第一条 独立行政法人北方領土問題対策協会（以下「協会」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十条第一項の中期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他内閣総理大臣（独立行政法人北方領土問題対策協会法（平成十四年法律第百三十二号。以下「協会法」という。）第十一条第六号に規定する貸付業務（以下「貸付業務」という。）に係る財務及び会計に関する事項並びに貸付業務に関する事項（以下「貸付業務等に関する事項」という。）については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）が定める財産とする。
（監査報告の作成）第二条 協会に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 協会の役員及び職員
二 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、協会の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 協会の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 協会の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他協会の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 協会の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第三条 協会に係る通則法第十九条第六項第二号の主務省令で定める書類は、協会法の規定に基づき内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）に提出する書類とする。
（業務方法書に記載すべき事項）第四条 協会に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 協会法第十一条第一号に規定する国民世論の啓発に関する事項
二 協会法第十一条第二号に規定する交流等事業に関する事項
三 協会法第十一条第三号に規定する調査研究に関する事項
四 協会法第十一条第四号に規定する援護に関する事項
五 協会法第十一条第五号に規定する附帯業務に関する事項
六 貸付業務に関する事項
七 業務委託の基準
八 競争入札その他契約に関する基本的事項
九 その他協会の業務の執行に関して必要な事項
（中期計画の認可の申請）第五条 協会は、通則法第三十条第一項の規定により中期計画の認可を受けようとするときは、中期計画を記載した申請書を、当該中期計画の最初の事業年度開始三十日前までに（協会の最初の事業年度の属する中期計画については、協会の成立後遅滞なく）、内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）に提出しなければならない。
２ 協会は、通則法第三十条第一項後段の規定により中期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）に提出しなければならない。 （中期計画に定めるその他業務運営に関する事項）第六条 協会に係る通則法第三十条第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、施設・設備に関する計画、人事に関する計画、中期目標期間を超える債務負担、中期目標期間終了時の積立金の使途その他協会の業務の運営に関し必要な事項とする。
２ 協会の成立後最初の中期計画については、前項中「中期目標期間終了時の積立金」とあるのは、「協会法附則第二条第八項の規定により整理された積立金」とする。 （年度計画の作成及び変更に係る事項）第七条 協会に係る通則法第三十一条第一項の年度計画には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ 協会は、通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）に提出しなければならない。 （業務実績等報告書）第八条 協会に係る通則法第三十二条第二項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 協会は、前項に規定する報告書を内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。 （会計の原則）第九条 協会の会計については、この命令の定めるところにより、この命令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（第十三条並びに第十六条第三項第二号イ及びロにおいて「独立行政法人会計基準」という。）は、この命令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （償却資産の指定等）第十条 内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）は、協会が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第十一条 内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）は、協会が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第十二条 内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）は、協会が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）第十三条 協会に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第十四条 協会に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 協会の目的及び業務内容
二 国の政策における協会の位置付け及び役割
三 中期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 協会に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）第十五条 協会に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）第十六条 通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 協会の役員（監事を除く。）及び職員
二 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が協会の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に掲げる「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第十七条 協会は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書を内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（長期借入金の認可の申請）第十八条 協会は、協会法第十四条第一項の規定により長期借入金の認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書を内閣総理大臣及び農林水産大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）第十九条 協会は、協会法第十四条第二項の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後遅滞なく、次の事項を記載した申請書を内閣総理大臣及び農林水産大臣に提出しなければならない。
一 長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二 長期借入金の償還の方法及び期限
三 その他必要な事項
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）第二十条 協会に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、次の財産とする。
一 協会が所有する土地、建物及び工作物（その土地に定着する物及びその建物に附属する工作物を含む。）
二 協会法附則第五条の規定による改正後の北方地域旧漁業権者等に対する特別措置に関する法律（昭和三十六年法律第百六十二号）第三条第一項に規定する基金
三 内閣総理大臣及び農林水産大臣が指定するその他の財産
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）第二十一条 協会は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書を内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 協会の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）第二十二条 協会に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第二項に規定する命令で定める書類は、次の書類とする。
一 通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下「当該期間」という。）最後の事業年度末の貸借対照表
二 当該期間最後の事業年度の損益計算書
三 承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
（内部組織）第二十三条 協会に係る通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた協会の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として内閣総理大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として内閣総理大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （管理又は監督の地位）第二十四条 協会に係る通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして内閣総理大臣が定めるものとする。
附則
この命令は、公布の日から施行する。 ただし、附則第三項及び第四項の規定は、平成十五年十月一日から施行する。 協会法附則第二条第四項の規定により政府から出資があったものとされた償却資産は、第九条第一項の規定による内閣総理大臣（貸付業務等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）の指定があったものとみなす。 北方領土問題対策協会の財務及び会計に関する命令（昭和四十四年総理府・農林省令第二号）は、廃止する。附則（平成二二年四月一日内閣府・農林水産省令第二号）
この命令は、北方領土問題等の解決の促進のための特別措置に関する法律の一部を改正する法律（平成二十一年法律第七十五号）の施行の日（平成二十二年四月一日）から施行する。附則（平成二二年一一月二六日内閣府・農林水産省令第八号）
この命令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十二年法律第三十七号）の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二五年三月一日内閣府・農林水産省令第一号）
この命令は、公布の日から施行する。附則（平成二七年三月三〇日内閣府・農林水産省令第三号）
（施行期日）
第一条 この命令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（次条において「改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（業務実績等報告書に係る経過措置）
第二条 改正法附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標とみなされる場合におけるこの命令による改正後の独立行政法人北方領土問題対策協会の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令（以下この条及び次条において「新命令」という。）第八条第一項及び第二十三条第二項の規定の適用については、新命令第八条第一項の表事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書の項中「通則法第二十九条第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第二十九条第二項第二号から第五号」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から第五号」とし、同表中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項及び中期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項中「通則法第二十九条第二項第二号に」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第二十九条第二項第二号から第五号」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から第五号」とし、新命令第二十三条第二項中「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律」とする。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第三条 新命令第十四条第三項の規定は、この命令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成三一年三月二五日内閣府・農林水産省令第四号）
（施行期日）
第一条 この命令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この命令による改正後の独立行政法人北方領土問題対策協会の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令第十三条及び第十四条の規定は、この命令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度に係る財務諸表（独立行政法人通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）及び事業報告書（同法第三十八条第二項に規定する事業報告書をいう。以下同じ。）について適用し、施行日前に開始した事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。