独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十八条第二項、第三十条第一項及び第三十一条第一項並びに独立行政法人国際協力機構法（平成十四年法律第百三十六号）附則第三条第二項の規定に基づき、独立行政法人国際協力機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令の特例を定める省令を次のように定める。
（業務方法書に記載すべき事項の特例）第一条 独立行政法人国際協力機構（以下「機構」という。）が独立行政法人国際協力機構法（以下「機構法」という。）附則第三条第一項第一号から第三号までに掲げる業務を行う場合には、機構に係る独立行政法人通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、独立行政法人国際協力機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令（平成十五年外務省令第二十二号。以下「業務・財会省令」という。）第一条各号に掲げる事項のほか、機構法附則第三条第一項第一号から第三号に掲げる業務に関する事項とする。
（中期計画の認可の申請等の特例）第二条 機搆法附則第三条第一項の規定により機構が同項第一号から第三号までに掲げる業務のうち農林業の開発に係るものに関する業務を行う場合における業務・財会省令第二条及び第四条第二項の規定の適用については、業務・財会省令第二条第一項中「主務大臣」とあるのは「外務大臣及び農林水産大臣」と、同条第二項及び業務・財会省令第四条第二項中「主務大臣」とあるのは「主務大臣（当該変更が機構法附則第三条第一項第一号から第三号までに掲げる業務のうち農林業の開発に係るものに関する事項を含む場合にあっては、外務大臣及び農林水産大臣）」とする。
２ 機構法附則第三条第一項の規定により機構が同項第一号から第三号までに掲げる業務のうち鉱工業の開発に係るものに関する業務を行う場合における業務・財会省令第二条及び第四条第二項の規定の適用については、業務・財会省令第二条第一項中「主務大臣」とあるのは「外務大臣及び経済産業大臣」と、同条第二項及び業務・財会省令第四条第二項中「主務大臣」とあるのは「主務大臣（当該変更が機構法附則第三条第一項第一号から第三号までに掲げる業務のうち鉱工業の開発に係るものに関する事項を含む場合にあっては、外務大臣及び経済産業大臣）」とする。