第一条 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、次のとおりとする。
一 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号。以下「研究機構法」という。）第十四条第一項第一号から第六号までに掲げる業務、同条第二項第一号から第三号までに掲げる業務並びに同条第三項及び第四項に規定する業務に関する事項
二 業務委託の基準
三 競争入札その他契約に関する基本的事項
四 その他研究機構の業務の執行に関して必要な事項
（中長期計画の認可の申請）第二条 研究機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに、農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
２ 研究機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとする場合において、当該変更しようとする事項が次に掲げるものであるときは、当該変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を、それぞれ当該各号に定める大臣（第四条第二項において「主務大臣」という。）に提出しなければならない。一 次号及び第三号に掲げるもの以外のもの
農林水産大臣
二 研究機構法第十五条第三号及び第四号に掲げる業務に係る財務及び会計に関する事項
農林水産大臣及び財務大臣
三 研究機構法第十五条第三号及び第四号に掲げる業務であって、酒類製造業、酒類販売業、たばこ製造業及びたばこ販売業に係るものに関する事項
財務大臣
第三条 研究機構に係る通則法第三十五条の五第二項第八号の主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一 施設及び設備に関する計画
二 職員の人事に関する計画（人員及び人件費の効率化に関する目標を含む。）
三 積立金の処分に関する事項
四 その他当該中長期目標を達成するために必要な事項
（年度計画に定めるべき事項等）第四条 年度計画においては、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を定めなければならない。
２ 研究機構は、通則法第三十五条の八において読み替えて準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を主務大臣に提出しなければならない。 （業務実績等報告書）第五条 研究機構に係る通則法第三十五条の六第三項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 研究機構に係る通則法第三十五条の六第三項の規定による公表は、同項の規定による報告書の提出後、速やかに、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。 （最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）第六条 研究機構に係る通則法第三十五条の六第四項の報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 通則法第三十五条の六第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。 イ 当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ 当該期間における業務運営の状況
ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二 前号に掲げる業務の実績について研究機構が評価を行った結果。 イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
附則
この省令は、平成十五年十月一日から施行する。附則（平成一八年三月三一日財務省・農林水産省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
（特例業務に関する独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令の規定の適用）
第二条 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構（次条において「研究機構」という。）が整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務を行う場合には、第一条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令（以下この条において「新業務運営省令」という。）第一条第一号中「及び同条第二項」とあるのは「並びに同条第二項及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。次条第二項第二号において「整備法」という。）附則第十三条第一項から第三項まで」と、新業務運営省令第二条第二項第二号中「又は第三号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第三号に掲げる業務又は整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務」とする。
附則（平成二七年三月二七日財務省・農林水産省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（業務実績等報告書に関する経過措置）
第二条 独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第三十五条の四第一項の中長期目標とみなされる場合における第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営及び人事管理に関する省令第七条第一項の規定の適用については、同項の表中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（次号において「旧法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号」とあるのは「旧法第二十九条第二項第二号から第五号」とする。
附則（平成二八年三月三〇日財務省・農林水産省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（特例業務に関する国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令の規定の適用）
第二条 独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）附則第六条第一項の規定により国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）が同項に規定する特例業務（以下「特例業務」という。）を行う場合には、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令（以下この条において「業務運営省令」という。）第一条第一号中「並びに同条第四項及び第五項に規定する業務」とあるのは「、同条第四項及び第五項に規定する業務並びに独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）附則第六条第一項に規定する特例業務（以下「特例業務」という。）」と、業務運営省令第二条第二項第二号及び第三号中「業務」とあるのは「業務並びに特例業務」とする。
附則（平成二九年七月二八日第一号）
この省令は、平成三十年四月一日から施行する。附則（平成三一年一月一七日財務省・農林水産省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律（平成三十年法律第九十四号）の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
（経過措置）
第二条 第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令第一条第一号（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条第一項第六号に掲げる業務に係る部分に限る。）の規定は、この省令の施行の日から起算して六月間は、適用しない。
附則（平成三一年三月二九日財務省・農林水産省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。