線資産見返負債の勘定科目を設けて計算するものとする。
２ 前項の計算は、第一号及び第二号に掲げる額の合計額から第三号及び第四号に掲げる額の合計額を減じて得た額を新幹線資産見返負債として貸借対照表の負債の部に計上するものとする。一 全国新幹線鉄道整備法施行令（昭和四十五年政令第二百七十二号）第七条第二項第一号に掲げる額のうち損益計算書の収益に計上される額
二 機構の新幹線鉄道に係る業務に係る資産見返交付金戻入、資産見返補助金戻入、資産見返負担金戻入及び新幹線資産見返負債戻入の合計額
三 全国新幹線鉄道整備法施行令第七条第二項第二号に掲げる額のうち損益計算書の費用に計上される額
四 新幹線鉄道施設に係る減価償却費の額及び新幹線鉄道の建設に関する事業により機構が取得した資産の処分に伴う損失の額の合計額
（未収貸付料予定額等）第十一条 建設勘定において、令第七条第一項第一号の額のうち元金の償還に充てるべき金額に相当する額及び同項第二号による額の合計額が減価償却費の額に不足する場合は、当該不足額に相当する額については、貸借対照表の資産の部に未収貸付料予定額の勘定科目を設けて、同科目に計上するものとする。
２ 前項の規定による合計額が同項の規定による減価償却費の額を超える場合は、同項の規定による未収貸付料予定額について、その残額がなくなるまで当該超過額に相当する額を減額するものとする。 ３ 第一項に規定する未収貸付料予定額がなくなった場合は、前項の規定による超過額に相当する額については、貸借対照表の負債の部に譲渡調整引当金の勘定科目を設けて、同科目に計上するものとする。 （退職給付引当金見返）第十一条の二 建設勘定においては、退職給付引当金に係る会計処理のため、貸借対照表の資産の部に退職給付引当金見返の勘定科目を設けて計算するものとする。
２ 前項の計算は、毎事業年度、当該事業年度の前事業年度末における退職給付引当金見返の額に第一号及び第二号に掲げる額の合計額を加えた額を退職給付引当金見返として貸借対照表の資産の部に計上するものとする。一 当該事業年度末における退職給付引当金の額から当該事業年度の前事業年度末における退職給付引当金の額を減じて得た額
二 当該事業年度において支給された退職給付の額から当該事業年度における退職給付費用として配賦された額を減じて得た額
（建設勘定受入金及び地域公共交通等勘定繰入金）第十一条の三 法第十七条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定（以下この条において「地域公共交通等勘定」という。）において、同条第七項の規定により建設勘定から繰入金を受け入れた場合には、貸借対照表の負債の部に建設勘定受入金の勘定科目を設けて、同科目に当該繰入金の額に相当する金額を計上するとともに、建設勘定において、貸借対照表の資産の部に地域公共交通等勘定繰入金の勘定科目を設けて、同科目に当該繰入金の額に相当する金額を計上するものとする。
２ 法第十七条第八項の規定により地域公共交通等勘定から建設勘定に繰入れを行った場合には、地域公共交通等勘定において、当該繰入金の額に相当する金額を建設勘定受入金に計上した金額から減額するとともに、建設勘定において、当該繰入金の額に相当する金額を地域公共交通等勘定繰入金に計上した金額から減額するものとする。 ３ 前項の場合において、株式の処分により生じた収入の額が当該株式の帳簿価額を下回り、その差額を地域公共交通等勘定の損益計算書の費用に計上するときは、同勘定において、当該差額に相当する金額を建設勘定受入金に計上した金額から減額し、その額と同額を建設勘定受入金減額益として損益計算書の収益に計上するとともに、建設勘定において、当該差額に相当する金額を地域公共交通等勘定繰入金に計上した金額から減額し、その額と同額を地域公共交通等勘定繰入金減額損として損益計算書の費用に計上するものとする。 （積立金の記載）第十一条の四 第九条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定において、法第十八条第二項の規定による積立金を貸借対照表の資本の部に計上する場合には、通則法第四十四条第一項の規定による積立金と区分して計上するものとする。
（収益の獲得が予定されない償却資産）第十二条 国土交通大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第十二条の二 国土交通大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第十二条の三 国土交通大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（財務諸表）第十三条 機構に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に掲げる行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第十三条の二 機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 機構の目的及び業務内容
二 国の政策における機構の位置付け及び役割
三 中期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 機構に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）第十四条 機構に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類）第十四条の二 機構に係る通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）第十四条の三 通則法第三十九条第一項後段の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 機構の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見がある場合は、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第十五条 機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の借入れの認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）第十六条 機構に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、次に掲げるものとする。
一 法第十七条第一項第一号に掲げる業務については、鉄道施設又は軌道施設の建設又は大改良に伴い譲渡し、又は交換する不動産以外の財産であって、その価額が三千万円以上のもの
二 法第十七条第一項第二号から第四号までに掲げる業務については、土地及び建物並びに特許権及び実用新案権
（重要な財産の処分等の認可の申請）第十七条 機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（内部組織）第十七条の二 機構に係る通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた当該中期目標管理法人の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として国土交通大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。同項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として国土交通大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （管理又は監督の地位）第十八条 機構に係る通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして国土交通大臣が定めるものとする。
（国土交通省令で定める規格）第十九条 法第十三条第一項第五号の国土交通省令で定める規格は、次に掲げる要件を満たすこととする。
一 主たる区間を列車又は車両が四十五キロメートル毎時以上の速度で走行できること。
二 旅客会社及び貨物会社以外の鉄道事業者の鉄道又は軌道については、四両以上の車両を連結して運行できること。
（国土交通省令で定める速度）第二十条 令第三条第三号の国土交通省令で定める速度は、最高速度百三十キロメートル毎時とする。
２ 令第三条第四号の国土交通省令で定める速度は、最高速度百三十キロメートル毎時とする。 （貸付料等の認可）第二十一条 機構は、法第十四条第一項前段の規定による認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 当該鉄道施設又は軌道施設に係る鉄道事業者の氏名又は名称及び住所
二 当該鉄道施設又は軌道施設に係る鉄道又は軌道の線名及び区間
三 貸付予定期日又は譲渡予定期日
四 貸付料の額又は譲渡価額
五 貸付料又は譲渡の対価の収受方法
六 貸付料の額又は譲渡価額の算出の基礎
２ 機構は、法第十四条第一項後段の規定による変更の認可を受けようとするときは、当該変更の理由及び内容を明らかにした書類を国土交通大臣に提出しなければならない。 （積立金の処分に係る申請の添付書類）第二十二条 令第十三条第三項に規定する添付書類は、次に掲げるものとする。
一 令第十三条第一項の期間最後の事業年度（以下「期間最後の事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表
二 期間最後の事業年度の損益計算書
三 期間最後の事業年度の事業年度末の利益の処分に関する書類
四 承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
（長期借入金の認可の申請）第二十三条 機構は、法第十九条第一項の規定により長期借入金の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）第二十四条 機構は、法第二十一条の規定による認可を受けようとするときは、通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した償還計画を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 長期借入金（第三号に掲げるものを除く。）の総額並びに当該事業年度における借入見込額及びその借入先
二 鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券の総額並びに当該事業年度における発行見込額及び発行の方法
三 次に掲げる債務の額 イ 旧事業団法附則第七条第一項の規定により同項の規定による解散前の鉄道整備基金（以下「基金」という。）から法附則第三条第一項の規定による解散前の運輸施設整備事業団（以下「事業団」という。）が承継し、さらに、法附則第三条第一項の規定により機構が承継した債務（以下「承継債務」という。）のうち旧基金法附則第四条第五項に規定する日本国有鉄道の長期借入金に係るもの
ロ 承継債務のうち新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律第五条第一項の規定による解散前の新幹線鉄道保有機構の長期借入金に係るもの
ハ 承継債務のうち新幹線鉄道保有機構債券に係るもの
ニ 承継債務のうち基金の長期借入金に係るもの
ホ 承継債務のうち鉄道整備基金債券に係るもの
ヘ 承継債務のうち事業団の長期借入金に係るもの
ト 承継債務のうち運輸施設整備事業団債券に係るもの
四 法附則第三条第十一項の規定により繰り入れるべき金額
五 前四号に掲げる債務の償還の方法及び期限
六 その他必要な事項
第二十五条 削除
（不動産登記規則の準用）第二十六条 不動産登記規則（平成十七年法務省令第十八号）第四十三条第一項第四号（同規則第五十一条第八項、第六十五条第九項、第六十八条第十項及び第七十条第七項において準用する場合を含む。）、第六十三条の二第一項及び第三項、第六十四条第一項第一号及び第四号並びに第百八十二条第二項（これらの規定を船舶登記規則（平成十七年法務省令第二十七号）第四十九条において準用する場合を含む。）の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
（電気事故の報告）第二十七条 機構は、鉄道施設又は軌道施設（法第十七条第一項第一号に掲げる業務に係るものに限り、法第十三条第一項第三号又は第六号の規定により貸し付けたものを除く。）に係る電気事故が発生したときは、国土交通大臣に報告しなければならない。
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（業務の特例に関する経過措置）
第二条 法附則第十一条第一項、第三項及び第五項の規定によりこれらの規定に規定する業務が行われる場合には、第四条各号に掲げる事項に加え、次に掲げる事項を業務方法書に記載するものとする。 法附則第十一条第一項、第三項及び第五項の規定によりこれらの規定に規定する業務が行われる場合には、第九条第一項第一号中「法第十七条第一項第一号に掲げる業務」とあるのは「法第十七条第一項第一号に掲げる業務並びに法附則第十一条第一項第一号に掲げる業務及びこれに附帯する業務」と、同項第二号中「法第十七条第一項第二号に掲げる業務」とあるのは「法第十七条第一項第二号に掲げる業務、法附則第十一条第一項第二号に掲げる業務及びこれに附帯する業務並びに同条第五項に規定する業務のうち貸付契約及び保証契約に係る業務」と、同項第三号中「法第十七条第一項第三号に掲げる業務」とあるのは「法第十七条第一項第三号に掲げる業務並びに法附則第十一条第一項第三号に掲げる業務及びこれに附帯する業務」と、同項第四号中「法第十七条第一項第四号に掲げる業務」とあるのは「法第十七条第一項第四号に掲げる業務並びに法附則第十一条第一項第四号から第七号までに掲げる業務及びこれらに附帯する業務、同条第三項に規定する業務並びに同条第五項に規定する業務のうち協定に係る業務」と、同条第二項第一号中「限る。）」とあるのは「限る。）並びに法附則第十一条第一項第一号に掲げる業務及びこれに附帯する業務」とする。 前項の規定により読み替えて適用される第九条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定は、内訳として、次に掲げる業務に係る各経理単位に区分するものとする。 第二項の規定により読み替えて適用される第九条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定は、内訳として、次に掲げる業務に係る各経理単位に区分するものとする。 この場合において、第一号から第三号までに掲げる業務に関する管理費は、第四号に掲げる業務に係る経理単位において経理するものとする。 法附則第十一条第四項の規定により機構が行う同項に規定する事業については、附則第八条の規定による廃止前の日本鉄道建設公団法施行規則（昭和三十九年運輸省令第二十六号。以下「旧公団法施行規則」という。）第五条及び第五条の二の規定は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。 この場合において、旧公団法施行規則第五条中「法」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号）附則第十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる日本鉄道建設公団法（昭和三十九年法律第三号。以下「旧公団法」という。）」と、「鉄道事業者又は軌道経営者」とあるのは「鉄道事業者」と、同条第六号中「貸付け、譲渡又は引渡し」とあるのは「貸付け又は譲渡」と、旧公団法施行規則第五条の二中「法」とあるのは「旧公団法」と、「公団」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」と、「鉄道施設又は軌道施設」とあるのは「鉄道施設」と、同条第一号中「鉄道事業者又は軌道経営者」とあるのは「鉄道事業者」とする。 法附則第十一条第五項の規定により機構が行う業務については、附則第八条の規定による廃止前の運輸施設整備事業団法施行規則（平成九年運輸省令第五十五号。以下「旧事業団法施行規則」という。）第五条から第七条までの規定は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。 この場合において、旧事業団法施行規則第五条中「法第二十条第一項第八号ロ」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号）附則第十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる運輸施設整備事業団法（平成九年法律第八十三号。以下「旧事業団法」という。）第二十条第一項第八号ロ」と、旧事業団法施行規則第六条中「法第二十条第一項第九号ハ」とあるのは「旧事業団法第二十条第一項第九号ハ」と、旧事業団法施行規則第七条中「法第二十条第七項第四号」とあるのは「旧事業団法第二十条第七項第四号」と、同条第一号中「法第二十条第七項第一号」とあるのは「旧事業団法第二十条第七項第一号」と、同条第二号中「運輸施設整備事業団（以下「事業団」という。）」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法附則第三条第一項の規定による解散前の運輸施設整備事業団」と、同条第三号及び第四号中「法第二十条第七項第二号」とあるのは「旧事業団法第二十条第七項第二号」とする。
（償却資産の指定の特例）
第三条 機構の成立の際、債務等処理法附則第九条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法（昭和六十一年法律第九十号）附則第九条第二項第一号に規定する鉄道施設に係る資産（同項の規定により債務等処理法附則第二条の規定による解散前の日本国有鉄道清算事業団（附則第七条第二項において「旧日本国有鉄道清算事業団」という。）へ承継した債務に係る資産のうち機構が承継したものを除く。）は、第十二条第一項の指定を受けたものとみなす。
（特例業務勘定繰入金見返負債）
第四条 建設勘定において、債務等処理法附則第八条第一項の規定により平成二十三事業年度において債務等処理法第二十七条第一項に規定する特例業務勘定（以下この条において単に「特例業務勘定」という。）から繰入金を受け入れた場合には、貸借対照表の負債の部に特例業務勘定繰入金見返負債の勘定科目を設けて、同科目に当該繰入金の額に相当する金額を計上するものとする。 前項の繰入金をもって新幹線鉄道に係る鉄道施設の建設に関する事業に係る借入れに係る債務の償還を行ったときは、当該債務の償還額に相当する金額を、特例業務勘定繰入金見返負債に計上した金額から減額し、新幹線資産見返負債として貸借対照表の負債の部に計上するものとする。 第一項の繰入金をもって新幹線鉄道に係る鉄道施設の建設に関する事業に係る借入れに係る債務に係る利子の支払を行ったときは、当該利子の支払額に相当する金額を、特例業務勘定繰入金見返負債に計上した金額から減額し、特例業務勘定繰入金見返負債戻入として損益計算書の収益に計上するものとする。 日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律施行規則（平成十年運輸省令第七十号）附則第八条の規定により建設勘定から特例業務勘定に繰入れ（債務等処理法附則第八条第一項の規定による繰入金に係る剰余額に係るものに限る。）を行った場合には、当該繰入金の額に相当する金額を、特例業務勘定繰入金見返負債に計上した金額から減額するものとする。
（申請書の記載事項）
第五条 令附則第八条の二の国土交通省令で定める事項は、次のとおりとする。
（事業認定の申請）
第六条 東京地下鉄株式会社が法附則第十二条第一項の認定を受けようとする場合は、次に掲げる事項を記載した事業認定申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
（公団又は事業団がした行為等に関する経過措置）
第七条 法の施行の日前に次の表の第一欄に掲げる法令の規定により法附則第二条第一項の規定による解散前の日本鉄道建設公団（以下「公団」という。）又は事業団が同表の第二欄に掲げる者に対してした届出、申請又は通知は、それぞれ、同表の第三欄に掲げる法令の規定により機構が同表第二欄に掲げる者に対してした届出、申請又は通知とみなす。 法の施行の日前に次の表の上欄に掲げる法令の規定により公団がした行為若しくは占用（日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律等の一部を改正する法律の施行に伴う関係政令の整備に関する政令（平成二十三年政令第二百二十号）第一条の規定による改正前の日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律施行令（平成十年政令第三百三十五号）附則第三条の規定により公団に係る行為又は占用とみなされた旧日本国有鉄道清算事業団に係る行為又は占用を含む。）又は事業団がした行為若しくは占用は、それぞれ、同表の下欄に掲げる法令の規定により機構がした行為又は占用とみなす。 法の施行の日前に次の表の上欄に掲げる法令の規定により同表の下欄に掲げる者が公団又は事業団に対してした許可、承認その他の行為は、それぞれ、同表の上欄に掲げる法令の規定により同表の下欄に掲げる者が機構に対してした許可、承認その他の行為とみなす。
（日本鉄道建設公団法施行規則等の廃止）
第八条 次に掲げる省令は、廃止する。
（船舶原簿等に関する経過措置）
第九条 この省令の施行の際現に事業団が所有する船舶の船舶原簿に登録されている事項及び船舶国籍証書に記載されている事項のうち所有者の氏名又は名称に係る部分については、「運輸施設整備事業団」とあるのは、この省令の施行の日に「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」と変更されたものとみなす。
附則（平成一六年三月二三日国土交通省令第二一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。 ただし、次条及び附則第三条の規定は、平成十六年四月一日から施行する。
附則（平成一六年三月二六日国土交通省令第二六号）
この省令は、公布の日から施行し、この省令による改正後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令の規定は、平成十五年十月一日から適用する。附則（平成一七年三月七日国土交通省令第一二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令の一部改正に伴う経過措置）
第八条 不動産登記規則附則第十五条第四項第一号及び第三号並びに船舶登記規則附則第三条第八項第一号及び第三号の規定については、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
附則（平成一七年三月二九日国土交通省令第二三号）
この省令は、文化財保護法の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年四月一日）から施行する。附則（平成一七年七月二九日国土交通省令第八三号）
この省令は、都市鉄道等利便増進法の施行の日（平成十七年八月一日）から施行する。附則（平成一八年五月一七日国土交通省令第六五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、海上物流の基盤強化のための港湾法等の一部を改正する法律附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令による改正後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令第九条第一項及び第三項並びに附則第二条第三項の規定は、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構の平成十八年四月一日に始まる事業年度に係る経理から適用する。
附則（平成二二年四月一日国土交通省令第一五号）
この省令は、自然公園法及び自然環境保全法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年四月一日）から施行する。附則（平成二二年一一月二六日国土交通省令第五五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。
附則（平成二三年七月二九日国土交通省令第五五号）
この省令は、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十三年八月一日）から施行する。附則（平成二七年三月三一日国土交通省令第一九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（中期目標管理法人となる独立行政法人の業務実績等報告書に係る経過措置）
第二条 改正法附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定の適用については、これらの規定中「当該事業年度における業務の実績（当該項目が通則法」とあるのは「当該事業年度における業務の実績（当該項目が独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下「旧通則法」という。）」と、「第二十九条第二項第二号に」とあるのは「第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「結果（当該項目が通則法」とあるのは「結果（当該項目が旧通則法」と、「期間における業務の実績（当該項目が通則法」とあるのは「期間における業務の実績（当該項目が旧通則法」とする。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第四条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成二七年八月二五日国土交通省令第六四号）
この省令は、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律及び独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十七年八月二十六日）から施行する。 第二条の規定による改正前の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令附則第二条第三項第二号及び第四号に掲げる業務に係る経理単位に係る独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構の権利及び義務は、この省令の施行の日において第二条の規定による改正後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令（以下この項において「新令」という。）附則第二条第二項の規定により読み替えて適用される新令第九条第三項第一号に掲げる業務に係る経理単位が承継する。附則（平成二七年九月二日国土交通省令第六七号）
この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。附則（平成二八年一一月一八日国土交通省令第七九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成三〇年八月二四日国土交通省令第六四号）
この省令は、海外社会資本事業への我が国事業者の参入の促進に関する法律の施行の日（平成三十年八月三十一日）から施行する。附則（平成三一年三月二九日国土交通省令第二九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の規定の平成三十一年四月一日前に開始する事業年度における適用については、なお従前の例による。
附則（令和元年六月二七日国土交通省令第一六号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和二年六月二三日国土交通省令第五七号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和二年一一月二七日国土交通省令第九三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、持続可能な運送サービスの提供の確保に資する取組を推進するための地域公共交通の活性化及び再生に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（令和二年十一月二十七日）から施行する。
附則（令和三年三月三一日国土交通省令第三二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和三年四月一日から施行する。
附則（令和三年一一月三〇日国土交通省令第七四号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和四年三月二九日国土交通省令第一七号）
この省令は公布の日から施行する。附則（令和六年三月二九日国土交通省令第二六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和六年四月一日から施行する。