独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二十八条第二項、第三十条第一項、第三十一条第一項、第三十二条第一項及び第三十四条第一項並びに独立行政法人農業者年金基金法（平成十四年法律第百二十七号）附則第十九条第一項第三号及び同条第二項の規定に基づき、独立行政法人農業者年金基金の業務運営並びに財務及び会計に関する省令の特例を定める省令を次のように定める。
（業務方法書の記載事項の特例）第一条 独立行政法人農業者年金基金法（以下「基金法」という。）附則第十六条第一項に規定する旧給付の支給が行われる間、独立行政法人農業者年金基金（次条において「基金」という。）に係る独立行政法人通則法第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、独立行政法人農業者年金基金の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（平成十五年農林水産省令第百号。以下「業務・財会省令」という。）第四条各号及び附則第二項各号に掲げる事項のほか、次のとおりとする。
一 基金法附則第六条第一項第一号に掲げる業務に関する事項
二 基金法附則第六条第一項第一号に掲げる業務に関する業務委託の基準
（中期計画の認可の申請等の特例）第二条 基金法附則第六条第一項の規定により基金が同項第一号に掲げる業務（これに附帯する業務を含む。）を行う場合の業務・財会省令第五条及び第七条第二項の規定の適用については、業務・財会省令第五条第一項中「農林水産大臣」とあるのは「厚生労働大臣及び農林水産大臣」と、同条第二項及び業務・財会省令第七条第二項中「農林水産大臣」とあるのは「農林水産大臣（当該変更が基金法附則第六条第一項第一号に掲げる業務（これに附帯する業務を含む。）に関する事項を含む場合にあっては、厚生労働大臣及び農林水産大臣）」とする。